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基于小RNA深度测序技术鉴定上海市郊区南瓜病毒种类
1
作者 袁瑗 奚丹丹 +4 位作者 方草创 张红梅 田守波 吕铎 马坤 《上海农业学报》 2024年第6期81-88,共8页
为鉴定上海市郊区秋季南瓜棚中的主要流行病毒病,于2020—2022年在奉贤区和青浦区采集21份南瓜叶片进行小RNA深度测序及PCR检测验证。结果表明:共鉴定出4种病毒,分别为新德里番茄曲叶病毒(ToLCNDV)、中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)、南瓜黄... 为鉴定上海市郊区秋季南瓜棚中的主要流行病毒病,于2020—2022年在奉贤区和青浦区采集21份南瓜叶片进行小RNA深度测序及PCR检测验证。结果表明:共鉴定出4种病毒,分别为新德里番茄曲叶病毒(ToLCNDV)、中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)、南瓜黄矮化失调病毒(CYSDV)和瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)。其中,ToLCNDV和SLCCNV在不同年份和区域均被检测出,是上海市奉贤区和青浦区南瓜的主要流行病毒。此外,ToLCNDV和SLCCNV在黄瓜、甜瓜和西瓜中也被检测出。对来自15个国家64个ToLCNDV分离株的外壳蛋白(CP)序列进行系统进化树分析,结果显示:ToLCNDV的适应性进化与地理因素有关,ToLCNDV分离株被分为欧洲型和亚洲型两大类,中国内地的ToLCNDV分离株应来自中国台湾。 展开更多
关键词 小rna深度测序 上海 南瓜病毒病
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基于小RNA深度测序技术对呼和浩特地区紫花苜蓿病毒病病原检测及分析
2
作者 陈方淇 王乐 +5 位作者 吴杰 贾瑞芳 张园园 赵君 陈正强 林克剑 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期76-86,共11页
内蒙古地区是我国紫花苜蓿主产区之一,苜蓿病毒病的大面积发生严重影响了内蒙古地区紫花苜蓿的产量和质量。本研究利用小RNA深度测序技术结合RT-PCR/PCR,对内蒙古呼和浩特地区采集的8份紫花苜蓿病样进行病原鉴定,结果表明8份病样被苜蓿... 内蒙古地区是我国紫花苜蓿主产区之一,苜蓿病毒病的大面积发生严重影响了内蒙古地区紫花苜蓿的产量和质量。本研究利用小RNA深度测序技术结合RT-PCR/PCR,对内蒙古呼和浩特地区采集的8份紫花苜蓿病样进行病原鉴定,结果表明8份病样被苜蓿花叶病毒(AMV)、紫花苜蓿alpha双生病毒1(MsAPV1)、紫花苜蓿alpha双生病毒2(MsAPV2)、紫花苜蓿amavirus病毒1(MsAV1)和紫花苜蓿delta双生病毒1(MsDPV1)5种病毒所侵染,检出率分别为25.0%、75.0%、50.0%、37.5%、62.5%。样品1、3、4、6、7、8被两种以上的病毒复合侵染,其中样品4受到5种病毒的复合侵染。对5种病毒进行核苷酸系统进化分析,结果显示呼和浩特地区紫花苜蓿病毒分离物AMV/PP080165、MsAPV1/PP100171、MsAPV2/PP100172、MsAV1/PP100173和MsDPV1/PP100174分别与AMV/MZ22178.1、MsAPV1/MT787573.1、MsAPV2/MZ221805.1、MsAV1/OL521710.1和MsDPV1/ON669073.1亲缘关系最近。本研究首次对呼和浩特地区紫花苜蓿病毒病进行系统鉴定和分析,为进一步研究内蒙古地区紫花苜蓿病毒病病原的遗传进化和防治奠定了基础。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 苜蓿病毒病 小rna深度测序 系统进化分析
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基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类 被引量：8
3
作者 王佳 白莹雪 +4 位作者 祝宁 齐长红 任俊达 韩成贵 尚巧霞 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期225-232,241,共9页
随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我... 随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA13′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%~99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5′端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98%~99.8%。仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02%。病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化。存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2%。辽宁和河北的‘红颜’种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的‘红颜’种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒。研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据。 展开更多
关键词 草莓病毒病 小rna深度测序技术 RT-PCR 病毒检测
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利用小RNA深度测序技术鉴定海南南瓜病毒种类 被引量：11
4
作者 车海彦 曹学仁 +1 位作者 刘勇 罗大全 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第11期2106-2111,共6页
2016年在海南乐东、昌江、澄迈、海口、文昌、儋州等地采集疑似被病毒病感染的南瓜叶片样品6个,将样品合并,采用小RNA深度测序技术对上述混合样本的病毒种类进行鉴定,发现样本中含有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番木瓜环... 2016年在海南乐东、昌江、澄迈、海口、文昌、儋州等地采集疑似被病毒病感染的南瓜叶片样品6个,将样品合并,采用小RNA深度测序技术对上述混合样本的病毒种类进行鉴定,发现样本中含有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番木瓜环斑病毒(Papara ringspot virus,PRSV)、黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)和中国南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl China virus,SLCCNV),通过PCR方法进一步验证了深度测序结果的准确性。SLCCNV在4个样品中存在,P-CJ分离物的DNA-A和DNA-B组分全长分别为2 735 bp(登录号为MF062251)和2 722 bp(登录号为MF062252)。DNA-A和DNA-B组分均与SLCCNV分离物的同源性最高,同源性分别为89.2%~99.3%和79.1%~98.8%;P-CJ分离物与从中国植物样品中分离到的SLCCNV聚在同一进化分支上。上述研究结果表明,P-CJ是SLCCNV的一个分离物。 展开更多
关键词 小rna深度测序 海南 南瓜病毒病
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小RNA深度测序技术分析西瓜花叶病毒蜀葵分离物 被引量：4
5
作者 张丽 于沛侠 +4 位作者 齐永红 裴燕妮 咸珅 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期324-332,共9页
蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosa... 蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、锦葵脉明病毒(Mala vein cleaning virus, MVCV)和一种新的RNA病毒[暂命名为蜀葵病毒1号(Althaea rosea virus1, ArV1)]所侵染。为进一步明确WMV蜀葵分离物(WMV-Tg)的进化关系,对病毒WMV-Tg全基因组进行扩增,获得全长为10 046个核苷酸序列(nt)。序列分析结果显示,WMV-Tg与已报道的WMV分离物基因组核苷酸序列的同源性为83.3%～90.2%。系统进化关系表明,WMV-Tg与WMV-Pg聚为一簇,亲缘关系最近。对蜀葵WMV-Tg来源的小RNA(WMV-derived small interfering RNAs, WMV-vsiRNAs)的长度分布、5′碱基偏好性、极性分布以及热点区分布的分析,有助于加深对WMV-vsiRNAs的了解,并为进一步研究病毒来源的小RNA(virus-derived small interfering RNAs, vsiRNAs)在抗病毒防御中的功能,以及为蜀葵病毒病的防治奠定理论基础。 展开更多
关键词 蜀葵 西瓜花叶病毒 小rna深度测序
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利用小RNA深度测序技术鉴定上海地区‘红美人’柑橘病毒种类 被引量：2
6
作者 张丽勍 管丽琴 +3 位作者 蒋飞 方献平 李水根 张学英 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期102-108,114,共8页
为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Ci... 为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Citrus tristeza virus(CTV)、柑橘黄化脉明病毒Citrus yellow vein clearing virus(CYVCV)、柑橘树皮裂纹类病毒Citrus bark cracking viroid(CBCVd)和柑橘类病毒ⅤCitrus viroid V(CVd-Ⅴ)。同时发现,上海地区‘红美人’柑橘病毒复合侵染现象普遍。基于CTV和CYVCV的CP全长基因及CBCVd和CVd-Ⅴ全基因组序列系统进化分析结果表明:除了CYVCV的分离物与地理来源具有明显的相关性外,其余病毒及类病毒均没有严格的地域相关性。研究结果为开展‘红美人’柑橘种苗病毒检测及病毒病的防治奠定基础。 展开更多
关键词 柑橘 小rna深度测序 病毒鉴定
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利用小RNA深度测序技术检测灰飞虱病毒种类 被引量：1
7
作者 朴君 张璐婕 +2 位作者 朴敬爱 周益军 李硕 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期281-288,共8页
灰飞虱是一种重要农业害虫,作为病毒介体,可以传播多种植物病毒引起水稻、小麦和玉米等粮食作物病毒病害。目前对于灰飞虱体内昆虫病毒种类尚缺乏系统认识,难以开展利用昆虫病毒防治灰飞虱相关研究工作。为挖掘灰飞虱体内昆虫病毒资源,... 灰飞虱是一种重要农业害虫,作为病毒介体,可以传播多种植物病毒引起水稻、小麦和玉米等粮食作物病毒病害。目前对于灰飞虱体内昆虫病毒种类尚缺乏系统认识,难以开展利用昆虫病毒防治灰飞虱相关研究工作。为挖掘灰飞虱体内昆虫病毒资源,本文通过小RNA深度测序技术对灰飞虱所携带的病毒种类进行分析鉴定。结果显示,测序数据比对得到13种病毒,涉及8个病毒科和2种未分类病毒。除占据优势的水稻条纹病毒外,其余均为专性寄生的昆虫病毒,包括5种正链RNA病毒、2种单链DNA病毒和5种双链DNA病毒。在这些病毒中,发现了一种与果蝇A病毒较相似的新病毒,克隆出其依赖RNA的RNA聚合酶(RdRP)基因1-1 932位核酸序列,经Blast比对和系统进化分析,在氨基酸序列中发现RdRP掌型亚结构域保守区呈现复制酶置换四体病毒科(Permutotetraviridae)病毒所具有的"C-A-B"排列样式,确定该病毒是一种新的类复制酶置换四体病毒,暂命名为Laodelphax striatellus permutotetra-like virus(LsPLV)。这是首次在半翅目昆虫中发现类复制酶置换四体病毒。本研究表明灰飞虱体内昆虫病毒种类较为丰富,为今后利用昆虫病毒生物防治灰飞虱奠定了基础。 展开更多
关键词 灰飞虱 昆虫病毒 小rna深度测序 类复制酶置换四体病毒
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利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原
8
作者 杜江 姚东作 +3 位作者 王晨燕 崔丽艳 王德富 牛颜冰 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第1期75-81,共7页
[目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性... [目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22158005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物(CMV-SD-YT和CMV-SXCH)和(CMV-SD-QD)的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BZ与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员。[结论]首次在山西白芷上检测到CMV,该研究有助于深入了解CMV的分子进化,为白芷产业的健康发展提供一定启示,也为病毒病的防治提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 白芷 黄瓜花叶病毒 小rna深度测序
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利用小RNA深度测序技术鉴定半夏病毒病病原 被引量：6
9
作者 崔丽艳 庞小静 +3 位作者 齐永红 王宝霞 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1334-1341,共8页
RNA沉默是真核生物体内由病毒来源的干扰小RNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)沉默复合物介导目标RNA特异降解的一种保守机制,通过对vsiRNA分析可进行植物病毒病原鉴定。本文利用小RNA深度测序技术对感病半夏叶片进行鉴定... RNA沉默是真核生物体内由病毒来源的干扰小RNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)沉默复合物介导目标RNA特异降解的一种保守机制,通过对vsiRNA分析可进行植物病毒病原鉴定。本文利用小RNA深度测序技术对感病半夏叶片进行鉴定,结果发现,表现典型花叶症状的半夏叶片受到大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus,Ds MV)、魔芋花叶病毒(Konjac mosaic virus,KoMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)等多种病毒的复合侵染。为明确SMV山西半夏分离物(SMV-SXBX)的进化关系,进行SMV-SXBX全基因组克隆与分析,获得SMV-SXBX全长为9735 nt,编码一个由3 105个氨基酸组成的多聚蛋白质。通过核苷酸与氨基酸序列比对发现,SMVSXBX与半夏分离物P同源性最高,分别为91. 1%和94. 1%,且系统发育分析表明,SMV-SXBX与半夏SMV分离物P聚为一簇。同时,也对vsiRNA进行了系统分析,研究结果有望为半夏SMV的有效防治提供一定科学依据。 展开更多
关键词 半夏 大豆花叶病毒 病毒来源的干扰小rna 小rna深度测序
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利用小RNA深度测序技术鉴定江苏盐城辣椒病毒种类 被引量：4
10
作者 赵小慧 刘冲 +3 位作者 郁凯 钟明娟 郑佳秋 邢锦城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期37-43,共7页
2019年6月江苏省盐城市发生了较为严重的辣椒病毒病,危害症状表现为植株重度矮化、叶片黄化、蕨叶甚至畸形。将采集的11株疑似感染病毒的辣椒植株叶片研磨成浆液,再用其摩擦接种本氏烟植株,发现用其中3株辣椒的叶片浆液摩擦接种本氏烟... 2019年6月江苏省盐城市发生了较为严重的辣椒病毒病,危害症状表现为植株重度矮化、叶片黄化、蕨叶甚至畸形。将采集的11株疑似感染病毒的辣椒植株叶片研磨成浆液,再用其摩擦接种本氏烟植株,发现用其中3株辣椒的叶片浆液摩擦接种本氏烟植株后,本氏烟植株出现病毒侵染的典型症状,初步判断这些辣椒被病毒感染,但不能确定其种类和归属。为了进一步明确辣椒感染的病毒类型,将3株辣椒样品混成2份样品利用小RNA深度测序技术和生物信息学分析法进行检测,结果发现样品1被蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)、苜蓿花叶病毒(Alfalfa mosaic virus,AMV)和辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)3种病毒复合侵染,从样品2中检测到BBWV21种病毒,通过RT-PCR检测验证了这一结果的可靠性。最后利用RT-PCR方法对田间采集的11份辣椒样品和接种的本氏烟植株进行毒源鉴定,其中2株辣椒样品及其接种的本氏烟叶片上鉴定出了BBWV2、ChiVMV和AMV,这3种病毒侵染辣椒在江苏省均为首次发现。研究结果为对江苏省辣椒构成潜在严重威胁的病毒的早期诊断和及时防控提供了参考。 展开更多
关键词 辣椒 小rna深度测序 病毒病
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基于小RNA深度测序的广西牛大力花叶病病原分子鉴定及其全基因组序列分析
11
作者 李祐聪 莫翠萍 +6 位作者 谢慧婷 陈锦清 秦碧霞 崔丽贤 蔡健和 李界秋 李战彪 《南方农业学报》 北大核心 2025年第4期1158-1170,共13页
【目的】明确引起广西南宁市和钦州市的牛大力呈现花叶斑驳的病原病毒种类,为牛大力病毒病的防控提供理论依据。【方法】以2022—2024年从南宁市和钦州市采集的疑似被病毒感染的牛大力植株叶片样品为材料,通过小RNA深度测序、反转录聚... 【目的】明确引起广西南宁市和钦州市的牛大力呈现花叶斑驳的病原病毒种类,为牛大力病毒病的防控提供理论依据。【方法】以2022—2024年从南宁市和钦州市采集的疑似被病毒感染的牛大力植株叶片样品为材料,通过小RNA深度测序、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测、分段克隆、序列分析、系统发育树构建等方法对疑似感病样品进行病毒种类鉴定和系统进化分析。【结果】小RNA深度测序获得49个contigs被注释为病毒基因组,其中25个contigs被注释为豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)、2个contigs被注释为瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)、22个contigs被注释为莴苣褪绿病毒(Lettuce chlorosis virus,LCV),表明采集的牛大力样品可能受到CpMMV、CCYV和LCV 3种病毒侵染。RT-PCR检测结果显示,样品中仅能扩增出CpMMV的目的条带,未能扩增出LCV和CCYV的目的条带,证实所采集的牛大力样品受到CpMMV的侵染。随机选择1份CpMMV检测阳性的南宁市牛大力样品,利用分段克隆的方法成功获得1条全长为8194 bp的CpMMV全基因组序列,命名为CpMMVGXNiuDaLi;将该序列在GenBank上进行BLASTn比对分析,发现该序列与已登录GenBank的CpMMV各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与CpMMVNJJS(GenBank登录号:OK625819.1)和CpMMVJSNJ(GenBank登录号:MW354944.1)的核苷酸相似性最高,均为97.46%;基于CpMMV全基因组序列和CP基因序列构建的系统发育树分析发现,用于分析的各分离物分为2个大的分支,其中国内的分离物处于一个大分支,国外各分离物除印度新德里的分离物New Delhi(GenBank登录号:OQ791180.1)外均处于另一大分支,说明这些分离物具有地域分布特点;而CpMMVGXNiuDaLi与国内各分离物处于一个大分支,又与CpMMVNJJS和CpMMVJSNJ同处于一个小的分支,表明3个分离物之间具有较近的亲缘关系。【结论】广西南宁市和钦州市呈现花叶斑驳症状的牛大力样品受到CpMMV的侵染。 展开更多
关键词 牛大力 花叶病 小rna深度测序 豇豆轻斑驳病毒 广西
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基于小RNA深度测序和RT-PCR鉴定鹅绒藤花叶病的病毒病原 被引量：1
12
作者 杜江 马振男 +1 位作者 王德富 牛颜冰 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2229-2239,共11页
鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病... 鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病鹅绒藤样品经小RNA深度测序技术共获得15039334个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示病原为苜蓿花叶病毒(AMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)。利用特异引物克隆了AMV和CMV的外壳蛋白(CP)和移动蛋白(MP)基因全序列,分别命名为AMV-BR和CMV-BR。通过序列比对分析,发现AMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)、Dich-rep(MW835989)和VIC-320(MF075254)的相似性均达到100%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)的相似性最高,均为99.3%。CMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组ⅠA中CMV分离物YA17(MH119159)的相似性最高,分别为100%和99.1%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物PV-0185(ON013887)的相似性最高,分别为98.2%和96.4%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BR属于CMV亚组Ⅰ中的成员。这是首次在山西鹅绒藤上检测到AMV和CMV,该研究有助于深入了解AMV、CMV的分子进化,也为鹅绒藤病毒病的防治提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 鹅绒藤 黄瓜花叶病毒 苜蓿花叶病毒 小rna深度测序
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转录组测序技术在人子宫内膜容受性研究中的应用进展
13
作者 马丽娜 漆海宁 +5 位作者 刘梅 刘洋 葛航 卢凤娟 吴效科 秦莹 《解放军医学杂志》 北大核心 2025年第5期607-611,共5页
良好的子宫内膜容受性是胚胎植入的关键,容受期子宫内膜组织的基因表达与容受性密切相关。通过转录组测序技术可获得不同月经时期子宫内膜的基因表达谱,以及调控基因表达的微小RNA和长链非编码RNA序列;结合生物信息学分析可更好地了解... 良好的子宫内膜容受性是胚胎植入的关键,容受期子宫内膜组织的基因表达与容受性密切相关。通过转录组测序技术可获得不同月经时期子宫内膜的基因表达谱,以及调控基因表达的微小RNA和长链非编码RNA序列;结合生物信息学分析可更好地了解容受期子宫内膜特异基因的表达,并为其调控机制研究提供技术支持。同时,不同月经时期子宫内膜的基因表达谱对于准确判断不孕症及反复植入失败患者的子宫内膜容受性,进一步指导个体化胚胎移植具有重要的临床应用价值。本文对近年来转录组测序技术在评价人子宫内膜容受性中的应用进展进行综述,并探讨未来的研究方向,旨在从转录层面深入了解子宫内膜容受性形成和调控的复杂分子机制,以期提高辅助生殖技术的胚胎着床率,降低流产率。 展开更多
关键词 子宫内膜 rna测序技术 胚胎移植 子宫内膜容受性
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高通量测序技术与电镜技术在RNA表观修饰研究中的应用
14
作者 卜芋芬 苏钰莹 +1 位作者 荆艳萍 林金星 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期724-732,共9页
RNA表观遗传学是继DNA表观遗传学和蛋白表观遗传学的发展而兴起的新兴研究领域。已有的研究结果表明,RNA表观遗传修饰对RNA的加工代谢和生物学过程具有调控作用,在生命科学的多个领域已显示出巨大的应用潜力和商业前景。RNA表观遗传修... RNA表观遗传学是继DNA表观遗传学和蛋白表观遗传学的发展而兴起的新兴研究领域。已有的研究结果表明,RNA表观遗传修饰对RNA的加工代谢和生物学过程具有调控作用,在生命科学的多个领域已显示出巨大的应用潜力和商业前景。RNA表观遗传修饰的研究有助于进一步阐明生命活动调控的复杂机制。本文将关注于RNA表观遗传修饰研究中各种技术手段的应用,特别聚焦于高通量测序技术和电镜技术在RNA表观修饰研究中的应用情况以及相关局限性,并对这两种技术在未来可能的联合应用提出了展望。 展开更多
关键词 rna表观修饰 高通量测序技术 电镜技术 应用
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深度测序技术在畜禽疫病诊断中的应用 被引量：1
15
作者 张立 《畜牧兽医杂志》 2024年第1期118-121,共4页
下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列。在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面。本综... 下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列。在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面。本综述首先简要介绍了深度测序技术,并通过实例对深度测序在畜禽疫病诊断中的应用进展进行阐述,为今后的相关研究提供些许参考。 展开更多
关键词 深度测序技术 畜禽疫病 诊断 应用
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基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断算法综述
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作者 张少强 潘镜伊 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第1期1-12,共12页
通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基... 通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基因调控网络推断算法进行介绍,包括3种针对批量RNA测序数据的推断算法和23种针对scRNA-seq数据的推断算法(基于布尔网络的算法2种、基于微分方程的算法3种、基于伪时序基因相关性集成策略的算法5种、基于共表达基因的算法4种、基于细胞特异性的算法3种、基于深度学习的算法6种),详细描述了每类算法的方法原理和算法优缺点,对算法进行综合比较;然后分析了推断算法比较研究的相关成果,并使用scRNA-seq数据简单评估了26种算法的性能;最后探讨当前基因调控网络推断算法面临的机遇与挑战. 展开更多
关键词 基因调控网络 单细胞rna测序 网络推断算法 深度学习
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基于低深度测序的无创产前基因检测技术对胎儿染色体拷贝数变异的检测效能评估 被引量：14
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作者 叶小青 高雅 +5 位作者 宋西卫 武晓娟 陈结云 王佳燕 严焕琛 陈敏 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期380-384,共5页
目的:探讨低深度测序的无创产前基因检测技术(NIPT)在胎儿染色体拷贝数变异(CNV)中的检测情况及临床意义。方法:抽取2017年9月至2019年5月所选873例孕妇的血浆,通过低深度测序方法对随机重排的样本进行盲法检测,并采用基因拷贝数变异分... 目的:探讨低深度测序的无创产前基因检测技术(NIPT)在胎儿染色体拷贝数变异(CNV)中的检测情况及临床意义。方法:抽取2017年9月至2019年5月所选873例孕妇的血浆,通过低深度测序方法对随机重排的样本进行盲法检测,并采用基因拷贝数变异分析算法(FCAPS)鉴定胎儿CNV。对比核型分析及染色体微阵列分析(CMA),评估低深度测序下NIPT对胎儿CNV的检测效能。结果:48例染色体微缺失/微重复(大小约0.1~47 Mb)样本中,与低深度(0.51~1.19X)测序的NIPT检测结果一致的有32例,结果不一致的有16例,另正常样本组有21例假阳性样本。NIPT对CNV总的敏感度和特异度分别为66.67%和97.45%,特别是对>2 Mb的CNV,其敏感度和特异度分别高达85.29%和98.18%。结论:基于低深度测序的NIPT对>2 Mb的CNV具有高效能。在NIPT中应用优化的检测和信息分析方法进行胎儿CNV的产前筛查是可能的。 展开更多
关键词 无创产前基因检测技术 染色体微阵列分析 染色体拷贝数变异 低深度测序
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应用深度测序技术鉴定平菇球形病毒 被引量：3
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作者 王少杰 王廿 +2 位作者 师迎春 胡晓艳 周涛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期86-91,共6页
旨在鉴定采集于北京顺义的畸形平菇样品中的病毒,提取总RNA,构建小RNA库,对小RNA库进行深度测序。测序结果表明,与平菇球形病毒(Oyster mushroom isometric virus,OMSV)基因组序列(NC_004560.1)匹配的小RNA共有3 075条,分布在OMSV基因... 旨在鉴定采集于北京顺义的畸形平菇样品中的病毒,提取总RNA,构建小RNA库,对小RNA库进行深度测序。测序结果表明,与平菇球形病毒(Oyster mushroom isometric virus,OMSV)基因组序列(NC_004560.1)匹配的小RNA共有3 075条,分布在OMSV基因组的不同位置,形成一些热点区域。经拼接,获得了3条长度大于500个核苷酸的序列。根据其中覆盖OMSV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因的序列(seq22)中相对保守区域,设计引物,利用RT-PCR扩增获得cp基因部分序列。序列比对表明,其与OMSV相应区域序列相似度为91%,证实了OMSV在畸形平菇样品中的侵染。同时,将深度测序结果与现有4种si RNA预测软件的预测结果进行比较,发现测序结果与软件预测结果之间存在差异,讨论了这一差异出现的原因。 展开更多
关键词 平菇 深度测序 平菇球形病毒 小干扰rna 重叠群
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基于小RNA技术的天津地区番茄花叶病毒分子检测与基因组部分序列分析 被引量：2
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作者 金凤媚 薛俊 +1 位作者 孙海波 郝志愚 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第5期176-183,共8页
为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP... 为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。 展开更多
关键词 番茄 番茄花叶病毒 小rna深度测序 分子检测 基因序列分析
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淹水胁迫下甜瓜幼苗的转录组测序及生物信息学分析
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作者 王亚楠 姜艳芳 +3 位作者 刘泽发 党建成 张红磊 张紫霞 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第6期14-25,共12页
涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减... 涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减产甚至绝收。以实验室甜瓜耐涝种间杂交高代种M13-06-3为试材,对其进行淹水胁迫,并利用转录组测序及实时荧光定量PCR对其根系组织进行差异表达基因分析。结果表明,淹水胁迫后,耐涝型甜瓜品种M13-06-3筛选出9037个差异表达基因,其中4529个DEGs上调,4508个DEGs为下调基因。通过实时荧光定量检测发现MELO3C003917、MELO3C020588、MELO3C008314、MELO3C025360、MELO3C021658这5个基因定量检测数据与转录组数据的趋势基本一致,初步推测这5个基因为甜瓜耐涝基因。研究结果可为进一步挖掘与甜瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 甜瓜 淹水胁迫 实时荧光定量PCR rna高通量测序技术 差异表达基因
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