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通过杂交进行寡核苷酸排列和序列分析
1
作者 李思经 《生物技术通报》 CAS CSCD 1997年第2期50-50,共1页
关键词 杂交 寡核苷酸排列 序列分析 DNA
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基于荧光原位杂交(FISH)技术的假俭草染色体鉴定和核型分析
2
作者 李建建 王浩然 +4 位作者 张源 徐夕雯 李晓慧 张苓 郭海林 《植物资源与环境学报》 北大核心 2025年第1期33-41,共9页
以假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro)Hack.)品种‘赣北’(‘Ganbei’)基因组序列数据为基础,通过生物信息学手段挖掘和设计了假俭草染色体特异的单拷贝寡核苷酸(oligo)探针库,同时结合端粒重复序列和rDNA重复序列探针,在假俭草根尖... 以假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro)Hack.)品种‘赣北’(‘Ganbei’)基因组序列数据为基础,通过生物信息学手段挖掘和设计了假俭草染色体特异的单拷贝寡核苷酸(oligo)探针库,同时结合端粒重复序列和rDNA重复序列探针,在假俭草根尖细胞有丝分裂中期染色体上进行了系列荧光原位杂交(FISH)试验。结果显示:假俭草染色体核型公式为2n=2x=18(2SAT),利用5S rDNA和18S rDNA重复序列探针可识别出第5和第4号染色体,且第4号染色体18S rDNA富集区段易出现或存在断裂现象;设计的假俭草染色体特异单拷贝oligo探针可识别出第2、第6和第9号染色体,进一步结合rDNA重复序列探针结果还发现第4号染色体与第8号染色体间发生了染色体易位。综合分析认为,假俭草染色体核型存在不稳定性,且其基因组在进化过程中发生了染色体结构重排。本研究建立的基于重复序列和单拷贝oligo探针的FISH技术体系,可为假俭草染色体的准确识别和变异鉴定提供新方法,观察到的假俭草染色体核型特征可为假俭草高质量基因组图谱的构建提供细胞学证据。 展开更多
关键词 假俭草 染色体 重复序列 寡核苷酸(oligo) 荧光原位杂交(FISH) 核型分析
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胶质瘤干细胞与神经干细胞基因表达差异的微阵列基因芯片分析 被引量：7
3
作者 尹丰 张剑宁 +4 位作者 赵明明 周春辉 王淑为 郭欣如 刘爽 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期800-803,共4页
目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两... 目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两者之间的差异基因,并选择其中的部分差异表达基因(DCX、PTGS2、SCGN、GAD2、OTX2、PEG10、NRXN3)进一步行qRT-PCR验证。结果与正常NSCs相比,GSCs中1372个基因表达下调,1501个基因表达上调,功能富集分析显示,这些差异基因主要参与了神经轴突导向、细胞周期、细胞黏附、免疫炎症反应及癌症相关的信号路径。qRT-PCR检测结果与芯片检测结果相符。结论多类基因在胶质瘤的发生发展中发挥着重要作用,该结果可为胶质瘤的靶向治疗提供新的线索。 展开更多
关键词 神经胶质瘤 肿瘤干细胞 神经干细胞 寡核苷酸序列分析
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人乳头瘤病毒分型长链寡核苷酸芯片的制备 被引量：3
4
作者 危敏 马文丽 +3 位作者 张宝 李凌 孙朝晖 郑文岭 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期120-123,共4页
目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制... 目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制性显示技术对HPV样品进行荧光标记,并将标记好的样品与芯片杂交,以了解寡核苷酸基因芯片在HPV病毒检测和分型中的作用。结果荧光标记的HPV样品与多个型特异性HPV探针杂交有明显的荧光信号,可以根据杂交结果进行初步的分型检测。结论采用设计合理的60mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对HPV的检测和分型。 展开更多
关键词 乳头瘤状病毒 人 寡核苷酸序列分析 检测
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DNA芯片技术与脱氧核糖核酸序列分析 被引量：2
5
作者 姚群峰 徐顺清 周宜开 《分析科学学报》 CAS CSCD 2000年第4期339-344,共6页
人类基因组计划的实施 ,有力地促进了 DNA序列分析技术的发展。DNA芯片综合运用了固相合成化学、照相平版印刷技术以及激光共聚焦扫描等技术 ,能够同时扫描分析众多基因乃至基因组 ,可广泛应用于基因的多态性分析、基因定位、表达水平... 人类基因组计划的实施 ,有力地促进了 DNA序列分析技术的发展。DNA芯片综合运用了固相合成化学、照相平版印刷技术以及激光共聚焦扫描等技术 ,能够同时扫描分析众多基因乃至基因组 ,可广泛应用于基因的多态性分析、基因定位、表达水平的监测以及遗传病的诊断等领域 ,是对传统的 DNA分析技术的一次重大突破。本文介绍了 DNA芯片技术的基本原理并对其应用作一简要综述。 展开更多
关键词 DNA芯片 CDNA阵列 寡核苷酸阵列 序列分析 DNA
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150例慢性丙型肝炎患者HCV基因型和NS3蛋白酶编码区序列的分析 被引量：1
6
作者 李筱涵 王琳 +5 位作者 叶海燕 李晓东 刘妍 李乐 毛远丽 徐东平 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1201-1204,共4页
目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HC... 目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HCV基因分型结果为1b占66.7%(100/150),2a占22.7%(34/150),3a占4%(6/150),3b占4%(6/150),6型占2%(3/150),1a占0.7%(1/150)。对NS3区序列采用进化树分析进行分型,其结果与基因芯片法分型结果高度一致,主要基因型(1a、2b)的NS3区序列无明显地区性聚集倾向。未检出与新型HCV蛋白酶抑制剂telaprevir耐药相关的V36M/A、T54A、R155K/T和A/156V/T变异。结论我国慢性丙型肝炎患者仍以1b型感染为主,采用NS3蛋白酶编码区序列分析可同时进行基因分型和针对蛋白酶抑制剂的耐药变异检测,我国天然存在的相对优势变异株发生telaprevir原发耐药的可能性很小。 展开更多
关键词 肝炎病毒 DNA指纹法 寡核苷酸序列分析
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无序和斐波那契序列的二进制波导阵列的安德森局域研究
7
作者 殷澄 许田 +3 位作者 单鸣雷 陈秉岩 韩庆邦 朱昌平 《南京理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期354-359,共6页
为了研究相关性对电磁波的安德森局域现象的影响,该文根据无序序列构造了无序一维二进制波导阵列结构、根据斐波那契序列构造了准周期一维二进制波导阵列结构。利用分析转移矩阵方法分别计算了上述2种结构中横电模式的透过率、局域长度... 为了研究相关性对电磁波的安德森局域现象的影响,该文根据无序序列构造了无序一维二进制波导阵列结构、根据斐波那契序列构造了准周期一维二进制波导阵列结构。利用分析转移矩阵方法分别计算了上述2种结构中横电模式的透过率、局域长度和电场的空间分布,并利用一维矩形微波波导进行了相关的实验。根据无序序列构造的无序二进制波导阵列结构的透射共振峰与周期性结构一一对应,位于带边的模式首先转为局域态;根据斐波那契序列构造的准周期二进制波导阵列结构的传输特性与组成阵列的具体单元结构无关,电磁场能量通过分布在空间中不同位置的局域态之间的耦合传输形成离散的传输态。 展开更多
关键词 安德森局域 无序序列 斐波那契序列 二进制波导阵列 分析转移矩阵方法 透过率 局域长度 电场 一维矩形微波波导
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微阵列结合聚类分析家禽肠炎沙门菌的抗药性基因
8
作者 吕玲 《中国家禽》 北大核心 2009年第7期67-67,共1页
美国食品和药品管理局毒理学研究中心的科研人员采用775个基因探针的寡核苷酸微阵列对分离自屠宰前家禽的34株肠炎沙门菌进行了研究。结果发现，除一株海德堡沙门菌外，所有分离沙门菌都具有四环素抗性基因tevA、tetC、tetR。16株具有... 美国食品和药品管理局毒理学研究中心的科研人员采用775个基因探针的寡核苷酸微阵列对分离自屠宰前家禽的34株肠炎沙门菌进行了研究。结果发现，除一株海德堡沙门菌外，所有分离沙门菌都具有四环素抗性基因tevA、tetC、tetR。16株具有硫代异恶唑抗性的细菌中11株具有sul 1基因。在携带氨基糖苷类抗性基因的海德堡沙门菌、森夫顿沙门菌和未分型沙门菌中发现了aadA、aadA 1、aadA 2、strA或strB基因。 展开更多
关键词 寡核苷酸微阵列 抗药性基因 沙门菌 聚类分析 肠炎 家禽 美国食品和药品管理局 抗性基因
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出生后不同鼠龄大鼠视皮质差异基因表达谱分析 被引量：2
9
作者 瞿远珍 李岱 +1 位作者 吴开力 杨柳 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期682-687,共6页
背景哺乳动物视觉适应机制与其视皮质发育密切相关，在不同发育阶段的视皮质中，有不同生物学功能的多种基因参与视觉发育的调控。研究大鼠视皮质发育不同阶段视皮质中差异基因的表达对视觉发育的研究可提供理论依据。目的应用基因芯片... 背景哺乳动物视觉适应机制与其视皮质发育密切相关，在不同发育阶段的视皮质中，有不同生物学功能的多种基因参与视觉发育的调控。研究大鼠视皮质发育不同阶段视皮质中差异基因的表达对视觉发育的研究可提供理论依据。目的应用基因芯片技术研究SD（Sprague-Dawley）大鼠出生后不同时间点视皮质中差异基因表达谱的变化。方法60只清洁级雌性sD大鼠分为刚出生组（0d，20只）、睁眼前组（生后10d，15只）和视皮质发育关键期前组（生后20d，15只）、视皮质发育完成后组（生后45d，10只）。所有大鼠在相对应的时间点处死并取出新鲜大脑视皮质，用基因芯片技术检测差异基因的表达，用实时定量PCR（RT-PCR）法验证基因芯片技术检测出的差异表达比率≥2．0的基因的mRNA表达水平。对相邻鼠龄12个基因进行了36组时间点配对，即每个基因3组配对，分别为P45／P0、P20／P0、P10／P0，用基因芯片技术和RT-PCR法分析大鼠视皮质差异基因表达与鼠龄的关联性。结果在上述不同时间点，基因芯片技术检出的差异表达比率≥2．0倍的基因包括Akap7、Asam、Casp3、Cxcr4、Egr1、Ennp2、Fabp7、印r88、Inpp5d、Rpsa、Stk32c和Vampl共12个基因，real—timePCR验证结果表明，26个探针的24个基因（其中有2对探针代表相同的基因）具有相同的变化趋势，其中20个探针表现为正向调控，6个探针为负向调控。Akap7、Asam、Casp3、Cxcr4、Egrl、Ennp2、Fabp7、lnpp5d、Rpsa和Vampl基因与其mRNA表达趋势一致，Gpr88和Stk32c基因在P45／P0中显示为相反的变化。在基因芯片中为正向调控，而在RT—PCR中为负向调控。RT-PCR检测结果表明，12个基因的36组不同时间点配对中34个配对表达出与基因芯片检测结果同向的调控，一致率为94.44％。不同鼠龄大鼠视皮质表达的不同基因的生物功能主要包括神经系统发育、（金属）离子连接／运输、新陈代谢、神经元突触可塑性调节等。结论确定了SD大鼠鼠龄相关性视皮质发育的相关候选基因，为进一步有针对性的研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 基因表达谱 大鼠 视皮质 生长和发育 寡核苷酸阵列序列分析 神经元可塑性 聚合酶链反应
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大鼠心肌微血管内皮细胞的培养及基因芯片分析的研究 被引量：11
10
作者 宁艳霞 王新红 +2 位作者 金惠铭 赵凤娣 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2295-2300,共6页
目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内... 目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内皮细胞特异性表面标志;用细胞计数方法绘制细胞生长曲线;用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究细胞基因表达谱,并比较原代细胞和传代细胞基因表达的变化。结果:利用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞具备多种典型微血管内皮细胞(MVEC)特征:细胞呈多边形或梭形并呈铺路石样生长; 存在管腔样结构(TLS)和毛细血管网络,细胞表面有丰富的微绒毛;CD34、CD31、CD105、VW因子和TIE-2阳性;多种与正常血管功能密切相关的基因不同程度表达,前2代细胞特征稳定。结论:用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞,具备微血管内皮细胞的特征,原代和第2代培养细胞特征稳定,可用于心血管疾病的基础与临床研究。 展开更多
关键词 细胞培养 毛细血管 内皮细胞 寡核苷酸序列分析
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小鼠脑微血管内皮细胞株bEnd.3的细胞特征及基因表达谱分析 被引量：13
11
作者 乐飞 张国平 +2 位作者 金惠铭 史连国 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期1340-1344,共5页
目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;... 目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;ELISA定量检测PGE2 ;流式细胞术、MTT法研究增殖和凋亡、血管内皮细胞基因芯片研究正常培养bEnd 3基因表达谱。结果 :bEnd 3具备多种典型的微血管内皮细胞 (MVEC)特征 :细胞呈多边形或梭型、呈铺路石样生长 ;存在管腔样结构 (TLS)和毛细血管样网络 ,细胞表面有丰富的微绒毛 ;vW因子、CD34阳性 ;CD31、CD36、CD10 5等也有不同程度的表达 ;细胞高水平分泌前列腺素E2 (PGE2 ) ;多种与正常血管功能密切相关的基因也有不同程度的表达。结论 :bEnd .3保留了MVEC的基本特性 ,可用于心脑血管疾病。 展开更多
关键词 bEnd.3细胞 内皮 von WILLEBRAND因子 抗原 CD34 寡核苷酸序列分析
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应用cDNA微阵列筛选子宫平滑肌细胞收缩相关药物靶点 被引量：8
12
作者 张卫社 梁清华 +2 位作者 谢庆生 伍招娣 吴新华 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期579-583,共5页
目的:筛选临产活跃期子宫体部平滑肌差异基因表达谱,为子宫收缩相关药物靶点的选择提供候选基因。方法:应用8064条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,分别筛选自然临产前后、缩宫素诱导临产前后和自然临产子宫体部与下段平滑肌的差异基因表... 目的:筛选临产活跃期子宫体部平滑肌差异基因表达谱,为子宫收缩相关药物靶点的选择提供候选基因。方法:应用8064条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,分别筛选自然临产前后、缩宫素诱导临产前后和自然临产子宫体部与下段平滑肌的差异基因表达谱;用RT-PCR技术验证电压依赖性钙离子通道-L(voltage dependent calcium channel-L subtype,CACNA)的表达。通过生物信息学技术筛选具有药物靶点结构和功能的差异表达基因,作为子宫收缩相关药物候选的靶点。结果:在自然临产前后、缩宫素诱导临产前后及自然临产后体部与下段的子宫平滑肌中,筛选出29条显著上调的基因。CACNA基因表达在RT-PCR与芯片实验中结果一致。在显著上调的29条基因中,神经调节素B受体(neuromedin B receptor,NMBR)基因和神经肽Y(neupeptide Y,NPY)基因是具有宫缩相关药物靶点结构和功能的2种基因。在上述3种对比状态的子宫平滑肌细胞中,NMBR和NPY差异表达的比值分别为6.9,11.3,9.0和6.0,29.8,2.9。结论:不同临产状态的子宫平滑肌细胞共同表达上调的NMBR,可能是理想的、子宫收缩相关药物的候选靶点。 展开更多
关键词 子宫平滑肌 寡核苷酸序列分析 神经调节素B受体 药物靶点
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年龄相关性白内障晶体上皮细胞的基因表达谱变化的初步分析 被引量：4
13
作者 吴明星 吴开力 +3 位作者 卞庆宁 姬红培 王忠浩 刘奕志 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1429-1434,共6页
目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含806... 目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含8064个基因点的芯片杂交,筛选两个样本间表达差异的基因,并对这些基因进行初步功能分析。按不同功能类型分别选择9个存在显著表达差异的基因,应用实时荧光定量PCR技术验证基因芯片可靠性。结果:年龄相关性白内障前囊中央上皮细胞中有724个差异表达基因,包括438个表达下调基因和286个表达上调基因。进行初步功能分类分析发现这些表达差异基因主要涉及晶状体结构蛋白基因、细胞骨架蛋白基因、细胞增殖及细胞凋亡以及细胞应激反应等方面。结论:年龄相关性白内障与透明晶状体前囊上皮细胞存在基因表达差异,其中多数基因呈表达下调。表达下调基因功能涉及的生物学过程导致晶状体维持内环境稳定的能力下降,形成白内障。 展开更多
关键词 晶体 白内障 基因表达 寡核苷酸序列分析
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高精度测量装置大气环境参数校准深度学习混合代理模型
14
作者 袁新博 徐兆斌 +3 位作者 李自茹 潘健 金小军 金仲和 《浙江大学学报(工学版)》 北大核心 2025年第7期1547-1556,共10页
为了提高测量装置在野外校准时的大气折射率补偿精度,提出基于深度学习理论的高精度物理场混合代理拟合模型.正逆向时间序列预测扩充传感器阵列,获取高精度的环境参数优化大气折射补偿系统,增加同一时刻传感器阵列观测点位的分布密集程... 为了提高测量装置在野外校准时的大气折射率补偿精度,提出基于深度学习理论的高精度物理场混合代理拟合模型.正逆向时间序列预测扩充传感器阵列,获取高精度的环境参数优化大气折射补偿系统,增加同一时刻传感器阵列观测点位的分布密集程度.以气象参数中的温度场为例,仿真结果表明,所提模型相较于传统多点法补偿模型具有更高的精度,所提模型使环境参数的精度提高了71.8%,标准差降低了73.1%.蒙特卡洛仿真分析的结果证明,所提模型相较于传统多点法具有更强的稳定性. 展开更多
关键词 测量装置 环境参数 传感器阵列 时间序列分析 径向基函数插值
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129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析 被引量：10
15
作者 刘佳文 吕红艳 +1 位作者 丁北川 张治国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第9期999-1004,共6页
目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3... 目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 生物学鉴定法 芯片分析技术 分子探针技术 寡核苷酸序列分析 结果与过程评价(卫生保健)
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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析 被引量：13
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作者 洪创跃 杨婷婷 +4 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 杨争 谭卫国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期583-589,共7页
目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因组 细菌 高通量核苷酸测序 基因型 寡核苷酸序列分析 深圳
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CMV启动子调控的VEGF-shRNA表达载体的构建及有效干扰序列的筛选 被引量：2
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作者 刘晓艳 方红 +1 位作者 陈鸿超 蒋筱凌 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期181-186,共6页
目的:构建针对人VEGF基因的小干扰RNA(siRNA)的表达载体,实现CMV启动子调控,转染肿瘤细胞后观察其对VEGF基因的干扰作用,并筛选出有效的VEGF-shRNA。方法:设计三对VEGF靶向的发夹状shRNA,依据设计合成两条互补的寡核苷酸链,退火后连接... 目的:构建针对人VEGF基因的小干扰RNA(siRNA)的表达载体,实现CMV启动子调控,转染肿瘤细胞后观察其对VEGF基因的干扰作用,并筛选出有效的VEGF-shRNA。方法:设计三对VEGF靶向的发夹状shRNA,依据设计合成两条互补的寡核苷酸链,退火后连接入质粒pDC311-SV40-RC中,转化扩增后进行序列测定。用脂质体包裹转染人骨肉瘤细胞U-2 OS,分别培养3d和7d后收集细胞培养上清液,ELISA检测上清中VEGF蛋白的表达。结果:将针对VEGF基因的siRNA的双链寡核苷酸片段成功克隆到pDC311-SV40-RC载体,经过阳性菌落PCR鉴定与测序,结果正确;转染U-2 OS细胞后,ELISA方法检测蛋白表达水平证实干扰序列3能有效降低VEGF的表达。结论:成功构建了CMV启动子调控的针对VEGF基因的siRNA载体,转染肿瘤细胞后可抑制VEGF的表达,并筛选出有效的干扰序列。 展开更多
关键词 RNA 小分子干扰 血管内皮生长因子A 转染 启动区(遗传学) 寡核苷酸类 序列分析
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基因芯片检测耐利福平结核分枝杆菌准确性的Meta分析 被引量：6
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作者 冉兵 蔡林 《中国防痨杂志》 CAS 2015年第1期56-65,共10页
目的对基因芯片方法在检测耐利福平结核分枝杆菌的准确性进行系统评价，为基因芯片技术应用于临床检测耐药结核分枝杆菌的必要性提供证据。方法计算机检索The Cochrane Library（2014年第1期）、PubMed、EMbase、Wanfang Data、CNKI数... 目的对基因芯片方法在检测耐利福平结核分枝杆菌的准确性进行系统评价，为基因芯片技术应用于临床检测耐药结核分枝杆菌的必要性提供证据。方法计算机检索The Cochrane Library（2014年第1期）、PubMed、EMbase、Wanfang Data、CNKI数据库，检索时限均为建库至2014年2月。由2位研究者根据纳人与排除标准独立筛选文献、提取资料，采用评价诊断准确性质量研究（quality assessment of diagnostic accuracy studies，QUADAS）条目评价纳入研究论文的方法学质量，检出相关文献223篇，按照标准纳入22篇文献。采用Meta-DiSc1．4软件对其敏感度（SEN）、特异度（SPE）、阳性似然比（＋LR）、阴性似然比（-LR）、诊断比值比（DOR）进行异质性检验和合并分析，绘制汇总受试者工作特征（SROC）曲线，计算曲线下面积（AUC）。结果共纳入22篇文献（包括一篇多中心研究文献），25个研究，包括4879株经传统药敏试验鉴定结核分枝杆菌菌株，其中耐RFP菌株（1314株）、敏感菌株（3565株）。基因芯片技术检测Mtb对RFP耐药的SEN△并为0．89[95％CI（0．87-0．91）]、SPF合并为0．98[95％CI（0．97-0．98）]、＋LR为30．891-95％CI（22．15-43．06）]、-LR为0．10[95％CI（0．07-0．15）]、DOR合并为354．06[95％CI（212．09-591．07）]、AUC为0．9833。结论基因芯片方法具有较好的诊断价值；以传统药敏法为金标准，基因芯片方法特异度、敏感度，诊断OR值均较高，说明其在Mtb对RFP耐药检出率较高，可作为临床结核分枝杆菌耐药检测的辅助手段。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 利福平 寡核苷酸序列分析 结核 抗多种药物性 细菌蛋白质类 META分析
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基因芯片可靠性分析及数据处理 被引量：8
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作者 高利宏 曹佳 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期80-82,共3页
关键词 基因芯片 可靠性分析 数据处理 DNA微阵列 杂交信号 寡聚核苷酸 靶基因序列 共聚焦显微 固相载体 基因表达
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新型PCR-SSO方法在分析Eales病患者HLA-B基因型中的应用 被引量：1
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作者 赵军 魏世辉 胡莲娜 《眼科新进展》 CAS 2007年第1期41-43,共3页
目的通过使用新型聚合酶链反应-序列特异的寡核苷酸扩增分析(polymerasechainreactionrestrictionsequencespecificoligonucleotide,PCR-SSO)方法分析Eales病患者及正常人群的人类白细胞抗原B组(humanleucocyteantigen-B,HLA-B)基因型,... 目的通过使用新型聚合酶链反应-序列特异的寡核苷酸扩增分析(polymerasechainreactionrestrictionsequencespecificoligonucleotide,PCR-SSO)方法分析Eales病患者及正常人群的人类白细胞抗原B组(humanleucocyteantigen-B,HLA-B)基因型,了解这种方法的特点及其优越性。方法选取25例已确诊Eales病的患者作为研究组,自献血血库中选取与研究组患者年龄、性别无统计学差异的25例健康人作为对照组。抽取外周血提取DNA。使用新型PCR-SSO方法对DNA进行HLA-B基因位点的检测,得出结果,并进行统计学分析。结果分析结果可以同时显示基因型及对应的血清型,发现对照组中基因型HLA-B*15基因位点及对应的HLA-B62血清型明显高于研究组(P<0.01)。结论PCR-SSO方法是一种先进的基因分型技术,具有其他基因分型方法无法比拟的优势,在科研工作中具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 序列特异寡核苷酸扩增分析 EALES病 人类白细胞抗原
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