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脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式
1
作者
张瑜
张峰
+1 位作者
王树瑜
孙晓林
《安徽农业科学》
CAS
2013年第22期9202-9204,共3页
文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜...
文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜性的正负偏差总体是平衡的,但几种在整体多聚蛋白质编码区域内使用为负偏嗜的稀有密码子却倾向于出现于编码起始区和终止区。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为EMCV开放阅读框两端的稀有密码子偏好性使用对整体阅读框的表达具有负调控作用。该研究说明"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些RNA病毒基因组。
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关键词
脑心肌炎病毒
翻译起始区
翻译终致区
密码子使用模式
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职称材料
猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素
被引量：
4
2
作者
牟一娇
吴润
王永录
《安徽农业科学》
CAS
2013年第1期149-151,共3页
[目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法]通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码子使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的G...
[目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法]通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码子使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的GC含量和低的密码子偏好性,不同基因型的PCV在密码子使用上具有显著差异,并且PCV与圆环病毒科中的其他病毒的密码子使用模式也存在差异。PCV与其宿主的密码子使用模式存在一定程度的相似性。此外,地理因素、蛋白质总的平均疏水性和芳香性等可能与PCV的密码子使用模式的形成有关。[结论]PCV基因组的密码子使用模式的形成是突变压力与自然选择相互作用的结果。该研究对阐明PCV的密码子使用规律以及分子进化过程提供了最新的信息。
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关键词
猪圆环病毒
密码子使用模式
突变压力
自然选择
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职称材料
金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析
被引量：
6
3
作者
张加强
刘慧春
+3 位作者
王杰
许雯婷
周江华
朱开元
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第4期821-830,共10页
通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分...
通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分析。金银花大毛花叶绿体基因组GC含量为39.18%,有效密码子数(ENc)为48.81,密码子的使用偏好性较弱;GC与GC1、GC2、GC3、GC3s、GC和CAI之间的相关系数均达到显著或极显著水平;同义密码子的相对使用频率(RSCU)大于1的密码子有30个,其中,28个以A/T结尾;综合ENc-plot分析、PR2-plot分析、中性绘图分析及对应性分析表明,在金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性的形成过程中,选择压力和突变及其他因素共同发挥着重要作用。基于相对同义密码子使用分析,确定了30个高频密码子和5个最优密码子,最优密码子均以A或T结尾。本研究明确了金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性受选择压力和突变等因素的共同影响,并筛选出5个最优密码子。
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关键词
金银花
密码子使用模式
叶绿体基因组
最优
密码子
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职称材料
题名
脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式
1
作者
张瑜
张峰
王树瑜
孙晓林
机构
甘肃农业大学动物医学院
中牧实业股份有限公司兰州生物药厂
出处
《安徽农业科学》
CAS
2013年第22期9202-9204,共3页
基金
甘肃省农业支撑计划(No.1104NKCA082)
文摘
文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜性的正负偏差总体是平衡的,但几种在整体多聚蛋白质编码区域内使用为负偏嗜的稀有密码子却倾向于出现于编码起始区和终止区。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为EMCV开放阅读框两端的稀有密码子偏好性使用对整体阅读框的表达具有负调控作用。该研究说明"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些RNA病毒基因组。
关键词
脑心肌炎病毒
翻译起始区
翻译终致区
密码子使用模式
Keywords
Encephalomyocarditis virus
Translation initiation region
Translation termination region
Codon usage pattern
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素
被引量：
4
2
作者
牟一娇
吴润
王永录
机构
甘肃农业大学动物医学院
中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室国家口蹄疫参考实验室
出处
《安徽农业科学》
CAS
2013年第1期149-151,共3页
基金
公益性行业(农业)科研专项经费项目(201203039)
文摘
[目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法]通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码子使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的GC含量和低的密码子偏好性,不同基因型的PCV在密码子使用上具有显著差异,并且PCV与圆环病毒科中的其他病毒的密码子使用模式也存在差异。PCV与其宿主的密码子使用模式存在一定程度的相似性。此外,地理因素、蛋白质总的平均疏水性和芳香性等可能与PCV的密码子使用模式的形成有关。[结论]PCV基因组的密码子使用模式的形成是突变压力与自然选择相互作用的结果。该研究对阐明PCV的密码子使用规律以及分子进化过程提供了最新的信息。
关键词
猪圆环病毒
密码子使用模式
突变压力
自然选择
Keywords
Porcine circovirus
Codon usage
Mutation pressure
Natural selection
分类号
S858.28 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析
被引量：
6
3
作者
张加强
刘慧春
王杰
许雯婷
周江华
朱开元
机构
浙江省园林植物与花卉研究所
浙江省丽水市遂昌县农作物技术推广中心
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第4期821-830,共10页
基金
浙江省农业科学院科技新成果示范推广项目(tg2021009)
浙江省农业科学院地方科技合作项目(PJ202104)
2020年度萧山区重大科技计划项目(2020219)。
文摘
通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分析。金银花大毛花叶绿体基因组GC含量为39.18%,有效密码子数(ENc)为48.81,密码子的使用偏好性较弱;GC与GC1、GC2、GC3、GC3s、GC和CAI之间的相关系数均达到显著或极显著水平;同义密码子的相对使用频率(RSCU)大于1的密码子有30个,其中,28个以A/T结尾;综合ENc-plot分析、PR2-plot分析、中性绘图分析及对应性分析表明,在金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性的形成过程中,选择压力和突变及其他因素共同发挥着重要作用。基于相对同义密码子使用分析,确定了30个高频密码子和5个最优密码子,最优密码子均以A或T结尾。本研究明确了金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性受选择压力和突变等因素的共同影响,并筛选出5个最优密码子。
关键词
金银花
密码子使用模式
叶绿体基因组
最优
密码子
Keywords
Lonicera japonica
codon usage pattern
chloroplast genome
optimal codon
分类号
S567 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式
张瑜
张峰
王树瑜
孙晓林
《安徽农业科学》
CAS
2013
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素
牟一娇
吴润
王永录
《安徽农业科学》
CAS
2013
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析
张加强
刘慧春
王杰
许雯婷
周江华
朱开元
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2023
6
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