通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-...通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。展开更多
西南大学生物技术学院万永继教授研究团队在国际生物工程类Top期刊Applied Microbiology and Biotechnology（IF=3.337）在线发表了＂Antiviral activity and specific modes of action of bacterial prodigiosin against Bombyx mori n...西南大学生物技术学院万永继教授研究团队在国际生物工程类Top期刊Applied Microbiology and Biotechnology（IF=3.337）在线发表了＂Antiviral activity and specific modes of action of bacterial prodigiosin against Bombyx mori nucleopolyhedrovirus in vitro＂的研究论文。展开更多
家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基...家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基因组DNA,根据家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)基因组中VD1链的非结构蛋白基因VD1 ORF3序列设计特异性引物,并以病蚕基因组为模板进行PCR扩增,以检测该地区的病蚕是否感染BmBDV,同时比较VD1 ORF3基因同源性和遗传距离,以该基因片段构建系统发育树。PCR扩增结果显示,该地区有5份病蚕样本扩增到特异性目的片段而确定感染BmBDV。系统进化分析得知,家蚕二分浓核病毒-鹤庆株(BmBDV-Heqing)与已报道的家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)亲缘关系最近,说明分离得到的家蚕二分浓核病毒为BmBDV-3的一个分离株系。展开更多
文摘通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。
文摘西南大学生物技术学院万永继教授研究团队在国际生物工程类Top期刊Applied Microbiology and Biotechnology（IF=3.337）在线发表了＂Antiviral activity and specific modes of action of bacterial prodigiosin against Bombyx mori nucleopolyhedrovirus in vitro＂的研究论文。
文摘家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基因组DNA,根据家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)基因组中VD1链的非结构蛋白基因VD1 ORF3序列设计特异性引物,并以病蚕基因组为模板进行PCR扩增,以检测该地区的病蚕是否感染BmBDV,同时比较VD1 ORF3基因同源性和遗传距离,以该基因片段构建系统发育树。PCR扩增结果显示,该地区有5份病蚕样本扩增到特异性目的片段而确定感染BmBDV。系统进化分析得知,家蚕二分浓核病毒-鹤庆株(BmBDV-Heqing)与已报道的家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)亲缘关系最近,说明分离得到的家蚕二分浓核病毒为BmBDV-3的一个分离株系。
