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希金斯刺盘孢全基因组候选效应分子的预测
被引量：
24
1
作者
陈琦光
王陈骄子
+1 位作者
杨媚
周而勋
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2015年第6期1105-1111,共7页
希金斯刺盘孢(Colletotrichum higginsianum Sacc.)是一种世界性分布的重要植物病原真菌,可引起严重的十字花科植物炭疽病,影响作物品质并造成严重的经济损失。效应分子在植物病原真菌侵染寄主植物过程中发挥着重要的作用。根据已公布...
希金斯刺盘孢(Colletotrichum higginsianum Sacc.)是一种世界性分布的重要植物病原真菌,可引起严重的十字花科植物炭疽病,影响作物品质并造成严重的经济损失。效应分子在植物病原真菌侵染寄主植物过程中发挥着重要的作用。根据已公布的希金斯刺盘孢的全基因组信息,以其全基因组蛋白序列为材料,通过生物信息学方法,对其候选效应分子及其功能进行了预测和分析。首先利用Signal P、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor和Target P程序依次预测出其分泌类型的蛋白,再通过其序列大小和半胱氨酸含量作进一步筛选,最后利用blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对,找出数据库中没有蛋白同源性的序列,从而获得候选效应分子;同时对希金斯刺盘孢全基因组的16 150个蛋白序列进行分析,最终预测到135个符合条件的候选效应分子,而大多数都是功能未知的假定蛋白。本研究采用生物信息学分析方法预测出了希金斯刺盘孢的候选效应分子,为进一步研究这些效应分子的功能奠定了基础,其研究技术和手段也为其它真菌效应分子的预测提供了重要的参考资料。
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关键词
希金斯刺盘孢
效应分子
信号肽
十字花科植物炭疽病
生物信息学
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职称材料
希金斯刺盘孢T-DNA插入突变体表型筛选及其特性分析
2
作者
周鹏
顾琼楠
+1 位作者
黄俊斌
郑露
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期33-39,共7页
以希金斯刺盘孢菌株Ch-1为供试野生型菌株,通过农杆菌介导转化方法获得含2000个转化子的T-DNA插入突变体库,筛选菌落生长异常或致病缺陷突变体,分析致病缺陷突变体的T-DNA插入拷贝数和位点。结果显示,筛选到14株菌落异常突变体,包括2株...
以希金斯刺盘孢菌株Ch-1为供试野生型菌株,通过农杆菌介导转化方法获得含2000个转化子的T-DNA插入突变体库,筛选菌落生长异常或致病缺陷突变体,分析致病缺陷突变体的T-DNA插入拷贝数和位点。结果显示,筛选到14株菌落异常突变体,包括2株生长缓慢突变体Ch-1-E393和Ch-1-C135、12株菌落形态异常突变体(包括色素异常、菌落扇变或菌丝坍塌现象),另外筛选到1株致病缺陷突变体Ch-1-G090。致病性测定结果表明,致病缺陷突变体Ch-1-G090接种拟南芥后,叶片发病明显减弱,且未产生水渍状病斑。显微观察发现该突变体分生孢子在叶片上仅能产生少量初生菌丝,不能正常形成次生菌丝。Southern杂交显示,致病缺陷突变体Ch-1-G090为T-DNA双拷贝插入;通过Inverse-PCR法获得插入T-DNA的侧翼序列,明确该突变体T-DNA插入位点分别为假定蛋白(Ch063_10682)和RNA加工蛋白FCF1(CH063_10671)编码区。
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关键词
希金斯刺盘孢
农杆菌介导转化
突变体
致病性
插入位点
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职称材料
题名
希金斯刺盘孢全基因组候选效应分子的预测
被引量：
24
1
作者
陈琦光
王陈骄子
杨媚
周而勋
机构
华南农业大学农学院植物病理学系
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2015年第6期1105-1111,共7页
文摘
希金斯刺盘孢(Colletotrichum higginsianum Sacc.)是一种世界性分布的重要植物病原真菌,可引起严重的十字花科植物炭疽病,影响作物品质并造成严重的经济损失。效应分子在植物病原真菌侵染寄主植物过程中发挥着重要的作用。根据已公布的希金斯刺盘孢的全基因组信息,以其全基因组蛋白序列为材料,通过生物信息学方法,对其候选效应分子及其功能进行了预测和分析。首先利用Signal P、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor和Target P程序依次预测出其分泌类型的蛋白,再通过其序列大小和半胱氨酸含量作进一步筛选,最后利用blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对,找出数据库中没有蛋白同源性的序列,从而获得候选效应分子;同时对希金斯刺盘孢全基因组的16 150个蛋白序列进行分析,最终预测到135个符合条件的候选效应分子,而大多数都是功能未知的假定蛋白。本研究采用生物信息学分析方法预测出了希金斯刺盘孢的候选效应分子,为进一步研究这些效应分子的功能奠定了基础,其研究技术和手段也为其它真菌效应分子的预测提供了重要的参考资料。
关键词
希金斯刺盘孢
效应分子
信号肽
十字花科植物炭疽病
生物信息学
Keywords
Colletotrichum higginsianum
Effectors
Signal peptide
Crucifer anthracnose
Bioinformatics
分类号
S436.34 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
希金斯刺盘孢T-DNA插入突变体表型筛选及其特性分析
2
作者
周鹏
顾琼楠
黄俊斌
郑露
机构
湖北省烟草公司襄阳市公司
华中农业大学植物科学技术学院/湖北省作物病害监测与安全控制重点实验室
湖北省农业科学院植保土肥研究所/农业农村部华中作物有害生物综合治理重点实验室/农作物重大病虫草害防控湖北省重点实验室
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期33-39,共7页
基金
国家自然科学基金项目(31101399)
文摘
以希金斯刺盘孢菌株Ch-1为供试野生型菌株,通过农杆菌介导转化方法获得含2000个转化子的T-DNA插入突变体库,筛选菌落生长异常或致病缺陷突变体,分析致病缺陷突变体的T-DNA插入拷贝数和位点。结果显示,筛选到14株菌落异常突变体,包括2株生长缓慢突变体Ch-1-E393和Ch-1-C135、12株菌落形态异常突变体(包括色素异常、菌落扇变或菌丝坍塌现象),另外筛选到1株致病缺陷突变体Ch-1-G090。致病性测定结果表明,致病缺陷突变体Ch-1-G090接种拟南芥后,叶片发病明显减弱,且未产生水渍状病斑。显微观察发现该突变体分生孢子在叶片上仅能产生少量初生菌丝,不能正常形成次生菌丝。Southern杂交显示,致病缺陷突变体Ch-1-G090为T-DNA双拷贝插入;通过Inverse-PCR法获得插入T-DNA的侧翼序列,明确该突变体T-DNA插入位点分别为假定蛋白(Ch063_10682)和RNA加工蛋白FCF1(CH063_10671)编码区。
关键词
希金斯刺盘孢
农杆菌介导转化
突变体
致病性
插入位点
Keywords
Colletotrichum higginsianum
Agrobacterium tumefaciens mediated transformation
mutant
pathogenicity
insertion site
分类号
S436 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
希金斯刺盘孢全基因组候选效应分子的预测
陈琦光
王陈骄子
杨媚
周而勋
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2015
24
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
希金斯刺盘孢T-DNA插入突变体表型筛选及其特性分析
周鹏
顾琼楠
黄俊斌
郑露
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
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