Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结...Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示:该检测方法的Ct值与标准品模板线性关系良好,相关系数为0.9989;利用该方法检测CBoV、FBoV、AGV2这几种病毒的基因组均没有出现非特异性扩增;敏感性比普通PCR检测方法高100倍;组内和组间重复性试验的变异系数小于1%;通过60份样本检测发现LIPyV阳性率为6.67%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于LIPyV的快速检测。展开更多
真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨...真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。展开更多
文摘Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示:该检测方法的Ct值与标准品模板线性关系良好,相关系数为0.9989;利用该方法检测CBoV、FBoV、AGV2这几种病毒的基因组均没有出现非特异性扩增;敏感性比普通PCR检测方法高100倍;组内和组间重复性试验的变异系数小于1%;通过60份样本检测发现LIPyV阳性率为6.67%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于LIPyV的快速检测。
文摘为建立检测猪细环病毒k2型（Porcine Torque teno sus virus k2,PTTSu Vk2）SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,本研究根据PTTSu Vk2 ORF2基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PTTSu Vk2的实时荧光定量PCR方法,该方法在PTTSu Vk2 ORF2基因含量为1.92×102~1.92×107 copies/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物溶解曲线分析仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为（83.83±0.08）℃,对猪圆环病毒（Porcine circovirus type 1 and type 2,PCV1和PCV2）、猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV）、猪博卡病毒5型（Porcine bovavirus type 5,Pbo V5）、猪细环病毒1a型（PTTSu V 1a）和1b型（PTTSu V 1b）核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.39%~1.69%,组间变异系数0.69%~2.19%。本方法的建立可用于定量分析PTTSu Vk2感染噬性组织器官和感染程度,为PTTSu Vk2的流行病学研究及临床诊断等提供了一种可靠的方法。
文摘真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。
