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三维全息原子场作用矢量用于5′-甲硫腺苷核苷酶抑制剂的定量结构-活性相关研究 被引量:2
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作者 李美萍 张生万 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期566-572,共7页
采用三维全息原子场作用矢量(Three-dimensional Holographic Vector of Atomic Interaction Field,3D-HoVAIF)对33个5′-甲硫腺苷核苷酶抑制剂进行结构表征并与其抑制活性建立定量结构-活性相关(Quantitative Structure Activity Relat... 采用三维全息原子场作用矢量(Three-dimensional Holographic Vector of Atomic Interaction Field,3D-HoVAIF)对33个5′-甲硫腺苷核苷酶抑制剂进行结构表征并与其抑制活性建立定量结构-活性相关(Quantitative Structure Activity Relationship,QSAR)模型。分别采用多元线性回归(MLR)和偏最小二乘回归(PLS)进行建模,同时采用内部及外部双重验证的方法对所建模型稳定性能进行分析和验证,建模计算值、留一法交互检验预测值和外部样本预测值的复相关系数R、Rcv、Qext分别为0.874,0.773,0.953(MLR);0.873,0.727,0.952(PLS)。表明三维全息原子场作用矢量能较好地表征该类分子的结构信息,所建QSAR模型具有良好的稳定性和预测能力;同时也指出了sp3杂化的C原子与sp2杂化的N原子,以及sp3杂化的C原子与sp3杂化的O/S原子的静电作用是影响5′-甲硫腺苷(MTA)类似物抑制5′-甲硫腺苷核苷酶(MTAN)活性的重要因素,有望对其它5′-甲硫腺苷核苷酶抑制剂的抑制活性预测及合成MTA类似物提供有效的理论依据。 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量 5′-甲硫腺苷核苷酶抑制剂 定量结构-活性相关
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定量结构-活性/性质相关研究及其在食品领域的应用 被引量:6
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作者 周如金 张庆 +1 位作者 邱松山 黄敏 《中国食品添加剂》 CAS 北大核心 2011年第4期173-178,共6页
定量结构-活性/性质相关研究(Quantitative Structure-Activity/Property Relationship,QSAR/QSPR)描述化合物分子结构与生物活性及理化性质之间的因果关系。通过QSAR/QSPR研究,不仅可以发现并确定对化合物活性/性质起关键影响作用的化... 定量结构-活性/性质相关研究(Quantitative Structure-Activity/Property Relationship,QSAR/QSPR)描述化合物分子结构与生物活性及理化性质之间的因果关系。通过QSAR/QSPR研究,不仅可以发现并确定对化合物活性/性质起关键影响作用的化合物结构因素,有效指导高效、低毒新型化合物的合成,而且可以对进入环境的数以千万计化学物质的毒性和生物效应的评价提供一个经济、简便的方法。本文概述了定量结构-活性/性质相关原理及其研究方法,从食品抗氧化剂、食品防腐剂、食品风味成分和食品成分安全性评价等方面阐述了定量结构-活性/性质相关研究在食品领域的应用现状,并从推动食品向绿色、安全、营养方向发展,展望了QSAR/QSPR在食品成分的毒性及其致毒机理研究、食用化学品安全性评价以及有效指导新型、低毒食用化学品的开发等方面在食品领域的应用前景。 展开更多
关键词 定量结构-活性/性质相关 食品成分 食品安全 应用
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含α,β-不饱和羰基结构化合物的定量结构-活性关系研究 被引量:6
3
作者 周如金 曾霞 +3 位作者 黄敏 黄艳仙 张庆 齐凯琴 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第8期128-132,共5页
计算表征含α,β-不饱和羰基结构系列化合物的8个分子连接性指数和5个量子化学参数,用遗传算法对参数进行了优化筛选,获得了含α,β-不饱和羰基结构系列化合物的定量结构与抑制大肠杆菌的最低抑菌浓度(MIC)和抗菌半衰期(t0.5)间的关系... 计算表征含α,β-不饱和羰基结构系列化合物的8个分子连接性指数和5个量子化学参数,用遗传算法对参数进行了优化筛选,获得了含α,β-不饱和羰基结构系列化合物的定量结构与抑制大肠杆菌的最低抑菌浓度(MIC)和抗菌半衰期(t0.5)间的关系模型。结果表明:与最低抑菌浓度显著相关的变量是最高占有轨道能量、最低空轨道能量与最高占有轨道能量差、3阶簇指数、4阶路径/簇指数,而且最高前沿占有轨道能量和4阶路径/簇指数对lg1/MIC均有正的贡献,而前沿轨道能差和3阶簇指数对抗菌作用强度有微小的负贡献;和半衰期显著相关的变量是最低空轨道能量、最低空轨道能量与最高占有轨道能量差、5阶路径指数、和4阶路径/簇指数,而且抗菌半衰期随5阶路径指数、4阶路径/簇指数以及最低空轨道能量与最高占有轨道能量差的增大而增大,而随最低空轨道能量的增加而减小。 展开更多
关键词 定量结构-活性相关 α β-不饱和羰基结构 食品防腐剂
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原子三角法在定量结构/活性相关分析中的应用 被引量:1
4
作者 张庆友 许禄 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期420-424,共5页
运用原子三角法表征 1 -[(2 -hydroxyethoxy) methyl]-6-(phenylthio) thymine(HEPT)类化合物的三维结构信息 .由原子三角的频数计算得到化合物的相似度矩阵 ,并在此基础上衍生出新的变量 .运用多元回归分析和人工神经网络分别构造了预... 运用原子三角法表征 1 -[(2 -hydroxyethoxy) methyl]-6-(phenylthio) thymine(HEPT)类化合物的三维结构信息 .由原子三角的频数计算得到化合物的相似度矩阵 ,并在此基础上衍生出新的变量 .运用多元回归分析和人工神经网络分别构造了预测数学模型 。 展开更多
关键词 定量结构-活性相关 原子三角法 分子相似度 回归分析 人工神经网络
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价连接性指数^mX与有机污染物lgK_sw的相关性 被引量:11
5
作者 堵锡华 冯长君 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期321-323,共3页
定义新的价连接性指数m XA、m XB用于有机污染物的定量结构 -活性相关性研究中 ,发现 m X与 1 38种 6个系列的有机污染物的分配系数具有良好的线性关系 ,相关方程为 :lg Ksw=0 .1 342 0 XA- 0 .1 1 72 1XA+ 0 .1 1 91 0 XB+ 0 .0 3961XB... 定义新的价连接性指数m XA、m XB用于有机污染物的定量结构 -活性相关性研究中 ,发现 m X与 1 38种 6个系列的有机污染物的分配系数具有良好的线性关系 ,相关方程为 :lg Ksw=0 .1 342 0 XA- 0 .1 1 72 1XA+ 0 .1 1 91 0 XB+ 0 .0 3961XB- 1 .6366,相关系数为 0 .971 3。使用相关模型对 lg Ksw的估算结果 ,非常接近或优于文献方法。本法还具有计算简单 。 展开更多
关键词 原子结构参数 价连接性指数 分配系数 定量结构-活性相关 有机污染物 分子连接性指数
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吲唑类PI3Kδ选择性抑制剂活性理论模型的构建 被引量:1
6
作者 堵锡华 王超 +2 位作者 吴琼 李靖 周俊 《中北大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第4期364-371,384,共9页
吲唑类PI3Kδ选择性抑制剂是一类新的靶向抗癌药物,有的已开始应用于临床.为了研究PI3Kδ抑制剂的活性pIC50与结构之间的定量结构-活性关系,在分子拓扑理论的基础上,计算了47个PI3Kδ抑制剂分子的分子形状指数和电性拓扑状态指数,筛选... 吲唑类PI3Kδ选择性抑制剂是一类新的靶向抗癌药物,有的已开始应用于临床.为了研究PI3Kδ抑制剂的活性pIC50与结构之间的定量结构-活性关系,在分子拓扑理论的基础上,计算了47个PI3Kδ抑制剂分子的分子形状指数和电性拓扑状态指数,筛选了分子形状指数的K1,K3,K4和电性拓扑状态指数的E7,E16,E19共6种结构参数,建立了这些PI3Kδ抑制剂分子的活性与K1,K3,K4,E7,E16,E19这6种结构参数的定量结构-活性相关性多元回归模型,并将这6种参数作为神经网络输入层变量,47个PI3Kδ抑制剂分子的活性为输出层变量,采用6∶4∶1的网络结构方式,建立了预测能力强的神经网络模型,其总相关系数r为0.9794,利用该神经网络模型计算得到的预测活性值与实验值的平均相对误差为1.92%.结果表明,PI3Kδ选择性抑制剂的活性与6种分子结构参数之间有良好的非线性关系,基团的类型、基团的连接位置以及相互之间的作用均能影响PI3Kδ选择性抑制剂的活性. 展开更多
关键词 脂酰肌醇-3-激酶 吲唑类化合物 分子形状指数 电性拓扑状态指数 神经网络法 定量结构-活性相关
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基于密度泛函理论的细胞色素P450 1A2抑制剂的定量构效关系
7
作者 易忠胜 叶廷文 +1 位作者 刘红艳 莫凌云 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2013年第1期99-106,共8页
在B3LYP/6-31G*水平上采用高斯09全优化计算了50个P450 1A2抑制剂的量子化学参数,应用基于预测的模型变量选择方法(VSMP)选择描述子最佳子集,建立了最高轨道占有能(EHOMO)和分子体积(Vm)与萘、内酯衍生物及其他化合物对细胞色素氧化酶P4... 在B3LYP/6-31G*水平上采用高斯09全优化计算了50个P450 1A2抑制剂的量子化学参数,应用基于预测的模型变量选择方法(VSMP)选择描述子最佳子集,建立了最高轨道占有能(EHOMO)和分子体积(Vm)与萘、内酯衍生物及其他化合物对细胞色素氧化酶P450 1A2抑制剂的两变量线性QSAR模型,结果表明:所选的2个分子结构描述符与50个抑制剂的活性之间具有很强的线性关系(相关系数r2=0.907 0)和内部预测能力(留多法交叉验证相关系数q2=0.751 7)。同时,将50个化合物分成奇数集和偶数集各自进行筛选建模,并彼此进行外部预测,对全部样本集、奇数集和偶数集样本模型进行了y-Randomization检验,结果表明描述符EHOMO和Vm建立的模型均非常稳定并具有很高的预测能力。 展开更多
关键词 细胞色素P450 1A2 抑制剂 定量结构-活性相关 密度泛函理论(DFT) VSMP
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分子电性-距离矢量对典型抗HIV类药物的有效表征
8
作者 张倩 张英 李琳 《广西工学院学报》 CAS 2012年第3期95-98,共4页
采用二维拓扑结构描述子—分子电性距离矢量(MEDV),对TIBO类衍生物、非核苷类逆转录酶抑制剂和环脲类化合物等三类抗HIV病毒的药物定量结构活性关系进行了研究.用MEDV描述子对三类药物分子进行结构表征,以VSMP法对所得的91个分子结构描... 采用二维拓扑结构描述子—分子电性距离矢量(MEDV),对TIBO类衍生物、非核苷类逆转录酶抑制剂和环脲类化合物等三类抗HIV病毒的药物定量结构活性关系进行了研究.用MEDV描述子对三类药物分子进行结构表征,以VSMP法对所得的91个分子结构描述符进行优化筛选以得到最优子集,用多元线性回归方法(MLR)分别构建了三类抗HIV病毒药分子结构与生物活性之间的定量构效关系(QSAR)模型.模型相关系数r分别为0.930 4,0.852 5和0.957 9,留一法交互验证(leave-one-out cross validation,LOO-CV)相关系数q分别为0.888 8,0.815 5和0.908 4,表明QSAR模型具有良好的稳定性和预测能力.QSAR模型表明分子中取代基团的种类和取代位置对药物分子的生物活性有显著影响. 展开更多
关键词 定量结构-活性相关(QSAR) TIBO类衍生物 环脲类衍生物 非核苷类逆转录酶抑制剂 MEDV描述子
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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究
9
作者 段家喜 赵赛 +1 位作者 易忠胜 聂瑾芳 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2018年第3期529-536,共8页
采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(... 采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(q^2=0. 857 4)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r^2=0. 924,q^2=0. 516; CoMSIA:r^2=0. 944,q^2=0. 531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。 展开更多
关键词 噻唑-2-乙胺类化合物 非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(CoMFA) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)
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有机化合物的陆地和水生环境毒性的计算机预测研究(英文) 被引量:3
10
作者 程飞雄 沈杰 +2 位作者 李卫华 Philip W.LEE 唐赟 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期477-488,共12页
采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定... 采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定性分类和定量回归预测模型。所有模型均通过独立测试集验证。其中,利用支持向量机分类算法得到的分类模型对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的整体预测准确度分别达到 95. 9% 和 95. 0% 。采用支持向量机回归算法得到的回归模型,对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的预测相关系数的平方( R2) 分别达到 0. 878 和 0. 663。最后,通过信息熵分析的方法,确定了一批能够代表性地表征呆鲦鱼和蜜蜂毒性的子结构模式,包括 1,2-二酚、二烷基硫醚、二芳香醚和磷酸衍生物等。提出的方法为有毒化学品的生态风险评价提供了一种非常好的评价策略和可靠的工具。 展开更多
关键词 呆鲦鱼毒性 蜜蜂毒性 定量结构-活性相关性(QSAR) 结构模式识别 信息熵 支持向量机
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分子极化效应指数与脂肪族醛酮的沸点 被引量:1
11
作者 张秀利 汪勇先 +1 位作者 林英武 李俊玲 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期803-804,共2页
Based on the molecular polarizability effect index,a formula of three parameters was proposed to calculate the boiling point of aliphatic aldehydes and alkanones.ln(820.5-Tb)=6.38330-1.37357×10-1Nc+5.39350ΔE... Based on the molecular polarizability effect index,a formula of three parameters was proposed to calculate the boiling point of aliphatic aldehydes and alkanones.ln(820.5-Tb)=6.38330-1.37357×10-1Nc+5.39350ΔEPI+8.02603×10-2NWhere the Nc is the effective length of carbon chain of alkyl group in the aliphatic aldehydes and alkanones.The ΔPEI is the polarizability effect index difference between the corresponding branched and normal alkyl isomer containing the same carbon atom number,which expressed the effcet of carbonyl group on the boiling point of ali-phatic aldehydes and alkanones.N is the carbon numbers of aliphatic aldehydes and alkanones. 展开更多
关键词 分子极化效应指数 脂肪族醛酮 沸点 定量结构-活性相关 分子结构参数
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基于分子对接技术及CoMSIA/HQSAR辅助的二羟基多氯联苯衍生物分子修饰 被引量:5
12
作者 辛美玲 褚振华 李鱼 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期299-309,共11页
利用类二噁英类多氯联苯(PCBs)大气氧化降解产物二羟基多氯联苯与2,3-二羟基联苯双加氧酶(Bphc,PDB ID:1KW6)进行分子对接,构建以分子结构参数为自变量,对接打分函数(K_d,代表对接活性)为因变量的分子相似性指数分析(Co MSIA)与分子全... 利用类二噁英类多氯联苯(PCBs)大气氧化降解产物二羟基多氯联苯与2,3-二羟基联苯双加氧酶(Bphc,PDB ID:1KW6)进行分子对接,构建以分子结构参数为自变量,对接打分函数(K_d,代表对接活性)为因变量的分子相似性指数分析(Co MSIA)与分子全息定量结构-活性相关关系(HQSAR)模型,并对二羟基多氯联苯进行分子修饰,研究结果表明,Bphc酶对二羟基多氯联苯均有不同程度的降解能力,影响Bphc酶对接活性的氨基酸残基为His145,Val147,Ile174,His194,His208,His209,His240,Asn242,Tyr249及Thr280,且二羟基多氯联苯与氨基酸残基对接形成的氢键越多对接活性越高.建立了CoMSIA和HQSAR模型耦合的二羟基多氯联苯分子取代活性精确定位方法,以打分函数较低的二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60为目标分子,设计出8种打分函数显著提升的新型分子,其对接活性提高65%~185%,分子毒性(IC_(50))下降10%~83%,生物富集性(BCF)下降4%~27%,迁移性(K_(OA))与半衰期(t_(1/2))增降幅基本不变.所设计新型分子反应路径的推断可以验证二羟基多氯联苯5,6-2OH-CB60在环境中与活性自由基或与活性分子反应生成所设计的新型5,6-2OH-CB60分子,即类二噁英类PCBs可通过大气氧化降解最终生成酶降解性显著提高的新型二羟基多氯联苯,达到进一步控制类二噁英类PCBs环境行为的目的. 展开更多
关键词 类二噁英类多氯联苯 二羟基多氯联苯 Bphc酶 分子对接 分子相似性指数分数 分子全息定量结构-活性相关关系
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基于密度泛函理论的多环芳烃硝基衍生物的生物毒性预测 被引量:3
13
作者 蔡啸宇 姜龙 +1 位作者 曾娅玲 李鱼 《发光学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1667-1671,共5页
采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法,在6-311++G(d,p)基组水平下对16种多环芳烃(PAHs)及6种多环芳烃硝基衍生物进行了拉曼光谱、极化率、偶极矩、热力学、结构优化及能量等40种参数进行计算。以13种PAHs对发光菌的-lgEC50值做因变量,... 采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法,在6-311++G(d,p)基组水平下对16种多环芳烃(PAHs)及6种多环芳烃硝基衍生物进行了拉曼光谱、极化率、偶极矩、热力学、结构优化及能量等40种参数进行计算。以13种PAHs对发光菌的-lgEC50值做因变量,以另外3种多环芳烃数据作为验证,构建了基于量子化学参数的PAHs毒性定量结构-活性相关(QSAR)模型,预测PAHs硝基衍生物的毒性。经验证,所建立的QSAR模型的模拟系数为0.816,模型预测的PAHs硝基衍生物毒性排序与文献报道的PAHs硝基衍生物对鼠伤寒沙门氏菌的毒性排序一致,表明所建模型可用于PAHs及其硝基衍生物的生物毒性预测,从而为控制和预测PAHs及硝基衍生物毒性提供理论依据。 展开更多
关键词 密度泛函理论 定量结构-活性相关模型 多环芳烃 硝基衍生物 生物毒性
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拓扑指数估算氯苯胺类化合物的发光细菌毒性
14
作者 张小祥 《黑龙江科技信息》 2008年第31期19-20,共2页
基于化学拓扑理论,计算了14种氯代苯胺衍生物的电拓扑状态指数En、连接指数mXvP)。用多元回归研究了这些化合物的发光细菌急性毒性-lg EC50与En、mXvP的定量关系。建立了最佳的定量结构——生物活性相关(QSAR)模型,相关系数为0.981。用S... 基于化学拓扑理论,计算了14种氯代苯胺衍生物的电拓扑状态指数En、连接指数mXvP)。用多元回归研究了这些化合物的发光细菌急性毒性-lg EC50与En、mXvP的定量关系。建立了最佳的定量结构——生物活性相关(QSAR)模型,相关系数为0.981。用SPSS法检验,模型具有良好的稳健性与预测能力,其计算值与实验值基本吻合。 展开更多
关键词 氯代苯胺衍生物 发光菌 急性毒性 电拓扑状态指数 连接性指数 定量结构-生物活性相关模型
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