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马铃薯品种和组织对基因组测序深度分布模式的影响
被引量：
2
1
作者
张国栋
刘柏林
+2 位作者
李修宝
司怀军
李修庆
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期43-48,共6页
【目的】探讨品种和组织对马铃薯基因组测序深度分布的影响.【方法】对‘布尔班克’和‘云薯107’2个品种的薯块芽端和茎端进行了深测序,建立了在参照基因组上的测序深度分布图.【结果】发现这些分布在品种间有明显差别(例如在三号染色...
【目的】探讨品种和组织对马铃薯基因组测序深度分布的影响.【方法】对‘布尔班克’和‘云薯107’2个品种的薯块芽端和茎端进行了深测序,建立了在参照基因组上的测序深度分布图.【结果】发现这些分布在品种间有明显差别(例如在三号染色体中部和尾部),在同一品种的DNA样本间很类似,但芽端和茎端在二号染色体有明显差别.这些结果说明测序深度的分布主要受品种基因组本身所影响,也受薯块上部位影响,而且在很大程度上可以重复.【结论】这些结果能帮助设计试验和合适利用测序深度.
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关键词
马铃薯
DNA测序
小序列片段
参考基因组
覆盖程度
品种差别
组织特异性
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题名
马铃薯品种和组织对基因组测序深度分布模式的影响
被引量：
2
1
作者
张国栋
刘柏林
李修宝
司怀军
李修庆
机构
甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室甘肃省干旱生境作物学省部共建国家重点实验室培育基地
甘肃农业大学生命科学技术学院
加拿大农业部马铃薯研究中心
日照市农业科学院
出处
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期43-48,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31160298)
甘肃省杰出青年基金项目(1308RJDA011)
加拿大纽省农业部农业创新项目(EARI12-028)
文摘
【目的】探讨品种和组织对马铃薯基因组测序深度分布的影响.【方法】对‘布尔班克’和‘云薯107’2个品种的薯块芽端和茎端进行了深测序,建立了在参照基因组上的测序深度分布图.【结果】发现这些分布在品种间有明显差别(例如在三号染色体中部和尾部),在同一品种的DNA样本间很类似,但芽端和茎端在二号染色体有明显差别.这些结果说明测序深度的分布主要受品种基因组本身所影响,也受薯块上部位影响,而且在很大程度上可以重复.【结论】这些结果能帮助设计试验和合适利用测序深度.
关键词
马铃薯
DNA测序
小序列片段
参考基因组
覆盖程度
品种差别
组织特异性
Keywords
potato
second generation DNA sequencing
small sequence fragments
reference genome
coverage depth
cultivars difference
tissue-specific variation
分类号
S532 [农业科学—作物学]
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作者
出处
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被引量
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1
马铃薯品种和组织对基因组测序深度分布模式的影响
张国栋
刘柏林
李修宝
司怀军
李修庆
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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