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人乳头瘤病毒分型长链寡核苷酸芯片的制备 被引量:3
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作者 危敏 马文丽 +3 位作者 张宝 李凌 孙朝晖 郑文岭 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期120-123,共4页
目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制... 目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制性显示技术对HPV样品进行荧光标记,并将标记好的样品与芯片杂交,以了解寡核苷酸基因芯片在HPV病毒检测和分型中的作用。结果荧光标记的HPV样品与多个型特异性HPV探针杂交有明显的荧光信号,可以根据杂交结果进行初步的分型检测。结论采用设计合理的60mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对HPV的检测和分型。 展开更多
关键词 乳头瘤状病毒 寡核苷酸序列分析 检测
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150例慢性丙型肝炎患者HCV基因型和NS3蛋白酶编码区序列的分析 被引量:1
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作者 李筱涵 王琳 +5 位作者 叶海燕 李晓东 刘妍 李乐 毛远丽 徐东平 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1201-1204,共4页
目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HC... 目的对来源于我国不同地区的150例慢性丙型肝炎患者进行HCV基因分型和NS3蛋白激酶编码区序列分析。方法基因分型采用基因芯片法;NS3区序列扩增采用自行设计的型特异性引物介导巢式RT-PCR,序列分析采用PCR产物直接测序。结果 150例患者HCV基因分型结果为1b占66.7%(100/150),2a占22.7%(34/150),3a占4%(6/150),3b占4%(6/150),6型占2%(3/150),1a占0.7%(1/150)。对NS3区序列采用进化树分析进行分型,其结果与基因芯片法分型结果高度一致,主要基因型(1a、2b)的NS3区序列无明显地区性聚集倾向。未检出与新型HCV蛋白酶抑制剂telaprevir耐药相关的V36M/A、T54A、R155K/T和A/156V/T变异。结论我国慢性丙型肝炎患者仍以1b型感染为主,采用NS3蛋白酶编码区序列分析可同时进行基因分型和针对蛋白酶抑制剂的耐药变异检测,我国天然存在的相对优势变异株发生telaprevir原发耐药的可能性很小。 展开更多
关键词 肝炎病毒 DNA指纹法 寡核苷酸序列分析
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小鼠脑微血管内皮细胞株bEnd.3的细胞特征及基因表达谱分析 被引量:13
3
作者 乐飞 张国平 +2 位作者 金惠铭 史连国 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期1340-1344,共5页
目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;... 目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;ELISA定量检测PGE2 ;流式细胞术、MTT法研究增殖和凋亡、血管内皮细胞基因芯片研究正常培养bEnd 3基因表达谱。结果 :bEnd 3具备多种典型的微血管内皮细胞 (MVEC)特征 :细胞呈多边形或梭型、呈铺路石样生长 ;存在管腔样结构 (TLS)和毛细血管样网络 ,细胞表面有丰富的微绒毛 ;vW因子、CD34阳性 ;CD31、CD36、CD10 5等也有不同程度的表达 ;细胞高水平分泌前列腺素E2 (PGE2 ) ;多种与正常血管功能密切相关的基因也有不同程度的表达。结论 :bEnd .3保留了MVEC的基本特性 ,可用于心脑血管疾病。 展开更多
关键词 bEnd.3细胞 内皮 von WILLEBRAND因子 抗原 CD34 寡核苷酸序列分析
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大鼠心肌微血管内皮细胞的培养及基因芯片分析的研究 被引量:11
4
作者 宁艳霞 王新红 +2 位作者 金惠铭 赵凤娣 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2295-2300,共6页
目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内... 目的:用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究培养的大鼠心肌微血管内皮细胞特征。方法:用植块法培养大鼠心肌微血管内皮细胞,利用倒置显微镜、扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察培养细胞的形态学特征;利用免疫细胞化学方法显示血管内皮细胞特异性表面标志;用细胞计数方法绘制细胞生长曲线;用血管内皮细胞生物学功能基因芯片研究细胞基因表达谱,并比较原代细胞和传代细胞基因表达的变化。结果:利用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞具备多种典型微血管内皮细胞(MVEC)特征:细胞呈多边形或梭形并呈铺路石样生长; 存在管腔样结构(TLS)和毛细血管网络,细胞表面有丰富的微绒毛;CD34、CD31、CD105、VW因子和TIE-2阳性;多种与正常血管功能密切相关的基因不同程度表达,前2代细胞特征稳定。结论:用植块法培养的大鼠心肌微血管内皮细胞,具备微血管内皮细胞的特征,原代和第2代培养细胞特征稳定,可用于心血管疾病的基础与临床研究。 展开更多
关键词 细胞培养 毛细血管 内皮细胞 寡核苷酸序列分析
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胶质瘤干细胞与神经干细胞基因表达差异的微阵列基因芯片分析 被引量:7
5
作者 尹丰 张剑宁 +4 位作者 赵明明 周春辉 王淑为 郭欣如 刘爽 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期800-803,共4页
目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两... 目的利用基因芯片技术筛选人脑胶质瘤干细胞(GSCs)和正常神经干细胞(NSCs)中差异表达的基因。方法利用人类HOA5.1 OneArray表达谱芯片(包括29 186个基因),与GSCs和NSCs的总RNA生成的探针进行杂交,通过寡核苷酸芯片ScanArray 4000筛选两者之间的差异基因,并选择其中的部分差异表达基因(DCX、PTGS2、SCGN、GAD2、OTX2、PEG10、NRXN3)进一步行qRT-PCR验证。结果与正常NSCs相比,GSCs中1372个基因表达下调,1501个基因表达上调,功能富集分析显示,这些差异基因主要参与了神经轴突导向、细胞周期、细胞黏附、免疫炎症反应及癌症相关的信号路径。qRT-PCR检测结果与芯片检测结果相符。结论多类基因在胶质瘤的发生发展中发挥着重要作用,该结果可为胶质瘤的靶向治疗提供新的线索。 展开更多
关键词 神经胶质瘤 肿瘤干细胞 神经干细胞 寡核苷酸序列分析
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129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析 被引量:10
6
作者 刘佳文 吕红艳 +1 位作者 丁北川 张治国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第9期999-1004,共6页
目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3... 目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 生物学鉴定法 芯片分析技术 分子探针技术 寡核苷酸序列分析 结果与过程评价(卫生保健)
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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析 被引量:13
7
作者 洪创跃 杨婷婷 +4 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 杨争 谭卫国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期583-589,共7页
目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因组 细菌 高通量核苷酸测序 基因型 寡核苷酸序列分析 深圳
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年龄相关性白内障晶体上皮细胞的基因表达谱变化的初步分析 被引量:4
8
作者 吴明星 吴开力 +3 位作者 卞庆宁 姬红培 王忠浩 刘奕志 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1429-1434,共6页
目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含806... 目的:探讨年龄相关性白内障与正常透明晶状体前囊上皮细胞基因表达差异,为年龄相关性白内障发病机制的研究及治疗提供理论依据。方法:提取年龄相关性白内障病人晶状体和正常透明晶状体前囊中央上皮细胞RNA,分别用cy3、cy5标记,再与含8064个基因点的芯片杂交,筛选两个样本间表达差异的基因,并对这些基因进行初步功能分析。按不同功能类型分别选择9个存在显著表达差异的基因,应用实时荧光定量PCR技术验证基因芯片可靠性。结果:年龄相关性白内障前囊中央上皮细胞中有724个差异表达基因,包括438个表达下调基因和286个表达上调基因。进行初步功能分类分析发现这些表达差异基因主要涉及晶状体结构蛋白基因、细胞骨架蛋白基因、细胞增殖及细胞凋亡以及细胞应激反应等方面。结论:年龄相关性白内障与透明晶状体前囊上皮细胞存在基因表达差异,其中多数基因呈表达下调。表达下调基因功能涉及的生物学过程导致晶状体维持内环境稳定的能力下降,形成白内障。 展开更多
关键词 晶体 白内障 基因表达 寡核苷酸序列分析
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基因芯片检测耐利福平结核分枝杆菌准确性的Meta分析 被引量:6
9
作者 冉兵 蔡林 《中国防痨杂志》 CAS 2015年第1期56-65,共10页
目的对基因芯片方法在检测耐利福平结核分枝杆菌的准确性进行系统评价,为基因芯片技术应用于临床检测耐药结核分枝杆菌的必要性提供证据。方法计算机检索The Cochrane Library(2014年第1期)、PubMed、EMbase、Wanfang Data、CNKI数... 目的对基因芯片方法在检测耐利福平结核分枝杆菌的准确性进行系统评价,为基因芯片技术应用于临床检测耐药结核分枝杆菌的必要性提供证据。方法计算机检索The Cochrane Library(2014年第1期)、PubMed、EMbase、Wanfang Data、CNKI数据库,检索时限均为建库至2014年2月。由2位研究者根据纳人与排除标准独立筛选文献、提取资料,采用评价诊断准确性质量研究(quality assessment of diagnostic accuracy studies,QUADAS)条目评价纳入研究论文的方法学质量,检出相关文献223篇,按照标准纳入22篇文献。采用Meta-DiSc1.4软件对其敏感度(SEN)、特异度(SPE)、阳性似然比(+LR)、阴性似然比(-LR)、诊断比值比(DOR)进行异质性检验和合并分析,绘制汇总受试者工作特征(SROC)曲线,计算曲线下面积(AUC)。结果共纳入22篇文献(包括一篇多中心研究文献),25个研究,包括4879株经传统药敏试验鉴定结核分枝杆菌菌株,其中耐RFP菌株(1314株)、敏感菌株(3565株)。基因芯片技术检测Mtb对RFP耐药的SEN△并为0.89[95%CI(0.87-0.91)]、SPF合并为0.98[95%CI(0.97-0.98)]、+LR为30.891-95%CI(22.15-43.06)]、-LR为0.10[95%CI(0.07-0.15)]、DOR合并为354.06[95%CI(212.09-591.07)]、AUC为0.9833。结论基因芯片方法具有较好的诊断价值;以传统药敏法为金标准,基因芯片方法特异度、敏感度,诊断OR值均较高,说明其在Mtb对RFP耐药检出率较高,可作为临床结核分枝杆菌耐药检测的辅助手段。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 利福平 寡核苷酸序列分析 结核 抗多种药物性 细菌蛋白质类 META分析
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小鼠端粒酶蛋白亚单位真核表达载体的构建和序列测定
10
作者 姜楠 陈规划 +8 位作者 陆敏强 杨扬 蔡常洁 李华 许赤 易述红 汪根树 易慧敏 冯炼强 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期851-855,共5页
目的:克隆小鼠端粒酶蛋白亚单位(mTERT)的cDNA,构建真核表达载体并进行序列测定。方法:从肝癌细胞中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增mTERT的基因编码区序列,将序列定向克隆至真核表达载体pAC,并进行序列测定。结果:获得mTERT编码区3 369 b... 目的:克隆小鼠端粒酶蛋白亚单位(mTERT)的cDNA,构建真核表达载体并进行序列测定。方法:从肝癌细胞中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增mTERT的基因编码区序列,将序列定向克隆至真核表达载体pAC,并进行序列测定。结果:获得mTERT编码区3 369 bp的cDNA片段,用PCR和限制性内切酶分析鉴定,表明获得重组质粒pAC-mTERT。通过对mTERT编码区cDNA序列测序证实其与GenBank中的已知序列一致。结论:成功克隆了mTERT编码区序列,并构建了其真核表达载体,为以TERT为基础的肿瘤生物治疗奠定基础。 展开更多
关键词 端粒 末端转移酶 寡核苷酸序列分析 真核表达载体
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广西壮族自治区耐多药结核分枝杆菌耐药情况与基因型特征分析 被引量:9
11
作者 梁小烟 林玫 +4 位作者 梁大斌 蓝如束 覃慧芳 叶婧 黄莉雯 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期578-582,共5页
目的了解广西壮族自治区(简称"广西")耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药情况、基因型构成及基因型与耐药的相关性,为耐多药结核病的防控提供理论依据。方法采用连续监测的方法,选取位于广西境内东、西、南、北、中的贵港、... 目的了解广西壮族自治区(简称"广西")耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药情况、基因型构成及基因型与耐药的相关性,为耐多药结核病的防控提供理论依据。方法采用连续监测的方法,选取位于广西境内东、西、南、北、中的贵港、百色、崇左、桂林和防城港5个市为监测点,采用随机数字表法抽取5个市中的21个县(市、区),纳入于2016—2017年在当地结核病防治(简称"结防")机构登记治疗且培养阳性的MTB菌株共1514株,使用WHO推荐的比例法对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、链霉素(Sm)、氧氟沙星(Ofx)和卡那霉素(Km)进行耐药性检测,最终有51株确定为MDR-MTB菌株。运用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型法(McSpoligotyping)对MDR-MTB菌株进行基因分型,将分型结果与SpolDB4.0数据库进行比对。结果51株MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率分别为41.18%(21/51)、31.37%(16/51)、9.80%(5/51)和1.96%(1/51)。北京基因型菌株占56.86%(29/51),非北京基因型菌株占43.14%(22/51)。对EMB耐药的菌株中,北京基因型14株,占66.67%(14/21),非北京基因型7株,占33.33%(7/21),差异无统计学意义(χ~2=1.399,P=0.237);对Sm耐药的菌株中,北京基因型11株,占68.75%(11/16),非北京基因型5株,占31.25%(5/16),差异无统计学意义(χ~2=1.343,P=0.246);对Ofx耐药的菌株中,北京基因型9株,占60.00%(9/15),非北京基因型6株,占40.00%(6/15),差异无统计学意义(χ~2=0.085,P=0.770);对Km耐药的菌株中,北京基因型1株,占100.00%(1/1),非北京基因型0株,占0.00%(0/1),差异无统计学意义(P=1.000)。结论应重视广西MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药情况;MDR-MTB菌株主要为北京基因型;北京和非北京基因型对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率未见差异。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因型 寡核苷酸序列分析 数据说明 统计 小地区分析
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县级运送痰标本到地市开展基因芯片耐药检测的成本分析 被引量:2
12
作者 刘保华 逄宇 +6 位作者 张治英 欧喜超 夏辉 李强 董海燕 屈燕 赵雁林 《中国防痨杂志》 CAS 2015年第6期611-615,共5页
目的分析区县级结核病防治机构(简称“结防机构”)运送痰标本到地市开展基因芯片耐药检测的成本,为完善耐多药结核病患者发现策略提供数据基础。方法选取中国不同地区3个具有代表性的项目点,包括江苏连云港,河南开封和重庆永川,收... 目的分析区县级结核病防治机构(简称“结防机构”)运送痰标本到地市开展基因芯片耐药检测的成本,为完善耐多药结核病患者发现策略提供数据基础。方法选取中国不同地区3个具有代表性的项目点,包括江苏连云港,河南开封和重庆永川,收集2011年1月至2012年2月期间数据,采用简单法,根据运送次数、单次运输成本及运输标本数计算单位患者标本运输成本;采用简单法和时间一观察法对3个项目地区基因芯片检测成本进行分析。结果自2011年1月至2012年2月,连云港、开封和永川三地单位患者运输成本分别为72.47元、84.67元和117.00元,其中运输成本与单次运输患者例数相关,其中单次运输患者例数较少的永川(1.71例/次,552/323)单位患者运输成本最高,而单次运输患者较多的连云港(2.76例/次,712/258)单位患者运输成本最低。此外,完成基因芯片检测的单位成本为141.56元,其中扩增占全过程总成本的69.0%(97.63元);其次为杂交,占总成本的11.9%(16.79元)。在各试验过程中均以试剂、耗材及管理成本所占比例较高,分别占总成本的60.2%(85.26元)、17.5%(24.78元)和12.7%(18.00元)。考虑到标本运输和基因芯片检测,完成1例患者检测的总成本约为230.84元,运输频次从每2周4次减少至每2周1次时,标本运输成本占总成本由33.5%降低为11.2%。结论本研究表明,影响县级机构运送痰标本开展耐药结核病快速检测成本的主要因素包括单次标本运输例数和基因芯片价格。综合考虑运输成本和检测效果,运输频次为2周1次为宜。此外,标本转运开展结核病快速检测模式更适合于人口稠密的中东部地区。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 抗药性 细菌 标本制备 运输 寡核苷酸序列分析 成本及成本分析
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广东口岸结核分枝杆菌复合群分子流行病学特征分析 被引量:1
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作者 吴培丰 温颖 +4 位作者 陈嘉 高颖龙 白静 王向阳 吴健 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第9期973-978,共6页
目的了解广东口岸结核分枝杆菌复合群(MTBC)主要流行菌株及输人性菌株的分子流行病学特征。方法采用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型(melting curve spoligotyping,McSpoligotyping)技术对广东口岸558株MTBC菌株进行基因分型,将分型... 目的了解广东口岸结核分枝杆菌复合群(MTBC)主要流行菌株及输人性菌株的分子流行病学特征。方法采用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型(melting curve spoligotyping,McSpoligotyping)技术对广东口岸558株MTBC菌株进行基因分型,将分型结果与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spolig-otype internationaltype,SIT)编号,并用BioNumerics7.6进行聚类分析。结果558株MTBC菌株共分为107种基因型,其中66种归属于8种基因家族及4种家系。家系2和家系4共占菌株总数的86.38%(482/558)。6个主要流行簇分别为SITl、SIT53、SIT52、SIT50、SITl90和SITl9,其中SITl为最大流行簇。17株输人性MTBC包含北京、拉丁美洲和地中海(Latin American and Mediterranean,LAM)、East African Indian(EAI)、T、Africanum(AFRI)及未定义的基因家族,其中包含23.53%(4/17)的新基因型。北京家族菌株耐药率为27.25%(106/389),非北京家族菌株耐药率为23.81%(40/168),差异无统计学意义(X^2=0.72,P=0.40)。典型北京家族菌株耐药率为26.03%(95/365),非典型北京家族菌株耐药率为45.83%(11/24),差异有统计学意义(X^2=4.46,P=0.03)。结论广东口岸以家系2和家系4MTBC为主要流行菌株,输入性菌株以来源地区流行的基因家族和新基因型为主,应加强对主要流行菌株及输人性菌株的分子流行病学监测。非典型北京家族菌株与耐药性具有相关性。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 寡核苷酸序列分析 细菌分型技术 基因测定 抗药性 细菌 广东口岸
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基因芯片技术在结核分枝杆菌耐药检测中的效果分析 被引量:17
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作者 林明冠 吴元东 +6 位作者 朱中元 林翀 陈灼霖 陈少文 苏应仙 陈伟彬 钟业腾 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第1期58-62,共5页
目的 比较基因芯片和比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)在检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性中的应用效果。方法 选取2013年9月至2016年12月海南医学院第二附属医院598例涂阳肺结核住院患者的痰标本,具有传统药敏结果和... 目的 比较基因芯片和比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)在检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性中的应用效果。方法 选取2013年9月至2016年12月海南医学院第二附属医院598例涂阳肺结核住院患者的痰标本,具有传统药敏结果和基因芯片结果的484例患者纳入分析。采用基因芯片法检测rpoB、katG及inhA基因耐药突变位点及频率,以比例法药敏试验结果为金标准,比较两种方法的符合率。结果 基因芯片和比例法药敏试验检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性符合率为93.8%(454/484),对异烟肼的耐药性符合率为89.0%(431/484),对耐多药的符合率为95.5%(462/484)。118株检测到rpoB基因发生突变,优势突变位点为531,占56.8%(67/118);其次突变位点是526,占19.5%(23/118);516突变位点占12.7%(15/118)。97株检测到katG和inhA基因突变,最常见的突变位点是katG315,占82.5%(80/97),inhA均为-15突变类型,占14.4%(14/97)。结论 基因芯片法与比例法具有很好的一致性,可成为筛查结核分枝杆菌对利福平和异烟肼是否耐药的快速有效的方法。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 利福平 异烟肼 微生物敏感性试验 寡核苷酸序列分析 评价研究
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出生后不同鼠龄大鼠视皮质差异基因表达谱分析 被引量:2
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作者 瞿远珍 李岱 +1 位作者 吴开力 杨柳 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期682-687,共6页
背景哺乳动物视觉适应机制与其视皮质发育密切相关,在不同发育阶段的视皮质中,有不同生物学功能的多种基因参与视觉发育的调控。研究大鼠视皮质发育不同阶段视皮质中差异基因的表达对视觉发育的研究可提供理论依据。目的应用基因芯片... 背景哺乳动物视觉适应机制与其视皮质发育密切相关,在不同发育阶段的视皮质中,有不同生物学功能的多种基因参与视觉发育的调控。研究大鼠视皮质发育不同阶段视皮质中差异基因的表达对视觉发育的研究可提供理论依据。目的应用基因芯片技术研究SD(Sprague-Dawley)大鼠出生后不同时间点视皮质中差异基因表达谱的变化。方法60只清洁级雌性sD大鼠分为刚出生组(0d,20只)、睁眼前组(生后10d,15只)和视皮质发育关键期前组(生后20d,15只)、视皮质发育完成后组(生后45d,10只)。所有大鼠在相对应的时间点处死并取出新鲜大脑视皮质,用基因芯片技术检测差异基因的表达,用实时定量PCR(RT-PCR)法验证基因芯片技术检测出的差异表达比率≥2.0的基因的mRNA表达水平。对相邻鼠龄12个基因进行了36组时间点配对,即每个基因3组配对,分别为P45/P0、P20/P0、P10/P0,用基因芯片技术和RT-PCR法分析大鼠视皮质差异基因表达与鼠龄的关联性。结果在上述不同时间点,基因芯片技术检出的差异表达比率≥2.0倍的基因包括Akap7、Asam、Casp3、Cxcr4、Egr1、Ennp2、Fabp7、印r88、Inpp5d、Rpsa、Stk32c和Vampl共12个基因,real—timePCR验证结果表明,26个探针的24个基因(其中有2对探针代表相同的基因)具有相同的变化趋势,其中20个探针表现为正向调控,6个探针为负向调控。Akap7、Asam、Casp3、Cxcr4、Egrl、Ennp2、Fabp7、lnpp5d、Rpsa和Vampl基因与其mRNA表达趋势一致,Gpr88和Stk32c基因在P45/P0中显示为相反的变化。在基因芯片中为正向调控,而在RT—PCR中为负向调控。RT-PCR检测结果表明,12个基因的36组不同时间点配对中34个配对表达出与基因芯片检测结果同向的调控,一致率为94.44%。不同鼠龄大鼠视皮质表达的不同基因的生物功能主要包括神经系统发育、(金属)离子连接/运输、新陈代谢、神经元突触可塑性调节等。结论确定了SD大鼠鼠龄相关性视皮质发育的相关候选基因,为进一步有针对性的研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 基因表达谱 大鼠 视皮质 生长和发育 寡核苷酸阵列序列分析 神经元可塑性 聚合酶链反应
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肝细胞癌患者外周血单个核细胞诊断候选基因的筛选及其调控网络分析 被引量:2
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作者 伦永志 孙杰 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期148-157,共10页
目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利... 目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用GEO数据库筛选HCC患者PBMC中的差异表达基因集,分别进行功能富集及互作分析,继而利用网络模块划分方法寻找差异表达基因中的诊断候选基因,再利用mirDIP、starBase在线工具对诊断候选基因的上游miRNA、lncRNA、circRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因265个,差异表达基因主要富集于增殖调控、代谢调节、细胞通信、炎症疾病等功能,基因本体及KEGG通路富集结果相互关联。筛选获得4个诊断候选基因,包括RNA结合蛋白FUS、C-X-C基序趋化因子配体8、卡林蛋白和RNA聚合酶Ⅱ亚单位H。预测到10个miRNA、1个lncRNA和38个circRNA符合筛选标准,最后构建出一个lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-通路调控网络。结论:本研究基于数据挖掘方法筛选获得HCC患者PBMC中的诊断候选基因及其调控网络,为HCC的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物。 展开更多
关键词 肝细胞/病理学 白细胞 单核/代谢 微RNAs 基因 基因表达谱 寡核苷酸序列分析 基因表达调控 肿瘤 计算机通信网络 自动数据处理
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新型PCR-SSO方法在分析Eales病患者HLA-B基因型中的应用 被引量:1
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作者 赵军 魏世辉 胡莲娜 《眼科新进展》 CAS 2007年第1期41-43,共3页
目的通过使用新型聚合酶链反应-序列特异的寡核苷酸扩增分析(polymerasechainreactionrestrictionsequencespecificoligonucleotide,PCR-SSO)方法分析Eales病患者及正常人群的人类白细胞抗原B组(humanleucocyteantigen-B,HLA-B)基因型,... 目的通过使用新型聚合酶链反应-序列特异的寡核苷酸扩增分析(polymerasechainreactionrestrictionsequencespecificoligonucleotide,PCR-SSO)方法分析Eales病患者及正常人群的人类白细胞抗原B组(humanleucocyteantigen-B,HLA-B)基因型,了解这种方法的特点及其优越性。方法选取25例已确诊Eales病的患者作为研究组,自献血血库中选取与研究组患者年龄、性别无统计学差异的25例健康人作为对照组。抽取外周血提取DNA。使用新型PCR-SSO方法对DNA进行HLA-B基因位点的检测,得出结果,并进行统计学分析。结果分析结果可以同时显示基因型及对应的血清型,发现对照组中基因型HLA-B*15基因位点及对应的HLA-B62血清型明显高于研究组(P<0.01)。结论PCR-SSO方法是一种先进的基因分型技术,具有其他基因分型方法无法比拟的优势,在科研工作中具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 序列特异寡核苷酸扩增分析 EALES病 人类白细胞抗原
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利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响 被引量:17
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作者 余榕捷 蒲含林 +2 位作者 周天鸿 李志英 林剑 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期260-265,共6页
目的 :利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法 :将 4 0只 2 0月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组 ,用药 5周后 ,通过检测相关生化指标 ,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取 2 0只 4月龄SD雄性大鼠脾... 目的 :利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法 :将 4 0只 2 0月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组 ,用药 5周后 ,通过检测相关生化指标 ,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取 2 0只 4月龄SD雄性大鼠脾脏mRNA ,平均分成两组 ,分别与老年用药组脾脏mRNA和老年对照组脾脏mRNA配对进行逆转录和芯片杂交实验 ,获得老年对照组和老年用药组分别和青年组相比 ,相关基因表达水平的差异 ,通过比较两组数据 ,评价六味地黄丸对与衰老相关的基因表达的调节作用。结果 :芯片结果显示老年对照组与青年组相比有 13个基因表达显著下调 ,1个基因表达显著上调。而在老年用药组中 ,14个相关基因的表达水平没有明显变化 ;而另有 2序列与青年组相比表达显著上调。结论 :通过基因芯片技术 ,发现 16个基因的表达水平可受六味地黄丸用药的影响。通过深入研究对我们深入理解六味地黄丸抗衰老的分子机制可能有帮助。 展开更多
关键词 六味地黄丸 寡核苷酸序列分析 基因表达 衰老
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基因芯片结核分枝杆菌耐多药检测在地市级实验室的应用性评估 被引量:17
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作者 赵冰 时金艳 +7 位作者 逄宇 夏辉 李强 欧喜超 宋媛媛 王玉峰 池俊英 赵雁林 《中国防痨杂志》 CAS 2013年第9期718-722,共5页
目的评估基因芯片耐多药检测利福平、异烟肼和耐多药肺结核(MDR-TB)的效能,探讨在地(市)级实验室应用基因芯片的可行性。方法对2011年1月1日至2012年3月31日在江苏省连云港市涂片阳性的745例患者痰标本进行基因芯片检查,去除传统培养和... 目的评估基因芯片耐多药检测利福平、异烟肼和耐多药肺结核(MDR-TB)的效能,探讨在地(市)级实验室应用基因芯片的可行性。方法对2011年1月1日至2012年3月31日在江苏省连云港市涂片阳性的745例患者痰标本进行基因芯片检查,去除传统培养和非结核分枝杆菌等原因的111例,以传统药敏为金标准,在634例患者中分析对利福平、异烟肼和MDR诊断的敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值。结果评估结果表明基因芯片对于利福平检测的敏感度和特异度为84.4%(65/77)和97.7%(544/557);对于异烟肼的敏感度和特异度分别为80.9%(76/94)和97.4%(526/540);对于MDR的敏感度和特异度分别为70.0%(42/60)和98.3%(564/574)。基因芯片和传统药敏检测一例涂阳患者的成本分别为165.65元和374.07元。结论基因芯片检测方法是一种在中国基层实验室值得推广的更高效、快捷、安全,以及更符合成本-效益的耐药结核病诊断方法。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 抗药性 多种 细菌 寡核苷酸序列分析 实验室 医院 评价研究
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13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立 被引量:13
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作者 朱晓光 杨银辉 +4 位作者 康晓平 刘洪 胡玉洋 曾海攀 祝庆余 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期832-835,共4页
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通... 目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通用寡核苷酸探针,用于病毒的属水平筛查。然后设计针对每种病毒的特异性寡核苷酸探针,用于每种病毒的检测鉴定。寡核苷酸探针长度均为70mer,将设计好的探针与GenBank上所有病毒基因组序列进行比对,验证其种属特异性,然后进行探针合成和基因芯片制备。所有病毒在BSL-3和BSL-2实验室进行培养,待检病毒核酸通过锚定随机PCR进行扩增,经荧光染料标记后与基因芯片杂交,利用激光共聚焦扫描仪扫描后进行结果分析。结果所检测的13种虫媒病毒均可获得种特异性及所在属的属特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显。分别用两种不同的病毒混合后,进行模拟混合病毒感染,也得到了相应的特异杂交信号。结论初步建立了13种虫媒病毒的基因芯片检测技术,可用于这些病毒的属水平筛查及种水平鉴定,并且可以进行混合感染标本的检测,为虫媒病毒的检测与鉴定提供了一种新的手段。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 虫媒病毒 检测
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