宏基因组测序技术在入海排污口污水监测中的研究进展 被引量：5

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作者 傅松哲 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期903-912,共10页

陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗... 陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗生素抗性基因(ARGs)等。近年来,生物污染物的种类和排放量不断增多,其检测要求和难度亦越来越大,客观上要求研发一种涵盖以上所有生物污染物的检测技术。宏基因组测序技术可以检测特定环境下所有生物遗传物质的丰度变化,是污水监测的理想解决方案。本文阐述了宏基因组测序技术的发展历程,从污水中致病性细菌、病毒、有毒藻类和ARGs的丰度与动态变化角度,综述了宏基因组测序技术在入海排污口污水中生物污染物监测的应用进展,结合团队前期研究和工作实践,重点阐述了基于宏基因组测序技术的入海排污口污水风险评估工作流程,并针对目前研究中存在的问题,提出了基于绝对定量宏基因组测序技术和定量预测模型,实时预测相关疾病的疫情规模,从而构建污水监测预警体系,以期为保障公共卫生安全和海洋生态环境安全提供理论参考和技术支撑。 展开更多

关键词 入海排污口 宏基因组测序技术 污水监测 有害藻华 抗生素抗性基因(ARGs)

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宏基因组二代测序技术诊断骨髓涂片阴性婴幼儿黑热病3例报告 被引量：2

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作者 谢垒 王瑶 +4 位作者 马威 范晓蕾 孙娟 陈晓昕 王怀立 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期859-862,共4页

目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年... 目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年龄均<3岁。均有发热,骨髓涂片均阴性,外周血mNGS检测均提示利什曼原虫感染,且未见其他病原感染,经葡萄糖酸锑治疗后均治愈。结论骨髓涂片阴性的婴幼儿黑热病早期诊断困难。对于临床感染性疾病,尤其是常规检测无法确定病原的疑难危重的感染性疾病,mNGS能提供快速准确的病原学诊断支持,助力精准诊治。 展开更多

关键词 黑热病 骨髓涂片 病原 宏基因组二代测序技术 婴幼儿

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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析

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作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页

0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多

关键词 宏基因组二代测序技术 肾移植受者 混合感染

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基于宏基因组二代测序技术的儿童重症腺病毒7型肺炎20例病例系列报告 被引量：7

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作者 张甜 陈名武 +2 位作者 张晓光 朱昂昂 王倩文 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期130-134,共5页

目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重... 目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重症HAd V-7肺炎患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果20例患儿进入分析,男17例,发病年龄以0.5~2岁多见(60.0%);体温>39℃19例,总热程>10 d 16例,均有咳嗽,喘息15例。并发症:中毒性脑病1例,心力衰竭7例,呼吸衰竭5例,胸腔积液5例;入院时WBC计数为(8.6±4.3)×109·L-1,其中>10×109·L-1者6例,<4×109·L-1者2例;中性粒细胞百分比(55.9±13.1)%;CRP中位数10.9(5.6,23.7)mg·L-1,>30 mg·L-1者2例。病情加重时(如出现低氧血症或呼吸困难)WBC计数中位数为8.3(3.1,17.6)×109·L-1,>10×109·L-1者8例,<4×109·L-1者6例;中性粒细胞百分比(65.4±17.2)%,增高16例;CRP中位数为26.5(12.2,65.9)mg·L-1,>30 mg·L-1者8例。肺部CT提示双肺实变影和支气管充气征各17例。19例好转出院,1例死亡。HAd V-7 DNA检出序列中位数为1671.0(892.0,2467.8),覆盖度中位数为98.9(89.8,99.1)%。10例行血液mNGS检测的检出序列中位数为1152.0(347.8,1991.5),覆盖度中位数为98.8(81.6,99.1)%。10例行肺泡灌洗液mNGS检测的检出序列中位数和覆盖度分别为2033.5(1263.2,2901.8)和99.0(89.9,99.2)%;单一腺病毒检出13例(65.0%),混合病原体检出7例(35.0%)。结论血液及肺泡灌洗液病原菌mNGS技术可准确鉴定HAd V-7感染,当<2岁婴幼儿出现持续性高热、咳嗽、喘息,伴WBC升高或降低,分类以中性粒细胞为主,同时CRP增高,胸部CT有双肺实变影及支气管充气征时,应警惕HAd V-7感染引起的重症肺炎和并发症,尽早完善mNGS检查。 展开更多

关键词 重症肺炎 腺病毒7型 宏基因组二代测序技术 儿童

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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量：15

5

作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页

水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多

关键词 环境DNA技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 eDNA数据库

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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量：26

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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页

传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多

关键词 高通量测序技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因组测序技术 宏转录组测序技术

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大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因分布特征及其影响因素 被引量：2

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作者 黄薇 刘洋 +4 位作者 饶秋华 罗钦 王为刚 宋永康 罗土炎 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期197-208,共12页

为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用... 为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用化学分析技术和高通量测序技术对沉积物中的环境因子以及微生物群落结构进行分析,以进一步对ARGs与环境因子以及微生物群落结构的相关性进行研究。结果显示:大黄鱼养殖海域沉积物中共检出781个ARGs亚型,分属于38种抗生素抗性类型;不同站点的优势ARGs抗生素抗性类型基本一致,主要为四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类,引起细菌耐药性的主要机制为外排泵。进一步相关性分析结果显示,除PNGM-1与电导率和TN呈显著正相关(P<0.05)外,其余丰度前20的ARGs均与环境因子相关性不显著(P>0.05);而丰度前20的ARGs均与丰度前20的菌属呈显著或极显著相关关系(P<0.05或P<0.01)。研究表明,大黄鱼养殖海域沉积物中含有丰富的ARGs,微生物群落是影响沉积物中ARGs分布的重要因素。 展开更多

关键词 抗生素抗性基因 宏基因组测序分析技术 大黄鱼养殖海域 沉积物 微生物群落

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连翘叶改善肥胖大鼠炎症因子水平及肠道菌群结构的作用 被引量：5

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作者 田真 王紫玉 +2 位作者 渠鹏霞 马晶鑫 李元宾 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第13期970-981,共12页

目的:观察连翘叶改善肥胖大鼠的作用,并结合炎症因子水平、肠道菌群结构分析其作用机制。方法:40只SPF级SD雄性大鼠,按体重随机分成空白组(8只)和造模组(32只),空白组给予普通饲料喂养,造模组给予高脂饲料喂养。喂养9周后,淘汰造模未成... 目的:观察连翘叶改善肥胖大鼠的作用,并结合炎症因子水平、肠道菌群结构分析其作用机制。方法:40只SPF级SD雄性大鼠,按体重随机分成空白组(8只)和造模组(32只),空白组给予普通饲料喂养,造模组给予高脂饲料喂养。喂养9周后,淘汰造模未成功的大鼠,最终确定模型组及连翘叶治疗组,每组各8只。连翘叶治疗组给予连翘叶冻干粉0.067 g·kg^(-1)·d^(-1)灌胃,空白组、模型组给予同等剂量生理盐水灌胃,持续10周。干预结束后,称量大鼠体重、肝脏重量、内脏脂肪重量并测量体长,计算肥胖指数、脂肪系数、肝脏系数;酶联免疫吸附法检测血清TNF‑α、IL‑6、LPS水平;苏木素‑伊红染色观察肝脏和结肠病理变化;油红O染色观察肝脏脂质沉积情况;免疫组化检测结肠claudin‑1、occludin、ZO‑1蛋白表达;宏基因组测序技术分析肠道菌群结构及功能。结果:与肥胖模型组比较,连翘叶治疗组大鼠体重及给药前后体重增加均降低(P<0.05),肥胖指数、脂肪系数、肝脏系数均降低(P<0.05),血清TNF‑α、IL‑6、LPS水平均降低(P<0.05),肝脏内脂滴空泡及脂质沉积减少,结肠绒毛结构紊乱得到改善,结肠紧密连接蛋白claudin‑1、ZO‑1表达增加(P<0.05),肠道菌群丰富度及多样性均增加(P<0.05),门水平上,梭菌门相对丰度增加(P<0.05),属水平上,普雷沃氏菌属、Pseudoflavonifractor相对丰度增加(P<0.05),萨特氏菌属、布劳特氏菌属、真杆菌属相对丰度降低(P<0.05),肠道菌群功能在DNA损伤修复中表达增加、氨基酸代谢紊乱得到改善。结论:连翘叶可能通过改善肠道菌群结构,减少肠道屏障通透性,进而减少血清炎症水平起到改善肥胖症的作用。 展开更多

关键词 肥胖 连翘叶 肠道菌群 炎症因子 宏基因组测序技术

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不同栖息环境对黑叶猴肠道微生物群落结构特征及功能的影响 被引量：2

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作者 娄熙源 孙雪 +7 位作者 刘讯 李剑峰 张超 吴安康 钱长江 冉景丞 张雪 孙悦 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第24期11472-11483,共12页

黑叶猴(Trachypithecus francoisi)属于我国一级重点保护野生动物,是世界上珍贵稀有灵长类动物之一。肠道微生物是动物机体内最重要的“微生物器官”,参与机体营养吸收、代谢调节及免疫功能,在维持生物体健康和适应性进化等方面均发挥... 黑叶猴(Trachypithecus francoisi)属于我国一级重点保护野生动物,是世界上珍贵稀有灵长类动物之一。肠道微生物是动物机体内最重要的“微生物器官”,参与机体营养吸收、代谢调节及免疫功能,在维持生物体健康和适应性进化等方面均发挥至关重要的作用。探究不同栖息环境下黑叶猴肠道微生物群落结构特征及其在宿主能量代谢、营养平衡、食物消化等功能作用,对其种群保育具有重要的意义。但鲜少有研究聚焦于不同栖息环境特别是在圈养条件下黑叶猴由于食物的变化,从而引起的肠道微生物结构和功能改变及所产生的影响,这些目前尚不清楚。利用宏基因组测序技术比较分析了分别来自野外环境(5只)和圈养环境(4只)下的黑叶猴个体肠道微生物群落物种组成结构及功能差异。结果表明:在物种组成上,黑叶猴肠道内核心微生物群主要为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),野生黑叶猴独有的微生物群落数量大于圈养组,不同栖息环境下的黑叶猴肠道微生物群物种组成结构具有一定的相似性及差异性。Alpha多样性指数显示野外环境与圈养环境中的黑叶猴肠道微生物群落多样性和均匀度无显著性差异(P>0.05)。利用独立性检验发现,野外环境与圈养环境中的黑叶猴肠道微生物中出现极显著差异的为甲烷菌门(Methanobacteriota)(P<0.01)。在功能作用上,黑叶猴肠道微生物群落大部分基因与新陈代谢及基因与遗传信息处理相关,且野外环境与圈养环境黑叶猴中在氨基酰基TRNA生物合成、嘧啶代谢、丙酸代谢等相关途径中存在显著差异(P<0.05)。瘤胃球菌属(Ruminococcus)、布劳特氏菌属(Blautia)通过调节FOX2基因的表达提升了黑叶猴在圈养环境下生成乙酰基辅酶A的能力。研究揭示了贵州省野外环境和圈养环境对黑叶猴肠道微生物群落特征及功能的影响,有助于科学评估野外黑叶猴种群生理健康状况,并为这一珍稀物种的野外种群保护及圈养种群繁育提供肠道微生物学方面的理论依据。 展开更多

关键词 黑叶猴 肠道微生物 群落特征 饮食差异性 宏基因组测序技术

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鹦鹉热衣原体感染的临床特征和下呼吸道微生物群分析 被引量：2

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作者 朱心雨 陈嫱 +3 位作者 赖兰敏 刘洋 赵锐 袁磊 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1099-1106,共8页

目的探讨鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点和下呼吸道微生物群特征。方法回顾性分析南昌大学第一附属医院2021年1月至12月采用宏基因组二代测序技术(mNGS)确诊的27例鹦鹉热衣原体肺炎的诊治过程,记录患者的临床表现、实验室检查、胸部CT表现... 目的探讨鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点和下呼吸道微生物群特征。方法回顾性分析南昌大学第一附属医院2021年1月至12月采用宏基因组二代测序技术(mNGS)确诊的27例鹦鹉热衣原体肺炎的诊治过程,记录患者的临床表现、实验室检查、胸部CT表现、治疗和预后等。结果在27例鹦鹉热衣原体肺炎病例中,20例患者有明确禽类接触史。重症患者D-二聚体水平显著高于非重症患者。胸部CT扫描显示59.3%重症组患者有双侧肺病变(59.3%)明显多于非重症组。两组的下呼吸道微生物物种分布不同。非重症组和重症组的下呼吸道微生物群多样性分析无统计学差异。物种丰度分析发现2组的鹦鹉热衣原体、副流感嗜血杆菌、澳大利亚链球菌和肺炎链球菌物种丰度差异有统计学差异。结论重症鹦鹉热衣原体感染患者下呼吸道的微生物组成发生改变。 展开更多

关键词 鹦鹉热衣原体 宏基因组二代测序技术 临床特征 下呼吸道微生物群

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文森巴尔通体致人类感染性心内膜炎1例报告并文献复习

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作者 闫俊彦 马瑞彦 +5 位作者 肖颖彬 郝嘉 李明文 李建 陈林 蒋迎九 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1295-1301,共7页

目的探讨文森巴尔通体博格霍夫亚种(Bvb)所致感染性心内膜炎的临床特点及诊疗策略。方法报告国内1例25岁男性感染Bvb导致心内膜炎患者的临床诊治经过,同时结合国外报道的3例相似案例文献资料进行总结分析。结果4例患者均为青壮年男性,既... 目的探讨文森巴尔通体博格霍夫亚种(Bvb)所致感染性心内膜炎的临床特点及诊疗策略。方法报告国内1例25岁男性感染Bvb导致心内膜炎患者的临床诊治经过,同时结合国外报道的3例相似案例文献资料进行总结分析。结果4例患者均为青壮年男性,既往1年内有犬类动物密切接触史;以胸痛、疲乏、呼吸困难为主要症状,合并脑血管意外及严重贫血,有心脏瓣膜赘生物形成及瓣膜功能损伤;多次血培养阴性,2例经病原微生物宏基因组二代测序技术(mNGS),3例经聚合酶链反应明确为Bvb感染。患者均因心力衰竭接受手术治疗,经手术及针对性抗感染治疗后患者均存活。结论本例报告为国内首例Bvb感染性心内膜炎病例。患者经血清学间接免疫荧光分析法(IFA)及NGS明确诊断,手术结合抗感染治疗效果理想。 展开更多

关键词 感染性心内膜炎 巴尔通体 宏基因组学第二代测序技术 血培养阴性

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杨树人工林连作与轮作对土壤氮素细菌类群和氮素代谢的影响 被引量：12

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作者 王文波 王延平 +2 位作者 王华田 马雪松 伊文慧 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第5期45-54,共10页

【目的】氮素是影响杨树人工林生产力的最重要元素,研究杨树人工林连作和轮作氮素循环细菌类群演变动态及氮素代谢结构特征,有助于从养分循环角度揭示杨树人工林连作障碍机制。【方法】采用宏基因组测序技术,研究杨树人工林Ⅰ代林地、... 【目的】氮素是影响杨树人工林生产力的最重要元素,研究杨树人工林连作和轮作氮素循环细菌类群演变动态及氮素代谢结构特征,有助于从养分循环角度揭示杨树人工林连作障碍机制。【方法】采用宏基因组测序技术,研究杨树人工林Ⅰ代林地、连作Ⅱ代林地、Ⅱ代林地主伐后轮作花生地和轮荒地土壤中氮素循环细菌类群及氮素代谢随不同连作代数及不同轮作模式的演变规律。【结果】发现参与氮素循环细菌4类11属,其中固氮细菌有拜叶林克氏菌属、慢生根瘤菌、根瘤菌属和弗兰克氏菌属,硝化细菌有硝化杆菌属和亚硝化螺菌属,反硝化细菌有假单胞菌属、罗尔斯通菌属、伯克氏菌属、芽孢杆菌属和链霉菌属,氨化细菌有芽孢杆菌属和假单胞菌属;杨树人工林连作1代后,土壤中参与氮素循环细菌总数增加4.73%,土壤中氮素细菌的种类没有增减,固氮细菌的相对丰度增加53.44%,硝化细菌的相对丰度没有变化,反硝化细菌的相对丰度增加0.14%,氨化细菌的相对丰度增加1.33%;与Ⅱ代林相比,花生地土壤中的氮素细菌的种类没有增减,固氮细菌的相对丰度减少71.14%,硝化细菌、反硝化细菌和氨化细菌的相对丰度分别增加120%,15.63%和20.76%;轮荒地中的土壤氮素循环细菌缺少了硝化细菌,固氮细菌的相对丰度减少79.10%,反硝化细菌和氨化细菌的相对丰度分别增大17.39%和24.56%;杨树人工林连作1代后,土壤中的固氮细菌代谢活性增强,硝化细菌中的硝化杆菌属的代谢活性减弱,亚硝化螺菌属的代谢活性增强,氨化细菌代谢活性减弱;与Ⅱ代林相比,轮作花生地中仅有硝化细菌的代谢活性增加,其他3种氮素代谢功能菌的活性都降低;轮荒地中,所有的氮素循环细菌的代谢活性均比杨树Ⅱ代林地低。【结论】杨树人工林连作1代后,土壤中参与氮素循环的细菌总数增加,但代谢活性降低;轮作花生后,大多数氮素代谢细菌的数量增加,但仅有硝化细菌的代谢活性明显增强;轮作可以改善连作对杨树人工林地土壤硝化细菌生长繁殖和代谢活动的影响。 展开更多

关键词 杨树人工林 连作障碍 宏基因组测序技术 细菌类群 氮素代谢

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鹦鹉热衣原体肺炎2例报告及文献复习 被引量：6

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作者 何罗玮 王野 +1 位作者 于杜娟 陈志营 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期222-227,共6页

目的:分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,提高临床医生对该病的认识,以进一步提高其临床诊治效率并改善其预后。方法:收集2例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,对诊治经过进行总结,分析患者的感染指标、氧合功能... 目的:分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,提高临床医生对该病的认识,以进一步提高其临床诊治效率并改善其预后。方法:收集2例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,对诊治经过进行总结,分析患者的感染指标、氧合功能和肺部影像学的动态变化,对比培养法、血清学方法和宏基因组二代测序技术(mNGS)等病原学诊断方法,分析喹诺酮类和四环素类药物治疗鹦鹉热衣原体肺炎的效果。结果:2例患者均以发热、咳嗽和咳痰为首发症状,病情进展较快,分别于发病的第8天和第3天出现呼吸困难,1例患者于发病第10天进展为急性呼吸窘迫综合征(ARDS),需机械通气辅助治疗。2例患者血常规中白细胞计数分别为12.69×10^(9) L^(-1)和4.4×10^(9) L^(-1),降钙素原分别为0.27和0.06μg·L^(-1),气道分泌物常规培养及血清学检查未能明确病原体。2例患者初步诊断均为社区获得性肺炎,经验性应用喹诺酮类药物治疗效果均不佳。采用mNGS方法并结合鸟类接触史,最终确诊为鹦鹉热衣原体肺炎,采用四环素类抗生素治疗后,患者症状、体征和影像学异常均明显好转,随访复查肺部CT,病灶基本吸收。结论:鹦鹉热衣原体肺炎的发生与鸟类接触史有关,病情进展比较迅速。mNGS技术可作为快速病原学诊断方法,有利于鹦鹉热衣原体肺炎的早期诊断和及时选用敏感药物治疗,从而改善该病预后。以多西环素和替加环素为代表的新一代四环素类药物对鹦鹉热衣原体肺炎的疗效肯定。 展开更多

关键词 鹦鹉热衣原体肺炎 社区获得性肺炎 宏基因组二代测序技术 四环素类抗生素

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8例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征分析及其诊治 被引量：22

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作者 金文芳 姚羽 +2 位作者 吕艳玲 孙思庆 吉宁飞 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期165-170,共6页

目的分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征和诊治方法,提高对该病的认识。方法回顾性分析某院2019年9月—2021年8月经宏基因组学二代测序技术(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,总结该病的临床特征及诊治要点。结果8例患者中男... 目的分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征和诊治方法,提高对该病的认识。方法回顾性分析某院2019年9月—2021年8月经宏基因组学二代测序技术(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料,总结该病的临床特征及诊治要点。结果8例患者中男性7例,女性1例,年龄45~83岁。所有患者均以高热起病,可伴有咳嗽、乏力、全身肌肉酸痛等症状,其中6例有明确的禽类接触史。8例患者均出现C反应蛋白、乳酸脱氢酶升高,凝血功能异常;5例患者淋巴细胞计数下降;6例患者表现丙氨酸氨基转移酶、门冬氨酸氨基转移酶升高,血钠下降。胸部影像表现为单侧肺病变多见,主要发生在右肺(5例),双肺发生者较少(1例),5例患者表现为肺实变伴支气管充气征,出现肺实变、磨玻璃影、空洞形成各1例。7例患者支气管镜下主要表现为支气管黏膜充血水肿。8例患者经mNGS明确诊断为鹦鹉热衣原体肺炎,给予多西环素、阿奇霉素、莫西沙星治疗,均好转出院。结论鹦鹉热衣原体肺炎通常表现为高热伴肺部斑片实变影,对患者支气管肺泡灌洗液进行mNGS检测能快速准确诊断。早期给予多西环素、阿奇霉素或莫西沙星治疗效果明显。 展开更多

关键词 鹦鹉热衣原体肺炎 临床特征 宏基因组学二代测序技术 支气管肺泡灌洗液 多西环素

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15例肺诺卡菌病的临床特征 被引量：7

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作者 金文芳 姚羽 +1 位作者 许菲 吕艳玲 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期574-580,共7页

目的 分析肺诺卡菌病患者的临床特征。方法 回顾性分析某院2019年9月-2022年12月经宏基因组学二代测序技术(mNGS)确诊为肺诺卡菌病患者的临床资料,分析总结其临床特征。结果 15例肺诺卡菌病患者中,男性14例,女性1例,年龄36~83岁。14例... 目的 分析肺诺卡菌病患者的临床特征。方法 回顾性分析某院2019年9月-2022年12月经宏基因组学二代测序技术(mNGS)确诊为肺诺卡菌病患者的临床资料,分析总结其临床特征。结果 15例肺诺卡菌病患者中,男性14例,女性1例,年龄36~83岁。14例患者合并有基础疾病,其中3例患者长期使用免疫抑制剂或糖皮质激素。单纯肺诺卡菌病11例,两个部位同时受侵犯的4例,其中在肺诺卡菌病基础上播散至血液2例、肝脏1例、中枢神经系统1例。咳嗽、咳痰是最常见症状(73.33%),可出现中性粒细胞百分比、C反应蛋白和降钙素原升高,CD4+T细胞计数和清蛋白降低。胸部影像学表现为单侧肺部病变多见,多发生在右肺,主要表现为空洞、斑片影、支气管扩张、结节影、树芽征和实变影。15例患者中仅用磺胺类治疗1例,在磺胺类基础上联合其他抗菌药物治疗12例,其他抗菌药物联合治疗2例。14例患者治疗好转,1例患者死亡。结论 肺诺卡菌病好发于合并基础疾病和免疫功能低下的患者,临床特征不典型,容易误诊,对患者标本进行mNGS检测能快速、准确诊断。早期、足量、足疗程给予磺胺类药物为基础的联合治疗,一般预后良好。 展开更多

关键词 肺诺卡菌病 诺卡菌 临床特征 宏基因组学二代测序技术

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