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中药化学成分与CYP2C19相互作用预测研究——基于定量构效关系(QSAR)模型
被引量：
2
1
作者
雷蕾
王新洲
+4 位作者
张黎
朱永亮
杨策
崔蒙
钱向平
《中国现代中药》
CAS
2015年第5期424-426,430,共4页
目的:使用随机森林(RF)算法和支持向量机(SVM)算法构建定量构效关系模型(QSAR),并筛选出最优模型,对部分有毒中药包含的化学成分对CYP2C19可能的作用进行了预测,为临床应用和药物开发提供参考。方法:本文使用Mold2软件(version 2.0.0)...
目的:使用随机森林(RF)算法和支持向量机(SVM)算法构建定量构效关系模型(QSAR),并筛选出最优模型,对部分有毒中药包含的化学成分对CYP2C19可能的作用进行了预测,为临床应用和药物开发提供参考。方法:本文使用Mold2软件(version 2.0.0)对收集到的130个化学成分进行分子描述符计算,对其进行初步筛选后,分别采用RF和SVM进行预测模型的构建,最后筛选出最优预测模型,并对中药化学成分进行预测。结果:根据预测模型的准确度和接收器操作特征(ROC)值筛选出最优分子描述符为6个,合并SVM和Leave-10%-out交叉验证方法模型为最优预测模型。对《中华人民共和国药典》2010版10个大毒中药,例如斑蝥、马钱子、天仙子等包含的化学成分进行了预测,得到一些有意义的结果。结论:定量构效关系模型(QSAR)对中药化学成分进行预测研究可以为联合用药和进一步研究提供参考。
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关键词
定量
构
效
关系
模型
CYP2C19
中药化学成分
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职称材料
1,4-二氢吡啶衍生物的QSAR模型构建及制备
被引量：
1
2
作者
刘媛媛
李玲
+1 位作者
陈学军
李壹
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第3期515-524,共10页
采用Hyperchem 8.0软件,通过分子动力学MM+和半经验AM1算法,优化并计算得到30种1,4-二氢吡啶衍生物的17种量子化学参数。运用Statistica 8.0软件中的主成分分析法,结合线性回归分析法,筛选出3个最佳参数与1,4-二氢吡啶衍生物的抗结核活...
采用Hyperchem 8.0软件,通过分子动力学MM+和半经验AM1算法,优化并计算得到30种1,4-二氢吡啶衍生物的17种量子化学参数。运用Statistica 8.0软件中的主成分分析法,结合线性回归分析法,筛选出3个最佳参数与1,4-二氢吡啶衍生物的抗结核活性关联,构建定量构效关系(QSAR)模型。所建多元线性回归方程的相关系数R2为0.75,留一法交叉检验系数q2为0.72,活性实验值与预测值相关性较好。采用该模型设计并制备得到1种具有良好水溶性和潜在抗结核活性的N3,N5-二(对磺酸钾基)苯基-2,6-二甲基-3,5-二甲酰氨基-1,4-二氢吡啶(TM),用1H NMR、IR、MS和元素分析表征结构,并考察了紫外和荧光性能。良好的稳定性和预测能力使该QSAR模型有望用于结核病候选药物的筛选。
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关键词
1
4-二氢吡啶衍生物
抗结核活性
定量构效模型
量子化学参数
紫外和荧光性能
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职称材料
基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
被引量：
10
3
作者
刘海春
卢帅
+6 位作者
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对...
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导.
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关键词
B-RAF
Ⅱ型抑制剂
分子对接
打分评价函数
对接能量描述符
定量
构
效
关系
模型
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职称材料
题名
中药化学成分与CYP2C19相互作用预测研究——基于定量构效关系(QSAR)模型
被引量：
2
1
作者
雷蕾
王新洲
张黎
朱永亮
杨策
崔蒙
钱向平
机构
中国中医科学院中医药信息研究所
苏州润新生物科技有限公司
出处
《中国现代中药》
CAS
2015年第5期424-426,430,共4页
基金
国家自然科学基金项目--中药对细胞色素P450酶作用及配伍减毒的计算预测(81374060)
文摘
目的:使用随机森林(RF)算法和支持向量机(SVM)算法构建定量构效关系模型(QSAR),并筛选出最优模型,对部分有毒中药包含的化学成分对CYP2C19可能的作用进行了预测,为临床应用和药物开发提供参考。方法:本文使用Mold2软件(version 2.0.0)对收集到的130个化学成分进行分子描述符计算,对其进行初步筛选后,分别采用RF和SVM进行预测模型的构建,最后筛选出最优预测模型,并对中药化学成分进行预测。结果:根据预测模型的准确度和接收器操作特征(ROC)值筛选出最优分子描述符为6个,合并SVM和Leave-10%-out交叉验证方法模型为最优预测模型。对《中华人民共和国药典》2010版10个大毒中药,例如斑蝥、马钱子、天仙子等包含的化学成分进行了预测,得到一些有意义的结果。结论:定量构效关系模型(QSAR)对中药化学成分进行预测研究可以为联合用药和进一步研究提供参考。
关键词
定量
构
效
关系
模型
CYP2C19
中药化学成分
Keywords
Quantitative structure-activity relationship（QSAR）
CYP2C19
chemical components of Chinese herbs
分类号
R284.1 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
1,4-二氢吡啶衍生物的QSAR模型构建及制备
被引量：
1
2
作者
刘媛媛
李玲
陈学军
李壹
机构
东南大学成贤学院制药与化学工程学院
南京工业大学食品与轻工学院
出处
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第3期515-524,共10页
基金
江苏省自然科学基金面上项目(BK20211001)资助
江苏省青蓝工程中青年学术带头人(2021)资助
+1 种基金
东南大学成贤学院青年教师科研发展基金项目(z0033)资助
南京工业大学高性能计算中心计算支持。
文摘
采用Hyperchem 8.0软件,通过分子动力学MM+和半经验AM1算法,优化并计算得到30种1,4-二氢吡啶衍生物的17种量子化学参数。运用Statistica 8.0软件中的主成分分析法,结合线性回归分析法,筛选出3个最佳参数与1,4-二氢吡啶衍生物的抗结核活性关联,构建定量构效关系(QSAR)模型。所建多元线性回归方程的相关系数R2为0.75,留一法交叉检验系数q2为0.72,活性实验值与预测值相关性较好。采用该模型设计并制备得到1种具有良好水溶性和潜在抗结核活性的N3,N5-二(对磺酸钾基)苯基-2,6-二甲基-3,5-二甲酰氨基-1,4-二氢吡啶(TM),用1H NMR、IR、MS和元素分析表征结构,并考察了紫外和荧光性能。良好的稳定性和预测能力使该QSAR模型有望用于结核病候选药物的筛选。
关键词
1
4-二氢吡啶衍生物
抗结核活性
定量构效模型
量子化学参数
紫外和荧光性能
Keywords
1,4-dihydropyridine derivatives
anti-tuberculosis activities
quantitative structure-activity relationships(QSAR)model
quantum chemical parameters
UV and fluorescence properties
分类号
O651 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
被引量：
10
3
作者
刘海春
卢帅
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
机构
中国药科大学理学院
中国药科大学、天然药物活性组分与药效国家重点实验室
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2191-2206,共16页
基金
国家自然科学基金(21102181,81302634)资助项目~~
文摘
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导.
关键词
B-RAF
Ⅱ型抑制剂
分子对接
打分评价函数
对接能量描述符
定量
构
效
关系
模型
Keywords
B-Raf Type Ⅱ inhibitor
Molecular docking
Scoring function
Docking-generated energy-based descriptor
Quantitative structure–activity relationship model
分类号
TQ460.1 [化学工程—制药化工]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
中药化学成分与CYP2C19相互作用预测研究——基于定量构效关系(QSAR)模型
雷蕾
王新洲
张黎
朱永亮
杨策
崔蒙
钱向平
《中国现代中药》
CAS
2015
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
1,4-二氢吡啶衍生物的QSAR模型构建及制备
刘媛媛
李玲
陈学军
李壹
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性
刘海春
卢帅
冉挺
张艳敏
徐金星
熊潇
徐安阳
陆涛
陈亚东
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015
10
在线阅读
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职称材料
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