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丽江金沙江流域烟草病毒电镜观测与宏病毒组分析 被引量：1
1
作者 矣小鹏 周旭东 +5 位作者 韩天华 申云鑫 贺彪 陈齐斌 何永宏 杨佩文 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期17-26,共10页
【目的】明确丽江金沙江流域烟草病毒病的病毒种类及其分布特点,为病害防控提供依据。【方法】采集烟区具有明显病毒病症状的烟株样品53份,采用宏病毒组测序技术分析各病毒属的丰度,并构建遗传进化树;进一步采用扫描电镜观测病毒形态;... 【目的】明确丽江金沙江流域烟草病毒病的病毒种类及其分布特点,为病害防控提供依据。【方法】采集烟区具有明显病毒病症状的烟株样品53份,采用宏病毒组测序技术分析各病毒属的丰度,并构建遗传进化树;进一步采用扫描电镜观测病毒形态;调查各病毒病在烟区的发生情况。【结果】宏病毒组测序分析结果表明:属水平上,华坪县(S1)样品中马铃薯Y病毒属(Potyvirus)、黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)和正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)丰度分别为66.08%、20.83%和5.91%;玉龙纳西族自治县(S2)样品中正番茄斑萎病毒属丰度为97.20%;宁蒗彝族自治县(S3)样品中马铃薯Y病毒属和正番茄斑萎病毒属丰度分别为96.29%和2.20%。系统进化树结果显示:S1样品病原为烟草马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)、烟草番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)和烟草黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV),S2样品病原为TSWV,S3样品病原为PVY和TSWV。电镜观察到样品中线状病毒粒体直径10~15 nm,长度700~900 nm;球状病毒粒体包括2种,一种为直径25~30 nm、无包膜,另一种为直径80~120 nm、表面有1层包膜。宏病毒组测序分析、系统进化树和电镜观测结果相吻合。田间调查结果表明:华坪县PVY、TSWV和CMV的发病率分别为42.34%~68.25%、12.59%~26.52%和29.27%~72.31%;玉龙县TSWV的发病率为5.66%~20.34%;宁蒗县PVY和TSWV的发病率分别为19.18%~36.27%和1.08%~4.92%。【结论】危害丽江金沙江流域烟区的烟草病毒种类主要为TSWV、PVY和CMV,其中,TSWV和PVY的检出率最高、发生最普遍。 展开更多
关键词 金沙江流域 烟草病毒病 电镜观测 宏病毒组
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利用宏病毒组学对鹅痛风病原的鉴定 被引量：4
2
作者 王安平 郝福星 +3 位作者 张硕 谢军 刘莉 朱善元 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第12期4661-4670,共10页
为确定2020年江苏盐城一鹅场雏鹅痛风的病原,试验对病料样品进行宏病毒组测序,通过比对分析原始数据发现疑似病原;通过从头组装获得其全基因组序列,并进行相似性比对和遗传进化分析;通过对疑似病毒的分离、鉴定和动物回归试验进行验证... 为确定2020年江苏盐城一鹅场雏鹅痛风的病原,试验对病料样品进行宏病毒组测序,通过比对分析原始数据发现疑似病原;通过从头组装获得其全基因组序列,并进行相似性比对和遗传进化分析;通过对疑似病毒的分离、鉴定和动物回归试验进行验证。宏病毒组学测序结果显示,在获得的全部599733条原始读长(reads)中,病毒reads有278593条,其中鹅星状病毒序列占95%,未发现其他疑似病毒序列;经从头组装获得了一条完整的鹅星状病毒全基因组序列,命名为YC20,该病毒基因组全长7137 nt,GenBank登录号为:MW536497,基因组结构及特征与其他星状病毒相同。全基因组序列相似性比对结果显示,YC20与新型鹅星状病毒SD01相似性最高,达98.2%;遗传进化分析结果显示,YC20与其他新型鹅星状病毒在同一分支,属于新型鹅星状病毒。禽胚分离结果显示,用鹅胚进行病原分离时,前3代次未出现死亡,第5代次后,可对鹅胚100%致死,而用SPF鸡胚或SPF鸭胚分离病原时,均未出现病变或死亡,PCR检测亦为阴性;纯化的尿囊液经负染后,电镜下可见大小约25 nm的病毒粒子。雏鹅回归试验结果显示,YC20接种3日龄雏鹅后,第6~8天出现死亡高峰期,死亡率为58.3%,剖检死亡鹅可见心脏、肝脏表面覆盖一层白色包膜,膝关节有大量白色颗粒样沉淀,肾脏充血肿大。以上结果说明,该鹅场痛风的病原为新型鹅星状病毒。本研究将宏病毒组学与传统的病毒分离鉴定技术相结合,证实了鹅痛风的病原,对病原的鉴定和研究具有指导意义。 展开更多
关键词 痛风 鹅星状病毒 宏病毒组学 分离 鉴定
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土壤宏病毒组的研究方法与进展 被引量：2
3
作者 祁慧鹓 郑晓璇 +6 位作者 孙明明 王金锋 马迎飞 朱冬 王风贺 蒋新 叶茂 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期568-577,共10页
土壤是病毒遗传多样性的储存库,但由于土壤自身特性及技术手段的限制,基于传统培养方法对土壤病毒的研究及功能认知存在局限性。宏病毒组学技术能直接从土壤环境样品中获取病毒基因组,随后通过高通量测序、拼接组装、ORF预测,最终可对... 土壤是病毒遗传多样性的储存库,但由于土壤自身特性及技术手段的限制,基于传统培养方法对土壤病毒的研究及功能认知存在局限性。宏病毒组学技术能直接从土壤环境样品中获取病毒基因组,随后通过高通量测序、拼接组装、ORF预测,最终可对病毒基因进行功能注释,极大地丰富了对土壤病毒功能的认识。本文在阐释土壤病毒DNA提取、测序与病毒判别、功能基因注释等研究方法的基础上,重点探讨了单株噬菌体基因组,及近年来国内外土壤与极端陆地环境中宏病毒组研究进展。并对土壤宏病毒基因组研究的前沿和发展趋势进行了总结,强调了土壤病毒研究的整体化、技术流程规范化以及病毒资源库完善化的重要性。 展开更多
关键词 土壤病毒 噬菌体 宏病毒组 功能基因 注释
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一个东北农田黑土样品宏病毒组的初步分析 被引量：5
4
作者 阮楚晋 熊广州 +6 位作者 牛欣尧 陈国炜 吴汉卿 马泽超 朱堃 刘莹 王钢 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1447-1456,共10页
病毒在地球上无处不在,几乎能感染任何生物,包括动物、植物、真菌以及细菌等,因而在生物地球化学元素和能量的循环过程中发挥重要作用。了解土壤病毒基因信息有助于深入理解病毒在生态系统中所扮演的角色。选取一个东北农田黑土样品中... 病毒在地球上无处不在,几乎能感染任何生物,包括动物、植物、真菌以及细菌等,因而在生物地球化学元素和能量的循环过程中发挥重要作用。了解土壤病毒基因信息有助于深入理解病毒在生态系统中所扮演的角色。选取一个东北农田黑土样品中的病毒为研究对象,基于病毒宏基因组测序技术获得土壤病毒基因序列,并利用生物信息分析方法揭示土壤病毒多样性。同时,结合个性化分析宏病毒组基因序列、进行功能基因分析、宿主预测和单病毒基因组组装和注释。研究发现该农田土壤检测到的病毒主要归属于有尾噬菌体目(Caudovirales,59.38%)和疱疹病毒目(Herpesvirales,2.56%)等2个病毒目中的29个病毒科,其中以长尾噬菌体科(Siphoviridae)、微小噬菌体科(Microviridae)的病毒数量最多,分别占44.48%和20.53%。基因功能分析表明土壤病毒可能参与土壤中的酶催化、生物代谢(如氮化合物代谢、分解代谢、多生物代谢、细胞代谢、初级代谢、含碱基小分子代谢以及有机物代谢等)等过程。宿主预测分析揭示检测到的病毒宿主分属5个菌门中的35个菌属。研究结果丰富了土壤病毒的基因数据库,为土壤病毒分离提供参考,并为进一步理解土壤病毒生态学意义提供数据支撑。 展开更多
关键词 黑土 病毒 宏病毒组 病毒群落结构 生态功能
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内蒙古牛冠状病毒全基因组测序与遗传进化分析
5
作者 其勒木格 王旭芬 +4 位作者 侯琳 张嘉磊 马聿田 张志丹 周伟光 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4984-4995,共12页
【目的】了解内蒙古地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)流行毒株的全基因组特征和遗传进化情况,为有效防控BCoV感染提供参考。【方法】本研究对疑似感染BCoV的犊牛脾脏进行宏病毒组测序和步移RT-PCR扩增,获得BCoV全基因组序列,并... 【目的】了解内蒙古地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)流行毒株的全基因组特征和遗传进化情况,为有效防控BCoV感染提供参考。【方法】本研究对疑似感染BCoV的犊牛脾脏进行宏病毒组测序和步移RT-PCR扩增,获得BCoV全基因组序列,并对其进行生物信息和遗传进化分析。利用Oligo 7.0软件设计特异性引物扩增S基因,并对其进行遗传进化、氨基酸序列变异、抗原表位预测及三级结构预测分析。【结果】本研究从疑似感染BCoV的犊牛脾脏中成功获得大小为30971 bp的BCoV全基因组序列,NCBI登录号为PP352170.1,该全基因组核苷酸序列与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62相似性最高,为99.2%,并与该株亲缘关系最近,同时与BCoV法国株BCoV_2014_13和挪威株Nes_2012-01-03属于同一进化分支;扩增出的S基因核苷酸长度为4092 bp,与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62 S基因序列亲缘关系最近,处于同一进化分支,但核苷酸序列与BCoV内蒙古株NMG1 S基因相似性最高,为99.4%;S基因编码的氨基酸与Mebus株比对发现,有15个氨基酸变异位点(S1亚基12个,S2亚基有3个),其中变异的氨基酸残基154、260、499-520、718、1192、1344位氨基酸处于抗原表位区,并导致S蛋白三级结构发生改变。【结论】本研究利用宏病毒组测序和基因组5′-端步移RT-PCR法获得内蒙古BCoV株全基因组序列,其S蛋白抗原表位区氨基酸位点发生变异和三级结构改变,预示S蛋白抗原性发生了改变;S1亚基的多态性区域氨基酸位点的变异预示S蛋白的致病性发生变化。 展开更多
关键词 牛冠状病毒(BCoV) 全基因组 宏病毒组 S基因 遗传进化
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海棠感染苹果茎痘病毒发生与检测
6
作者 张李娅 刘保军 +3 位作者 单佳祁 王澍 顾爱星 白剑宇 《新疆农业科学》 CSCD 北大核心 2024年第12期3061-3066,共6页
【目的】研究海棠(Malus spp.)上病毒病的种类及田间侵染情况。【方法】利用宏病毒组测序技术结合RT-PCR方法,对采自新疆7个海棠种植区的158份样品进行病毒检测。【结果】宏病毒组测序结果只对比到苹果茎痘病毒(Apple stem pitting viru... 【目的】研究海棠(Malus spp.)上病毒病的种类及田间侵染情况。【方法】利用宏病毒组测序技术结合RT-PCR方法,对采自新疆7个海棠种植区的158份样品进行病毒检测。【结果】宏病毒组测序结果只对比到苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)一种植物病毒。158份海棠样品中巴音郭楞蒙古自治州(简称巴州)、阿克苏地区、喀什地区、昌吉回族自治州(简称昌吉州)、石河子市、伊犁哈萨克自治州(简称伊犁州)、奎屯市ASPV检出率分别为0.00%、12.00%、0.00%、31.71%、29.41%、17.65%和0.00%。在检测的7个种植区中,昌吉州检出率最高,为31.71%;石河子市检出率次之,为29.41%;巴州、喀什地区和奎屯市未检测到ASPV。【结论】海棠上的ASPV在北疆检出率较高,在南疆检出率较低。在观赏海棠样品中检测到ASPV,其病毒检出样本均为田间发病症状叶片,与田间观察到的发病情况相符合,海棠为ASPV的自然寄主之一。 展开更多
关键词 海棠 宏病毒组测序 苹果茎痘病毒 RT-PCR 病毒检测
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云南省保山市烟草病毒多样性及其危害特征
7
作者 沈广材 张富强 +5 位作者 郭应成 董文凤 申莉莉 杨金广 焦裕冰 宫燕伟 《植物医学》 2024年第6期23-31,共9页
烟草病毒是影响烟草生产的重要病原,常造成复杂且严重的病害.研究利用宏病毒组测序和分子检测技术,分析云南省保山市隆阳区2022—2023年烟草病毒的多样性及危害特征.结果表明:2022年各地块烟草病毒危害情况轻于2023年.危害烟草的烟草病... 烟草病毒是影响烟草生产的重要病原,常造成复杂且严重的病害.研究利用宏病毒组测序和分子检测技术,分析云南省保山市隆阳区2022—2023年烟草病毒的多样性及危害特征.结果表明:2022年各地块烟草病毒危害情况轻于2023年.危害烟草的烟草病毒主要有6种,分别为烟草花叶病毒(Tobacco Mosaic Virus,TMV)、马铃薯Y病毒(Potato Virus Y,PVY)、辣椒脉斑驳病毒(Chilli Veinal Mottle Virus,ChiVMV)、番茄斑萎病毒(Tomato Spotted Wilt Virus,TSWV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber Mosaic Virus,CMV)和烟草曲叶病毒(Tobacco Leaf Curl Virus,TLCV).TMV为主要优势病毒,PVY和ChiVMV危害显著上升,且部分病毒株系呈现显著的地域分化特性.研究结果为云南省保山市烟草病毒病流行机制的深入解析和科学防控提供了重要依据. 展开更多
关键词 病毒多样性 宏病毒组 烟草花叶病毒 马铃薯Y病毒
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