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高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用
被引量：
31
1
作者
林涛
倪志华
+1 位作者
沈明山
陈亮
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第5期551-554,共4页
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的...
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 .
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关键词
高频
密码子分析
法
高表达优越
密码子
酵母
烟草
植物基因工程
相对使用频率
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职称材料
川芎转录组密码子使用偏好性分析
被引量：
6
2
作者
李慧娟
潘思皓
+5 位作者
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
《湖北农业科学》
2017年第18期3549-3553,共5页
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明...
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明,总GC含量为41.4%,有效密码子占总数的16.17%,最优密码子偏好以A/U结尾,表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因(PAL、C4H、C3H与COMT)与不同模式生物的稀有密码子,表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个,与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个,这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。
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关键词
川芎(Ligusticum
chuanxiong
Hort.)
阿魏酸
生物合成相关基因
密码子
偏好性
分析
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职称材料
中华猕猴桃GRAS基因家族鉴定及低温胁迫表达分析
被引量：
6
3
作者
毛可欣
王海荣
+4 位作者
安淼
刘腾飞
王世金
李健
李国田
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期297-307,共11页
GRAS基因家族广泛参与植物生长和逆境响应,而低温是制约猕猴桃生产和分布的重要因素之一,鉴定猕猴桃GRAS基因家族,分析其在低温胁迫中的表达情况,为猕猴桃的抗寒研究和品种选育提供理论依据。以中华猕猴桃‘红阳’基因组为参考进行GRAS...
GRAS基因家族广泛参与植物生长和逆境响应,而低温是制约猕猴桃生产和分布的重要因素之一,鉴定猕猴桃GRAS基因家族,分析其在低温胁迫中的表达情况,为猕猴桃的抗寒研究和品种选育提供理论依据。以中华猕猴桃‘红阳’基因组为参考进行GRAS家族保守结构域比对,通过对鉴定到的家族成员进行系统进化树、蛋白理化性质、基因结构、蛋白三级结构、蛋白质motif、顺式作用元件、共线性、密码子偏好性和基因表达模式等进行分析。结果表明,猕猴桃基因组共存在79个GRAS家族成员,分属于8个亚家族,且各亚家族基因、蛋白结构有所差异。顺式作用原件分析显示该家族基因参与多种植物激素、生长发育以及胁迫响应。密码子偏好性分析发现,该家族密码子第3位碱基更偏好使用嘧啶类碱基(G/T)。鉴定到6个基因可能参与猕猴桃低温胁迫过程,并进行荧光定量PCR验证了该猜测。该研究补充了猕猴桃GRAS基因家族鉴定分析的空白,为猕猴桃抗寒研究奠定分子基础。
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关键词
猕猴桃
GRAS基因家族
密码子分析
低温胁迫
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职称材料
题名
高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用
被引量：
31
1
作者
林涛
倪志华
沈明山
陈亮
机构
厦门大学细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室
出处
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第5期551-554,共4页
文摘
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 .
关键词
高频
密码子分析
法
高表达优越
密码子
酵母
烟草
植物基因工程
相对使用频率
Keywords
optimal codon
high-frequency codon
yeast
tobacco
分类号
S572 [农业科学—烟草工业]
Q755 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
川芎转录组密码子使用偏好性分析
被引量：
6
2
作者
李慧娟
潘思皓
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
机构
西南交通大学生命科学与工程学院
中国人民解放军成都军区总医院
出处
《湖北农业科学》
2017年第18期3549-3553,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31500276)
四川省应用基础研究项目(2017JY0222)
+2 种基金
成都市科技技术研发项目(2015-HM01-00051-SF)
省级大学生创新创业训练计划资助项目(2016088)
中央高校基本科研业务费医学类专题研究项目(NO.2682016YXZT09)
文摘
为了解川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据,对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用Codon W、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明,总GC含量为41.4%,有效密码子占总数的16.17%,最优密码子偏好以A/U结尾,表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因(PAL、C4H、C3H与COMT)与不同模式生物的稀有密码子,表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个,与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个,这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。
关键词
川芎(Ligusticum
chuanxiong
Hort.)
阿魏酸
生物合成相关基因
密码子
偏好性
分析
Keywords
Ligusticum chuanxiong Hort.
ferulic acid
genes involved in biosynthesis
codon preference analysis
分类号
S567.239 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
中华猕猴桃GRAS基因家族鉴定及低温胁迫表达分析
被引量：
6
3
作者
毛可欣
王海荣
安淼
刘腾飞
王世金
李健
李国田
机构
山东省果树研究所
云南大学生命科学学院
北方奇异果(日照)技术研究院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期297-307,共11页
基金
山东省农业科学院创新工程项目(CXGC2023A12,CXGC2023G37)
山东省农业良种工程项目(2021LZGC007)
山东省农业科学院高层次人才引进项目(CXGC2021B34)。
文摘
GRAS基因家族广泛参与植物生长和逆境响应,而低温是制约猕猴桃生产和分布的重要因素之一,鉴定猕猴桃GRAS基因家族,分析其在低温胁迫中的表达情况,为猕猴桃的抗寒研究和品种选育提供理论依据。以中华猕猴桃‘红阳’基因组为参考进行GRAS家族保守结构域比对,通过对鉴定到的家族成员进行系统进化树、蛋白理化性质、基因结构、蛋白三级结构、蛋白质motif、顺式作用元件、共线性、密码子偏好性和基因表达模式等进行分析。结果表明,猕猴桃基因组共存在79个GRAS家族成员,分属于8个亚家族,且各亚家族基因、蛋白结构有所差异。顺式作用原件分析显示该家族基因参与多种植物激素、生长发育以及胁迫响应。密码子偏好性分析发现,该家族密码子第3位碱基更偏好使用嘧啶类碱基(G/T)。鉴定到6个基因可能参与猕猴桃低温胁迫过程,并进行荧光定量PCR验证了该猜测。该研究补充了猕猴桃GRAS基因家族鉴定分析的空白,为猕猴桃抗寒研究奠定分子基础。
关键词
猕猴桃
GRAS基因家族
密码子分析
低温胁迫
Keywords
kiwifruit
GRAS gene family
codon analysis
low temperature stress
分类号
S663.4 [农业科学—果树学]
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用
林涛
倪志华
沈明山
陈亮
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2002
31
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
川芎转录组密码子使用偏好性分析
李慧娟
潘思皓
杜函圳
孙静莹
刘蓄坚
谭艳
周嘉裕
廖海
《湖北农业科学》
2017
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
中华猕猴桃GRAS基因家族鉴定及低温胁迫表达分析
毛可欣
王海荣
安淼
刘腾飞
王世金
李健
李国田
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
6
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职称材料
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