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邻苯二甲酸酯对HepG2细胞血红素加氧酶1表达的影响及基于该酶的三维定量构效关系模型的构建
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作者 刘焕 李康兴 +3 位作者 翁文洁 时煜筠 柳春红 农镇艺 《中国药理学与毒理学杂志》 北大核心 2025年第9期681-688,共8页
目的评价邻苯二甲酸酯类(PAEs)化合物对HepG2细胞中血红素加氧酶1(HO-1)表达的影响,并构建基于HO-1的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。方法①HepG2细胞分别与邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)、邻苯二甲酸二正辛酯(DnOP)、邻苯二甲酸... 目的评价邻苯二甲酸酯类(PAEs)化合物对HepG2细胞中血红素加氧酶1(HO-1)表达的影响,并构建基于HO-1的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。方法①HepG2细胞分别与邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)、邻苯二甲酸二正辛酯(DnOP)、邻苯二甲酸二甲酯(DMP)、邻苯二甲酸二乙酯(DEP)、邻苯二甲酸二己酯(DHXP)、邻苯二甲酸二甲氧乙酯(DMEP)、邻苯二甲酸二丁酯(DBP)〔终浓度均分别为0(DMSO,溶剂对照)、0.0625、0.125、0.25、0.5和1 mmol·L^(-1),n=6〕培养48 h,Western印迹法检测细胞中HO-1蛋白表达水平。②基于各组HO-1蛋白水平,采用比较分子相似性指数分析(CoMSIA)法构建3D-QSAR模型。通过杠杆值(leverge)法验证模型的适用域,采用KNIMEEnalos+节点评估模型拟合质量与预测能力,验证模型稳定性,并通过分子对接验证PAEs与HO-1的结合效应。结果①与溶剂对照组相比,浓度为0.0625 mmol·L^(-1)的DMP、DMEP、DEHP、DnOP和DEP分别处理48 h后,细胞中HO-1蛋白表达水平均显著提高,而1 mmol·L^(-1)的DBP、DnOP、DEHP和DHXP则显著抑制HO-1表达。②构建的3D-QSAR模型的非交叉验证系数(R^(2))和交叉验证系数(Q^(2))分别为0.996和0.548。3D-QSAR模型7种PAEs均位于模型的适用域范围内,且通过了外部验证。分子对接结果表明DBP、DnOP、DEHP和DHXP与HO-1具有较强的结合活性。结论HepG2细胞经1 mmol·L^(-1)PAEs培养48 h显著抑制HO-1蛋白表达,构建的3D-QSAR模型为预测新型PAEs对HO-1的毒性作用提供有效工具。 展开更多
关键词 邻苯二甲酸酯 HEPG2细胞 血红素加氧酶1 比较分子相似性指数分析 三维定量构效关系模型 分子对接
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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性 被引量:10
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作者 刘海春 卢帅 +6 位作者 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对... B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导. 展开更多
关键词 B-RAF Ⅱ型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量构效关系模型
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酰胺类蚊虫驱避化合物与引诱物氨分子缔合作用的计算 被引量:1
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作者 许锡招 宋杰 +4 位作者 王鹏 范国荣 陈金珠 陈尚钘 王宗德 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期642-649,共8页
【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET(避蚊胺)具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分(L-乳酸、羧酸等)缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一... 【目的】为了探究驱避机理,此前选择萜类驱避化合物及与DEET(避蚊胺)具有类似结构的酰胺类驱避化合物,开展了驱避化合物与引诱气味组分(L-乳酸、羧酸等)缔合作用对驱避活性影响的研究。为了扩大驱避化合物的类型,本研究选择另外一组43个酰胺类驱避化合物,计算了它们与蚊虫引诱物氨之间的双分子缔合作用,以及该缔合作用对驱避活性的影响,从而为驱避机理研究提供帮助。【方法】用Gaussian 03软件优化驱避化合物单体和双分子缔合体的三维结构式;通过Ampac和Codessa软件建立结构与驱避活性之间的定量构效关系模型。【结果】驱避化合物与氨分子的缔合距离、角度和缔合能量分别是2.2-3.0,128-180°和14-25 k J/mol;最佳四参数模型中R2为0.8987,其中2个参数来自驱避化合物单体,分别是(1/6)X GAMMA polarizability(DIP)和ESPminimum net atomic charge for an H atom,另外2个参数来自双分子缔合体,分别是ESP-DPSA-2 difference in CPSAs(PPSA2-PNSA2)[Quantum-Chemical PC]和Minimum valency of a C atom。模型检验中训练集和测试集的相关系数平方的平均值分别为0.9013和0.8666。【结论】驱避化合物与氨分子之间存在弱氢键力缔合作用,驱避化合物分子的极化度及其与氨分子之间的极性相互作用、缔合体中分子间键相互作用及其电荷分布均对驱避活性产生显著影响,说明双分子缔合对驱避活性具有显著影响。模型检验表明最佳四参数模型具有良好的稳定性和预测能力。本研究可为寻找新型蚊虫驱避剂和揭示蚊虫驱避剂的作用机理提供参考。 展开更多
关键词 蚊虫驱避剂 酰胺类驱避化合物 引诱物 驱避活性 氨分子 缔合作用 定量构效关系模型
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