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拟除虫菊酯类农药-抗体活性定量构效关系研究
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作者 陈秀金 韩四海 +5 位作者 胥传来 郭金英 任国艳 李道敏 李松彪 侯玉泽 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期204-209,共6页
目的:研究拟除虫菊酯类农药与其类特异性抗体的免疫识别机理。方法:采用逐步多重线性回归法研究了拟除虫菊酯类农药及其类似物和抗体活性(IC50:半数抑制浓度)之间的定量构效关系。在计算拟除虫菊酯及其类似物结构描述符的基础上,... 目的:研究拟除虫菊酯类农药与其类特异性抗体的免疫识别机理。方法:采用逐步多重线性回归法研究了拟除虫菊酯类农药及其类似物和抗体活性(IC50:半数抑制浓度)之间的定量构效关系。在计算拟除虫菊酯及其类似物结构描述符的基础上,构建了二维定量构效模型,分析筛选影响抗体活性的主要因素,并用留一法交叉验证了模型的预测能力。同时,采用偏最小二乘法对计算所得拟除虫菊酯分子片段的结构参数进行了分析,建立了分子亚结构和抗体活性之间的全息定量构效模型,运用不同颜色编码来反映分子片段对抗体活性的贡献。结果:二维定量构效模型和全息定量构效模型的决定系数(R2)分别为0.920和0.917,二者的交叉验证系数(Q2)分别为0.875和0.660,表明两模型具有良好的预测能力。由二维定量构效模型还可得,拟除虫菊酯类农药的疏水性越小,往往和抗体的结合能力就越强。此外,在尝试了多种分子片段组合后,得到了最优全息定量构效模型,其分子片段的大小在4~10之间,分子片段的长度为61,优化的主成分为4,分子片段的类型为B/C/Ch;但拟除虫菊酯类农药指纹图谱的编码结果和试验结果不完全吻合。结论:拟除虫菊酯类农药的疏水性是影响抗体识别的主要因素。 展开更多
关键词 拟除虫菊酯类农药 描述符 抗体活性 定量构效模型
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1,4-二氢吡啶衍生物的QSAR模型构建及制备 被引量:2
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作者 刘媛媛 李玲 +1 位作者 陈学军 李壹 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2023年第3期515-524,共10页
采用Hyperchem 8.0软件,通过分子动力学MM+和半经验AM1算法,优化并计算得到30种1,4-二氢吡啶衍生物的17种量子化学参数。运用Statistica 8.0软件中的主成分分析法,结合线性回归分析法,筛选出3个最佳参数与1,4-二氢吡啶衍生物的抗结核活... 采用Hyperchem 8.0软件,通过分子动力学MM+和半经验AM1算法,优化并计算得到30种1,4-二氢吡啶衍生物的17种量子化学参数。运用Statistica 8.0软件中的主成分分析法,结合线性回归分析法,筛选出3个最佳参数与1,4-二氢吡啶衍生物的抗结核活性关联,构建定量构效关系(QSAR)模型。所建多元线性回归方程的相关系数R2为0.75,留一法交叉检验系数q2为0.72,活性实验值与预测值相关性较好。采用该模型设计并制备得到1种具有良好水溶性和潜在抗结核活性的N3,N5-二(对磺酸钾基)苯基-2,6-二甲基-3,5-二甲酰氨基-1,4-二氢吡啶(TM),用1H NMR、IR、MS和元素分析表征结构,并考察了紫外和荧光性能。良好的稳定性和预测能力使该QSAR模型有望用于结核病候选药物的筛选。 展开更多
关键词 1 4-二氢吡啶衍生物 抗结核活性 定量构效模型 量子化学参数 紫外和荧光性能
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核酸与分子建模及结构表达启动子强度预测
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作者 李波 仇亮加 +2 位作者 李劲为 叶楠 李志良 《重庆大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第7期63-65,共3页
从核酸分子的一级结构出发 ,基于分子中原子间距离及各原子电负性 ,构建了能描述核酸分子结构的系列参数 :分子电性边数矢量简称分子电边矢量。据此对 38个脱氧核糖核酸 (DNA)启动子序列的强度进行定量结构活性相关 (QSAR)及定量序列活... 从核酸分子的一级结构出发 ,基于分子中原子间距离及各原子电负性 ,构建了能描述核酸分子结构的系列参数 :分子电性边数矢量简称分子电边矢量。据此对 38个脱氧核糖核酸 (DNA)启动子序列的强度进行定量结构活性相关 (QSAR)及定量序列活性模型 (QSAM)研究 ,取得良好结果。与其它方法相比 ,分子电边矢量具结构分辨率高、活性相关性好、计算简便等特点 。 展开更多
关键词 定量相关模型 定量模型 QSAM 分子电边矢量 脱氧核糖核酸 启动子序列 DNA链结 生物大分子
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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性 被引量:10
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作者 刘海春 卢帅 +6 位作者 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对... B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导. 展开更多
关键词 B-RAF Ⅱ型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量关系模型
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酰胺类蚊虫驱避化合物与引诱物氨分子缔合作用的计算 被引量:1
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作者 许锡招 宋杰 +4 位作者 王鹏 范国荣 陈金珠 陈尚钘 王宗德 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期642-649,共8页
【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET(避蚊胺)具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分(L-乳酸、羧酸等)缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一... 【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET(避蚊胺)具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分(L-乳酸、羧酸等)缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一组43个酰胺类驱避化合物,计算了它们与蚊虫引诱物氨之间的双分子缔合作用,以及该缔合作用对驱避活性的影响,从而为驱避机理研究提供帮助。【方法】用Gaussian 03软件优化驱避化合物单体和双分子缔合体的三维结构式;通过Ampac和Codessa软件建立结构与驱避活性之间的定量构效关系模型。【结果】驱避化合物与氨分子的缔合距离、角度和缔合能量分别是2.2-3.0,128-180°和14-25 k J/mol;最佳四参数模型中R2为0.8987,其中2个参数来自驱避化合物单体,分别是(1/6)X GAMMA polarizability(DIP)和ESPminimum net atomic charge for an H atom,另外2个参数来自双分子缔合体,分别是ESP-DPSA-2 difference in CPSAs(PPSA2-PNSA2)[Quantum-Chemical PC]和Minimum valency of a C atom。模型检验中训练集和测试集的相关系数平方的平均值分别为0.9013和0.8666。【结论】驱避化合物与氨分子之间存在弱氢键力缔合作用,驱避化合物分子的极化度及其与氨分子之间的极性相互作用、缔合体中分子间键相互作用及其电荷分布均对驱避活性产生显著影响,说明双分子缔合对驱避活性具有显著影响。模型检验表明最佳四参数模型具有良好的稳定性和预测能力。本研究可为寻找新型蚊虫驱避剂和揭示蚊虫驱避剂的作用机理提供参考。 展开更多
关键词 蚊虫驱避剂 酰胺类驱避化合物 引诱物 驱避活性 氨分子 缔合作用 定量关系模型
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Estimation of thermal decomposition temperatures of organic peroxides by means of novel local and global descriptors
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作者 DAI Yi-min NIU Lan-li +2 位作者 ZOU Jia-qi LIU Dan-yang LIU Hui 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第7期1535-1544,共10页
The thermal decomposition temperature is one of the most important parameters to evaluate fire hazard of organic peroxide. A quantitative structure-property relationship model was proposed for estimating the thermal d... The thermal decomposition temperature is one of the most important parameters to evaluate fire hazard of organic peroxide. A quantitative structure-property relationship model was proposed for estimating the thermal decomposition temperatures of organic peroxides. The entire set of 38 organic peroxides was at random divided into a training set for model development and a prediction set for external model validation. The novel local molecular descriptors of AT1, AT2, AT3, AT4, AT5, AT6 and global molecular descriptor of ATC have been proposed in order to character organic peroxides’ molecular structures. An accurate quantitative structure-property relationship (QSPR) equation is developed for the thermal decomposition temperatures of organic peroxides. The statistical results showed that the QSPR model was obtained using the multiple linear regression (MLR) method with correlation coefficient (R), standard deviation (S), leave-one-out validation correlation coefficient (RCV) values of 0.9795, 6.5676 ℃ and 0.9328, respectively. The average absolute relative deviation (AARD) is only 3.86% for the experimental values. Model test by internal leave-one-out cross validation and external validation and molecular descriptor interpretation were discussed. Comparison with literature results demonstrated that novel local and global descriptors were useful molecular descriptors for predicting the thermal decomposition temperatures of organic peroxides. 展开更多
关键词 organic peroxide thermal decomposition temperature multiple linear regression model validation quantitative structure-property relationship
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