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灰飞虱来源的水稻条纹病毒病害特异性蛋白基因遗传多样性
被引量：
8
1
作者
任春梅
程兆榜
+3 位作者
季英华
熊如意
范永坚
周益军
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2010年第6期132-138,共7页
对来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱来源的21个水稻条纹病毒分离物的病害特异性蛋白（sp）基因进行了遗传多样性分析研究.序列测定表明,所有分离物的sp基因大小相同,均由537个核苷酸组成,编码178个氨基酸和1个终止密码子.采用DNAS...
对来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱来源的21个水稻条纹病毒分离物的病害特异性蛋白（sp）基因进行了遗传多样性分析研究.序列测定表明,所有分离物的sp基因大小相同,均由537个核苷酸组成,编码178个氨基酸和1个终止密码子.采用DNAStar软件进行分析,21个RSV分离物核苷酸和推导的编码蛋白氨基酸序列同源性分别为96.1%～100%和95.5%～100%.与已报道水稻来源的27个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明,RSV-sp基因核苷酸序列变异相对较大,除灰飞虱来源的或者云南来源的分离物相对独立成组外无明显的规律性.从功能上分析,其遗传多样性首先与寄主相关,从寄主角度可以划分为灰飞虱和水稻两个寄主群;其次与地缘相关,在灰飞虱寄主群中可以分成中国云南及云南以外的两个地理亚群,在水稻寄主群中可以划分为中国云南和云南以外的多个地理亚群.
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关键词
水稻条纹病毒
sp基因
遗传多样性
寄主群
地理亚
群
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职称材料
灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异
被引量：
2
2
作者
任春梅
程兆榜
+2 位作者
杨柳
缪倩
周益军
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2016年第8期1854-1863,共10页
为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，...
为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，再结合Genbank中已报道的其他分离物序列，利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分离物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明，20个分离物NS2和NS32个基因核苷酸序列同源性分别为96．5％～100％（NS2）和95．4％～100％（NS3），推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97．0％-100％（NS2）和96．2％-100％（NS3）。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组，其中一组均为中国云南水稻上的分离物，2组间遗传距离分别为0．05711（NS2）和0．06081（NS3），2基因的Z—test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析，其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关，2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群；其次与寄主相关，可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。
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关键词
水稻条纹病毒
NS2和NS3基因
分子变异
寄主群
地理亚
群
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职称材料
题名
灰飞虱来源的水稻条纹病毒病害特异性蛋白基因遗传多样性
被引量：
8
1
作者
任春梅
程兆榜
季英华
熊如意
范永坚
周益军
机构
江苏省农科院植物保护研究所
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2010年第6期132-138,共7页
基金
国家支撑计划(2006BAD02A16
2006BAD08A04)
+2 种基金
国家自然科学基金(30300230)
农业部行业专项(nyhyzx07-051)
江苏省自然科学基金(BK2010018)
文摘
对来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱来源的21个水稻条纹病毒分离物的病害特异性蛋白（sp）基因进行了遗传多样性分析研究.序列测定表明,所有分离物的sp基因大小相同,均由537个核苷酸组成,编码178个氨基酸和1个终止密码子.采用DNAStar软件进行分析,21个RSV分离物核苷酸和推导的编码蛋白氨基酸序列同源性分别为96.1%～100%和95.5%～100%.与已报道水稻来源的27个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明,RSV-sp基因核苷酸序列变异相对较大,除灰飞虱来源的或者云南来源的分离物相对独立成组外无明显的规律性.从功能上分析,其遗传多样性首先与寄主相关,从寄主角度可以划分为灰飞虱和水稻两个寄主群;其次与地缘相关,在灰飞虱寄主群中可以分成中国云南及云南以外的两个地理亚群,在水稻寄主群中可以划分为中国云南和云南以外的多个地理亚群.
关键词
水稻条纹病毒
sp基因
遗传多样性
寄主群
地理亚
群
Keywords
Rice stripe virus
Disease-specific protein gene
Genetic diversity
Hosts colony
Geographical colony
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异
被引量：
2
2
作者
任春梅
程兆榜
杨柳
缪倩
周益军
机构
江苏省农业科学院植物保护研究所
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2016年第8期1854-1863,共10页
基金
国家自然科学基金(31201506)
国家公益性(农业)行业专项(201003031)
江苏省农业科技自主创新项目[CX(13)5026]
文摘
为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，再结合Genbank中已报道的其他分离物序列，利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分离物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明，20个分离物NS2和NS32个基因核苷酸序列同源性分别为96．5％～100％（NS2）和95．4％～100％（NS3），推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97．0％-100％（NS2）和96．2％-100％（NS3）。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组，其中一组均为中国云南水稻上的分离物，2组间遗传距离分别为0．05711（NS2）和0．06081（NS3），2基因的Z—test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析，其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关，2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群；其次与寄主相关，可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。
关键词
水稻条纹病毒
NS2和NS3基因
分子变异
寄主群
地理亚
群
Keywords
Rice stripe virus
NS2 and NS3 genes
Molecular valiality
Hosts colony
Geographical colony
分类号
S432.45 [农业科学—植物病理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
灰飞虱来源的水稻条纹病毒病害特异性蛋白基因遗传多样性
任春梅
程兆榜
季英华
熊如意
范永坚
周益军
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2010
8
在线阅读
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职称材料
2
灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异
任春梅
程兆榜
杨柳
缪倩
周益军
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2016
2
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