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LRIG2基因短发夹RNA表达载体的构建、鉴定和稳定株的筛选
被引量：
1
1
作者
王宝峰
蔡明俊
+3 位作者
陈如东
韩林
郭东生
雷霆
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期351-354,共4页
目的构建针对富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白2(LRIG2)基因的短发夹RNA(shRNA)表达载体,建立稳定转染的细胞株,观察其对目的基因表达的影响。方法根据GenBank中LRIG2基因序列设计2条RNA干扰序列,命名LRIG2-shRNA1、LRIG2-shRNA2,同...
目的构建针对富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白2(LRIG2)基因的短发夹RNA(shRNA)表达载体,建立稳定转染的细胞株,观察其对目的基因表达的影响。方法根据GenBank中LRIG2基因序列设计2条RNA干扰序列,命名LRIG2-shRNA1、LRIG2-shRNA2,同时设计1条非特异性序列作为阴性对照。据此设计合成各自的寡核苷酸链,退火后连接入pGenesil2载体,转化扩增后进行序列测定。用不同浓度的G418作用于GL15细胞,得到G418对于GL15细胞的筛选浓度。3种重组表达载体转染胶质瘤细胞系GL15细胞,用G418筛选后挑单克隆后扩增获得稳定株。逆转录RT-PCR和Western印迹法分别在mRNA和蛋白水平上检测LRIG2的表达。结果3种重组表达载体(pGenesil 2-LRIG2-shRNA1、pGenesil 2-LRIG2-shRNA2和pGenesil 2-negative shRNA)经限制性酶切及DNA测序分析证明序列插入正确。G418对于GL15细胞的筛选浓度为600μg/ml,筛选出稳定转染三种质粒的GL15细胞,转染pGenesil2-LRIG2-shRNA2组细胞LRIG2 mRNA和蛋白表达明显低于转染pGenesil 2-LRIG2-shRNA1、pGenesil 2-negative shRNA组。结论成功构建了针对LRIG2基因的shRNA表达载体(pGenesil2-LRIG2-shRNA2),转染细胞后可抑制LRIG2基因表达,为研究LRIG2基因的功能提供了基础。
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关键词
富含
亮
氨
酸
重复
序列
免疫球
蛋白
样
蛋白
2
RNA干扰
短发夹RNA
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职称材料
加权基因共表达网络分析筛选结肠腺癌预后相关的免疫标志物
2
作者
何翔
万首伟
+1 位作者
贺强
侯吉学
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期509-515,共7页
目的寻找结肠腺癌(COAD)免疫相关预后标志物,以期能够准确预测COAD患者预后。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析COAD患者免疫相关差异基因,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)与COX回归分析得到风险模型,根据风险值的中位值将患...
目的寻找结肠腺癌(COAD)免疫相关预后标志物,以期能够准确预测COAD患者预后。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析COAD患者免疫相关差异基因,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)与COX回归分析得到风险模型,根据风险值的中位值将患者分为高、低风险组,比较两者预后,在基因表达数据集(GEO)数据库中验证模型。结果通过分析共得到1015个免疫相关差异基因。COX回归分析得到由维甲酸受体相关孤核受体C(RORC)、富含亮氨酸重复序列Fli-I相互作用蛋白2(LRRFIP2)、半乳糖凝集素4(LGALS4)构成的风险模型,高风险组较低风险组预后较差并在GEO中得到验证,通过单因素与多因素COX分析发现模型可作为COAD患者独立预后风险模型。结论通过免疫相关预后差异基因建立模型,可以预测COAD患者预后。
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关键词
结肠腺癌
免疫相关基因
维甲
酸
受体相关孤核受体C(RORC)
富含
亮
氨
酸
重复
序列
fli-i
相互作用
蛋白
2(
lrrfip
2)
半乳糖凝集素4(LGALS4/galectin-4)
癌症基因组图谱(TCGA)
预后
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职称材料
题名
LRIG2基因短发夹RNA表达载体的构建、鉴定和稳定株的筛选
被引量：
1
1
作者
王宝峰
蔡明俊
陈如东
韩林
郭东生
雷霆
机构
华中科技大学同济医学院附属同济医院神经外科
出处
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期351-354,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.30500521)
文摘
目的构建针对富含亮氨酸重复序列免疫球蛋白样蛋白2(LRIG2)基因的短发夹RNA(shRNA)表达载体,建立稳定转染的细胞株,观察其对目的基因表达的影响。方法根据GenBank中LRIG2基因序列设计2条RNA干扰序列,命名LRIG2-shRNA1、LRIG2-shRNA2,同时设计1条非特异性序列作为阴性对照。据此设计合成各自的寡核苷酸链,退火后连接入pGenesil2载体,转化扩增后进行序列测定。用不同浓度的G418作用于GL15细胞,得到G418对于GL15细胞的筛选浓度。3种重组表达载体转染胶质瘤细胞系GL15细胞,用G418筛选后挑单克隆后扩增获得稳定株。逆转录RT-PCR和Western印迹法分别在mRNA和蛋白水平上检测LRIG2的表达。结果3种重组表达载体(pGenesil 2-LRIG2-shRNA1、pGenesil 2-LRIG2-shRNA2和pGenesil 2-negative shRNA)经限制性酶切及DNA测序分析证明序列插入正确。G418对于GL15细胞的筛选浓度为600μg/ml,筛选出稳定转染三种质粒的GL15细胞,转染pGenesil2-LRIG2-shRNA2组细胞LRIG2 mRNA和蛋白表达明显低于转染pGenesil 2-LRIG2-shRNA1、pGenesil 2-negative shRNA组。结论成功构建了针对LRIG2基因的shRNA表达载体(pGenesil2-LRIG2-shRNA2),转染细胞后可抑制LRIG2基因表达,为研究LRIG2基因的功能提供了基础。
关键词
富含
亮
氨
酸
重复
序列
免疫球
蛋白
样
蛋白
2
RNA干扰
短发夹RNA
Keywords
LRIG
2
RNA interference
short-hairpin RNA
分类号
Q7 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
加权基因共表达网络分析筛选结肠腺癌预后相关的免疫标志物
2
作者
何翔
万首伟
贺强
侯吉学
机构
石河子大学医学院第一附属医院胃肠乳腺外科
出处
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期509-515,共7页
基金
国家自然科学基金(81660400)。
文摘
目的寻找结肠腺癌(COAD)免疫相关预后标志物,以期能够准确预测COAD患者预后。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析COAD患者免疫相关差异基因,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)与COX回归分析得到风险模型,根据风险值的中位值将患者分为高、低风险组,比较两者预后,在基因表达数据集(GEO)数据库中验证模型。结果通过分析共得到1015个免疫相关差异基因。COX回归分析得到由维甲酸受体相关孤核受体C(RORC)、富含亮氨酸重复序列Fli-I相互作用蛋白2(LRRFIP2)、半乳糖凝集素4(LGALS4)构成的风险模型,高风险组较低风险组预后较差并在GEO中得到验证,通过单因素与多因素COX分析发现模型可作为COAD患者独立预后风险模型。结论通过免疫相关预后差异基因建立模型,可以预测COAD患者预后。
关键词
结肠腺癌
免疫相关基因
维甲
酸
受体相关孤核受体C(RORC)
富含
亮
氨
酸
重复
序列
fli-i
相互作用
蛋白
2(
lrrfip
2)
半乳糖凝集素4(LGALS4/galectin-4)
癌症基因组图谱(TCGA)
预后
Keywords
colon adenocarcinoma
immune related genes(IREGs)
RAR related orphan receptor C(RORC)
leucine-rich repeat
fli-i
-interacting protein
2
(
lrrfip
2
)
lectin galactoside-binding soluble 4(galectin 4)
TCGA
prognosis
分类号
R656.9 [医药卫生—外科学]
R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]
R735.35 [医药卫生—肿瘤]
R730.7 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
LRIG2基因短发夹RNA表达载体的构建、鉴定和稳定株的筛选
王宝峰
蔡明俊
陈如东
韩林
郭东生
雷霆
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
加权基因共表达网络分析筛选结肠腺癌预后相关的免疫标志物
何翔
万首伟
贺强
侯吉学
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
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