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实时荧光等位基因特异性扩增法快速检测K-ras癌基因点突变 被引量:3
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作者 朱德斌 邢达 +1 位作者 李贤 张岚 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1031-1034,共4页
将荧光定量PCR技术与等位基因特异性扩增(Allele specific amplification,ASA)方法相结合,发展了一种可以快速检测基因点突变的实时荧光等位基因特异性扩增(Real-time ASA)方法.将该法用于检测K-ras癌基因第12位密码子发生的点突变,分... 将荧光定量PCR技术与等位基因特异性扩增(Allele specific amplification,ASA)方法相结合,发展了一种可以快速检测基因点突变的实时荧光等位基因特异性扩增(Real-time ASA)方法.将该法用于检测K-ras癌基因第12位密码子发生的点突变,分别采用针对其不同点突变方式(GAT,GTT,CGT)设计的突变型引物对待测样品进行ASA,只有突变型样品能被顺利扩增出双链DNA产物,该产物才能与双链DNA染料SYBR GreenⅠ结合,发出荧光信号从而被检测到.用该法检测31例结肠癌组织中的K-ras癌基因点突变,其中有15例样品检出为突变型.Real-time ASA法可检测到样品中含量为1/1000的突变型基因,具有灵敏、快速、简便、安全、高通量和低成本等优点,可望用于大量临床样本的点突变筛查. 展开更多
关键词 实时荧光等位基因特异性扩增 点突变 K-rtu癌基因 结肠癌
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等位基因特异性引物和TaqMan-MGB探针双抑制野生等位基因扩增的实时荧光定量PCR检测JAK2V617F突变率 被引量:2
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作者 梁国威 邵冬华 +1 位作者 何美琳 曹清芸 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1486-1491,共6页
本研究建立在外周血基因组DNA中定量检测JAK2V617F突变率的荧光定量PCR检测方法并探讨其临床应用价值。在实时荧光定量PCR分析系统中,应用等位基因突变引物和等位基因野生TaqMan-MGB探针共同抑制JAK2V617F野生等位基因扩增,从而特异性... 本研究建立在外周血基因组DNA中定量检测JAK2V617F突变率的荧光定量PCR检测方法并探讨其临床应用价值。在实时荧光定量PCR分析系统中,应用等位基因突变引物和等位基因野生TaqMan-MGB探针共同抑制JAK2V617F野生等位基因扩增,从而特异性地扩增JAK2V617F突变等位基因。通过测定不同JAK2V617F突变率标准品及其循环阈值(Ct值),建立JAK2V617F突变率定量测定方法,并对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率进行检测。结果表明,建立的方法定量检测JAK2V617F突变率的下限为0.1%,检测JAK2V617F突变率的批内、批间平均变异率分别为4.1%和6.1%。对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率检测显示,其中2例为JAK2V617F阳性,突变率分别为0.64%和0.98%。结论:建立的JAK2V617F突变率定量检测方法具有检测灵敏度高和重复性好的特性,适合骨髓增殖性疾病的诊断及疾病进程和疗效监测。本方法检测原理可用于各种单碱基突变率的检测,具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 JAK2V617F突变 骨髓殖性疾病 实时荧光定量PCR 等位基因异性引物 TAQMAN-MGB探针 双抑 野生等位基因
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等位基因特异性扩增法在SNP分型中的研究进展 被引量:7
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作者 王清瑶 饶华春 +1 位作者 刁勇 杨会勇 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期62-67,共6页
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)因其分布广、数量大而在疾病研究特别是多基因疾病研究领域显示出巨大的优势,因此临床研究和诊断需要一种快速、简易、准确、经济的SNP检测方法。近年来,等位基因特异性扩增法(Allel... 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)因其分布广、数量大而在疾病研究特别是多基因疾病研究领域显示出巨大的优势,因此临床研究和诊断需要一种快速、简易、准确、经济的SNP检测方法。近年来,等位基因特异性扩增法(Allele-specific polymerase chain reaction,AS-PCR)因其操作简单、成本低廉和结果准确而在SNP检测领域显示了巨大应用潜力,并受到越来越多相关科研和医务工作者的关注。系统的对AS-PCR技术在SNP分型中的研究进展和应用作了全面综述,对其发展方向和应用前景进行了展望。认为通过与其他检测平台联合,AS-PCR可促进SNP检测技术由实验室向临床应用转化的进程,为诸多疑难疾病的防治提供新的思路和参考。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 基因分型 等位基因异性
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多重等位基因特异性扩增--微流控芯片电泳法同时测定多个单核苷酸多态性位点 被引量:2
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作者 汪维鹏 周国华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期219-224,共6页
文章以微流控芯片电泳为检测平台,建立了一种基于DNA适配器连接介导的多重等位基因特异性扩增同时测定多个单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。以白细胞介素1β(IL1B)基因中的7个SNP位点(794C>T、1274C>T、2143T>C、2766T>del... 文章以微流控芯片电泳为检测平台,建立了一种基于DNA适配器连接介导的多重等位基因特异性扩增同时测定多个单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。以白细胞介素1β(IL1B)基因中的7个SNP位点(794C>T、1274C>T、2143T>C、2766T>del、3298G>A、5200G>A和5277C>T)为检测对象,通过PCR预扩增得一段含该7个待测SNP位点的长片段;用限制性内切酶MboⅠ将其消化成短片段,再与DNA适配器(adapter)相连;以连接产物为模板,在两管中分别用7条等位基因特异性引物和一条公用引物进行7重等位基因特异性扩增;最后用微流控芯片电泳法分离等位基因特异性扩增产物,根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判断SNP的类型。采用本法成功测定了48名健康中国人的IL1B基因上的7个SNP位点,与聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)和测序法测定结果完全一致。本法结果准确,可用于同时测定多个SNP位点;以微流控芯片电泳作为检测平台,分析速度快,样品需要量少;借助于自制筛分凝胶和重复使用芯片,使得SNP分析成本大大降低。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 等位基因异性 微流控芯片电泳 白细胞介素1β基因
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单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性
5
作者 汪维鹏 李融 王森 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期576-581,共6页
目的:建立了一种单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性(SNP)。方法:以TYR基因外显子1上的3个SNP位点(71G>A、425A>T和758G>A)为例,首先采用PCR预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;然后用限制性内切酶将其... 目的:建立了一种单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性(SNP)。方法:以TYR基因外显子1上的3个SNP位点(71G>A、425A>T和758G>A)为例,首先采用PCR预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器相连;以此连接产物为模板,在单个PCR管中加入一种适配器特异性通用引物和所有等位基因特异性引物进行PCR扩增;最后用琼脂糖凝胶电泳法分离检测PCR扩增产物,并根据扩增片段的大小判断SNP的类型。结果:采用该法成功测定了30名健康中国人的TYR基因中的3个SNP位点,与限制性片段长度多态性法(RFLP)测定结果完全一致。结论:该方法特异性高、结果准确、检测成本低,可用于同时测定多个SNP位点。 展开更多
关键词 等位基因异性 单核苷酸多态性 单管 多重PCR TYR
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基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法 被引量:19
6
作者 王瑞恒 刘利民 +3 位作者 赵金玲 孙学科 孙琳琳 周刚 《法医学杂志》 CAS CSCD 2008年第3期189-193,共5页
目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计... 目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3’末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3’末端第3或第4位碱基人为引入错配。在距离上游引物100~300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记。所有位点经过复合扩增后,PCR产物经ABIPrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型。结果每个SNP位点纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同的SNP位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致。结论荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法。 展开更多
关键词 法医生物学 单核苷酸多态性 等位基因异性PCR 复合
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非洲猪瘟病毒实时荧光重组酶聚合酶扩增技术(RPA)检测方法的建立 被引量:23
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作者 哈登楚日亚 樊晓旭 +6 位作者 赵永刚 王淑娟 张志诚 戈胜强 李林 吴晓东 王志亮 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第11期3270-3277,共8页
非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染引起的一种急性、热性、高度接触性传染病,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对ASFVB646L(p72)基因设计... 非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染引起的一种急性、热性、高度接触性传染病,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对ASFVB646L(p72)基因设计了3组引物和探针,并进行筛选、反应条件优化、灵敏性、特异性和重复性试验,建立了实时荧光RPA方法。结果显示,该方法在39℃、20 min内即可检测10个拷贝的DNA分子,且与猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒均无交叉反应,检测5.5×106至5.5×100拷贝/μL共7个稀释度样品在各时间点的荧光强度,变异系数范围在0.38%~28.30%。该等温、快速扩增方法可用于ASFV的定性检测,为中国ASFV感染的早期诊断提供技术支持,对疫情暴发后相应控制方案的制定具有重要意义。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒(ASFV) 实时荧光重组酶聚合酶(RPA) 灵敏性 异性 重复性
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稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用 被引量:20
8
作者 陈涛 孙旭超 +9 位作者 张善磊 梁文化 周丽慧 赵庆勇 姚姝 赵凌 赵春芳 朱镇 张亚东 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期28-36,共9页
【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利... 【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利用Tetra-primerARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发出分子标记T-Pigm和K-Pigm,对不同品种(品系)以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定,对标记的准确性进行评价。【结果】序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记能够有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定结果完全一致。【结论】利用分子标记T-Pigm和K-Pigm可以实现对Pigm基因型快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。 展开更多
关键词 稻瘟病 Pigm 异性标记 四引物受阻突变体系PCR 竞争性等位基因异性PCR
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SYBR荧光实时定量PCR检测非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平 被引量:8
9
作者 陈建 李敏伟 +2 位作者 张国兵 李菌 王临润 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期628-633,共6页
目的:建立荧光实时定量PCR技术,检测非小细胞肺癌组织与外周血RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平。方法:分别构建RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin质粒标准品,以SYBR荧光实时定量PCR分析,制备标准曲线,对非小细胞肺癌组织与外周血中R... 目的:建立荧光实时定量PCR技术,检测非小细胞肺癌组织与外周血RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平。方法:分别构建RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin质粒标准品,以SYBR荧光实时定量PCR分析,制备标准曲线,对非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin的mRNA进行检测。结果:标准曲线呈良好的线性关系。标准品的熔解曲线均呈单峰,特异性良好,说明基本无非特异性扩增。结论:所建SYBR荧光实时定量PCR方法操作简便,费用低,特异性好,准确度、灵敏度高,为后续研究构建了理想的平台。 展开更多
关键词 SYBR 荧光实时定量 PCR检测 非小细胞 肺癌组织 外周血 RRM1 ERCC1 BRCA1基因 表达水平 Detection quantitative real-time peripheral blood lung cancer cell gene expression 异性 管家基因 标准曲线
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牛凝血因子XI基因15bp插入突变的分子检测及基因频率分析 被引量:1
10
作者 李强 张毅 +7 位作者 王雅春 吴蒙 徐仙洲 张智军 孙东晓 俞英 张胜利 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1213-1218,共6页
牛凝血因子XI基因第9外显子15bp插入突变是近年在日本和牛中发现的一种遗传缺陷,导致凝血因子活性降低。为了分析该缺陷基因在我国牛群中的携带频率,本研究开发了能灵敏检测该突变的2种新方法,即毛细管电泳法和等位基因特异性扩增法,并... 牛凝血因子XI基因第9外显子15bp插入突变是近年在日本和牛中发现的一种遗传缺陷,导致凝血因子活性降低。为了分析该缺陷基因在我国牛群中的携带频率,本研究开发了能灵敏检测该突变的2种新方法,即毛细管电泳法和等位基因特异性扩增法,并检测了我国引进的和牛种公牛、1个含和牛血液的杂交育种群和商品群、4个国内地方品种(鲁西牛、延边牛、蒙古牛、复州牛)、2个培育品种(中国荷斯坦牛、新疆褐牛)和6个国外品种(西门塔尔、夏洛来、利木赞、安格斯、蒙贝利亚、挪威红牛)样品共452头份。结果显示,在和牛、含和牛血液的杂交育种群及商品群中突变基因频率分别为0.182、0.389和0.242,在延边牛中发现1头携带者,而在其余群体中均未检出,推测该突变可能只存在于东北亚和我国东北地区牛群中。今后我国在引进和牛用于杂交改良以及本地牛选育中需要对该突变进行分子检测和逐步淘汰,从而降低不利等位基因的频率。 展开更多
关键词 凝血因子XI 遗传缺陷 和牛 毛细管电泳 等位基因异性
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胆道系统癌与血浆k-ras基因突变检测
11
作者 刘海林 渡边弘之 泽武纪雄 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2000年第S1期42-43,74,共3页
目的探讨胆道系统癌患者外周血中是否存在k -ras基因突变及其诊断价值。 方法提取血浆DNA ,通过突变等位基因特异性扩增 (MASA)方法检测k -ras基因codon1 2突变。 结果 7例胆囊癌中 5例k -ras基因突变阳性 (71 .4% ) ,6例肝内胆管细... 目的探讨胆道系统癌患者外周血中是否存在k -ras基因突变及其诊断价值。 方法提取血浆DNA ,通过突变等位基因特异性扩增 (MASA)方法检测k -ras基因codon1 2突变。 结果 7例胆囊癌中 5例k -ras基因突变阳性 (71 .4% ) ,6例肝内胆管细胞癌和 3例总胆管癌中分别有 2例 (33.3% )及 1例 (33.3% )k -ras基因突变检测阳性。k -ras基因突变检测阳性而血清CA19-9、CEA水平均正常的胆囊癌、肝内胆管细胞癌与总胆管癌各 1例。 结论胆道系统癌外周血中存在肿瘤DNA ,特别是胆囊癌检测血浆k -ras基因突变具有较高的诊断意义。 展开更多
关键词 基因 基因ras 等位基因异性
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牛源性成分LAMP检测方法的建立 被引量:14
12
作者 徐淑菲 孔繁德 +3 位作者 苗丽 蔡振鸿 林振基 赵冉 《中国动物检疫》 CAS 2016年第12期94-99,共6页
根据牛cytB基因设计3对特异性引物,运用GenieⅡ等温扩增荧光检测系统,以环介导等温扩增(LAMP)荧光检测方法为基础,建立了牛源性成分LAMP检测方法,并对该方法进行了反应体系和条件的优化。试验结果表明:该方法操作简单、特异性好;灵敏度... 根据牛cytB基因设计3对特异性引物,运用GenieⅡ等温扩增荧光检测系统,以环介导等温扩增(LAMP)荧光检测方法为基础,建立了牛源性成分LAMP检测方法,并对该方法进行了反应体系和条件的优化。试验结果表明:该方法操作简单、特异性好;灵敏度比普通PCR方法高100倍,达到5.408×10^(-2)μg/μL;反应时间短,最快的10分钟内即可完成反应。 展开更多
关键词 牛源性成分 环介导等温 异性引物 等温荧光检测系统
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药物代谢酶CYP3A在中国肾移植人群的遗传多态性 被引量:8
13
作者 储小曼 闵佩清 +2 位作者 张静 孔诚 蔡卫民 《医学研究生学报》 CAS 2005年第2期107-111,共5页
目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方... 目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方法:用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性(PCR RFLP)法及特异性等位基因 扩增(PCR ASA)法分别建立了CYP3A的CYP3A4亚型三个新突变点(CYP3A4 4、 5、 6)及CYP3A5亚型的 CYP3A5 3基因分型方法,并对中国肾移植人群进行基因分型。 结果:CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3在中 国肾移植人群的基因频率分别为0.75%、0.76%、0.75%和27.83%;个体突变率分别为2/133、3/197、3/200和 55/115。 结论:研究结果提示,中国肾移植人群中CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3的存在可能使其表达的药 物代谢酶活性改变,从而影响药物在体内的代谢过程。 展开更多
关键词 CYP3A 基因多态性 药物代谢 异性等位基因 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
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肺癌分子预后分析 被引量:2
14
作者 崔永 王天佑 《中国肺癌杂志》 CAS 2005年第6期570-573,共4页
关键词 肺癌分期 预后分析 分子分期 限制性酶切片段长度多态性分析 逆转录聚合酶链反应 免疫组化染色技术 酶联免疫吸附实验 等位基因异性 蛋白质水平 基因
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伴高甘油三酯血症的2型糖尿病患者PAI-1活性变化及机制探讨 被引量:2
15
作者 王淑艳 李长贵 苗志敏 《中国全科医学》 CAS CSCD 2005年第10期799-801,共3页
目的 探讨伴高甘油三酯血症的2型糖尿病患者血浆纤溶酶原激活物抑制物-1 (PAI-1) 活性变化及机制。方法 对108例2型糖尿病患者和40例健康对照者分别运用等位基因特异性PCR扩增技术测定PAI-1基因启动子区4G/5G多态性, 发色底物法测定... 目的 探讨伴高甘油三酯血症的2型糖尿病患者血浆纤溶酶原激活物抑制物-1 (PAI-1) 活性变化及机制。方法 对108例2型糖尿病患者和40例健康对照者分别运用等位基因特异性PCR扩增技术测定PAI-1基因启动子区4G/5G多态性, 发色底物法测定血浆PAI-1活性。结果 (1) 伴高甘油三酯血症的2型糖尿病组患者血浆PAI-1活性明显高于单纯糖尿病组及对照组(P<0. 001); (2) 伴高甘油三酯血症的2型糖尿病患者和不伴者的4G/4G、5G/5G基因型频率间差别无显著性意义(P>0 .05); (3)血浆PAI-1活性与4G/5G基因多态性及空腹胰岛素存在显著相关性(P<0. 01); (4) 甘油三酯与PAI-1活性的相关性与基因类型有关, 4G/4G基因型者甘油三酯与PAI-1活性密切相关(r=0.42,P<0. 01), 4G/5G和5G/5G者相关性不明显(P>0 .05)。结论 糖尿病患者PAI-1活性升高是环境和遗传因素共同作用的结果, 高甘油三酯和PAI-1活性的相关性与4G/5G基因多态性有关。 展开更多
关键词 高甘油三酯血症 2型糖尿病患者 活性变化 PAI-1活性 机制探讨 纤溶酶原激活物抑制物 4G/5G多态性 PCR技术 等位基因异性 基因多态性 基因启动子区 患者血浆 发色底物法 基因型频率 空腹胰岛素 相关性 基因类型 遗传因素
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