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基于单分子实时测序技术分析平坝窖酒小曲微生物菌群多样性
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作者 周婷婷 胡月丹 +1 位作者 胡兆美 黄围 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第9期60-64,共5页
该研究利用单分子实时测序技术(SMRT)对平坝窖酒小曲中的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,平坝窖酒小曲微生物的Chao1指数、Shannon指数、InvSimpson指数值分别为507、4.58、6.06,表明平坝窖酒小曲微生物的菌落组成及结构较为复杂... 该研究利用单分子实时测序技术(SMRT)对平坝窖酒小曲中的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,平坝窖酒小曲微生物的Chao1指数、Shannon指数、InvSimpson指数值分别为507、4.58、6.06,表明平坝窖酒小曲微生物的菌落组成及结构较为复杂。微生物菌群以霉菌为主,细菌次之,酵母菌相对丰度较低。在相对丰度排名前15的微生物中平坝窖酒小曲细菌类群相对丰度最高(属水平为38.73%,种水平为40.39%),远高于酵母菌和霉菌,其优势细菌为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、融合魏斯氏菌(Weissella confusa)和蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus),优势霉菌为米根霉(Rhizopus oryzae)、小孢根霉(Rhizopus microsporus)和横梗霉(Lichtheimia ramosa),优势酵母菌为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和扣囊腹膜孢酵母(Saccharomycopsis fibuligera)。 展开更多
关键词 平坝窖酒小曲 单分子实时技术 α-多样性 菌群结构
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基于实时定量测序和分离培养技术分析不同绍兴黄酒酒药中的功能微生物 被引量:1
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作者 杨晨 刘双平 +3 位作者 赵禹宗 朱莹 韩笑 毛健 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期232-238,共7页
酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SM... 酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SMRT-seq)研究酒药的微生物组成,然后测定酒药水分含量、酸度及酶活性等相关理化指标,最后筛选鉴定酒药中核心微生物并研究其功能特性。微生物群落结构分析结果表明,不同酒厂酒药细菌群落种类及相对丰度差异较大,以戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)、食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、肠杆菌属为主(Enterococcus);真菌较为稳定,以扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera)为主。理化指标结果显示,JH酒厂酒药水分含量(14.52%)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),TP和JH酒厂的酒药酸度(33.14和35.49 g/kg)和液化力(1.4和1.31 U/g)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),SYH酒厂酒药的酸性蛋白酶活力最高,为190.08 U/g(P<0.05)。不同厂区酒药存在一定差异,但在核心功能性微生物组成及特性方面具有一致性,筛选得到71株微生物,功能分析结果显示扣囊复膜酵母对酒药酵母的淀粉酶和蛋白酶活性贡献最大,异常威克汉姆酵母可能是潜在的风味贡献者。该研究为未来酒药机械化生产提供理论依据,筛选获得的功能微生物能够为机械化黄酒风味提升提供菌种。 展开更多
关键词 酒药 实时定量技术(smrt-seq) 理化因子 群落结构 功能分析
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基于单分子实时测序技术的3个当阳广椒样品细菌多样性研究 被引量:23
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作者 王玉荣 孙永坤 +3 位作者 代凯文 孙京新 沈馨 郭壮 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期108-112,118,共6页
本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L... 本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L.pobuzihii)、食品乳杆菌(L.alimentarius)、费斯莫尔德乳杆菌(L.versmoldensis)、类短乳杆菌(L.parabrevis)、短乳杆菌(L.brevis)、朝鲜乳杆菌(L.koreensis)和类食品乳杆菌(L.paralimentarius),其平均相对含量分别为32.31%、23.17%、22.01%、8.90%、3.31%、1.63%和1.05%,隶属于魏斯氏菌属(Weissella)的类肠膜魏斯氏菌(W.paramesenteroides)的平均相对含量为1.05%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现6个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的29.58%。由此可见,当阳地区鲊广椒中的细菌微生物主要隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus),且样品间共有大量的核心菌群。 展开更多
关键词 鲊广椒 单分子实时技术 细菌 多样性
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运用实时定量PCR和16SrDNA测序法分析女性阴道菌群的结果比较 被引量:6
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作者 张宁 韩阳 +3 位作者 骆菲 朱丽红 秦金红 江滟 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期71-75,共5页
目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细... 目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细菌设计的引物进行q PCR分析各样本菌群类型,比较2种检测结果的异同。结果·参考依据优势菌类型的阴道菌群分类标准,基于q PCR方法分析结果为Ⅰ型(卷曲乳杆菌为优势菌)9例,Ⅲ型(惰性乳杆菌为优势菌)24例,Ⅳ型(无乳杆菌为优势菌)12例,Ⅴ型(詹氏乳杆菌为优势菌)为2例。基于16S rDNA V1V2域进行测序分析的结果为Ⅰ型13例,Ⅱ型(格氏乳杆菌为优势菌)1例,Ⅲ型23例,Ⅳ型8例,Ⅴ型2例。2种方法对阴道菌群分型一致的为38例,一致率为77.6%。结论·2种方法分析得到的阴道菌群分类结果有差异;若采用q PCR对阴道菌群进行分类,还需考虑相关的技术因素对结果的影响。 展开更多
关键词 阴道菌群 实时定量PCR 16S rDNA高通量
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淹水胁迫下甜瓜幼苗的转录组测序及生物信息学分析
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作者 王亚楠 姜艳芳 +3 位作者 刘泽发 党建成 张红磊 张紫霞 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第6期14-25,共12页
涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减... 涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减产甚至绝收。以实验室甜瓜耐涝种间杂交高代种M13-06-3为试材,对其进行淹水胁迫,并利用转录组测序及实时荧光定量PCR对其根系组织进行差异表达基因分析。结果表明,淹水胁迫后,耐涝型甜瓜品种M13-06-3筛选出9037个差异表达基因,其中4529个DEGs上调,4508个DEGs为下调基因。通过实时荧光定量检测发现MELO3C003917、MELO3C020588、MELO3C008314、MELO3C025360、MELO3C021658这5个基因定量检测数据与转录组数据的趋势基本一致,初步推测这5个基因为甜瓜耐涝基因。研究结果可为进一步挖掘与甜瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 甜瓜 淹水胁迫 实时荧光定量PCR RNA高通量技术 差异表达基因
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粗壮润楠转录组测序及开花相关基因分析
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作者 袁梅 辛静 +5 位作者 李启少 曹正英 李建运 王飞 郜锐菲 辛培尧 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第5期141-153,共13页
【目的】通过分析转录组测序数据,挖掘粗壮润楠开花相关基因,明确与其花发育和激素信号通路相关的差异表达基因,为进一步了解粗壮润楠花发育的分子调控机理奠定理论基础。【方法】采用Illumina高通量测序技术,对粗壮润楠的幼叶、花苞和... 【目的】通过分析转录组测序数据,挖掘粗壮润楠开花相关基因,明确与其花发育和激素信号通路相关的差异表达基因,为进一步了解粗壮润楠花发育的分子调控机理奠定理论基础。【方法】采用Illumina高通量测序技术,对粗壮润楠的幼叶、花苞和成熟花3个组织的转录组进行比较,分析花苞和成熟花激素信号通路相关的差异表达基因。同时,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对部分花发育候选基因进行验证。【结果】粗壮润楠花苞和成熟花之间共获得5920个差异表达基因,其中3699个上调表达,2221个下调表达;通过GO功能注释分析、KEGG代谢通路分析,发现其主要富集在代谢途径、次生代谢物的生物合成、苯丙素的生物合成、植物激素信号转导等通路中。同时鉴定到55个与拟南芥Arabidopsis thaliana开花相关基因的同源基因,还鉴定到63个与拟南芥植物激素信号同源的基因,它们分别参与了生长素、赤霉素及油菜素内酯素等信号通路,还发现生长素和赤霉素信号通路相关基因在粗壮润楠花苞中表达增强,而油菜素内酯信号通路相关基因在成熟花中表达增强。【结论】粗壮润楠花苞至成熟花转变期间,鉴定出55个与开花相关及63个与激素信号通路相关的差异表达基因,这些基因涉及代谢、激素信号转导等关键通路,且特定植物激素信号通路基因的表达模式在发育阶段具有差异性。研究结果可为今后研究粗壮润楠花发育的分子调控机制提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 粗壮润楠 转录组 差异表达基因 实时荧光定量PCR
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基于转录组测序的紫花苜蓿根系特异性基因筛选
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作者 刘晋囡 王晓倩 +2 位作者 张驰昊 艾晔 晁跃辉 《中国草地学报》 北大核心 2025年第8期1-9,共9页
为挖掘调控紫花苜蓿根系生长的特异性基因,以品种‘中苜一号’为材料,利用转录组测序技术比较其地上茎叶部分与地下根系部分的差异表达基因并对其功能进行分析。结果显示:与地上茎叶部分相比,地下根系部分共获得15258个差异表达基因,其... 为挖掘调控紫花苜蓿根系生长的特异性基因,以品种‘中苜一号’为材料,利用转录组测序技术比较其地上茎叶部分与地下根系部分的差异表达基因并对其功能进行分析。结果显示:与地上茎叶部分相比,地下根系部分共获得15258个差异表达基因,其中上调基因5095个,下调基因10163个。GO功能注释结果显示,这些差异基因主要在细胞过程、代谢调控过程、催化活性等条目富集;KEGG代谢通路富集结果显示其在卟啉与叶绿素代谢、光合作用-天线蛋白合成以及光合生物的固碳作用等通路显著富集。筛选6个差异性较为显著的候选上调基因,采用实时荧光定量PCR技术对其基因表达量的变化进行检测,结果显示其基因表达趋势与转录组测序数据呈高度一致性。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 根系 转录组 差异表达基因 实时荧光定量PCR
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基于转录组测序对元宝枫叶片内参基因的筛选与验证
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作者 蒋仕淳 李建波 +1 位作者 吕英民 夏永秀 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期618-629,共12页
【目的】筛选出元宝枫(Acer truncatum Bunge)叶片中理想的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)内参基因。【方法】从干旱胁迫转录组中筛选出ACT、EF1α、EXA1、GAPDH、H3、PUB、UBRP和ZFP共8个基因家族26个候选内参基因,利用geNorm、NormFinder、... 【目的】筛选出元宝枫(Acer truncatum Bunge)叶片中理想的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)内参基因。【方法】从干旱胁迫转录组中筛选出ACT、EF1α、EXA1、GAPDH、H3、PUB、UBRP和ZFP共8个基因家族26个候选内参基因,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper及加权平均法对其稳定性进行评价,在此基础上,分别从8个基因家族中挖掘较稳定的8个成员,通过RT-qPCR检测其在不同组织(茎、叶片、叶柄、翅果)及不同发育时期叶片(绿叶、红叶)中的表达,并由geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder等软件评估其稳定性。进一步通过12个花青素合成途径基因,验证内参基因的稳定性。【结果】在转录组中,筛选出EXA1-1与EXA1-2作为干旱胁迫叶片中稳定表达的内参基因。在RT-qPCR检测中,ZFP-1与GAPDH-1在不同发育时期叶器官中(绿叶、叶柄、红叶)稳定性最高,EF1α-1稳定性最差。在软件评估结果中,ACT7是所有样本组中最适内参。用ZFP-1、GAPDH-1及EF1α-1校正花青素合成途径基因在绿叶与红叶中的表达,发现表达量差异倍数较大的基因用3个内参校正后的表达趋势一致,而表达量差异倍数较小的基因用最不稳定的EF1α-1校正后存在明显偏差。【结论】在26个候选内参基因中,综合软件分析排名并结合RT-qPCR验证,ZFP-1是在干旱胁迫叶片以及不同发育时期叶器官中均稳定表达的基因,可作为元宝枫叶片的理想内参基因。 展开更多
关键词 元宝枫叶片 内参基因 转录组 实时荧光定量PCR 稳定性评价
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刺梨全长转录组测序分析及黄酮类化合物生物合成相关基因挖掘
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作者 何斌 张阳丽 +4 位作者 伍雨函 唐大海 杨群英 刘林娅 黄亚成 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1270-1281,共12页
刺梨是一种药食两用植物,在炎症和癌症研究方面显示出巨大的潜力。为进一步推动刺梨的研究和应用,建立一个完整的刺梨全长转录组数据库非常必要,这有助于揭示其复杂的分子机制和生物活性物质的合成途径。为深入探究刺梨功能基因信息,选... 刺梨是一种药食两用植物,在炎症和癌症研究方面显示出巨大的潜力。为进一步推动刺梨的研究和应用,建立一个完整的刺梨全长转录组数据库非常必要,这有助于揭示其复杂的分子机制和生物活性物质的合成途径。为深入探究刺梨功能基因信息,选择三代建库方法,采用PacBio SequelⅡ测序平台,利用单分子实时测序技术(single molecule real-time,SMRT)对刺梨6种组织混合样品进行全长转录组测序,使用生物信息学手段对其进行分析。结果表明:(1)共获得25003条去冗余后的isoforms序列,平均长度为2471 bp。成功预测到24357个CDS序列,平均长度为1727 bp,其中大部分CDS长度为300~3000 bp。(2)使用GO、KEGG等7个数据库进行比对,共注释24859个基因,占比达99.42%;挖掘出黄酮类化合物生物合成相关转录本99个。(3)鉴定出1930个基因分别属于82种转录因子家族,并且有55个转录因子可能参与调控刺梨黄酮类化合物的生物合成。(4)共95个LncRNA,12588个SSR位点,进一步利用Primer 3软件进行刺梨SSR的引物设计,共筛得10545对SSR引物。该研究结果丰富了刺梨基因数据库,为下一步分子标记开发、生长发育、抗逆、次级代谢产物的生物合成及遗传改良和育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 刺梨 单分子实时技术 全长转录组 生物信息学分析 黄酮类化合物
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基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因
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作者 郭媛媛 陈晶 +2 位作者 陈文潇 洪永健 胡晶红 《山东农业科学》 北大核心 2024年第11期133-140,共8页
中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞... 中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞亚群分类,对细胞亚群中上调表达基因和免疫修复相关基因进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对候选基因进行初步筛选与验证。结果表明,蟾蜍耳后腺组织中用于文库构建和双端测序的细胞数量为8414个,每个细胞的平均读数和中位基因数为46326和734,可用于进一步分析的高质量细胞数为7687个。聚类分析得到12个细胞亚群,并推测Cluster 10是来源于结缔组织的浆细胞。通过GO和KEGG分析对Cluster 10中的217个上调表达基因进行分析,鉴定出多个参与机体免疫的生物过程和通路,包括淋巴细胞活化、淋巴细胞分化及白细胞活化等生物过程和细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路及趋化因子信号通路等免疫相关通路。从Cluster 10的差异基因中筛选出MYO1F基因和CYBB基因为中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,并通过qRT-PCR对两基因进行验证,推测对免疫修复具有正向调节作用。本研究结果可为后续挖掘蟾蜍耳后腺免疫修复基因、研究蟾蜍耳后腺采酥后的修复机制提供理论依据,为蟾蜍耳后腺单细胞组学研究提供参考信息。 展开更多
关键词 单细胞转录组 中华大蟾蜍 耳后腺 免疫修复基因 实时荧光定量PCR
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基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因
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作者 贺嵘 赵恺 +6 位作者 贺玉娇 阿拉腾苏和 王爱君 宁静 韩若霜 孙贵荣 张国盛 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第10期2332-2345,共14页
为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘... 为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘技术。结果表明,北沙柳冠高比与FPKM值间存在相关性,在水培预测群体和野外训练群体中保持基本一致的趋势。文献中已报道的株型(或者分枝)相关基因(TAC 2、LAZY 1b、ZFP 4、TB 1、SPA 2、ABF 2和PYL 1)的预测值在0~0.6,ATX 1、RFK 1和FHY 1基因(未报道与株型相关)的预测值较高(0.6~1.0),按照“基因个数最少,相关系数最高”的原则,选择双基因组合ATX1+FHY 1作为鉴别北沙柳株形的基因。将形态学、转录组学作为一个整体来挖掘株型性状相关基因是本研究特色,研究结果也可为其他植物、其他性状的分子辅助育种提供理论基础。 展开更多
关键词 冠高比 相关系数 转录组技术 定量PCR技术 基因挖掘 北沙柳
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英科学家用基因测序技术实时分析疫情病菌类型
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《生物学教学》 2012年第11期76-76,共1页
据2012年6月16日《科技日报》援引新华社伦敦6月14日电,英国一项最新研究表明,利用测序技术可以在有疫情发生时实时分析病菌类别,及时为临床诊断提供依据。
关键词 基因技术 实时分析 疫情发生 类型 病菌 家用 科学 《科技日报》
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常规PCR、实时定量PCR检测传染性皮下及造血器官坏死病毒的效果分析 被引量:6
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作者 周优 岳志芹 +6 位作者 梁成珠 徐彪 朱来华 高宏伟 孙敏 刘荭 汪东风 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2008年第2期90-96,共7页
对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)可感染世界各地养殖对虾,给对虾养殖业造成严重经济损失。本实验首次采用实时定量PCR法对广西地区的84份凡纳滨对虾样品进行检测,同时以常规PCR检测作对照。实时定量PCR检测阳性率为79·8%... 对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)可感染世界各地养殖对虾,给对虾养殖业造成严重经济损失。本实验首次采用实时定量PCR法对广西地区的84份凡纳滨对虾样品进行检测,同时以常规PCR检测作对照。实时定量PCR检测阳性率为79·8%,常规PCR检测阳性率为40·5%,表明广西地区养殖的凡纳滨对虾IHHNV的感染率较高。将二者检测均呈阳性的30份样品扩增产物进行序列分析测序,测序结果通过DNA STAR软件包进行分析,并通过NCBI Blast与GenBank中的序列进行比对。结果证明,测定的是IHHNV序列。30份样品的IHHNV序列很保守,可以分为4种类型,仅有两个碱基的位置发生变异。实时定量PCR检测IHHNV,快速、灵敏、准确,特异性好,可以作为检测对虾感染病毒的有效方法。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV) 实时定量PCR 常规PCR
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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量:26
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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多
关键词 高通量技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因组技术 宏转录组技术
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基于SMRT测序技术的16S rRNA基因全长测序及其分析方法 被引量:9
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作者 唐勇 刘旭 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期34-39,共6页
被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代... 被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代测序技术准确率低的弊病。通过SMRT测序技术,科学家可以更深入准确地探究复杂环境微生物的结构和功能。介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势,并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述,同时,提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法,期望能为研究人员提供参考。 展开更多
关键词 单分子实时技术 PAC BIO RSⅡ 第三代技术 环形一致
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基于转录组测序的铝胁迫下甘蓝型油菜新内参基因的发掘与引物开发 被引量:6
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作者 丁戈 黄杨 +3 位作者 陈伦林 李书宇 宋来强 熊洁 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期1-9,共9页
为了研究甘蓝型油菜在铝胁迫条件下内参基因的稳定性,在受到主要铝毒害的根组织内发掘新内参基因,以甘蓝型油菜耐铝品种赣油杂7号和铝敏感品种蓉油18的苗期根组织为研究材料,对营养液培养的试验材料分别设置对照组(0 h)和2个时间梯度(3,... 为了研究甘蓝型油菜在铝胁迫条件下内参基因的稳定性,在受到主要铝毒害的根组织内发掘新内参基因,以甘蓝型油菜耐铝品种赣油杂7号和铝敏感品种蓉油18的苗期根组织为研究材料,对营养液培养的试验材料分别设置对照组(0 h)和2个时间梯度(3,24 h)的铝胁迫(100μmol/L AlCl_(3),pH值4.5)处理组。首先,采用有参考基因组的转录组测序技术(RNA-seq)及FPKM值差异基因表达分析,筛选出符合持家基因特征的5个候选内参基因(Actin7、ARFA1E、SAP5、UXS3、UBC9)。随后,依次进行实时荧光相对定量PCR分析,扩增曲线和熔解曲线分析,LinRegPCR扩增效率分析,geNorm、NormFinder和BestKeeper基因表达稳定性分析,REST 2009相对表达量分析等分析步骤。结果表明,新设计开发的5对候选内参基因引物特异性高。从转录组测序数据中筛选出的4个候选内参基因(Actin7、ARFA1E、SAP5、UXS3)的表达稳定性获得了验证。按表达稳定性的综合排名由高至低排序依次为UXS3、SAP5、ARFA1E、Actin7,其中最优组合为SAP5和UXS3。综上所述,本研究开发的候选内参基因引物特异性高,可以提高铝胁迫试验体系实时荧光相对定量PCR试验的准确性,新发掘的内参基因(Actin7、ARFA1E、SAP5、UXS3),可以作为铝胁迫试验体系实时荧光相对定量PCR试验的新内参基因。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 内参基因 转录组 实时荧光相对定量PCR 表达稳定性分析 铝胁迫
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非编码RNA检测技术的研究进展 被引量:3
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作者 李艳 丁先锋 苗杰 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第11期5546-5548,共3页
非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)广泛存在于生物体中,不编码蛋白质,以RNA的形式在许多生命过程中发挥着重要的作用。随着越来越多ncRNA生物学功能的揭示,检测ncRNA在不同生理和病理状态下表达谱的变化,已迅速成为研究的热点。为了将nc... 非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)广泛存在于生物体中,不编码蛋白质,以RNA的形式在许多生命过程中发挥着重要的作用。随着越来越多ncRNA生物学功能的揭示,检测ncRNA在不同生理和病理状态下表达谱的变化,已迅速成为研究的热点。为了将ncRNA更好地应用于农业生产和生物医学研究,笔者对ncRNA最新检测技术的原理与应用进行了综述。 展开更多
关键词 非编码RNA 技术 实时荧光定量PCR 微阵列芯片 Solexa技术
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枫香叶片变色期全长转录组测序及分析 被引量:2
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作者 刘雄盛 尹国平 +5 位作者 肖玉菲 蒋燚 王仁杰 黄荣林 姜英 王勇 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1710-1720,共11页
枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序... 枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得41.04 Gb的高质量数据,从中鉴定出全长非嵌合序列563 180条,通过聚类和去冗余,获得27 269条高质量全长转录本。在27 269条全长转录本中预测到2 035条长链非编码RNA(lncRNA),并检测出14 892个简单重复序列(SSR)位点和1 856个转录因子。(2)基因注释结果表明,NR、GO、COG、KEGG等8个数据库共注释了24 857条转录本,KEGG数据库共获得了124个条代谢途径,主要有核糖体、碳代谢、氨基酸生物合成等,在类黄酮和叶绿素代谢途径中分别有49和71个转录本参与。上述结果初步揭示了枫香叶片变色期转录组信息以及功能特性,为后续研究枫香叶片变色分子机制、色素代谢合成途径和调控、相关功能基因克隆以及叶色改良提供基础数据。 展开更多
关键词 枫香 叶片变色期 单分子实时技术 全长转录组 基因功能注释
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基于转录组测序的候选膀胱尿路上皮癌分子标记的识别
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作者 肖四方 张应爱 +2 位作者 肖敬川 曹卉 张淑芳 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第11期1745-1749,共5页
目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011-2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PCR对转录组测序筛选出的... 目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011-2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PCR对转录组测序筛选出的候选基因进行验证。结果:筛选出的4个候选基因,CDH1、CLDN7、VEGFA和PTPRF在转录组测序患者肿瘤组织相对于正常组织表达上调;实时荧光定量PCR对更多的患者验证发现,CDH1、VEGFA、PTPRF和CLDN7中,VEGFA相对表达水平上调,差异有统计意义(P<0.05),VEGFA和PTPRF表达相对上调,但差异无统计学意义(P>0.05);PTPRF和肿瘤的初发和复发关系比较密切(P=0.002),其预测敏感度和特异度分别为90.0%和83.3%。结论:VEGFA在膀胱尿路上皮癌的发生发展中起重要作用,有望成为膀胱尿路上皮癌的分子标志物,PTPRF有望作为预测膀胱肿瘤复发的分子参考指标。 展开更多
关键词 膀胱肿瘤 转录组 分子标记物 实时荧光定量PCR
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新城疫病毒感染鸡胚组织miRNAs表达谱的测序及分析
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作者 贾燕青 仇薪鑫 +4 位作者 王相伟 谢晓刚 白军 王兴龙 杨增岐 《动物医学进展》 北大核心 2022年第8期19-24,共6页
为了阐明新城疫病毒(NDV)感染鸡胚后miRNAs表达谱的变化及NDV感染与宿主基因之间的相互作用,帮助寻找NDV防控的新靶点和方法。通过small RNA测序技术获得NDV强毒株(F48E9)和弱毒株(La Sota)感染的鸡胚内脏组织miRNAs表达谱。对差异表达... 为了阐明新城疫病毒(NDV)感染鸡胚后miRNAs表达谱的变化及NDV感染与宿主基因之间的相互作用,帮助寻找NDV防控的新靶点和方法。通过small RNA测序技术获得NDV强毒株(F48E9)和弱毒株(La Sota)感染的鸡胚内脏组织miRNAs表达谱。对差异表达的miRNAs进行分析发现,F48E9感染引起了33个miRNAs上调,31个miRNAs下调;La Sota感染引起36个miRNAs上调,25个miRNAs下调;La Sota与F48E9感染组比较,有27个miRNAs上调,22个miRNAs下调。选取10个差异表达miRNAs进行RT-qPCR验证,gga-miR-34a-5p、gga-miR-375、gga-miR-122-3p、gga-miR-187-3p、gga-miR-124a-3p、gga-miR-203a、gga-miR-205a、gga-miR-183、gga-miR-9-3p和gga-miR-451表达量与small RNA测序结果相似。对差异表达miRNAs进行靶基因预测和生物信息学富集分析发现,在NDV感染鸡胚时,差异表达的miRNAs主要参与调控细胞生长代谢、细胞周期及免疫和炎症反应等通路。研究结果分析了NDV感染后miRNAs表达变化及预测功能,为NDV防控研究提供参考。 展开更多
关键词 新城疫病毒 small RNA MIRNA 实时荧光定量PCR
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