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室间隔缺损胎儿心室肌组织微小RNAs时序性表达差异研究 被引量:4
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作者 余章斌 韩树萍 +4 位作者 朱春 邱玉芳 陈玉林 董小玥 郭锡熔 《中国循证儿科杂志》 CSCD 2011年第5期368-375,共8页
目的采用微小RNAs(miRNAs)表达谱芯片分析不同孕龄(孕早期与孕中期)室间隔缺损(VSD)胎儿心室肌组织中时序性表达差异的miRNAs。方法连续性纳入2009年7~12月南京医科大学附属南京妇幼保健院因病理因素流产经解剖证实为VSD且不合并其他... 目的采用微小RNAs(miRNAs)表达谱芯片分析不同孕龄(孕早期与孕中期)室间隔缺损(VSD)胎儿心室肌组织中时序性表达差异的miRNAs。方法连续性纳入2009年7~12月南京医科大学附属南京妇幼保健院因病理因素流产经解剖证实为VSD且不合并其他畸形的胎儿为VSD组。以同期因生理性难免流产,并经解剖证实无心脏畸形和其他器官畸形的胎儿为对照组,依据孕龄与VSD组1:1匹配。根据孕龄,将VSD组和对照组分别分为孕早期亚组和孕中期亚组。采用Agilent Human2.0 miRNAs表达谱芯片观察胎儿心室肌组织miRNAs表达变化,芯片数据采用生物信息学方法进行分析,包括差异miRNAs筛选,预测miRNAs靶基因Gene Ontology分析,靶基因信号通路分析,并采用实时PCR法验证芯片结果。结果 VSD组和对照组各纳入6例,两组孕早期亚组和孕中期亚组均各3例。①通过差异miRNAs筛选,发现孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组间有33个时序性表达差异的miRNAs。19个miRNAs在孕早期VSD亚组表达上调,在孕中期VSD亚组表达下调;14个miRNAs在孕早期VSD亚组表达下调,在孕中期VSD亚组表达上调。②生物信息学预测到2761个靶基因,大部分miRNAs的靶基因中含有与心脏发育直接相关的关键基因(TBX5、GATA4、TBX1和NKX2-5等)。③靶基因GeneOntology分析表明其中与细胞进程、代谢过程和生物调控相关的靶基因分别占整个靶基因数量的23.5%、18.3%和17.7%。④靶基因信号通路分析发现,WNT信号通路中的靶基因在孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组中存在时序性差异。⑤随机挑选孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组时序性表达差异的4个miRNAs(hsa-miR-19a、hsa-let-7e、hsa-miR-134和hsa-miR-206)进行验证,定量PCR结果显示,孕早期VSD亚组分别上调3.2(hsa-miR-19a)和4.1倍(hsa-let-7e),下调5.3(hsa-miR-134)和4.4倍(hsa-miR-206);孕中期VSD亚组分别下调4.8(hsa-miR-19a)和3.4倍(hsa-let-7e),上调4.5(hsa-miR-134)和3.9倍(hsa-miR-206)。结论时序性表达差异的miRNAs在胎儿VSD畸形的发生中可能起着重要作用,但本研究样本量较小,需要进一步扩大样本量进行验证。这些差异表达miRNAs的预测靶基因与细胞发育、分化和代谢密切相关,含有与心脏发育直接相关的关键基因,部分靶基因为WNT信号通路中的关键因子,提示VSD的发生发展是机体在miRNAs的参与下,在多个层面上使基因表达失控的共同结果。 展开更多
关键词 间隔缺损 胎儿 微小rnaS 差异表达
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室间隔缺损相关的长链非编码RNA TUC40-的生物信息学及表达谱分析
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作者 李慧娟 蒋犁 +2 位作者 余章斌 韩树萍 刘雪华 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期1-8,共8页
目的探讨TUC40-在人和小鼠心脏胚胎发育过程中是否发挥作用。方法应用生物信息学网站NCBI、UCSC、Uniprot及软件Clustal、DNAMAN、MEGA 6等,对TUC40-及其编码片段uc.40-进行分析;采用链特异性逆转录实时定量聚合酶链反应检测TUC40-与其... 目的探讨TUC40-在人和小鼠心脏胚胎发育过程中是否发挥作用。方法应用生物信息学网站NCBI、UCSC、Uniprot及软件Clustal、DNAMAN、MEGA 6等,对TUC40-及其编码片段uc.40-进行分析;采用链特异性逆转录实时定量聚合酶链反应检测TUC40-与其正义链产物Pbx1 mRNA在小鼠胚胎心脏发育关键时间点的表达谱。结果 Uc.40-于核苷酸序列、基因组位置及转录因子结合位点3个水平在人和小鼠具有保守性。TUC40-与Pbx1 mRNA在小鼠心脏胚胎发育过程中呈现负性趋势。结论 Uc.40-的多水平保守性提示了TUC40-功能的保守性。TUC40-可能是通过调控Pbx1,在人和小鼠的心脏胚胎发育中发挥作用。 展开更多
关键词 长链非编码rna 生物信息学 保守性 表达谱 间隔缺损
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microRNA-23b表达异常与心脏发育缺陷相关性分析 被引量:1
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作者 陈斌 顾海涛 +2 位作者 顾群 刘鸿 张石江 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期6-10,21,共6页
目的:探讨microRNA-23b(miR-23b)表达异常与心脏发育缺陷的关系。方法 :收集人胚胎心肌组织和发育中的小鼠胚胎心肌组织,0.9%二甲亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)诱导P19细胞定向分化为心肌细胞,定量PCR检测人胚胎心肌组织、小鼠胚胎心... 目的:探讨microRNA-23b(miR-23b)表达异常与心脏发育缺陷的关系。方法 :收集人胚胎心肌组织和发育中的小鼠胚胎心肌组织,0.9%二甲亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)诱导P19细胞定向分化为心肌细胞,定量PCR检测人胚胎心肌组织、小鼠胚胎心肌组织和P19细胞分化过程中miR-23b的表达特点,运用在线数据库对miR-23b进行生物信息学分析,分析其可能的靶基因以及涉及的信号通路,综合分析miR-23b表达异常与心脏发育缺陷的关系。结果:miR-23b在孕早期人室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)胚胎心肌组织中上调4.4倍,在孕中期VSD组下调3.5倍;小鼠胚胎发育d12.5、d14.5、d16.5、d18.5的4个时间点miR-23b的表达量逐渐增高,d14.5后各组间差异具有显著性(P<0.05);P19细胞定向分化过程中miR-23b的表达量逐渐下降,d4后各组间有显著差异(P<0.05);生物信息学分析提示miR-23b可能涉及转化生长因子β(TGF-β)、Notch、Wnt信号通路。结论 :miR-23b表达异常可能通过影响心肌细胞的增殖、凋亡、迁移、分化等细胞功能,导致心脏发育缺陷。 展开更多
关键词 心脏发育 间隔缺损:微小rna 生物信息学
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Pax-8基因在大鼠心肌细胞凋亡中的作用 被引量:10
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作者 高瞻 来丹丹 +5 位作者 张敏 周希 黄芳 黄晓燕 张怀勤 杨德业 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1082-1084,共3页
目的用RNA干扰技术选择性下调大鼠心肌细胞中转录因子Pax-8的表达,观察其对心肌细胞凋亡和增殖的影响。方法将H9C2(2-1)大鼠胚胎心肌细胞分为3组:针对Pax-8基因的小干扰RNA(Pax-8 siRNA)组,非特异性siRNA(NCsiRNA)组和空白对照组。前两... 目的用RNA干扰技术选择性下调大鼠心肌细胞中转录因子Pax-8的表达,观察其对心肌细胞凋亡和增殖的影响。方法将H9C2(2-1)大鼠胚胎心肌细胞分为3组:针对Pax-8基因的小干扰RNA(Pax-8 siRNA)组,非特异性siRNA(NCsiRNA)组和空白对照组。前两组分别给予相应siRNA(5μl)和Lipofectamine 2000(5μl)配制成的siRNA-脂质体复合物溶液,空白对照组给予等量的细胞培养基。采用RT-PCR和Western blotting测定Pax-8的mRNA和蛋白质表达,荧光光度法检测半胱天冬酶(Caspase)-3活性以反映细胞凋亡,CCK-8法检验细胞的增殖抑制率。结果与NCsiRNA组和空白对照组比较,Pax-8 siRNA组的Pax-8 mRNA表达分别下调60.30%(P<0.05)和63.09%(P<0.05),蛋白表达分别下调50.38%(P<0.05)和54.17%(P<0.05),而NCsiRNA组与空白对照组间无显著差异(P>0.05)。Pax-8 siRNA组的Caspase-3活性较NCsiRNA组和空白对照组明显升高(P<0.01),而后两者间无显著差异(P>0.05)。Pax-8 siRNA组的细胞增殖抑制率明显高于NCsiRNA组(P<0.01)。结论Pax-8 siRNA能选择性下调心肌细胞中Pax-8的表达,并促进细胞凋亡、抑制细胞增殖。 展开更多
关键词 PAX8蛋白 大鼠 肌细胞 心脏 细胞凋亡 rna干扰 间隔缺损
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