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小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
被引量：
2
1
作者
卢晨
李寒
+4 位作者
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期365-376,共12页
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Serve...
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Server预测小麦BES1氨基酸序列的基本信息,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,采用MEGA 7软件构建进化树,利用R软件包pheatmap绘制启动子的热图和circlize绘制同源关系图谱。结果表明,小麦共有15个BES1基因,被分为4组;小麦BES1编码的蛋白质等电点为8.13~9.4,不稳定指数为50.78~69.99;小麦BES1启动子区域一共含有838个顺式元件,471(56.2%)个与生长发育有关,201(24%)个与非生物/生物胁迫有关,166(19.8%)个与激素反应有关;与普通小麦相关的同源物共52对,有13对(25%)旁系同源物和39对(75%)直系同源物。表明小麦BES1基因家族包括15个成员,全部为碱性蛋白质和不稳定蛋白质,小部分(13对25%)来源于自身的进化,大部分(39对75%)来源于3种亚基因组供体小麦。
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关键词
小麦bes1基因
全
基因
组鉴定
启动子分析
同源性进化分析
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职称材料
题名
小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
被引量：
2
1
作者
卢晨
李寒
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
机构
长江大学农学院
西北农林科技大学
出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期365-376,共12页
基金
湖北省技术创新专项(2018ABA085)
大学生创新创业计划(2019268)。
文摘
为了解小麦中BES1基因家族功能,根据已公布的小麦基因组信息(IWGSC v1.1),对小麦BES1基因家族进行全基因组鉴定。根据已报道的BES1基因,采用同源比对法检索小麦基因组中的BES1家族基因,pfam鉴定并进行编号,通过ExPASy Proteomics Server预测小麦BES1氨基酸序列的基本信息,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,采用MEGA 7软件构建进化树,利用R软件包pheatmap绘制启动子的热图和circlize绘制同源关系图谱。结果表明,小麦共有15个BES1基因,被分为4组;小麦BES1编码的蛋白质等电点为8.13~9.4,不稳定指数为50.78~69.99;小麦BES1启动子区域一共含有838个顺式元件,471(56.2%)个与生长发育有关,201(24%)个与非生物/生物胁迫有关,166(19.8%)个与激素反应有关;与普通小麦相关的同源物共52对,有13对(25%)旁系同源物和39对(75%)直系同源物。表明小麦BES1基因家族包括15个成员,全部为碱性蛋白质和不稳定蛋白质,小部分(13对25%)来源于自身的进化,大部分(39对75%)来源于3种亚基因组供体小麦。
关键词
小麦bes1基因
全
基因
组鉴定
启动子分析
同源性进化分析
Keywords
Wheat
bes
1
gene
Genome-wide identification
Promoter analysis
Hhomology evolution analysis
分类号
S184 [农业科学—农业基础科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小麦BES1转录因子全基因组鉴定与分析
卢晨
李寒
王书平
张迎新
尹军良
马东方
方正武
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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