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题名应用深度测序技术鉴定平菇球形病毒
被引量：3
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作者
王少杰
王廿
师迎春
胡晓艳
周涛
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机构
中国农业大学植物病理学系
北京市植物保护站
北京市农业技术推广站
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出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期86-91,共6页
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基金
2013年食用菌创新团队岗位专家工作经费(PXM2013_036203_000055)
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文摘
旨在鉴定采集于北京顺义的畸形平菇样品中的病毒,提取总RNA,构建小RNA库,对小RNA库进行深度测序。测序结果表明,与平菇球形病毒(Oyster mushroom isometric virus,OMSV)基因组序列(NC_004560.1)匹配的小RNA共有3 075条,分布在OMSV基因组的不同位置,形成一些热点区域。经拼接,获得了3条长度大于500个核苷酸的序列。根据其中覆盖OMSV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因的序列(seq22)中相对保守区域,设计引物,利用RT-PCR扩增获得cp基因部分序列。序列比对表明,其与OMSV相应区域序列相似度为91%,证实了OMSV在畸形平菇样品中的侵染。同时,将深度测序结果与现有4种si RNA预测软件的预测结果进行比较,发现测序结果与软件预测结果之间存在差异,讨论了这一差异出现的原因。
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关键词
平菇
深度测序
平菇球形病毒
小干扰RNA
重叠群
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Keywords
Pleurotus ostreatus
Deep sequencing
Oyster mushroom spherical virus
siRNA
Contig
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分类号
S436.46
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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