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柑桔衰退病毒RB和VT基因型实时定量PCR检测方法建立和应用
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作者 周俊 韩镕琰 +3 位作者 张晓男 方书洁 杨欣悦 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2024年第4期18-24,共7页
为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) cop... 为定量检测样品中柑桔衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)RB和VT基因型含量,以RB基因型的p33基因、VT基因型的ORF1a基因为靶标,建立了RB和VT基因型的特异性实时定量PCR方法。该方法检测RB和VT基因型质粒浓度下限均为2×10^(1) copies/μL,灵敏度为普通PCR的1000倍;对RB和VT基因型进行检测,质粒拷贝数对数(x)与Ct值(y)的标准曲线方程分别为y=-3.3255 x+37.8453和y=-3.2737 x+36.2839,R^(2)分别为0.9991和0.9954,扩增效率分别为99.85%和102.05%;方法的重复性良好,组内和组间Ct值变异系数均小于2.07%。对田间样品检测发现,不同样品之间RB基因型含量差异和VT基因型含量差异均较大。该方法特异性强,灵敏度高,适用于田间样品检测。 展开更多
关键词 柑桔衰退病毒 RB基因型 VT基因型 实时定量RT-PCR
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Bt毒素诱导下小菜蛾实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:22
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作者 符伟 谢文 +3 位作者 张卓 吴青君 王少丽 张友军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1406-1412,共7页
【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella(L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA(18S rRNA)、肌动蛋白(ACTB)、延伸因子(EF1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白L32(RPL32)、核糖体蛋白S13(R... 【目的】筛选出Bt毒素诱导后的小菜蛾Plutella xylostella(L.)的实时定量PCR最适内参基因。【方法】选取核糖体18S rRNA(18S rRNA)、肌动蛋白(ACTB)、延伸因子(EF1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、核糖体蛋白L32(RPL32)、核糖体蛋白S13(RPS13)、核糖体蛋白S20(RPS20)和β-微管蛋白(TUB)基因作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder和BestKeeper软件分析这8个基因在Bt毒素诱导后的小菜蛾不同品系中肠组织中的表达稳定性。并应用筛选出来的内参基因分析小菜蛾氨肽酶2(aminopeptidase N2,APN2)基因的表达水平。【结果】geNorm软件以RPS13和EF1为最稳定内参基因,NormFinder和BestKeeper软件均以RPS13和RPL32为最稳定基因。使用3种不同内参基因分析Bt毒素诱导后的小菜蛾Bt抗性和敏感品系中ANP2表达水平时,新的内参基因EF1和传统内参基因RPL32表现了良好的稳定性,二者作为标准化因子,ANP2表达量结果基本一致,而使用18S rRNA作为内参基因,却导致部分表达量分析结果有所误差。【结论】筛选出PRS13,RPL32和EF1可以作为小菜蛾某些试验条件下的内参基因,对小菜蛾基因表达研究奠定了一定基础,也对其他昆虫内参基因的筛选具有参考价值。 展开更多
关键词 小菜蛾 实时定量PCR 内参基因 抗药性 BT毒素
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四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响 被引量:47
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作者 张驰宇 张高红 +1 位作者 杨敏 贲昆龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期387-392,共6页
为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法... 为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 。 展开更多
关键词 引物二聚体 荧光实时定量RT-PCR SYBR green 四步法 RNA定量
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实时定量PCR研究进展及其应用 被引量:29
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作者 阳成波 印遇龙 +3 位作者 龚建华 郁海 黄瑞林 李铁军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期395-399,共5页
关键词 PCR研究 应用 实时定量 分子生物学技术 定量原理 探针种类 分子信标
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西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量:18
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作者 马璐琳 崔光芬 +5 位作者 王祥宁 贾文杰 段青 杜文文 王继华 陈发棣 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1707-1716,共10页
为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照... 为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异;RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低;geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。 展开更多
关键词 西南鸢尾 花色变异 实时定量PCR 内参基因
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茶树新梢不同叶片中β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因表达的实时定量PCR分析 被引量:31
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作者 赵丽萍 陈亮 +1 位作者 王新超 姚明哲 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期11-16,共6页
在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>... 在建立茶树基因表达绝对定量实时PCR检测方法后,检测了龙井43新梢不同部位叶片中的β-葡萄糖苷酶和β-樱草糖苷酶基因的表达情况,结果表明β-葡萄糖苷酶在一芽五叶新梢的第四叶中表达活性最高,为2.86E+08拷贝/μl,第四叶>第三叶>第五叶>第二叶>一芽一叶;而β-樱草糖苷酶基因在一芽一叶中最高,为4.31E+06拷贝/μl,一芽一叶>第二叶>第三叶>第四叶>第五叶。与茶叶香气密切相关两个基因在茶树不同部位的叶片中表达量和表达类型存在明显差异。本实验建立的实时荧光定量PCR可有效地用于茶树基因表达的定量分析。 展开更多
关键词 茶树 Β-葡萄糖苷酶 β-樱草糖苷酶 实时定量PCR
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猪细小病毒SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法的建立 被引量:20
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作者 李明凤 魏战勇 +3 位作者 王学斌 张红英 王亚宾 崔保安 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第3期220-224,共5页
利用PCR技术扩增出猪细小病毒VP2保守区基因194 bp片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪细小病毒的荧光定量PCR检测方法。... 利用PCR技术扩增出猪细小病毒VP2保守区基因194 bp片段,并克隆到pGEMT载体上,纯化质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为标准模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪细小病毒的荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达1.0×102拷贝/μL,与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒和猪流感病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性;对10份疑似病料和阴性病料进行了检测,发现10份均为荧光定量PCR阳性,而常规PCR只能检测出7份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床猪细小病毒(PPV)的检测。 展开更多
关键词 猪细小病毒 实时定量PCR 标准曲线
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基于表型症状和实时定量PCR鉴定不同香蕉品种对枯萎病的抗病性 被引量:10
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作者 徐胜涛 白亭亭 +10 位作者 张磊 番华彩 杨佩文 尹可锁 曾莉 李迅东 郭志祥 杨宝明 黄玉玲 李永平 郑泗军 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1997-2002,共6页
【目的】香蕉枯萎病已成为香蕉产业可持续发展的最主要限制因素之一,通过室内建立不同香蕉品种对枯萎病快速鉴定方法,为大田香蕉抗病品种鉴定和品种改良提供依据。【方法】本研究对巴西蕉(B)、桂蕉1号(GV)和笔者自主选育的品系云蕉1号(Y... 【目的】香蕉枯萎病已成为香蕉产业可持续发展的最主要限制因素之一,通过室内建立不同香蕉品种对枯萎病快速鉴定方法,为大田香蕉抗病品种鉴定和品种改良提供依据。【方法】本研究对巴西蕉(B)、桂蕉1号(GV)和笔者自主选育的品系云蕉1号(Y)进行枯萎病病菌4号生理小种热带型(Fusarium oxysporum f.sp.cubense Tropic Race 4,Foc TR4)野生型菌株(15-1)温室接种,通过叶片表型和球茎解剖2种病情指数调查并结合实时定量PCR分析,鉴定供试材料的抗感差异并筛选出对枯萎病抗性较好的香蕉材料。【结果】经过3次独立温室接种试验,结果显示云蕉1号病情指数最低,其他品种在接种后枯萎病抗性强弱的表现为Y>GV>B。检测接种后土壤中病原菌含量发现,3个品种之间未达到显著性差异,表明接种条件相对一致。不同香蕉品种在接种25 d后,云蕉1号的球茎病原菌含量较低,与巴西蕉相比达到了显著性差异(P<0.05),但是与桂蕉1号差异不显著,说明云蕉1号抗病性较好。【结论】本研究通过香蕉枯萎病的室内速鉴定方法表明,云蕉1号对枯萎有较好的耐病性,适合进一步大田筛选。 展开更多
关键词 枯萎病 香蕉 实时定量PCR 抗病性 病情指数
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新疆杏品种SFB基因的克隆及实时定量表达 被引量:11
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作者 王大江 冯建荣 +3 位作者 刘月霞 姜新 曹晓艳 赵宝龙 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期60-65,共6页
以新疆杏27个品种花粉为材料,进行转录水平SFB基因的克隆与测序;选取冬杏、苏陆克、库尔勒托拥3个杏品种,对其进行花粉离体培养,分析SFB基因在不同时期的表达特性。结果表明,在27个品种中扩增出4种大小不同的条带,引物组合1在26个品种... 以新疆杏27个品种花粉为材料,进行转录水平SFB基因的克隆与测序;选取冬杏、苏陆克、库尔勒托拥3个杏品种,对其进行花粉离体培养,分析SFB基因在不同时期的表达特性。结果表明,在27个品种中扩增出4种大小不同的条带,引物组合1在26个品种中扩增出条带,其中品种贝新纳尔,赛买提的片段大小为447 bp;大优佳的片段大小为446 bp,其余品种的大小为434 bp。引物组合2在品种托乎提中扩增出大小为660 bp大小的条带。序列比对显示27个品种的SFB基因为20种基因序列,与其他物种SFB基因序列比对显示20种基因序列均为新SFB基因序列,在GenBank上的登录号为:HQ148064-HQ148083;SFB基因在3个杏品种花粉离体培养不同培养时期均有表达,其表达丰度的变化趋势一致,呈先增后减的趋势,均在培养24 h时表达丰度最高,但是每个品种的表达峰值不同。 展开更多
关键词 自交不亲和 SFB基因 实时定量PCR
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实时定量PCR法分析白桦中一花发育相关基因BpHEN的时序表达 被引量:7
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作者 杨传平 魏继承 +2 位作者 李同华 王超 姜静 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期1-2,6,共3页
对白桦花序进行分期取材,以CTAB法提取各期材料的总RNA,应用SMART(Switching Mechanism At5′end of RNA Transcript)策略合成cDNA。根据BpHEN序列片段设计引物,通过特异扩增、产物纯化、梯度稀释,制备出系列标准样。通过实时定量PCR分... 对白桦花序进行分期取材,以CTAB法提取各期材料的总RNA,应用SMART(Switching Mechanism At5′end of RNA Transcript)策略合成cDNA。根据BpHEN序列片段设计引物,通过特异扩增、产物纯化、梯度稀释,制备出系列标准样。通过实时定量PCR分析BpHEN在各取材时期的表达情况表明,BpHEN在雌花序中的表达要高于雄花序,且在雌花序中有3个表达高峰,分别对应于授粉期、胚珠发育期、果实发育期。 展开更多
关键词 白桦 BpHEN 表达 实时定量PCR
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实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌HER2基因的过表达 被引量:12
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作者 奉水东 谭红专 +1 位作者 凌宏艳 袁秀琴 《中国肺癌杂志》 CAS 2011年第12期938-942,共5页
背景与目的正确评价HER2基因表达的状况对于肿瘤的施治具有重要的指导意义。以往的评价大多基于免疫组织化学法,但结果变异性大。本研究旨在探讨实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌(non-small celllung cancer,NSCLC)HER2基因... 背景与目的正确评价HER2基因表达的状况对于肿瘤的施治具有重要的指导意义。以往的评价大多基于免疫组织化学法,但结果变异性大。本研究旨在探讨实时定量PCR 2^(-△△Ct)法检测非小细胞肺癌(non-small celllung cancer,NSCLC)HER2基因表达的可行性。方法采用实时定量PCR 2^(-△△Ct)法同时检测212例肺癌组织和与其匹配的非肿瘤组织HER2基因的表达,评价过表达水平。结果肺癌组织中HER2基因的表达水平高于非肿瘤组织(T=67,P<0.05),HER2基因的过表达率为34.0%。结论实时定量PCR2^(-△△Ct) 展开更多
关键词 实时定量PCR HER2基因 肺肿瘤 表达
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大灰象甲实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:9
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作者 李晓 李建文 +8 位作者 成波 李伟 孙文秀 高华援 鞠倩 姜晓静 杜龙 曲春娟 曲明静 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1284-1294,共11页
【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成... 【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成虫触角、头、胸、腹和足中的表达量;并利用geNorm, NormFinder和BestKeeper软件及在线工具RefFinder评价候选基因的表达稳定性。以大灰象甲气味结合蛋白1(odorant bindng protein 1, OBP1)基因为目标基因验证候选基因在大灰象甲成虫不同组织中的表达稳定性。【结果】基于大灰象甲转录组数据首次鉴定得到β-肌动蛋白基因(ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、60S核糖体蛋白L12基因(RPL12)、60S核糖体蛋白L32基因(RPL32)、40S核糖体蛋白S20基因(RPS20)、延伸因子2基因(EF2)、α-微管蛋白基因(TUA)和β-微管蛋白基因(TUB)共9个管家基因序列。geNorm分析结果显示,RPL12和RPS20是最稳定表达的内参基因,而BestKeeper和NormFinder分析结果显示最稳定表达的内参基因分别是TUA和TUB。综合各分析方法得出9个候选基因中TUB,TUA,RPS20和RPL12是最稳定表达的内参基因,而18S rRNA,ACT和GAPDH这3个广泛应用的内参基因则表现出最低的表达稳定性。最后以OBP1为目标基因对稳定性不同的4个候选基因进行稳定性验证,发现以TUB和RPL12为内参基因,OBP1在成虫不同组织之间的表达模式基本一致;而以RPL32为内参基因,表达模式与应用TUB作为内参基因时稍有不同,使用18S rRNA作为内参基因得到的OBP1表达模式则与应用TUB作为内参基因时的完全不一致。【结论】TUB,TUA,RPS20和RPL12可以作为分析大灰象甲成虫不同组织中基因表达水平的内参基因,为后续基因表达研究奠定了基础。 展开更多
关键词 大灰象甲 实时定量PCR 内参基因 基因表达分析 表达稳定性
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基于gyrB基因的SYBR Green I实时定量PCR检测病原灿烂弧菌 被引量:7
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作者 于永翔 王印庚 +5 位作者 刘智超 廖梅杰 张正 荣小军 李彬 战文斌 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第3期134-142,共9页
灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR... 灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。 展开更多
关键词 gyrB基因 灿烂弧菌 实时定量PCR SYBR Green I
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一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立 被引量:38
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作者 包静月 李林 +3 位作者 王志亮 李金明 刘春菊 肖肖 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2007年第8期21-23,共3页
建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反... 建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反刍兽疫病毒RNA样本进行检测,都获得了特异性扩增,但是,不与牛瘟病毒、海豚麻疹病毒等其他种的麻疹病毒属病毒发生交叉反应。本方法具有高度灵敏性,最低可检测到810拷贝的RNA模板。在模板浓度为8.1×102到8.1×108拷贝范围内,都呈现良好的线性关系,而且无论是组内和或组间重复的变异系数都很低。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 一步法实时定量RT—PCR 检测
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食源性沙门氏菌实时定量PCR检测研究 被引量:15
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作者 刘仲敏 郑鸣 +1 位作者 王永芬 邹俐宏 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期233-236,共4页
根据GenBank数据库鼠伤寒沙门氏菌的invA基因序列(AE008832)设计引物,建立沙门氏菌实时荧光定量PCR检测方法。标准曲线的相关系数为0.999,检出底限约8个细菌/反应。对40份牛奶和40份生肉进行检测,阳性率分别为2.5%和5%,与传统细菌分离... 根据GenBank数据库鼠伤寒沙门氏菌的invA基因序列(AE008832)设计引物,建立沙门氏菌实时荧光定量PCR检测方法。标准曲线的相关系数为0.999,检出底限约8个细菌/反应。对40份牛奶和40份生肉进行检测,阳性率分别为2.5%和5%,与传统细菌分离检测结果完全相符。因此,实时定量PCR检测沙门氏菌具有快速、灵敏的优点,适宜于食品中沙门氏菌污染的调查及监测。 展开更多
关键词 实时定量PCR 食源性致病菌 沙门氏菌
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实时定量PCR检测46例初诊急性早幼粒细胞白血病患者PML/RARα mRNA的分子表达 被引量:10
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作者 主鸿鹄 刘艳荣 +6 位作者 秦亚溱 李金兰 常艳 王亚哲 单福香 江滨 陆道培 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2007年第1期1-5,共5页
本研究探讨实时定量PCR(Q-PCR)检测PML/RARαmRNA的方法学,并对46例初诊急性早幼粒细胞白血病(APL)患者骨髓标本进行检测。构建PML/RARα的bcr1型和bcr3型转录本以及内参照abl基因转录本的阳性标准品质粒;利用ABI Prism7500型Q-PCR仪对4... 本研究探讨实时定量PCR(Q-PCR)检测PML/RARαmRNA的方法学,并对46例初诊急性早幼粒细胞白血病(APL)患者骨髓标本进行检测。构建PML/RARα的bcr1型和bcr3型转录本以及内参照abl基因转录本的阳性标准品质粒;利用ABI Prism7500型Q-PCR仪对46例初诊APL患者和40例非APL患者骨髓标本进行检测,PML/RARαmRNA定量结果以校正比值(NQ)表示,NQ=PML/RARαmRNA拷贝数/ABLmRNA拷贝数;应用四色流式细胞术检测免疫表型。结果显示,Q-PCR结果的日间差和日内差平均变异系数(CV)分别为1.58%和0·88%。可重复敏感度为可以检测5copies/100ng RNA。40例非APL患者PML/RARαmRNA均为阴性。46例初诊APL患者PML/RARαmRNA表达量NQ中位值为0.450(0.084-1.082)。比较32例bcr1型和14例bcr3型两组患者的特征表明,PML/RARαmRNA NQ中位值分别为0.454(0.084-1.082)和0.386(0.151-0.848)(P>0·05)。形态学诊断M3v的患者比例分别为9.40%和48.96%(P<0.05);初诊时WBC中位数分别为2.15(0.2-59.6)和9·35(0.91-122.8)(P<0.05),而在性别、年龄、初诊时血红蛋白和血小板计数、骨髓中APL细胞比例、DIC指标等方面无差异。流式细胞仪术检测时,CD45/SSC射门情况下,APL细胞群分布可以分为两类:高侧向角(L-SSC,粗颗粒)和非高侧向角(NL-SSC,细颗粒)两类。bcr1型患者中85.70%表现为L-SSC,而bcr3型患者中64·29%表现为NL-SSC。结论:建立的Q-PCR方法稳定可靠,敏感度高;bcr1型和bcr3型APL患者的PML/RARαmRNA表达量无差异,bcr3型APL患者中形态学M3v比例和WBC数比bcr1型患者高;PML/RARα不同转录本类型和免疫表型以及细胞形态学之间有一定的相关性。 展开更多
关键词 白血病 急性早幼粒细胞白血病 实时定量PCR PML/RARΑ
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Taqman探针实时定量PCR检测猪伪狂犬病毒 被引量:10
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作者 张雪寒 何孔旺 +2 位作者 缪文凯 茅爱华 俞正玉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2008年第4期440-443,共4页
选取猪伪狂犬病毒(PRV)基因组中gE基因,设计特异性引物和Taqm an探针,利用实时定量PCR来定量检测PRV。利用PCR技术扩增猪伪狂犬病毒gE基因80 bp片段,并克隆到pMD18-T载体上,阳性重组质粒命名为pgE80。pgE80质粒进行10倍系列稀释,作为荧... 选取猪伪狂犬病毒(PRV)基因组中gE基因,设计特异性引物和Taqm an探针,利用实时定量PCR来定量检测PRV。利用PCR技术扩增猪伪狂犬病毒gE基因80 bp片段,并克隆到pMD18-T载体上,阳性重组质粒命名为pgE80。pgE80质粒进行10倍系列稀释,作为荧光PCR检测的标准模板,定量拷贝数,并绘制标准曲线。以提取的PRV、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸障碍综合症病毒(PRRSV)和传染性胃肠炎病毒(TGEV)的DNA作为模板,进行特异性检测。该实时定量PCR方法,标准曲线斜率为-0.37,R2=0.992,可以检测到20个拷贝数。PRV能被扩增出S型荧光曲线,而其它病毒均未能扩出。用PRV强毒肌肉注射仔猪,定量PCR比普通PCR更能灵敏而特异地检出呼吸道排毒和血液带毒。建立的实时定量PCR方法可用于临床样品快捷、准确、方便地检测。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病毒 实时定量PCR TAQMAN探针 定量检测
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实时定量PCR对猪圆环病毒2型感染猪体内病毒分布规律的研究 被引量:10
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作者 危艳武 刘长明 +2 位作者 袁婧 黄立平 张朝霞 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期924-928,共5页
根据发表的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计了一对特异引物,并以克隆重组质粒作为阳性标准品,采用SYBR-Green I嵌合荧光染料建立了一种用于检测PCV2的实时定量PCR方法。该方法在107~101范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0.9... 根据发表的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计了一对特异引物,并以克隆重组质粒作为阳性标准品,采用SYBR-Green I嵌合荧光染料建立了一种用于检测PCV2的实时定量PCR方法。该方法在107~101范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0.997,扩增效率为E=0.920;对质粒标准品检测下限值为8.2拷贝/μL,检测变异系数低于2.0%。该方法与常规PCR及过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)比较,其敏感性提高103倍以上。采用该法对PCV2人工感染猪的心、肝、脾、肺、肾、腹股沟淋巴结等组织中病毒核酸载量检测结果表明,在多种脏器中均可检测到病毒,其中腹股沟淋巴结、扁桃体和脾脏中病毒含量较高(为3.4×109拷贝/g~1.7×1010拷贝/g),这表明病毒主要在免疫器官增殖,导致淋巴细胞耗损。对来自国内不同地区的28份临床发病猪病料进行病毒DNA定量检测,有半数以上病料的病毒载量达到109-10拷贝/g。实验表明,实时定量PCR可用于PCV2核酸定量检测,为该病毒体内外定量检测提供了一种技术手段。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 实时定量PCR 病毒体内分布规律
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实时定量RT-PCR方法检测太平洋牡蛎中的诺沃克样病毒 被引量:5
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作者 岳志芹 汪俊 +5 位作者 梁成珠 雷质文 高宏伟 徐彪 朱来华 薛长湖 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1-4,共4页
建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测诺沃克样病毒(Norwalk-like Virus,NLV)的方法,并对中国的牡蛎样品进行了分析。选取GⅡ型NLV的RNA聚合酶区域,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针,建立了定量RT-PCR反应体系。将含有NLV扩增... 建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测诺沃克样病毒(Norwalk-like Virus,NLV)的方法,并对中国的牡蛎样品进行了分析。选取GⅡ型NLV的RNA聚合酶区域,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针,建立了定量RT-PCR反应体系。将含有NLV扩增片段的质粒10倍梯度稀释,作为标准品进行反应以确定检测灵敏度并制备标准曲线。结果表明,质粒密度在6×106,6×105,6×104,6×103,6×102,6×101,6个拷贝之间,共7个数量级的范围内,定量RT-PCR反应都有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为6个拷贝。制备的标准曲线中,病毒拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=-3.36lgX+37.11,相关系数R2=0.998。对中国37批太平洋牡蛎(Crassostrea gigas Thunberg)样品进行了定量检测,有6批样品为阳性,并根据标准曲线测定了NLV的含量。 展开更多
关键词 牡蛎 诺沃克样病毒(Norwalk-like virus NLV) 实时定量RT-PCR TAQMAN探针
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利用实时定量PCR研究不同蛋白质饲料对嗜淀粉瘤胃杆菌生长参数的影响 被引量:7
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作者 王梦芝 詹爱军 +3 位作者 高杨 徐爱秋 喻礼怀 王洪荣 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期327-334,共8页
本试验主要研究不同蛋白质饲料对嗜淀粉瘤胃杆菌(Ruminobacter amylophilus)生长的影响。选用4只装有瘤胃瘘管的徐淮白山羊羯羊,分别饲喂以羽毛粉、玉米蛋白粉、豆粕和鱼粉为蛋白质补充料的4组日粮,进行4×4拉丁方设计的试验,并采... 本试验主要研究不同蛋白质饲料对嗜淀粉瘤胃杆菌(Ruminobacter amylophilus)生长的影响。选用4只装有瘤胃瘘管的徐淮白山羊羯羊,分别饲喂以羽毛粉、玉米蛋白粉、豆粕和鱼粉为蛋白质补充料的4组日粮,进行4×4拉丁方设计的试验,并采用实时定量PCR(RT-PCR)技术对嗜淀粉瘤胃杆菌进行定量分析。结果表明,豆粕组瘤胃氨氮浓度最高,并显著高于其他3组(P<0.05);细菌总数在组间差异不显著(P>0.05);嗜淀粉瘤胃杆菌的密度及其数量在细菌总数中的比例均以豆粕组最高,且组间差异显著(P<0.05)。总之,豆粕饲料适宜于嗜淀粉瘤胃杆菌的生长,RT-PCR技术适用于瘤胃微生物的定量研究。 展开更多
关键词 蛋白质饲料 嗜淀粉瘤胃杆菌 生长 实时定量PCR
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