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宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析
1
作者
李跃
张长春
+11 位作者
刘光裕
高梦源
符超俊
邢家宝
徐思佳
邝麒元
刘静
高校鹏
王衡
龚浪
张桂红
孙彦阔
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3579-3589,共11页
为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用M...
为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用MGISEQ 200测序平台进行宏转录组测序开展猪病原感染组学研究,系统性地筛查该区域仔猪腹泻的病原谱,使用实时荧光定量RT-PCR对最主要病毒进行确认,定量分析各病原的丰度并选取鉴定到的病毒基因序列进行系统发育分析,Pearson分析解析病原混合感染的相关性。结果显示:通过宏转录组测序技术在这些样品中共检测到17种致病性细菌、12种病毒和3种寄生虫。病毒以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)代表的腹泻相关病毒为主,包括猪札幌病毒(porcine sapovirus, SaV)、猪嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)、猪星状病毒(porcine astrovirus, PAstV)、猪猴禽猪肠病毒(porcine sapelovirus, PSV)、轮状病毒A(rotavirus, RVA)等;细菌主要包括3种肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、3种乳杆菌科(Lactobacillaceae)、2种芽胞杆菌科(Bacillaceae)等;寄生虫包括两种滴虫和碘阿米巴原虫。来自5个场区的PEDV刺突基因(spike gene,S基因)系统发育分析显示,毒株均属于G2c簇群,毒株之间核苷酸相似性为99.99%,毒株S基因存在重组情况;其中,一发病猪场还检测到P[6]基因型的rotavirus A部分VP4序列,与人源轮状病毒的核苷酸相似性最高。此外,在4个猪场检测到2种以上的仔猪腹泻相关病毒,系统发育分析结果提示,此区域存在腹泻病原多谱系共同流行的情况。病原相关性分析显示,PEDV/PSV(P<0.001)、PEDV/猪环曲病毒(porcine torovirus, PToV)(P<0.001)和PEDV/PAstV(P<0.05)有显著的负相关,而PEDV/PKV(P<0.05)有显著的正相关。以上结果提示,在该地区相邻养殖区域中,仔猪腹泻的病原谱具有多样性,其中,直接致病病原是PEDV,同时,PEDV与样品中其他腹泻相关病毒之间存在关联。本研究较为全面地展示该地区仔猪腹泻病原的感染谱,并鉴定出导致腹泻发生最直接的病原体;同时也能分析小范围养殖区域内腹泻相关病原的相关性,为该区域仔猪腹泻疾病防控提供更加精准的参考和指导。
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关键词
宏转录组测序技术
仔猪腹泻疾病
病原识别
PEDV
遗传进化分析
相关性分析
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职称材料
高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究
被引量：
21
2
作者
夏梦雷
杨帆
+3 位作者
陆锴
王頔
郑宇
王敏
《中国酿造》
CAS
北大核心
2021年第5期1-7,共7页
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落...
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。
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关键词
高通量
测
序
技术
传统发酵食品
微生物群落
聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
实时荧光定量聚合酶链式反应
宏
基因
组
测
序
技术
宏转录组测序技术
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职称材料
题名
宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析
1
作者
李跃
张长春
刘光裕
高梦源
符超俊
邢家宝
徐思佳
邝麒元
刘静
高校鹏
王衡
龚浪
张桂红
孙彦阔
机构
华南农业大学兽医学院/广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室
岭南现代农业科学与技术广东省实验室茂名分中心
华南农业大学国家生猪种业工程技术研究中心
温氏食品集团股份有限公司广东省畜禽健康养殖与环境控制企业重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3579-3589,共11页
基金
“十四五”国家重点研发计划项目(2022YFD1800804)
国家自然科学基金项目(32102704)
+1 种基金
茂名实验室科研启动项目(2021TDQD002)
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助(CARS-35)。
文摘
为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用MGISEQ 200测序平台进行宏转录组测序开展猪病原感染组学研究,系统性地筛查该区域仔猪腹泻的病原谱,使用实时荧光定量RT-PCR对最主要病毒进行确认,定量分析各病原的丰度并选取鉴定到的病毒基因序列进行系统发育分析,Pearson分析解析病原混合感染的相关性。结果显示:通过宏转录组测序技术在这些样品中共检测到17种致病性细菌、12种病毒和3种寄生虫。病毒以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)代表的腹泻相关病毒为主,包括猪札幌病毒(porcine sapovirus, SaV)、猪嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)、猪星状病毒(porcine astrovirus, PAstV)、猪猴禽猪肠病毒(porcine sapelovirus, PSV)、轮状病毒A(rotavirus, RVA)等;细菌主要包括3种肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、3种乳杆菌科(Lactobacillaceae)、2种芽胞杆菌科(Bacillaceae)等;寄生虫包括两种滴虫和碘阿米巴原虫。来自5个场区的PEDV刺突基因(spike gene,S基因)系统发育分析显示,毒株均属于G2c簇群,毒株之间核苷酸相似性为99.99%,毒株S基因存在重组情况;其中,一发病猪场还检测到P[6]基因型的rotavirus A部分VP4序列,与人源轮状病毒的核苷酸相似性最高。此外,在4个猪场检测到2种以上的仔猪腹泻相关病毒,系统发育分析结果提示,此区域存在腹泻病原多谱系共同流行的情况。病原相关性分析显示,PEDV/PSV(P<0.001)、PEDV/猪环曲病毒(porcine torovirus, PToV)(P<0.001)和PEDV/PAstV(P<0.05)有显著的负相关,而PEDV/PKV(P<0.05)有显著的正相关。以上结果提示,在该地区相邻养殖区域中,仔猪腹泻的病原谱具有多样性,其中,直接致病病原是PEDV,同时,PEDV与样品中其他腹泻相关病毒之间存在关联。本研究较为全面地展示该地区仔猪腹泻病原的感染谱,并鉴定出导致腹泻发生最直接的病原体;同时也能分析小范围养殖区域内腹泻相关病原的相关性,为该区域仔猪腹泻疾病防控提供更加精准的参考和指导。
关键词
宏转录组测序技术
仔猪腹泻疾病
病原识别
PEDV
遗传进化分析
相关性分析
Keywords
meta-transcriptomics
piglet diarrhea disease
pathogen identification
PEDV
genetic evolution analysis
correlation analysis
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究
被引量：
21
2
作者
夏梦雷
杨帆
陆锴
王頔
郑宇
王敏
机构
天津科技大学生物工程学院食品营养与安全国家重点实验室工业发酵微生物教育部重点实验室天津市工业微生物重点实验室
出处
《中国酿造》
CAS
北大核心
2021年第5期1-7,共7页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(21706194)
国家自然科学基金项目(31671851)
天津市教委项目(2017KJ009,2018ZD08,TD13-5013)。
文摘
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。
关键词
高通量
测
序
技术
传统发酵食品
微生物群落
聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
实时荧光定量聚合酶链式反应
宏
基因
组
测
序
技术
宏转录组测序技术
Keywords
high-throughput sequencing technology
traditional fermented foods
microbial community
PCR-DGGE
RT-FQPCR
metagenomic sequencing
macro-transcriptome sequencing technology
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析
李跃
张长春
刘光裕
高梦源
符超俊
邢家宝
徐思佳
邝麒元
刘静
高校鹏
王衡
龚浪
张桂红
孙彦阔
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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下载PDF
职称材料
2
高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究
夏梦雷
杨帆
陆锴
王頔
郑宇
王敏
《中国酿造》
CAS
北大核心
2021
21
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职称材料
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