期刊文献+
共找到268篇文章
< 1 2 14 >
每页显示 20 50 100
淮南猪肌肉组织不同发育阶段的甲基化差异基因筛选
1
作者 陈俊峰 王璟 +4 位作者 靳玮 柴进 张家庆 任巧玲 邢宝松 《华中农业大学学报》 北大核心 2025年第1期183-190,共8页
为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发... 为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发育的甲基化差异的候选基因。结果显示,基因主体的CpG甲基化程度高于基因上下游2 kb序列的CpG甲基化,基因组元件中内含子、3'UTR和重复序列等甲基化程度最高。随着发育时间的增加,基因主体的CpG甲基化水平逐渐下降,上下游2 kb则是下降-上升-下降趋势。基因组元件中内含子区、3'UTR区和重复序列的甲基化水平都逐渐下降,启动子区则为下降-上升-下降趋势。信号通路富集分析显示,在淮南猪相邻的发育阶段38~58 dpc、58~78 dpc、78 dpc~21 d三者间的差异化均达到极显著水平,黏着斑信号通路存在CpG甲基化差异基因,且达到极显著水平(P值分别为0.000 9、0.000 4、0.000 1),细胞黏附连接信号通路存在CHH甲基化差异基因,且分别达到显著或极显著水平(P值分别为0.013 2、0.012 8、0.000 5),生物信息学分析结果显示,在2个信号通路中筛选到辅肌动蛋白Α4基因(actinin-4, ACTN4)和成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptor, FGFR1)基因。ACTN4基因调节肌动蛋白结合过程,在4个发育阶段的甲基化水平分别为55.75%、11.18%、10.18%、59.75%,FGFR1基因和肌肉细胞分化相关,在4个发育阶段的甲基化水平分别为0.81%、0.78%、7.52%、0.44%。以上结果表明,在淮南猪肌肉组织不同发育阶段筛选到的2个甲基化差异基因ACTN4和FGFR1可作为淮南猪肌肉发育候选基因进行分子育种。 展开更多
关键词 淮南猪 甲基化 差异基因 肌肉组织 肌肉发育
在线阅读 下载PDF
荷斯坦牛X、Y精子转录组表达及差异基因特征研究
2
作者 王洁茹 张璐璐 +4 位作者 牛鹏 黄飞 蒋守箐 李楠 高庆华 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第4期12-18,共7页
本研究旨在了解荷斯坦牛X、Y精子的转录组差异,筛选差异基因,为遴选X、Y精子特征性抗原提供候选基因。基于转录组测序技术,利用Illumina平台,对纯度为95%的荷斯坦牛X精子、Y精子进行测序。结果表明,X精子的特异表达基因为809个,Y精子的... 本研究旨在了解荷斯坦牛X、Y精子的转录组差异,筛选差异基因,为遴选X、Y精子特征性抗原提供候选基因。基于转录组测序技术,利用Illumina平台,对纯度为95%的荷斯坦牛X精子、Y精子进行测序。结果表明,X精子的特异表达基因为809个,Y精子的特异表达基因为1939个,共同表达基因为645个;对差异基因进行GO富集和KEGG途径富集分析,筛选出5个可能作为分离X、Y精子途径的候选基因(PRM1、PRAMEY、ITGA6、CD63、SCAMP1);对差异基因进行RT-qPCR验证,发现表达趋势与转录组结果一致;通过荧光原位杂交发现,SCAMP1基因主要聚集于精子头部和尾部前段,PRAMEY基因主要聚集于精子尾部。 展开更多
关键词 荷斯坦牛 精子 转录组 差异基因
在线阅读 下载PDF
基于转录组测序分析蓖麻花序全雌相关差异基因研究
3
作者 王超 刘红光 +4 位作者 徐刚 刘婷婷 谢凯丽 曾子颜 谭德云 《种子》 北大核心 2025年第2期110-115,共6页
为了解蓖麻全雌花序相关调控基因,以蓖麻全雌和两性系为材料,通过转录组测序技术对其展开测序比较。结果表明,共测得1881个差异表达基因,其中上调表达629个,下调表达1252个,1457个差异基因GO得到注释。653个基因被KEGG注释,分析通路富... 为了解蓖麻全雌花序相关调控基因,以蓖麻全雌和两性系为材料,通过转录组测序技术对其展开测序比较。结果表明,共测得1881个差异表达基因,其中上调表达629个,下调表达1252个,1457个差异基因GO得到注释。653个基因被KEGG注释,分析通路富集代谢途径,发现最为富集的5个通路为ABC转运体、脂肪酸伸长、苯丙素的生物合成、黄酮类生物合成和角质、软碱和蜡生物合成途径。基于转录组水平分析了蓖麻花序全雌性状调控基因,为探究蓖麻全雌性状分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 蓖麻 转录组测序 差异基因 全雌花序
在线阅读 下载PDF
基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制 被引量:1
4
作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 GEO差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
在线阅读 下载PDF
眼睑基底细胞癌差异基因的筛选和分析 被引量:2
5
作者 杨俭伟 宋丽华 +5 位作者 王娟 张璐璐 肖丽 张宏彬 刘立民 刘延东 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2024年第6期454-457,共4页
目的采用RNA测序技术对眼睑基底细胞癌差异基因进行筛选和分析。方法选取2021年7月至11月因眼睑基底细胞癌就诊于河北省眼科医院并行扩大切除及一期眼睑重建的患者6例,分别取切除的部分癌组织及修复缺损时修剪的癌旁正常组织各一块进行... 目的采用RNA测序技术对眼睑基底细胞癌差异基因进行筛选和分析。方法选取2021年7月至11月因眼睑基底细胞癌就诊于河北省眼科医院并行扩大切除及一期眼睑重建的患者6例,分别取切除的部分癌组织及修复缺损时修剪的癌旁正常组织各一块进行研究。通过RNA测序技术进行建库测序。使用DESeq2软件设定P<0.05及|log 2(foldchange)|>1为显著差异表达的阈值。鉴定出差异表达的基因。采用clusterProfiler软件对差异基因集进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,进一步分析这些特异性基因的生物学意义。结果使用DESeq2软件进行癌组织和癌旁组织之间的差异表达分析,共筛选出1317个差异基因,其中在6例癌组织中表达上调的基因有906个,表达下调的基因有411个。GO富集分析结果中上调最显著的前30个差异基因主要富集于体液免疫反应、免疫球蛋白复合物、B细胞受体信号通路、细胞外基质、抗原结合、受体调节剂活性等方面。下调基因前10位在生物过程、细胞组成、分子功能层面主要与表皮发展相关。KEGG通路富集主要集中在黑色素生成通路及WNT信号通路、免疫相关信号通路等,相关基因通路有8个。根据基因上调的显著性由大到小,最终确定核心基因包括FZD2、PTCH1、WNT7B、TCF3、MMP-9、TEAD2。结论基底细胞癌的发生与各种通路相互影响和共同作用密切相关,各种高表达基因中,FZD2、PTCH1、WNT7B、TCF3、MMP-9、TEAD2在眼睑基底细胞癌患者组织中表达升高最显著,与眼睑基底细胞癌的发生和发展有密切关系。 展开更多
关键词 基底细胞癌 差异基因 信号通路 富集分析 生物信息学
在线阅读 下载PDF
黄芪汤和茵陈蒿汤改善大鼠肝纤维化的效果及分子机制--差异基因表达谱的比较分析 被引量:11
6
作者 张贵彪 宋雅楠 +4 位作者 董姝 陆奕宇 孙明瑜 刘平 苏式兵 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2015年第9期2103-2108,I0005,共7页
目的:探讨黄芪汤和茵陈蒿汤抑制二甲基亚硝胺(DMN)诱导的大鼠肝纤维化中对信号传导通路调节的差异。方法:大鼠被随机分为正常组、黄芪汤组、茵陈蒿汤组和模型组,并予以DMN造模及相应药物治疗。观察各组肝组织病理学变化和羟脯氨酸含量;... 目的:探讨黄芪汤和茵陈蒿汤抑制二甲基亚硝胺(DMN)诱导的大鼠肝纤维化中对信号传导通路调节的差异。方法:大鼠被随机分为正常组、黄芪汤组、茵陈蒿汤组和模型组,并予以DMN造模及相应药物治疗。观察各组肝组织病理学变化和羟脯氨酸含量;采用全基因组芯片检测,进行差异基因,富集功能GOs及信号通路分析。结果:与正常组相比,模型组出现显著的肝损伤和肝纤维化,肝组织羟脯氨酸(Hyp)含量显著升高(P<0.01)。与模型组比较,黄芪汤和茵陈蒿汤均显著改善肝组织病理,降低Hyp含量(P<0.01)。黄芪汤、茵陈蒿汤与模型组比较的差异基因分别为373个和432个,共有基因189个。各用药组都作用于Notch介导的上皮间质转化(EMT)通路、Notch和细胞粘附细胞基质糖复合物通路。黄芪汤还作用于血管内皮生长因子与促血管生成素通路、血小板反应素通路等;茵陈蒿汤还作用于细胞黏附-细胞外基质重塑通路、EMT通路等。结论:黄芪汤和茵陈蒿汤都能显著抑制DMN诱导的大鼠肝纤维化。黄芪汤益气扶正的功效主要与调节Notch诱导的EMT信号通路相关,茵陈蒿汤清热利湿的祛邪作用侧重于调节细胞黏附-细胞外基质(ECM)信号通路。 展开更多
关键词 黄芪汤 茵陈蒿汤 肝纤维化 差异基因 信号通路
在线阅读 下载PDF
基于人类全基因表达谱技术对“肾精亏虚证”原发性骨质疏松患者差异基因表达分析 被引量:9
7
作者 辛华 谢晚晴 +2 位作者 蒋宁 孙丽 郑洪新 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1180-1185,共6页
目的基于人类全基因表达谱芯片高通量测序技术,检测肾精亏虚证骨质疏松患者和同龄健康状态老年人血液中的差异基因表达,探讨肾精亏虚证骨质疏松症的发病机制,为中医药防治该病证提供可能的作用靶点。方法从辽宁中医药大学附属医院和上... 目的基于人类全基因表达谱芯片高通量测序技术,检测肾精亏虚证骨质疏松患者和同龄健康状态老年人血液中的差异基因表达,探讨肾精亏虚证骨质疏松症的发病机制,为中医药防治该病证提供可能的作用靶点。方法从辽宁中医药大学附属医院和上海中医药大学附属龙华医院门诊肾精亏虚证原发性骨质疏松症患者群中随机选择16例患者,男女各半,年龄60岁以上,作为OP组(OP group);同龄健康状态老年人24例,男女各半,年龄60岁以上,作为对照组。采用人类全基因表达谱芯片检测两组人群的差异基因表达,并对差异显著的基因表达进行荧光定量PCR验证。结果在肾精亏虚证OP患者中共有602个基因呈现差异性表达,其中上调基因579个,下调基因23个(FC≥1.5或FC≤0.667,q-value≤5%)。表达上调超过3倍的基因有7个,分别为S100P、SNX3、DEFA1、MMP9、ANXA3、IL1R2、PLSCR1;表达下调超过2倍的基因有3个,分别为CX3CR1、SPON2、GNLY。对以上10个差异显著的基因进行RT-PCR验证,结果与基因芯片检测结果一致。结论肾精亏虚证OP患者与同龄健康老年人比较,差异基因表达上调或下调显著,这些基因通过调控免疫应答、防御应答、趋化因子信号转导通路等方面在肾精亏虚证OP的发病过程中可能发挥着重要的作用。 展开更多
关键词 肾精亏虚 骨质疏松 高通量 差异基因
在线阅读 下载PDF
胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因与中药治疗的生信分析及系统评价 被引量:14
8
作者 杨柳 李泽 +5 位作者 高云霄 郭榆西 郭彤 李博林 杨倩 张彤 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1649-1655,共7页
目的探究胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因,发掘具有潜在治疗作用的中药。方法在GEO数据库下载包含慢性萎缩性胃炎与胃癌基因的芯片数据GSE116312和GSE55696,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因;通... 目的探究胃癌与慢性萎缩性胃炎的差异基因,发掘具有潜在治疗作用的中药。方法在GEO数据库下载包含慢性萎缩性胃炎与胃癌基因的芯片数据GSE116312和GSE55696,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因;通过蛋白互作图的绘制找出关键基因,富集分析得到关键基因所参与的生物过程和通路;在本草组鉴中找到作用于关键基因的最高频次中药并做Meta分析。结果得出慢性萎缩性胃炎较胃癌低表达的基因36个,高表达的基因23个。生物富集分析这些差异基因主要参与转录调控、炎症反应、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、胃酸分泌等方面。FCER 1 G、FCGR 2 A、FCGR 3 A、MNDA、NCF 2、S 100 A 9、AGT、SAA 1、SSTR 1、VAV 3等是慢性萎缩性胃炎向胃癌转化的关键基因。本草组鉴分析得出治疗慢性萎缩性胃炎的中药有沙苑子、丹参、甘草,其中丹参具有活血祛瘀、通行血脉功效,符合慢性萎缩性胃炎发生发展的病机,且临床常用于脘腹疼痛、症瘕积聚等疾病的治疗,故选以丹参为君药的方剂(丹参饮)进行系统评价。经过分析可知丹参饮加减治疗慢性萎缩性胃炎具有确切疗效,且具备统计学意义。结论该研究发现慢性萎缩性胃炎和胃癌的差异基因主要体现在调控免疫、炎症、细胞增殖与凋亡方面,为后续临床科研实验提供了思路,对治疗慢性萎缩性胃炎中药的系统评价为临床用药提供了依据。 展开更多
关键词 慢性萎缩性胃炎 胃癌 生信分析 差异基因 META分析
在线阅读 下载PDF
开放的差异基因表达技术研究进展 被引量:8
9
作者 池晓菲 舒庆尧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期259-264,共6页
自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 ... 自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 (SAGE)、表达序列标签串联排列连接(TALEST) ,和早期的DGE技术差异显示 (DD)、随机引物聚合酶链反应 (AP PCR) ,以及一项受专利保护的技术———GeneCalling .通过几项重要的参数对这些技术进行了比较 ,认为DD虽然有其致命的弱点 ,但在目前仍然应用得非常广泛 .cDNA RDA能有效富增特异片段 ,扣除共有序列 ,如能和SAGE结合 ,将能进一步促进其发展 .TALEST和GeneCalling操作较简便 ,一次试验能获得大量的数据 ,但是分析这些数据比较麻烦 ,须借助另外的分析软件 .最后介绍了应用DGE技术取得的最新成果 . 展开更多
关键词 差异基因表达技术 研究进展 基因芯片 SAGE cDNA-RDA 开放DGE技术
在线阅读 下载PDF
昆虫滞育关联差异基因的筛选方法 被引量:2
10
作者 肖海军 邹超 +1 位作者 陈俊晖 陈丽媛 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1240-1246,共7页
滞育是昆虫逃避不利环境的基本方式之一,但目前仅极少数基因被证明直接参与了昆虫滞育的调控。综述了昆虫滞育关联差异基因的筛选方法及相关方法的应用概况,包括差异显示反转录PCR、构建全长c DNA文库、基因表达序列标签、基因芯片技术... 滞育是昆虫逃避不利环境的基本方式之一,但目前仅极少数基因被证明直接参与了昆虫滞育的调控。综述了昆虫滞育关联差异基因的筛选方法及相关方法的应用概况,包括差异显示反转录PCR、构建全长c DNA文库、基因表达序列标签、基因芯片技术和RNA转录组测序等在滞育差异表达基因筛选中的研究应用。对蛋白质组学和RNA干扰技术在昆虫滞育调控中关联蛋白和基因的功能研究一并进行了总结。为昆虫滞育调控机制中关键基因的发掘、滞育进程中对逆境条件耐受机制和探索害虫生态调控的新途径提供参考。 展开更多
关键词 昆虫 滞育 差异基因 筛选方法 展望
在线阅读 下载PDF
子宫内膜异位症差异基因筛选及潜在靶标生长停滞特异蛋白6的表达验证 被引量:3
11
作者 刘畅 刘太行 +5 位作者 何帆 池余刚 杨博萍 肖仕全 丁裕斌 李方方 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期917-926,共10页
生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并... 生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并下载子宫内膜异位症相关转录物组数据集,并对其进行GEO在线分析,筛选差异表达基因并进行GO聚类和KEGG通路富集分析。利用10例无内异症且无明确疾病妇女的在位子宫内膜,以及11例卵巢巧克力囊肿病人异位子宫内膜,对3个以上数据集共有的差异基因的mRNA水平进行实时荧光定量PCR验证。在子宫内膜异位症临床样本中,采用免疫组化、实时荧光定量PCR验证关键调控因子GAS6及上皮间充质转化(epithelial mesenchymal transition, EMT)标记基因的表达水平,并利用免疫荧光对GAS6和E-钙黏着蛋白(E-cadherin)进行共标。研究发现:从4个转录物组数据集中共筛选出47个差异表达基因,其主要富集于细胞迁移等过程以及MAPK、PI3K-AKT、紧密连接等相关信号通路。3个以上数据集所共有的9个差异基因在子宫内膜异位症病人中的mRNA水平均符合生物信息学分析的结果。GAS6在子宫内膜异位症病人异位内膜中的表达水平高于对照组(P<0.05),并且子宫内膜异位症病人的内膜组织中存在EMT现象,EMT的标志物E-钙黏着蛋白表达水平下调(P<0.05)、波形蛋白(vimentin)表达水平上调(P<0.01)。在GAS6高表达的子宫内膜异位症患者异位子宫内膜腺上皮细胞中,E-cadherin显示低表达,提示GAS6可能在子宫内膜异位症中介导EMT过程。综上所述,本研究初步揭示GAS6在子宫内膜异位症病人中高表达,及其可能介导EMT过程参与子宫内膜异位症的发生与发展,为子宫内膜异位症的临床治疗提供潜在靶标。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 差异基因 生长停滞特异性蛋白6 上皮间充质转化
在线阅读 下载PDF
胸膜肺炎放线杆菌血清1型与5型基因组DNA差异基因的筛选与鉴定 被引量:2
12
作者 谢芳 韩文瑜 +3 位作者 杜崇涛 周靓 杨舒心 雷连成 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期757-761,共5页
为了解胸膜肺炎放线杆菌(APP)不同血清型间的差异基因,本研究采用代表性差异分析(RDA)方法,筛选APP血清1型CVCC259株和血清5型CVCC263株的差异基因。经BLAST分析和Southern blot验证,分别获得CVCC259株的8个和CVCC263株的12个特异基因... 为了解胸膜肺炎放线杆菌(APP)不同血清型间的差异基因,本研究采用代表性差异分析(RDA)方法,筛选APP血清1型CVCC259株和血清5型CVCC263株的差异基因。经BLAST分析和Southern blot验证,分别获得CVCC259株的8个和CVCC263株的12个特异基因片段。本实验为APP感染和致病机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 胸膜肺炎放线杆菌 代表性差异分析 差异基因 鉴定
在线阅读 下载PDF
不同生物型BVDV感染宿主细胞后差异基因分析 被引量:2
13
作者 程凯慧 朱彤 +6 位作者 侯佩莉 王洪梅 苗自利 张亮 解晓莉 杨宏军 何洪彬 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第11期3113-3120,共8页
为深入研究牛场中普遍存在的持续性感染,探讨不同生物型牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)转化的分子机制,本试验将致细胞病变型BVDV(CP型BVDV)和非致细胞病变型BVDV(NCP型BVDV)感染MDBK细胞,观察细胞变化,感染后12~... 为深入研究牛场中普遍存在的持续性感染,探讨不同生物型牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)转化的分子机制,本试验将致细胞病变型BVDV(CP型BVDV)和非致细胞病变型BVDV(NCP型BVDV)感染MDBK细胞,观察细胞变化,感染后12~72h期间每间隔12h收集1次细胞,同时对24、48h收集的细胞进行转录组学分析。结果显示,不同生物型BVDV感染宿主细胞24h后,与感染NCP型BVDV的细胞相比,感染CP型BVDV的MDBK细胞中上调差异表达的基因2 849个,下调差异表达的基因3 347个,48h后,上调差异表达的基因2 933个,下调差异表达的基因2 831个。对差异基因的GO功能分析结果表明,差异基因参与的分子功能主要有催化活性、结合活性、酶调节活性、分子转导活性和蛋白结合转录因子活性等;Pathway显著性富集分析结果显示,差异表达基因主要参与细胞自噬、细胞凋亡、免疫调节因子等相关的信号通路。本试验结果可为进一步揭示病毒致病的分子机制、控制BVDV和研制其候选疫苗奠定基础。 展开更多
关键词 致细胞病变型BVDV 非致细胞病变型BVDV 差异基因 GO功能分析 Pathway显著性分析
在线阅读 下载PDF
基于RNA-seq数据的差异基因和异构体检测 被引量:2
14
作者 王黎黎 刘学军 张礼 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期253-260,共8页
基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布,通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现... 基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布,通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现存的负二项分布模型大都是直接对基因读段计数进行建模,不能进行差异异构体检测.提出基于PGseq模型计算出的基因和异构体表达水平的负二项分布模型,采用exact test方法进行差异分析,解决了异构体的差异检测的问题.经实验验证,该方法在基因和异构体两方面的差异检测中都具有较高的准确度和灵敏度. 展开更多
关键词 RNA-SEQ 差异基因 差异异构体 负二项分布 EXACT TEST
在线阅读 下载PDF
新铁炮百合朱丽叶器官差异基因表达分析 被引量:2
15
作者 杜方 王婷 +1 位作者 樊俊苗 张浩宇 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期25-30,共6页
为了探明17个候选基因在新铁炮百合朱丽叶花、叶、鳞片3个器官中的表达情况,利用实时荧光定量PCR技术,对其相对表达量进行了研究。结果表明,根据表达情况,17个候选基因可以分为5类,CL10636.Contig1_All、CL6300.Contig2_All、CL7951.Con... 为了探明17个候选基因在新铁炮百合朱丽叶花、叶、鳞片3个器官中的表达情况,利用实时荧光定量PCR技术,对其相对表达量进行了研究。结果表明,根据表达情况,17个候选基因可以分为5类,CL10636.Contig1_All、CL6300.Contig2_All、CL7951.Contig5_All、Unigene8314_All、Unigene19279_All和CL1306.Contig1_All 6个在花中显著高表达,分别与糖转运蛋白-类SWEET4基因、赤霉素调控蛋白基因、线粒体伴侣基因、光依赖性短下胚轴基因、1-脱氧葡萄糖-5-磷酸合成酶基因、牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因高度同源;CL9292.Contig2_All、CL212.Contig5_All、Unigene1800_All、CL3468.Contig1_All、CL4520.Contig5_All、Unigene4212_All、CL4079.Contig1_All和Unigene10210_All8个在叶中显著高表达,分别与GDSL酯酶/脂酶基因、类黄酮O-甲基转移酶、脂氢过氧化物裂解酶基因、4-羟基-3-甲基-2-丁烯基二磷酸合成酶基因、多酚氧化酶基因、类葡苷露聚糖4-β-甘露糖转移酶基因、左旋海松烷合成酶基因和反式罗勒烯合成酶基因高度同源;CL2405.Contig1_All在鳞片中显著高表达,功能未知;CL1114.Contig2_All在花和叶中同时显著高表达,与3-酮酯酰Co A-硫解酶高度同源;CL1772.Contig2_All为非器官差异表达基因,与Δ24-甾醇还原酶基因高度同源。此结果可为今后研究这些候选基因的功能奠定基础,对百合分子育种具有重要意义。 展开更多
关键词 百合 差异基因 实时荧光定量PCR 器官
在线阅读 下载PDF
基于果蝇模式生物差异基因表达的刺玫果抗衰老作用机理研究 被引量:3
16
作者 翟春梅 怀雪 +3 位作者 孟祥瑛 付敬菊 秦蓁 孟永海 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1896-1903,共8页
本研究以果蝇为模式生物,以果蝇行为学、基因测序技术为研究方法,考察刺玫果抗衰老活性以及引起的抗衰老相关基因表达的变化,阐明刺玫果抗衰老的作用机制。研究结果发现:给与刺玫果醇提物喂养的果蝇与空白对照组果蝇相比,共发现128个差... 本研究以果蝇为模式生物,以果蝇行为学、基因测序技术为研究方法,考察刺玫果抗衰老活性以及引起的抗衰老相关基因表达的变化,阐明刺玫果抗衰老的作用机制。研究结果发现:给与刺玫果醇提物喂养的果蝇与空白对照组果蝇相比,共发现128个差异基因,其中包括53个上调,75个下调。刺玫果可上调HSP、HSP70、HSP73等长寿基因和IMP2基因来提高了果蝇应激能力,可下调ACTB-G1、Actin、HIPPO等基因调控果蝇吞噬体内吞噬作用、光传导和HIPPO等信号通路,提供了正常喂养和刺玫果醇提物喂养的果蝇生长过程中的基因表达谱和差异表达信息。本研究揭示了刺玫果在抑制果蝇衰老过程中差异关键基因表达特征,为刺玫果等野生果类资源的再利用和深度产业化开发提供实验依据。 展开更多
关键词 刺玫果 果蝇 转录组学 差异基因 机理
在线阅读 下载PDF
花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文) 被引量:4
17
作者 单世华 严海燕 +1 位作者 李春娟 万书波 《花生学报》 2005年第4期21-24,共4页
黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异... 黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。 展开更多
关键词 花生 差异基因表达分析 基因芯片技术
在线阅读 下载PDF
cDNA-AFLP分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸差异基因表达的关键技术 被引量:2
18
作者 陈晓凤 黄凤兰 +5 位作者 赵永 姜桐桐 李佳会 周婷婷 常旭丰 刘佳琪 《安徽农业科学》 CAS 2016年第6期177-178,187,共3页
在介绍cDNA-AFLP技术原理与操作步骤的基础上,分析了应用cDNA-AFLP分子标记技术分析蓖麻种子脂肪酸含量差异基因表达过程中的主要影响因素,以期为后续利用该标记技术分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸含量的差异表达提供技术支持。
关键词 CDNA-AFLP 蓖麻 差异基因表达
在线阅读 下载PDF
鸡球虫抗药性相关差异基因和蛋白研究进展 被引量:1
19
作者 夏延富 陈兆国 +2 位作者 米荣升 陈铁桥 沈辉 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第10期74-78,共5页
抗药性是药物防治鸡球虫病的主要障碍之一。目前,鸡球虫的抗药性机制尚不清楚。论文对国内外学者分别采用的随机引物扩增多态性DNA、mRNA差异显示、抑制性消减杂交、cDNA阵列等技术研究抗药性相关差异基因,以及采用同工酶、ATP酶活性检... 抗药性是药物防治鸡球虫病的主要障碍之一。目前,鸡球虫的抗药性机制尚不清楚。论文对国内外学者分别采用的随机引物扩增多态性DNA、mRNA差异显示、抑制性消减杂交、cDNA阵列等技术研究抗药性相关差异基因,以及采用同工酶、ATP酶活性检测、聚苯烯酰胺电泳、蛋白质双向电泳结合质谱分析等技术研究抗药性相关差异表达蛋白的研究情况进行了综述,对鸡球虫抗药性相关差异基因和蛋白差异表达研究进行了展望。 展开更多
关键词 球虫 抗药性 差异基因 蛋白差异表达
在线阅读 下载PDF
利用基因芯片筛查主动脉夹层外周血白细胞差异基因 被引量:1
20
作者 夏健明 杨百晖 +2 位作者 刘寅强 孙毅 张桂敏 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2013年第4期348-351,共4页
目的主动脉夹层(aortic dissection,AD)发病后血液内环境发生的病理改变会造成全身性损伤,外周血白细胞基因表达谱的改变是病理改变的基础。文中筛选AD外周血白细胞差异表达基因。方法提取AD和主动脉瘤患者外周血白细胞总RNA,以RNA为模... 目的主动脉夹层(aortic dissection,AD)发病后血液内环境发生的病理改变会造成全身性损伤,外周血白细胞基因表达谱的改变是病理改变的基础。文中筛选AD外周血白细胞差异表达基因。方法提取AD和主动脉瘤患者外周血白细胞总RNA,以RNA为模板逆转录获取cDNA,用生物素标记cRNA,纯化后用Agilent基因芯片扫描分析基因表达谱的变化,获得差异表达基因。结果筛选出515个差异表达基因,其中上调基因238个,下调基因277个,功能未知者占40%。功能已知者主要涉及炎症反应、免疫反应、细胞骨架和胶原调节、氧化应激、代谢、凝血、细胞凋亡等相关基因。结论 AD发生伴有白细胞差异基因表达,应用基因芯片筛查差异基因,对阐明AD发病过程中病理生理机制和寻找标志基因有重要意义。 展开更多
关键词 主动脉夹层 白细胞 差异基因
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 14 下一页 到第
使用帮助 返回顶部