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实时定量RT-PCR检测PML-RARα融合基因诊断APL的临床价值 被引量:2
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作者 陆伟 秦燕 +1 位作者 丁润生 尹红 《山东医药》 CAS 北大核心 2011年第33期13-15,共3页
目的探讨一步法实时定量RT-PCR(RQ-RT-PCR)技术在急性早幼粒细胞白血病(APL)患者诊断及微小残留病(MRD)检测中的临床价值。方法应用一步法RQ-RT-PCR、Taqman探针技术检测42例APL初诊患者和30例完全缓解(CR)患者骨髓PML-RARα融合基因的... 目的探讨一步法实时定量RT-PCR(RQ-RT-PCR)技术在急性早幼粒细胞白血病(APL)患者诊断及微小残留病(MRD)检测中的临床价值。方法应用一步法RQ-RT-PCR、Taqman探针技术检测42例APL初诊患者和30例完全缓解(CR)患者骨髓PML-RARα融合基因的两种常见异构体转录本mRNA的表达。同时采用多参数流式细胞术(FCM)对部分患者骨髓MRD进行检测,并比较两种检测方法的一致性。结果①42例APL初诊患者的PML-RARα融合基因转录本中位标准拷贝数(NCN)为61%(13%~284%),其中L型34例,S型8例。L型和S型异构体中位NCN分别为56%(28%~278%)和70%(13%~284%),两者比较,P>0.05;②30例APL患者经标准诱导治疗CR后PML-RARα融合基因转录本中位NCN为4.00%(0.00%~8.26%);③一步法RQ-RT-PCR和FCM同时检测结果有较好的一致性(χ2=0.278,P=0.598),总符合率83.3%。结论一步法RQ-RT-PCR具有操作简便、特异性好、灵敏度高、结果可靠、直观等特点,有利于对APL的诊断和MRD检测。 展开更多
关键词 白血病 早幼粒细胞 急性 PML-RARΑ融合基因 实时定量rt-pcr 微小残留病
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牛病毒性腹泻病毒SYBR Green I实时定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:6
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作者 韩猛立 黄新 +1 位作者 钟发刚 唐思静 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期333-339,共7页
[目的]在建立一种快速定量的用于检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的实时荧光定量RT-PCR检测方法.[方法]根据GenBank公布的BVDV 5′端非编码区(5′ UTR)核苷酸序列,软件分析后设计特异性扩增引物,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法.[... [目的]在建立一种快速定量的用于检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的实时荧光定量RT-PCR检测方法.[方法]根据GenBank公布的BVDV 5′端非编码区(5′ UTR)核苷酸序列,软件分析后设计特异性扩增引物,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法.[结果]建立的方法只能检测到BVDV,而与猪瘟病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛轮状病毒及牛冠状病毒没有交叉反应,具有高度的特异性;在102~108copies/μL模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.998,最低可检测下限可达到102 copies/μL,具有灵敏度高的特点;不同情况下3次重复实验,变异系数均小于1.5%,具有重复性好的特点.[结果]成功建立了一种用于检测BVDV的实时荧光定量RT-PCR技术,并可用于临床样品的检测,适用于BVDV的快速诊断和流行病学调查. 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 实时荧光定量rt-pcr SYBR Green
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一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立 被引量:38
3
作者 包静月 李林 +3 位作者 王志亮 李金明 刘春菊 肖肖 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2007年第8期21-23,共3页
建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反... 建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反刍兽疫病毒RNA样本进行检测,都获得了特异性扩增,但是,不与牛瘟病毒、海豚麻疹病毒等其他种的麻疹病毒属病毒发生交叉反应。本方法具有高度灵敏性,最低可检测到810拷贝的RNA模板。在模板浓度为8.1×102到8.1×108拷贝范围内,都呈现良好的线性关系,而且无论是组内和或组间重复的变异系数都很低。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 一步法实时定量RT—PCR 检测
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荧光实时定量RT-PCR检测DD3mRNA方法的建立 被引量:3
4
作者 毛晓露 陶志华 +6 位作者 陈晓东 陈占国 林晓梅 王瑜敏 朱燕英 温秀姝 余凯远 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期335-337,共3页
目的建立荧光实时定量RT—PCR(FQ—RT—PCR)检测前列腺癌(PCa)特异基因DD3mRNA的方法。方法在DD3基因的外显子1和3之间设计一对引物和一条TaqMan—MGB探针,优化反应体系,建立DD3mRNA的FQ—RT—PCR方法,并进行方法学评价。将PCR... 目的建立荧光实时定量RT—PCR(FQ—RT—PCR)检测前列腺癌(PCa)特异基因DD3mRNA的方法。方法在DD3基因的外显子1和3之间设计一对引物和一条TaqMan—MGB探针,优化反应体系,建立DD3mRNA的FQ—RT—PCR方法,并进行方法学评价。将PCR扩增产物经凝胶电泳纯化后与pBluescript Ⅱ SK载体连接,再将重组质粒转化感受态细胞进行克隆;提取重组质粒在紫外分光光度计上定量,作为定量检测的标准品。结果重组质粒经PCR扩增及序列测定,表明pBluescriptⅡSK—DD3cDNA克隆成功。PCR扩增产物经测序分析证实为DD3 mRNA特异性片段。本法灵敏度为6拷贝/反应,线性范围为6~6×10^8拷贝/反应,相关系数为0.9985,批内、批间变异系数分别为1.0%~2.0%和1、3%~6、6%。结论成功建立了FQ—RT—PCR检测DD3mRNA的方法。为DD3 mRNA作为前列腺癌的诊断指标提供了方法学依据,也为其他肿瘤基因的检测提供了方法学启示。 展开更多
关键词 DD3基因 MRNA 实时荧光定量RT—PCR 前列腺癌
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口蹄疫病毒亚洲1型TaqMan实时定量RT-PCR快速定型检测方法研究 被引量:2
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作者 高志强 张鹤晓 +5 位作者 赖平安 谷强 张利峰 乔彩霞 蒲静 张向东 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2008年第7期22-24,33,共4页
采用TaqMan方法,根据口蹄疫病毒亚洲1型VP1的基因编码区基因(1D)序列,设计合成多对引物和多条探针,通过对引物、探针的筛选,反应条件的选择和优化,建立了口蹄疫病毒亚洲1型荧光RT-PCR检测技术,试验体系采用一对引物和两条探针配对,有效... 采用TaqMan方法,根据口蹄疫病毒亚洲1型VP1的基因编码区基因(1D)序列,设计合成多对引物和多条探针,通过对引物、探针的筛选,反应条件的选择和优化,建立了口蹄疫病毒亚洲1型荧光RT-PCR检测技术,试验体系采用一对引物和两条探针配对,有效降低了由于变异导致的漏检率。经一系列的试验表明建立的荧光PCR检测技术快速、敏感、特异,检测时限3个小时以内,与口蹄疫病毒A型、O型和其它病毒不发生交叉反应,适用于样品中口蹄疫病毒亚洲1型的直接检测。口蹄疫病毒亚洲1型荧光PCR快速检测技术的建立,为我国养殖场口蹄疫亚洲1型疫情的快速诊断进而采取相应防制措施、减少疫情散播,以及动物产品中口蹄疫病毒亚洲1型的快速检测提供了一种可靠方法。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 亚洲1型 TAQMAN 实时定量RT—PCR
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猪传染性胃肠炎病毒SYBR GreenⅠ模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:2
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作者 贾赟 孙颖杰 +5 位作者 袁文泽 徐立秋 李艳武 张瑞 简中友 苏永生 《中国动物检疫》 CAS 2009年第7期26-28,共3页
登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA... 登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符。 展开更多
关键词 SYBR Green 猪传染性胃肠炎病毒 实时定量PCR
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实时定量RT-PCR技术检测白血病融合基因的临床应用价值 被引量:1
7
作者 王剑利 张王刚 +5 位作者 蒙昕 曹星梅 陈银霞 何爱丽 张鹏宇 田玮 《生物医学工程与临床》 CAS 2008年第1期71-74,共4页
目的评估实时定量RT-PCR技术检测白血病融合基因在辅助白血病临床诊断和药物疗效判定方面的价值。方法56例慢性粒细胞白血病(CML)患者,其中男性31例,女性25例,中位年龄54(18~80)岁;9例急性早幼粒细胞白血病(APL)患者,其中男性4例,女性5... 目的评估实时定量RT-PCR技术检测白血病融合基因在辅助白血病临床诊断和药物疗效判定方面的价值。方法56例慢性粒细胞白血病(CML)患者,其中男性31例,女性25例,中位年龄54(18~80)岁;9例急性早幼粒细胞白血病(APL)患者,其中男性4例,女性5例,中位年龄47(2~64)岁。另有22例非CML或APL患者(男性12例,女性10例,年龄6~55岁)。应用实时定量RT-PCR技术检测临床患者骨髓或外周血单个核细胞中白血病融合基因M-bcr/abl或PML/RARα的表达,结合临床资料进行分析。结果①56例CML患者的M-bcr/abl融合基因检测阳性率为96.4%(54/56);9例APL患者的PML/RARα融合基因检测阳性率为77.8%(7/9)。②5例CML患者应用甲磺酸-伊马替尼治疗后定量检测M-bcr/abl融合基因的拷贝数较治疗前明显降低或转阴(4/5),伊马替尼治疗CML效果优于应用羟基脲和干扰素治疗的患者。结论实时定量RT-PCR技术操作简便,检测白血病融合基因的准确性高,在辅助临床诊断和白血病患者药物疗效判定方面都有较大的应用价值。 展开更多
关键词 白血病 融合基因 实时定量RT—PCR
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两种实时定量RT-PCR方法检测miRNAs表达的技术分析 被引量:6
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作者 闵自信 杜小云 +5 位作者 宁启兰 钟楠楠 郑悦雯 韩燕 吕社民 张蕊 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期258-262,共5页
目的比较两种实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测microRNAs(miRNAs)表达含量的技术差异,优化不同实验目的和条件下研究miRNAs表达的技术方法。方法取21d和42d两个时间点的SD大鼠关节软骨组织,采用Trizol法提取总RNA备用。选取... 目的比较两种实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测microRNAs(miRNAs)表达含量的技术差异,优化不同实验目的和条件下研究miRNAs表达的技术方法。方法取21d和42d两个时间点的SD大鼠关节软骨组织,采用Trizol法提取总RNA备用。选取rno-miR-15b、rno-miR-16、rno-miR-195、rno-miR-497作为研究对象,分别用茎环引物和试剂公司提供的试剂盒方法反转录总RNA,并应用实时定量PCR方法检测这些miRNAs的表达量。提取人血浆中总RNA,用上述两种RT-qPCR方法实时定量检测has-miR-16的表达量。结果两种方法检测这些miRNAs表达量,在大鼠21d和42d这两个时间点其表达量变化趋势相同,都呈现增高的趋势,这与我们前期Solexa测序结果相同。在血浆中的结果显示,其中茎环引物反转录方法灵敏度相对较高。结论茎环引物法在少量几个重要的miRNAs检测中具有优势,而试剂盒方法适用于大量miRNAs的筛查。 展开更多
关键词 MIRNAS 茎环引物 实时定量反转录聚合酶链反应 软骨 血浆
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帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:1
9
作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 宋子昂 高林 李卓然 廖德芳 肖雷 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期395-400,共6页
本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,... 本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^(-1)。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。 展开更多
关键词 帕利亚姆病毒 血清型鉴定 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量rt-pcr方法
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辣椒种子炭疽菌和疫霉菌实时荧光定量检测技术建立及应用
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作者 兰嘉仪 谢芳玲 +7 位作者 李诗 杨廷 张正 袁思怡 吴婷 朱宏建 刘峰 戴雄泽 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第3期55-65,共11页
疫病和炭疽病是辣椒生产上的主要病害,不仅降低产量,还会影响辣椒的外观品质,种子带菌是辣椒生产中病害发生的原因之一。从山西、海南、安徽辣椒杂交种子生产基地发生疫病和炭疽病的辣椒果实和植株上分离到菌株SX22、SX26、SX45,通过病... 疫病和炭疽病是辣椒生产上的主要病害,不仅降低产量,还会影响辣椒的外观品质,种子带菌是辣椒生产中病害发生的原因之一。从山西、海南、安徽辣椒杂交种子生产基地发生疫病和炭疽病的辣椒果实和植株上分离到菌株SX22、SX26、SX45,通过病原菌形态学鉴定和分子生物学鉴定,确定为疫霉菌(Phytophthora capsici)、平头炭疽菌(Colletotrichum truncatum)、斯高威尔炭疽菌(Colletotrichum scovillei)。针对疫霉菌、平头炭疽菌分别设计了特异性引物PC-F/PC-R和ITS1/CT-R,针对斯高威尔炭疽菌筛选了特异性引物CS-F/CS-R,建立了辣椒种子平头炭疽菌、斯高威尔炭疽菌和疫霉菌实时荧光定量PCR检测体系。2023年对山西、海南、安徽3个生产基地的辣椒杂交种子70份样品进行了检测,疫霉菌和斯高威尔炭疽菌种子带菌率分别为70.0%和72.9%。该体系为种子质检和辣椒病害的早期预防提供了重要技术支持。 展开更多
关键词 种子带菌 辣椒 实时荧光定量PCR 病原鉴定
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基于LNA-TaqMan探针实时荧光定量PCR检测技术的天山雪莲掺伪研究
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作者 王多梅 杨建波 +6 位作者 杨乐 于新兰 李海芳 胡冲 陈灵丽 蒲婧哲 张亚中 《中国现代中药》 2025年第2期202-209,共8页
目的:采用锁核酸(LNA)-TaqMan实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)技术建立一种高效、快速鉴定天山雪莲中掺伪水母雪兔子、绵头雪兔子的方法。方法:基于LNA-TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,利用天山雪莲及其常见易混伪品水母雪兔子、绵头... 目的:采用锁核酸(LNA)-TaqMan实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)技术建立一种高效、快速鉴定天山雪莲中掺伪水母雪兔子、绵头雪兔子的方法。方法:基于LNA-TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,利用天山雪莲及其常见易混伪品水母雪兔子、绵头雪兔子的叶绿体基因组序列差异,根据伪品水母雪兔子、绵头雪兔子与天山雪莲的特异性差异位点设计筛选探针引物,并对引物及LNA-TaqMan探针的特异性进行验证,根据扩增曲线临界循环数(C)t值的差值计算掺伪比例。结果:基于LNA-TaqMan探针检测方法,通过出现特异性扩增曲线判定检测出水母雪兔子和绵头雪兔子,根据扩增曲线Ct值的差值能有效确定掺伪比例,且在掺伪1%时仍可稳定检出。结论:该方法用于天山雪莲中掺伪水母雪兔子和绵头雪兔子检测灵敏度高、特异性强,可有效解决天山雪莲混伪品难以鉴别的问题,为天山雪莲药材质量控制提供技术支持。 展开更多
关键词 天山雪莲 水母雪兔子 绵头雪兔子 锁核酸-TaqMan探针 实时荧光定量聚合酶链式反应 掺伪
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实时荧光定量PCR快速检测食品中沙门氏菌的研究
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作者 刘占生 张莉 王嫘 《中国食品工业》 2025年第5期97-99,共3页
目的:构建快速检测食品中沙门氏菌的实时荧光定量PCR法。方法:以沙门氏菌核酸DNA提取物为模板开展荧光检测实验,建立快速检测手段,用于阳性培养液及食品中沙门氏菌检测分析。结果:该方案能在30批食品样本中成功扩增出沙门氏菌特异性片段... 目的:构建快速检测食品中沙门氏菌的实时荧光定量PCR法。方法:以沙门氏菌核酸DNA提取物为模板开展荧光检测实验,建立快速检测手段,用于阳性培养液及食品中沙门氏菌检测分析。结果:该方案能在30批食品样本中成功扩增出沙门氏菌特异性片段,最低检出浓度15CFU/mL,检测时长<24h。结论:本研究提出的实时荧光定量PCR法具有高效、快速、灵敏、精准的特点,可广泛应用于食品中沙门氏菌的快速筛查与检测,为食品安全监控提供强有力的技术支持。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 沙门氏菌 快速检测
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实时荧光定量PCR快速检测药品中大肠埃希菌
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作者 李杰 张华 +3 位作者 林鹏 王家芳 肖艳霞 钱云开 《食品与药品》 2025年第2期126-131,共6页
目的 建立一种药品中大肠埃希菌的实时荧光定量PCR快速检测方法。方法 根据大肠埃希菌malB基因序列,设计通用引物和探针,优化扩增反应体系,进行实时荧光定量PCR扩增,当出现C_t值时,说明供试品中检出大肠埃希菌。结果 大肠埃希菌基因组DN... 目的 建立一种药品中大肠埃希菌的实时荧光定量PCR快速检测方法。方法 根据大肠埃希菌malB基因序列,设计通用引物和探针,优化扩增反应体系,进行实时荧光定量PCR扩增,当出现C_t值时,说明供试品中检出大肠埃希菌。结果 大肠埃希菌基因组DNA检测限可达10^(-3 )ng,药品中大肠埃希菌检测限达3 cfu/g(ml),仅需24 h即可完成检测,采用该方法检测20批药品,结果与药典方法一致。结论 方法检测特异性强、所需时间短、灵敏度高,可作为《中国药典》大肠埃希菌检查法的补充方法。 展开更多
关键词 中国药典 药品 大肠埃希菌 实时荧光定量PCR 检测
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柑桔衰退病毒RB和VT基因型实时定量PCR检测方法建立和应用
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作者 周俊 韩镕琰 +3 位作者 张晓男 方书洁 杨欣悦 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2024年第4期18-24,共7页
为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) cop... 为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) copies/μL,灵敏度为普通PCR的1000倍;对RB和VT基因型进行检测,质粒拷贝数对数(x)与Ct值(y)的标准曲线方程分别为y=-3.3255 x+37.8453和y=-3.2737 x+36.2839,R^(2)分别为0.9991和0.9954,扩增效率分别为99.85%和102.05%;方法的重复性良好,组内和组间Ct值变异系数均小于2.07%。对田间样品检测发现,不同样品之间RB基因型含量差异和VT基因型含量差异均较大。该方法特异性强,灵敏度高,适用于田间样品检测。 展开更多
关键词 柑桔衰退病毒 RB基因型 VT基因型 实时定量rt-pcr
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实时荧光定量RT-PCR内参基因的选择 被引量:59
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作者 陈凤花 王琳 胡丽华 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期393-395,共3页
关键词 实时荧光定量rt-pcr 内参基因
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家兔GAPDH基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:9
17
作者 高博 杨晓农 +2 位作者 于学辉 罗薇 黄河 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第1期69-73,共5页
根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内(3.2... 根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内(3.2×10^1-3.2×10^7拷贝/μL)有良好的线性关系(r=0.999);熔解曲线分析显示扩增产物的特异性单峰,其Tm为(87±0.2)℃;5个不同浓度标准品组内试验变异系数为1.67%4.73%,组间试验变异系数为2.66%8.74%。该方法具有快速、灵敏、高通量及可重复性强等优点,为GAPDH基因作为内参基因进行家兔功能基因与病原基因表达的定量分析提供了方法学基础。 展开更多
关键词 家兔 GAPDH基因 实时荧光定量rt-pcr 内参基因
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H1亚型猪流感病毒一步法实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:7
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作者 刘好朋 胡京京 +5 位作者 唐续 裴仉福 李冰 李琳 陈瑞爱 贺东生 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第11期63-68,共6页
为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实... 为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实时荧光定量RT-PCR技术。结果显示,该方法的敏感性可达102拷贝/μL,除H1亚型SIV外,对H3N2亚型SIV、H9N1亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒的检测均为阴性,且应用该方法对疑似猪流感样品进行检测,其结果与SPF鸡胚分离病毒方法结果的符合率为94%。本试验结果表明该方法特异性强、重复性好,有望成为一种特异、敏感、快速、定量检测H1亚型SIV的方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 H1亚型 TAQMAN MGB探针 一步法实时荧光定量rt-pcr
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H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:6
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作者 卢体康 秦智锋 +8 位作者 陈兵 阮周曦 陶虹 吕建强 花群义 孙洁 曾少灵 曹琛福 张彩虹 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第3期9-13,共5页
H7亚型禽流感病毒致病性强、危害性大,是进出口家禽及禽类产品的主要检疫对象。为了加强对H7亚型禽流感病毒的检测,建立新的快速检测方法。通过对GenBank已报道的H7亚型禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了两套分别针对H7N2亚型... H7亚型禽流感病毒致病性强、危害性大,是进出口家禽及禽类产品的主要检疫对象。为了加强对H7亚型禽流感病毒的检测,建立新的快速检测方法。通过对GenBank已报道的H7亚型禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了两套分别针对H7N2亚型和H7Nx亚型的特异性引物和用FAM标记的Taq Man MGB核酸探针,建立了H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR方法(Real-time RT-PCR)。该方法特异性好,不存在假阴性和假阳性的现象;敏感性高,对禽流感病毒H7亚型标准HI抗原检测的敏感性达到10-5,能够满足口岸禽流感病毒快速、准确、有效的检疫需求。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H7亚型 实时荧光定量rt-pcr 检测
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实时荧光定量RT-PCR检测石斑鱼病毒性神经坏死病 被引量:6
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作者 陈信忠 龚艳清 +1 位作者 王军 苏永全 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期431-434,共4页
用TaqMan探针技术设计探针和引物,建立了检测石斑鱼神经坏死病毒(NNV)的实时荧光定量RT-PCR方法.对影响PCR反应的主要因素Mg^2+浓度和退火温度进行了优化,表明当Mg^2+浓度为3.0~3.5 mM,退火温度为58~59℃时可获得最佳的扩增和... 用TaqMan探针技术设计探针和引物,建立了检测石斑鱼神经坏死病毒(NNV)的实时荧光定量RT-PCR方法.对影响PCR反应的主要因素Mg^2+浓度和退火温度进行了优化,表明当Mg^2+浓度为3.0~3.5 mM,退火温度为58~59℃时可获得最佳的扩增和检测效果.应用鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)NNV主衣壳蛋白基因组片段构建的噬菌体假病毒作为阳性质控品,具有很好的稳定性.鞍带石斑鱼NNV的检测试验表明,所建立的实时荧光定量RT-PCR方法是检测石斑鱼神经坏死病毒的一种快速、灵敏、准确的检测方法。 展开更多
关键词 神经坏死病毒 TAQMAN探针 实时荧光定量rt-pcr 石斑鱼
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