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山核桃寡核苷酸探针开发及其应用
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作者 苑轲 黄坚钦 +3 位作者 王克涛 夏国华 张启香 徐川梅 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第5期88-99,共12页
【目的】利用山核桃全基因组测序数据,为山核桃开发一些寡核苷酸类型的染色体物理标记,并建立起山核桃寡核苷酸探针开发方法,以期为其他山核桃品种相关研究提供参考。【方法】以山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山... 【目的】利用山核桃全基因组测序数据,为山核桃开发一些寡核苷酸类型的染色体物理标记,并建立起山核桃寡核苷酸探针开发方法,以期为其他山核桃品种相关研究提供参考。【方法】以山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃、薄壳山核桃及喙核桃为材料,利用Tandem Repeat Finder软件分析山核桃基因组中的重复序列,按照Period size>4,Copy number>100,且Period size*Copy number>3000的筛选条件对重复序列进行筛选,根据筛选结果合成了约60条寡核苷酸探针,利用荧光原位杂交技术对这些探针进行筛选。【结果】1)sht-2、sht-3、sht-4、sht-5、sht-5S及sht-45S均可在山核桃染色体上产生相应的荧光信号,且sht-2、sht-3、sht-4及sht-5在山核桃染色体上的分布模式相同,有2对强弱不同的信号存在,sht-45S在山核桃染色体上有1对信号存在,sht-5S仅在山核桃单条染色体上有1个信号位点分布,这些探针均位于染色体的近着丝粒区域。2)sht-5的2对信号位点中,其中较强的1对位点与sht-45S的信号位点在山核桃染色体上分布位置完全重叠。3)45SrDNA与sht-45S在山核桃染色体上分布位置完全重叠,5SrDNA与sht-5S在山核桃染色体上的分布位置也完全重叠。4)sht-5在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上均有信号分布,且与山核桃分布模式相似,但sht-5在喙核桃及薄壳山核桃染色体上没有信号。5)sht-5S及sht-45S在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃及薄壳山核桃染色体上均有信号分布,但在喙核桃染色体上没有信号分布。6)sht-45S在湖南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上的分布模式相似,均只有1对位点存在,sht-45S在薄壳山核桃染色体上有2对位点存在,位于2对同源染色体的近着丝粒区域。7)sht-5S在云南山核桃、贵州山核桃、大别山山核桃及薄壳山核桃4个山核桃种染色体上的分布模式相似,均只有1对信号位点存在,位于1对同源染色体上的近着丝粒区域,在湖南山核桃染色体上有2种不同的分布模式,第一种分布模式具有1个单独的信号位点,第二种分布模式中,具有2个强弱不同的荧光信号,均位于染色体的近着丝粒区域。【结论】1)sht-2/3/4/5、sht-5S及sht-45S可作为分析山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体的物理标记。2)sht-5S及sht-45S可代替质粒45SrDNA和5SrDNA,用来对山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、薄壳山核桃及贵州山核桃染色体进行分析。 展开更多
关键词 山核桃 重复序列 核苷探针 染色体 寡核苷酸荧光原位杂交
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甜柠檬实生后代四倍体创制及其分子细胞遗传组成鉴定 被引量:1
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作者 何礼 张国艳 +4 位作者 李文婷 关斌 陈克玲 刘建军 何建 《西南农业学报》 北大核心 2025年第1期41-47,共7页
【目的】创制甜柠檬(Citrus lumia Risso)多倍体种质,创建其分子和细胞遗传组成鉴定新体系,为种质资源创新和鉴定利用提供新方法体系。【方法】通过实生苗根尖染色体计数筛选甜柠檬多倍体材料,与二倍体对比分析多倍体的叶形、气孔等植... 【目的】创制甜柠檬(Citrus lumia Risso)多倍体种质,创建其分子和细胞遗传组成鉴定新体系,为种质资源创新和鉴定利用提供新方法体系。【方法】通过实生苗根尖染色体计数筛选甜柠檬多倍体材料,与二倍体对比分析多倍体的叶形、气孔等植物学性状。利用47对分布于柑橘9条染色体上的SSR标记,分析多倍体甜柠檬的亲本来源。利用柑橘全部9条染色体特异的寡核苷酸荧光原位杂交(Oligo-FISH)涂染探针,精准鉴定多倍体甜柠檬的染色体组成。【结果】染色体计数表明获得四倍体甜柠檬材料1份(2n=4x=36)。与二倍体对照相比,其表现出叶形指数变小、叶片增厚、气孔指数变大、气孔密度降低。47对SSR标记扩增结果显示,四倍体和二倍体甜柠檬拥有完全一致的遗传条带。Oligo-FISH涂染显示,在四倍体中每个染色体特异探针均识别4条同源染色体,无染色体间重排。分子标记和细胞遗传学鉴定结果共同表明,该四倍体甜柠檬系二倍体自然加倍得到的同源四倍体。【结论】创新了柑橘类多倍体材料创制及分子细胞遗传组成鉴定体系,丰富了甜柠檬特色种质资源。 展开更多
关键词 柑橘 甜柠檬 多倍体 寡核苷酸荧光原位杂交 SSR分子标记
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HLA-DQB1启动子多态性与原因不明习惯性流产发病的关联研究 被引量:1
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作者 汪希鹏 林其德 +2 位作者 陆佩华 马政文 黄立东 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第12期837-840,共4页
目的 :探讨HLA DQB1启动子区域基因多态性是否与原因不明习惯性流产发病存在关联。方法 :采用聚合酶链反应 序列特异性寡核苷酸探针杂交方法 ,对 32例原因不明习惯性流产患者和 5 3例正常妇女 ,分析DQB1启动子区域基因多态性。结果 :发... 目的 :探讨HLA DQB1启动子区域基因多态性是否与原因不明习惯性流产发病存在关联。方法 :采用聚合酶链反应 序列特异性寡核苷酸探针杂交方法 ,对 32例原因不明习惯性流产患者和 5 3例正常妇女 ,分析DQB1启动子区域基因多态性。结果 :发现DQB1启动子等位基因频率在两组中无统计学上差异 ,而QBP6 2 DQB1 0 6 0 4 0 6 0 5单元型在患者组中的表达频率是 12 5 % ,在对照组中频率是 2 83% ,两者相比差异显著 (RR =4 9,P <0 0 5 )。此外 ,还发现了 6种中国人新的QBP DQB1的单元型。结论 :DQB1启动子与原因不明习惯性流产不存在直接关联 ,但与DQB1组成的单元型可能是导致该病易感性的因素。 展开更多
关键词 流产 主要组织相容性复合体 启动子 聚合酶链式反应 序列特异性寡核苷酸杂交
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人类白细胞抗原-DQB1与儿童十二指肠溃疡和幽门螺杆菌感染的相关性研究 被引量:6
4
作者 钟雪梅 许春娣 +3 位作者 奚容平 陈舜年 许玲娣 范丽安 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期692-694,共3页
目的探讨人类白细胞抗原(HLA)-DQB1等位基因与儿童十二指肠溃疡(DU)和幽门螺杆菌(H.pylori)感染的遗传关联性。方法采用非同位素标记的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)杂交的方法,对上海地区汉族健康儿童80例、DU患儿58例... 目的探讨人类白细胞抗原(HLA)-DQB1等位基因与儿童十二指肠溃疡(DU)和幽门螺杆菌(H.pylori)感染的遗传关联性。方法采用非同位素标记的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)杂交的方法,对上海地区汉族健康儿童80例、DU患儿58例的HLA-DQB1等位基因进行分型;并同时检测DU患儿H.pylori感染情况。结果在DU患儿中,HLA-DQB1×05031等位基因频率明显高于正常健康儿童(分别为:6.02%、0.63%,P<0.05,RR=9),而在H.pylori阳性和H.pylori阴性DU组之间差异无显著性。结论HLA-DQB1×05031与DU呈正相关,DU患儿与正常对照组儿童之间存在着遗传学的差异;虽然H.pylori感染是DU的重要致病因素,但HLA-DQB1×05031并不是通过H.pylori感染而影响DU的遗传易感性。 展开更多
关键词 十二指肠溃疡 人类白细胞抗原一DQBl等位基因 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针杂交 幽门螺杆菌
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硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的白桦Ty1-copia类逆转座子的克隆及分析 被引量:2
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作者 梁楠松 曾凡锁 +2 位作者 李博 郭梁 詹亚光 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期69-74,共6页
利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶(RT)的保守区域设计引物,优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录... 利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶(RT)的保守区域设计引物,优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录酶序列(命名Bprtl-21)变化范围为205—290bp,一致性为71.93%,异质性为1.1%。50.9%,翻译成氨基酸的异质性为0~57.1%。经SNP和MeJA处理的样品中,获得的逆转录酶序列基本是分别聚类.初步证明不同的Tvl-copia类逆转座子能够分别响应不同的信号而被转录激活。分析所获得的21逆转录酶序列和苹果中19务逆转录转座子序列(DQ410748-DQ410766)进化关系发现.逆转录酶基本各自聚类。但是Bprt9、Bprtll和OQ4m750进化关系比较接近,Bprt15、Bprt19、DQ410751和DQ410753聚为一类,证明逆转座子存在水平传递。 展开更多
关键词 白桦 Tyl-copia类逆转座子 逆转录酶 转录活性 系统进化 异质性 简并杂交寡核苷酸引物
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Oligo-FISH涂染揭示柚粗线期1号染色体的结构及配对 被引量:1
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作者 何礼 张国艳 +4 位作者 陈克玲 何建 关斌 李文婷 刘建军 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期788-796,共9页
【目的】深化柑橘减数分裂粗线期染色体结构组成和配对分析。【方法】首次利用柑橘染色体全长特异寡核苷酸荧光原位杂交(oligo-fluorescence in situ hybridization,oligo-FISH)涂染探针,精准示踪鉴定沙田柚粗线期1号染色体的结构特征,... 【目的】深化柑橘减数分裂粗线期染色体结构组成和配对分析。【方法】首次利用柑橘染色体全长特异寡核苷酸荧光原位杂交(oligo-fluorescence in situ hybridization,oligo-FISH)涂染探针,精准示踪鉴定沙田柚粗线期1号染色体的结构特征,比较其与有丝分裂间期细胞核、有丝分裂前中期和中期染色体的结构差异,并揭示粗线期全长染色体的同源配对。【结果】观测到同源配对的全长粗线期与有丝分裂中期较大染色质结构差异。经测定,柚粗线期1号染色体平均全长、长臂长、短臂长和臂比分别为中期的13.93倍、16.54倍、10.44倍和1.54倍,表现出更高FISH信号分辨率。检测到柚粗线期1号染色体着丝粒附近约3.01 Mb的探针信号缺失区。【结论】首次实现柑橘特定全长粗线期染色体的跟踪研究,为深入开展其结构和配对遗传利用的精准研究提供了新方法。 展开更多
关键词 柑橘 粗线期 寡核苷酸荧光原位杂交 染色体涂染 分辨率
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CYP2D6PCR基因型与DXT表型和基因芯片检测的比较(英文) 被引量:1
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作者 严奉祥 廖端芳 +7 位作者 CHOU Wen-Hwei WEDLUND Peter-J ROBBINS-WEILER Dorris-K RYDER Thomas-B PERBOST ClotildeQuintiles Inc FAIRCHILD Maureen KOCH Walter-H 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2002年第2期100-105,共6页
目的 :为了评价CYP2D6的基因型和表型的联系以及基因芯片在CYP2D6多基因分析中的应用。方法 :2 4 2健康志愿者 ,口服dextromethorphan后收集尿液测定其代谢率 ,收集 2 0ml血提取DNA ,并通过基因特异性PCR和 / (或 )基因芯片分析CYP2D6 ... 目的 :为了评价CYP2D6的基因型和表型的联系以及基因芯片在CYP2D6多基因分析中的应用。方法 :2 4 2健康志愿者 ,口服dextromethorphan后收集尿液测定其代谢率 ,收集 2 0ml血提取DNA ,并通过基因特异性PCR和 / (或 )基因芯片分析CYP2D6 2——— 11, 17和多拷贝CYP2D6基因 ,其中 5个基因 ( 3、 4、 6、 7和 9)用PCR和CYD4 5 0基因芯片同时分析。结果 :CYP2D6基因型比表型更富有信息和更能反映CYP2D6酶的表达。CYP2D6 3、 4、 6、 7和 9的基因检测在CYP4 5 0基因芯片和基因特异性PCR中显示高度的一致性。结论 :基因芯片在检测基因多位点的多基因中是一个有发展前途和可靠的方法。 展开更多
关键词 CYP2D6 表型 基因型 PCR 寡核苷酸微陈列杂交
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α和β地中海贫血双重杂合子的基因诊断
8
作者 罗桂香 沈湘 陈碧 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期145-146,共2页
目的 :探讨α和β地中海贫血双重杂合子的基因诊断。方法 :采用跨越缺失区断裂点的PCR方法检测α 地中海贫血 1基因。采用等位基因特异寡核苷酸探针 /反向点杂交 (ASO/RDB)技术检测 β 地中海贫血基因。 结果 :对地中海贫血筛查中发现... 目的 :探讨α和β地中海贫血双重杂合子的基因诊断。方法 :采用跨越缺失区断裂点的PCR方法检测α 地中海贫血 1基因。采用等位基因特异寡核苷酸探针 /反向点杂交 (ASO/RDB)技术检测 β 地中海贫血基因。 结果 :对地中海贫血筛查中发现的 3例疑为α和β地中海贫血双重杂合子进行基因诊断 ,均属于东南亚缺失型α 地中海贫血 1和β 地中海贫血双重杂合子 ,其中 1例为α 地中海贫血 1和β 2 8(A→G) ,1例为α 地中海贫血 1和βIVS Ⅱ 6 5 4 (C→T) ,1例为α 地中海贫血 1和HbE。结论 :α和 β地中海贫血双重杂合子的检出对临床准确进行地中海贫血的产前诊断有重要意义。 展开更多
关键词 地中海贫血 基因诊断 杂合子 聚合酶链反应 等位基因特异寡核苷酸探针/反向点杂交技术
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新疆地区16例β-地中海贫血的基因鉴定
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作者 张宇红 余伍忠 +1 位作者 李厚钧 仇东辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 1998年第3期218-220,共3页
本实验应用PCR/ASO技术对新疆地区16例β-地中海贫血症患者进行了基因分析,并将其鉴定为IVS-Ⅱ-654(C→T)基因突变,均为杂合子,其中汉族11例,回族4例,维吾尔族1例。在回族中这种突变类型属首次报道,实验结果对了解这一突变类型在我国的... 本实验应用PCR/ASO技术对新疆地区16例β-地中海贫血症患者进行了基因分析,并将其鉴定为IVS-Ⅱ-654(C→T)基因突变,均为杂合子,其中汉族11例,回族4例,维吾尔族1例。在回族中这种突变类型属首次报道,实验结果对了解这一突变类型在我国的分布特点提供了有意义的资料。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 基因突变 聚合酶链反应 寡核苷酸探针杂交
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