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蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析
1
作者 石生林 张莹 +4 位作者 王国宝 王勇 刘彦群 杨瑞生 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期77-83,共7页
蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phc... 蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phcy NPV和Anpe NPV的密码子使用模式。Phcy NPV、Anpe NPV分别只有1个和4个ORF的密码子偏好性较强。与Anpe NPV比较,Phcy NPV少数ORF的GC含量、GC3s含量、有效密码子数量和密码子偏好参数变化较大,但2种病毒ORF组间的GC含量、GC3s含量、有效密码子数和密码子偏好参数均无统计学差异(P=0.135、P=0.189、P=0.192、P=0.200)。2种病毒ORF组间,由同义密码子编码的18种氨基酸的密码子使用均无统计学差异(P>0.05),鉴定的17种偏好性密码子也均相同。GC碱基组成是影响2种病毒ORF组密码子使用模式的主要因素,而自然选择对GC碱基组成的影响大于突变压力,但2种病毒间自然选择的影响程度无统计学差异(P=0.770)。Phcy NPV在适应新宿主蓖麻蚕的进化过程中密码子使用模式变化较小,尚不能通过密码子使用模式分析解释杆状病毒在不同宿主间的交叉感染机制。 展开更多
关键词 蓖麻蚕核型多角体病毒 柞蚕核型多角体病毒 密码子偏好性 密码子使用模式 适应性
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脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式
2
作者 张瑜 张峰 +1 位作者 王树瑜 孙晓林 《安徽农业科学》 CAS 2013年第22期9202-9204,共3页
文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜... 文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜性的正负偏差总体是平衡的,但几种在整体多聚蛋白质编码区域内使用为负偏嗜的稀有密码子却倾向于出现于编码起始区和终止区。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为EMCV开放阅读框两端的稀有密码子偏好性使用对整体阅读框的表达具有负调控作用。该研究说明"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些RNA病毒基因组。 展开更多
关键词 脑心肌炎病毒 翻译起始区 翻译终致区 密码子使用模式
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昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析
3
作者 李苗苗 谌苗苗 +3 位作者 姜义仁 石生林 刘彦群 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期109-115,共7页
沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC... 沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标。结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小;多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱;18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾;供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys);对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53%和12.49%,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关。综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响。 展开更多
关键词 昆虫共生细菌 沃尔巴克氏体 外膜蛋白基因 碱基组成 密码子使用模式
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杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析
4
作者 石生林 张莹 +2 位作者 周敬林 刘彦群 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期264-269,共6页
为阐明杆状病毒几丁质酶基因（v-Chi A）密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因（Chi-h）、沙雷氏菌几丁质酶基因（Chi A）以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran... 为阐明杆状病毒几丁质酶基因（v-Chi A）密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因（Chi-h）、沙雷氏菌几丁质酶基因（Chi A）以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran基因为代表的基因组（表示为lef8-lef9-pg）的密码子使用模式。结果表明,杆状病毒v-Chi A与昆虫Chi-h的GC含量、GC3s含量、有效密码子数（ENc）及与沙雷氏菌Chi A的GC含量均无统计学差异（P〉0.05）;与杆状病毒lef8-lef9-pg的GC含量、GC3s含量、ENc值以及沙雷氏菌Chi A的GC3s含量、ENc值均有统计学差异（P〈0.05）。杆状病毒v-Chi A与lef8-lef9-pg、昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的同义密码子使用均高度相似（相似性系数分别为0.992、0.870、0.862）。选择与突变共同影响杆状病毒v-Chi A和lef8-lef9-pg的密码子使用,而昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的密码子使用完全由选择所影响。综上所述,杆状病毒v-Chi A的碱基组成及密码子偏好性与昆虫Chi-h相似,与lef8-lef9-pg不同;密码子使用的影响因素与lef8-lef9-pg相似,与昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A不同。上述结果从密码子使用角度证实了杆状病毒v-Chi A来源于昆虫Chi-h的水平转移。 展开更多
关键词 杆状病毒 几丁质酶基因 基因水平转移 密码子使用模式
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猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素 被引量：4
5
作者 牟一娇 吴润 王永录 《安徽农业科学》 CAS 2013年第1期149-151,共3页
[目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法]通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码子使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的G... [目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法]通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码子使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的GC含量和低的密码子偏好性,不同基因型的PCV在密码子使用上具有显著差异,并且PCV与圆环病毒科中的其他病毒的密码子使用模式也存在差异。PCV与其宿主的密码子使用模式存在一定程度的相似性。此外,地理因素、蛋白质总的平均疏水性和芳香性等可能与PCV的密码子使用模式的形成有关。[结论]PCV基因组的密码子使用模式的形成是突变压力与自然选择相互作用的结果。该研究对阐明PCV的密码子使用规律以及分子进化过程提供了最新的信息。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 密码子使用模式 突变压力 自然选择
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赖草属叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量：4
6
作者 刘文丽 王智勇 +5 位作者 田春育 杨艳婷 刘倩 冯玉梅 武自念 李志勇 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期14-23,共10页
以16种赖草属植物叶绿体基因组的50条基因序列为研究对象,使用密码子碱基组成分析、中性绘图分析、PR2-plot绘图分析、ENC-plot绘图分析、基因参数相关性分析和聚类分析等多种生物信息学方法分析赖草属叶绿体基因组密码子偏好性,结果表... 以16种赖草属植物叶绿体基因组的50条基因序列为研究对象,使用密码子碱基组成分析、中性绘图分析、PR2-plot绘图分析、ENC-plot绘图分析、基因参数相关性分析和聚类分析等多种生物信息学方法分析赖草属叶绿体基因组密码子偏好性,结果表明:(1)赖草属叶绿体基因组密码子富含A和U,高频密码子也多以A/U结尾。(2)赖草属有效密码子数值在39.81~61.00之间。(3)16种赖草属植物根据聚类分析可分为两组,Leymus multicaulis、Leymus karelinii、Leymus racemosus、Leymus secalinus、Leymus ramosus、Leymus paboanus、Leymus duthiei、Leymus chinensis、Leymus arenarius为一组,Leymus coreanus、Leymus komarovii、Leymus triticoides、Leymus cinereus、Leymus condensatus、Leymus mollis、Leymus angustus为一组。综合分析表明,16种赖草属植物密码子偏好性受多种因素影响,选择作用影响较大,密码子的偏好性较弱,种间进化差异不显著,基因间偏差小。 展开更多
关键词 赖草属 叶绿体基因组 密码子偏好性 聚类分析 密码子使用模式
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竹节参转录组使用密码子偏好性分析 被引量：16
7
作者 梁娥 齐敏杰 +1 位作者 丁延庆 张来 《江苏农业科学》 2019年第2期59-63,共5页
竹节参是我国珍稀濒危中药材,研究其基因密码子使用模式,可为利用基因工程技术实现人参皂苷异源生物合成及竹节参分子育种改良提供理论依据。以竹节参转录组测序结果为数据来源,筛选编码蛋白基因序列(codingsequence,简称CDS)碱基数不小... 竹节参是我国珍稀濒危中药材,研究其基因密码子使用模式,可为利用基因工程技术实现人参皂苷异源生物合成及竹节参分子育种改良提供理论依据。以竹节参转录组测序结果为数据来源,筛选编码蛋白基因序列(codingsequence,简称CDS)碱基数不小于300 bp的11 199条完整开放阅读框序列作为研究对象,利用Codon和SPSS软件分别统计竹节参基因密码子GC含量、密码子第3位的(C+G)含量(GC3)和密码子第1、第2位(G+C)含量的平均值(GC12)、同义密码子的相对使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)等密码子偏好性指标,通过中性绘图(GC12 vs.GC3)、PR2绘图和ENC-GC3s绘图分析影响竹节参密码子使用模式的因素。结果表明,竹节参基因的平均GC、GC12和GC3s含量分别为44. 67%、46. 97%和39. 80%,其密码子使用模式受到突变和选择等多重因素的影响,确定了31个竹节参最优密码子,除了UUG外,其余最优密码子均以A或T结尾。竹节参密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母相比差异较大,选取毕赤酵母作为竹节参基因的异源表达宿主更为合适。 展开更多
关键词 竹节参 转录组 密码子使用模式 最优密码子
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金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析 被引量：8
8
作者 张加强 刘慧春 +3 位作者 王杰 许雯婷 周江华 朱开元 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期821-830,共10页
通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分... 通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分析。金银花大毛花叶绿体基因组GC含量为39.18%,有效密码子数(ENc)为48.81,密码子的使用偏好性较弱;GC与GC1、GC2、GC3、GC3s、GC和CAI之间的相关系数均达到显著或极显著水平;同义密码子的相对使用频率(RSCU)大于1的密码子有30个,其中,28个以A/T结尾;综合ENc-plot分析、PR2-plot分析、中性绘图分析及对应性分析表明,在金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性的形成过程中,选择压力和突变及其他因素共同发挥着重要作用。基于相对同义密码子使用分析,确定了30个高频密码子和5个最优密码子,最优密码子均以A或T结尾。本研究明确了金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性受选择压力和突变等因素的共同影响,并筛选出5个最优密码子。 展开更多
关键词 金银花 密码子使用模式 叶绿体基因组 最优密码子
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思茅松及云南松转录组密码子偏好性比较分析 被引量：1
9
作者 原晓龙 王毅 +4 位作者 罗婷 李云琴 毕玮 陈伟 李江 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期153-163,共11页
【目的】比较思茅松Pinus kesiya var.langbianensis和云南松P.yunnanensis转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云... 【目的】比较思茅松Pinus kesiya var.langbianensis和云南松P.yunnanensis转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,同时统计和计算其他相关参数,推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面,云南松为GC12(0.50)>GC3s(0.47),思茅松根为GC12(0.51)>GC3s(0.32);在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面,高产脂树皮为GC12(0.49)>GC3s(0.45),低产脂树皮为GC12(0.50)>GC3s(0.41),说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾;它们的CAI值相较于被子植物均较低,这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱;且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响;最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较,发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似,与构巢曲霉和拟南芥的相对接近,说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主,是多种因素共同作用的结果,构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供理论基础和参考依据。 展开更多
关键词 思茅松 云南松 转录组 密码子使用模式 密码子偏好性 密码子使用频率
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