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间歇性次氯酸消毒对供水管路消毒效果及宏基因组二代测序分析
1
作者 周泓 高晓东 +6 位作者 王美霞 张梦珠 杨峻 庄静 许华 孙伟 史庆丰 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第9期1244-1249,共6页
目的 探讨间歇性次氯酸灌注消毒对供水管路的消毒效果。方法 基线采集消毒供应中心6个固定出水口的水样,进行微生物培养。引入微酸性次氯酸发生机后,以10 d为一个周期进行采样,其中,第1~3天使用次氯酸进行持续性消毒,第4~10天停用次氯... 目的 探讨间歇性次氯酸灌注消毒对供水管路的消毒效果。方法 基线采集消毒供应中心6个固定出水口的水样,进行微生物培养。引入微酸性次氯酸发生机后,以10 d为一个周期进行采样,其中,第1~3天使用次氯酸进行持续性消毒,第4~10天停用次氯酸消毒。每个周期的第1、4、7、10天对6个固定出水口进行采样,共进行3个周期。对腔镜清洗槽出水口的所有水样同时进行微生物培养和宏基因组二代测序分析。结果 水路消毒前共采集18瓶水样,10瓶水样(55.56%)的细菌数集中在10~2~10~4 CFU/mL,主要为黏鞘氨醇单胞菌和蜡样芽孢杆菌;消毒后72瓶水样仅有2瓶水样(2.78%)细菌超标。宏基因组二代测序分析显示,消毒前水样的3个最主要优势菌属为鞘氨醇单胞菌属、甲基杆菌属和罗尔斯顿菌属,严格比对序列(SMRN)值为10 000~100 000;消毒后水样最主要优势菌属为叶杆菌属、罗尔斯顿菌属、不动杆菌属、慢生根瘤菌属。PCoA分析显示,消毒前后的水样标本β多样性差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 间歇性次氯酸灌注消毒可有效清除水管路中细菌生物膜,但暂停消毒间期细菌生物膜存在恢复生长的风险,今后应加强医疗用水的监测与管理。 展开更多
关键词 间歇性消毒 生物膜 水源性细菌 宏基因组测序分析
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病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
2
作者 杨尚栋 肖洋 +3 位作者 习文 刘哲 王方 王晓琴 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期162-168,共7页
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建... 目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建库方式及测序仪性能参数进行评估。结果 参考品内各物种均能稳定检出,mNGS检测限为(5.0E+02)CFU/mL(copies/mL)。重复性符合率100%,批内变异系数(coefficient of variation, CV)介于8.53%~38.73%。病原投入浓度与检出序列数的线性相关系数|r|>0.9,mNGS检测系统具有良好的稳定性。抗干扰实验结果显示,人源核酸浓度越高,mNGS检出病原序列数越少。近缘物种检出序列数比值与实际病原浓度比值接近,具有良好的检测特异性。零病原投入组D0检测结果为阴性。临床样本病原检出准确率为90.9%(10/11)。自动化移液工作站与手工建库的文库质控结果均合格。三台测序仪运行性能参数均满足或优于出厂标准。结论 初步建立了包含参考品设计、不同建库方式比较和测序仪性能参数评价等多方面在内的mNGS DNA检测流程的性能验证方案,可用于mNGS临床实验室分析性能评价及实验过程中的质量保障。 展开更多
关键词 病原宏基因组测序(mNGS) DNA检测 性能验证 参考品
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宏基因组测序技术在动物源微生物耐药性方面的应用研究进展
3
作者 方雅红 孙冰清 +6 位作者 张亦菲 田恺 姜芹 张妤 蔡煜婷 商军 黄士新 《中国动物检疫》 2025年第6期55-63,共9页
抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境... 抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境具有重要意义。随着高通量测序技术的发展,宏基因组测序技术在动物源微生物的AMR研究中得到广泛应用。本文总结分析了基于二代测序与三代测序的宏基因组学在AMR研究中的优势与局限,归纳了基于宏基因组测序的AMR研究方向,整合了畜禽、水生动物及伴侣动物中ARGs的分布特征与传播机制,讨论了该技术面临的挑战及应用前景,以期为AMR的精准控制提供理论支撑。 展开更多
关键词 宏基因组测序 抗微生物药物耐药性 二代测序 三代测序
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宏基因组测序技术在骆驼布鲁氏菌病诊断上的一例应用
4
作者 张凯慧 胡涛 +12 位作者 张全文 焉鑫 乔煜涵 康德玛 胡薇 苏晓玲 东德布 张培培 李梦迪 王建宏 阿木古楞 马鹏程 孙明军 《中国动物检疫》 2025年第10期103-108,114,共7页
为验证iELISA方法对骆驼大缸奶样品中布鲁氏菌病(简称“布病”)抗体检测结果的可靠性,随机选择来自内蒙古阿拉善右旗的7个布病抗体呈阳性的骆驼大缸奶样品,从中提取核酸,然后进行宏基因组测序,并通过自建的流程和minimap2、kraken2等软... 为验证iELISA方法对骆驼大缸奶样品中布鲁氏菌病(简称“布病”)抗体检测结果的可靠性,随机选择来自内蒙古阿拉善右旗的7个布病抗体呈阳性的骆驼大缸奶样品,从中提取核酸,然后进行宏基因组测序,并通过自建的流程和minimap2、kraken2等软件详细分析测序数据,以获得骆驼是否感染布鲁氏菌的直接证据。结果显示:7个驼奶样品中均存在布鲁氏菌属特异性DNA序列,数量为11~35。通过评估比对成功的DNA序列数量、编辑距离分布,获得了最优的布鲁氏菌种。其中,样品S3、S11和S35的DNA序列与牛种布鲁氏菌的基因组差异度最小,样品S16、S24和S31则与羊种布鲁氏菌的基因组更接近,而样品S33虽然含有布鲁氏菌核酸片段,却无法得到明确的布鲁氏菌种分类结果。结果表明,抗体检测呈阳性的骆驼确实感染了布鲁氏菌,且感染源具有多样性。宏基因组测序分析可以弥补常规qPCR和病原分离鉴定敏感性不高的弊端,在基于骆驼大缸奶的布病抗体检测技术的验证中也起到了重要作用。 展开更多
关键词 骆驼 奶 布鲁氏菌 宏基因组测序
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BALF宏基因组二代测序分析恶性肿瘤伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义
5
作者 陈旭 简春利 +4 位作者 杨峤 郑林鹏 蔡定钦 李娟 孙建国 《重庆医科大学学报》 北大核心 2025年第6期742-749,共8页
目的:基于肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术,分析恶性肿瘤患者伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义。方法:回顾性纳入2021年1月至2024年12月陆军军医... 目的:基于肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术,分析恶性肿瘤患者伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义。方法:回顾性纳入2021年1月至2024年12月陆军军医大学第二附属医院肿瘤科收治的恶性肿瘤患者,所有患者均为治疗过程中出现呼吸道症状,肺部影像学诊断为肺部炎症,通过BALF mNGS及痰液检测病原微生物。通过描述性分析描述患者临床资料及病原微生物谱分布,比较不同癌症类型、转移状态患者病原体分布差异。比较痰液培养和BALF mNGS检测的差异性。结果:共纳入127例患者,其中70.9%为非小细胞肺癌、15.0%为小细胞肺癌、其他类型14.1%。存在远处转移的患者占48.0%。共检测BALF mNGS 145次,其中84次(57.9%)病原微生物呈阳性。混合感染共13次,占比15.5%。共检出121株病原微生物,真菌(41.3%)和革兰阴性菌(39.7%)为主要感染病原体种类。其中耶氏肺孢子菌(16.5%)、白色念珠菌(11.6%)、流感嗜血杆菌(11.6%)、肺炎克雷伯菌(10.7%)、铜绿假单胞菌(10.7%)及金黄色葡萄球菌(8.3%)构成最常见的感染病原体。不同癌症类型及远处转移状态患者病原体分布差异明显,但耶氏肺孢子菌均为最常见的机会性感染病原体。70例患者同时进行了痰液病原微生物培养,检测阳性率仅为16.0%,较BALF mNGS检测明显降低(χ^(2)=35.52,P<0.001)。痰液培养和BALF mNGS结果一致性比例为48.1%。结论:BALF mNGS可精准揭示恶性肿瘤患者肺部感染的复杂病原谱,尤其是耶氏肺孢子菌等高危机会性病原体。对于痰菌阴性的患者,BALF mNGS也可显著提高检出率,同时提高混合感染的检出率。 展开更多
关键词 恶性肿瘤 肺部感染 宏基因组二代测序 肺泡灌洗液 耶氏肺孢子菌
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宏基因组高通量测序辅助诊断日本斑点热一例
6
作者 阮永春 周宜庆 +4 位作者 张海旺 周洁 段金楠 张晓静 李明晖 《中国医学科学院学报》 北大核心 2025年第1期146-149,共4页
日本斑点热是由日本立克次体感染引起的一种自然疫源性疾病,临床症状缺乏特异性,易误诊。本文报道1例日本斑点热病例,采用宏基因组高通量测序技术在血细胞中检出日本立克次体,经多西环素治疗好转,为该病的临床诊治提供参考。
关键词 日本立克次体 日本斑点热 诊断 宏基因组高通量测序
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1株山羊源D型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析
7
作者 张振兴 陈珍 +5 位作者 陈巧玲 程逸文 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期167-176,共10页
多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化... 多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化关系。为Pm感染疾病的预防和临床治疗提供参考。将该菌株命名为“Pm HN01”株,使用SMRT技术和Illumina测序技术相结合的方法进行全基因组测序。使用生物信息学、PCR鉴定和系统进化树等方法对Pm HN01株的基因组特征、毒力相关基因和遗传进化关系进行分析。将测序后的基因组信息提交至NCBI,获得登录号CP037861。Pm HN01株与其他巴氏杆菌具有相似的基因组谱,大小为2349898 bp,GC含量为40.25%,预测到2401个编码基因。在GO、KEGG和COG分析中分别有1651、2227和1912个基因注释。在PHI、VFDB和T3SS分析中,分别有121、43和84个基因注释。此外,选取23个毒力基因引物对其进行PCR鉴定,结果发现Pm HN01株含有exbB、exbD、tbpA、toxA、fimA等12个毒力基因,同北京和新疆等国内菌株的进化关系最近,同美国、瑞士、丹麦等国外菌株的进化关系最远。本研究首次获得了山羊源D型Pm HN01株的完整基因组信息,为Pm的基因组数据库增添了材料,丰富了Pm的宿主类型。进一步完善了Pm HN01株的毒力基因和系统进化信息,为后续Pm的流行区域和致病性研究提供了理论参考。 展开更多
关键词 D型多杀性巴氏杆菌 基因组测序 毒力相关基因 系统进化树分析
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌全基因组测序及黏菌素耐药分析
8
作者 储雯雯 刘周 +4 位作者 李昕 叶乃芳 龚真 曾晓娇 周强 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第1期37-44,共8页
目的通过全基因组测序分析临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学及黏菌素耐药基因,为临床诊疗提供参考。方法收集2021—2023年安徽省某三级甲等综合医院住院患者临床标本分离的57株CRKP,对所有菌株进行药敏试验。采用全基... 目的通过全基因组测序分析临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学及黏菌素耐药基因,为临床诊疗提供参考。方法收集2021—2023年安徽省某三级甲等综合医院住院患者临床标本分离的57株CRKP,对所有菌株进行药敏试验。采用全基因测序技术分析CRKP菌株多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因和毒力基因,并对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析,采用聚合酶链式反应(PCR)方法扩增与黏菌素耐药相关基因。结果57株CRKP对除替加环素外的14种抗菌药物均为耐药。测序结果显示,93.0%(53/57)的CRKP携带bla KPC-2,ST11型CRKP菌株检出率最高(51/57,89.5%)。单核苷酸多态性聚类分析表明,57株CRKP分为11个克隆群,其中有4个克隆群均为ST11-KL64型CRKP。40株(70.2%)CRKP携带多种毒力基因。5株黏菌素耐药CRKP,其耐药机制是在mgr B基因70位点处插入一个ISKpn26元件。结论CRKP菌株以产KPC-2 ST11-KL64型为主要流行型,在重症监护病房有播散性流行。ISKpn26元件插入引起mgr B基因突变与该地区CRKP黏菌素耐药有关。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 全基因组测序 单核苷酸多态性分析 黏菌素 耐药 ISKpn26
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水稻龙粳31和稻花香2号简化基因组测序与生物信息学分析
9
作者 李洪亮 程杜娟 +5 位作者 孙玉友 魏才强 曲金玲 解忠 宋泽 时新瑞 《黑龙江农业科学》 2025年第6期1-8,共8页
为分析黑龙江省第三积温带和第一积温带寒地粳稻重要种质资源龙粳31和稻花香2号的基因型,促进寒地粳稻育种研究,以龙粳31和稻花香2号为试验材料,对其简化基因组进行了测序及生物信息学分析。结果表明,共获得17410个变异位点,其中15123个... 为分析黑龙江省第三积温带和第一积温带寒地粳稻重要种质资源龙粳31和稻花香2号的基因型,促进寒地粳稻育种研究,以龙粳31和稻花香2号为试验材料,对其简化基因组进行了测序及生物信息学分析。结果表明,共获得17410个变异位点,其中15123个SNP变异,2287个InDel变异。在SNP变异中,有10944个是转换类型(A/G和C/T),有4179个是颠换类型(A/C、A/T、C/G和G/T),转换颠换比(Ts/Tv)为2.62。在两个水稻品种中,SNP和InDel变异数量分布最多的为水稻8号和10号染色体,其次为水稻3号、4号、6号、11号和12号染色体,且在SNP变异数量分布较多的染色体上其InDel数量也相对较多。同时对基因、内含子、外显子、各类突变和非编码片段等注释结果进行了分类,在两个品种间获得了较为详细的参考序列对应等位基因和非参考序列等位基因信息,以及SNP和InDel的变异注释等。 展开更多
关键词 水稻 简化基因组 测序 生物信息学分析
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葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
10
作者 李娟娟 刘子涵 +3 位作者 王雅楠 刘莉君 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2025年第1期51-65,共15页
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异... 栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。 展开更多
关键词 葡萄牙栖盐田菌 极端环境 热液区 冲绳海槽 全基因组测序 比较基因组分析
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病原宏基因组二代测序在肺部感染所致脓毒症患者中的应用
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作者 徐斐翔 俞凤 +3 位作者 王瑞兰 宋振举 童朝阳 朱长清 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期169-178,共10页
目的·探讨病原宏基因组二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)在肺部感染所致脓毒症患者中协助病原体早期诊断、指导临床抗感染方案调整、改善患者近期预后的价值。方法·该研究由一项多中心、前瞻性、非随... 目的·探讨病原宏基因组二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)在肺部感染所致脓毒症患者中协助病原体早期诊断、指导临床抗感染方案调整、改善患者近期预后的价值。方法·该研究由一项多中心、前瞻性、非随机对照试验及一项诊断试验构成。纳入2020年3月—2021年10月在4家医院住院治疗的肺部感染所致脓毒症患者,所有患者均符合美国重症医学会与欧洲重症医学会发布的脓毒症3.0标准和肺部感染的临床诊断标准。入组患者根据自身意愿选择感染部位标本的病原学检测方法,包括仅送检传统病原学检测(传统病原学检测组),或在送检传统病原学检测的基础上同步送检mNGS(联合mNGS检测组)。患者预后的主要评价指标为7 d全因死亡率,次要评价指标包括7 d序贯器官衰竭评分(Sequential Organ Failure Assessment,SOFA)变化、7 d急性生理与慢性健康状况评分Ⅱ(Acute Physiology and Chronic Health EvaluationⅡ,APACHEⅡ)变化、28 d全因死亡率、28 d机械通气或死亡的复合终点发生率、28 d无呼吸机天数、28 d非住院天数和住院期间日均花费。采用倾向性评分匹配均衡2组的协变量分布,采用Kaplan-Meier生存曲线和Cox比例风险模型比较2组死亡率。使用联合mNGS检测组患者感染部位标本的病原学检测结果进行诊断试验。以临床综合判定的责任病原体为参考标准,分别将传统病原学检测和mNGS检测结果与参考标准相比较,计算2种方法和参考标准之间的阳性百分比一致性、阴性百分比一致性、阳性预测值和阴性预测值,并采用McNemar配对χ^(2)检验比较2种检测方法的责任病原体检出能力。结果·共入组患者533例,其中311例选择接受额外的mNGS检测,222例仅接受传统病原学检测。非随机对照试验中,经倾向性评分匹配平衡协变量后,联合mNGS检测组的7 d全因死亡率低于传统病原学检测组[4.8%vs 8.6%,HR 0.37(95%CI 0.15~0.91),P=0.031],联合mNGS检测组的28 d无呼吸机天数多于传统病原学检测组(19.9 d vs 18.4 d,P=0.041)。2组在28 d全因死亡率和日均住院花费上差异无统计学意义。诊断试验提示,mNGS检测结果与临床综合判定的责任病原体的阳性百分比一致性高于传统病原学检测[91.9%(95%CI 87.7%~95.0%)vs 56.1%(95%CI49.7%~62.4%),P<0.001],阴性百分比一致性低于传统病原学检测[29.2%(95%CI 18.6%~41.8%)vs 69.2%(95%CI56.6%~80.1%),P<0.001],阴性预测值高于传统病原学检测[48.7%(95%CI 32.4%~65.2%)vs 29.4%(95%CI 22.3%~37.3%),P=0.001]。结论·与传统病原学检测相比,肺部感染所致脓毒症患者感染部位标本行mNGS可提高责任病原体的检出率。相比于仅行传统病原学检测,联合mNGS检测的患者7 d全因死亡率更低,提示mNGS在肺部感染所致脓毒症患者中具有临床价值及应用前景。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 脓毒症 肺部感染 全因死亡
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基于宏基因组鸟枪测序的中国典型城市灰尘地域推断研究
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作者 杨琪 康克莱 +5 位作者 赵博 冯凯 冯耀森 叶健 邓晔 王乐 《遗传》 北大核心 2025年第10期1156-1168,I0001-I0009,共22页
灰尘中的微生物信息与地理位置密切相关,能为侦查破案提供线索,在法庭科学领域具有重要应用价值。然而,利用宏基因组数据集中微生物群落特征推断地理位置的可行性尚未得到充分探索。本研究从中国北部、东部、西南部和西北部四个具有明... 灰尘中的微生物信息与地理位置密切相关,能为侦查破案提供线索,在法庭科学领域具有重要应用价值。然而,利用宏基因组数据集中微生物群落特征推断地理位置的可行性尚未得到充分探索。本研究从中国北部、东部、西南部和西北部四个具有明显地理和气候差异的城市中采集了170份城市住宅小区的环境灰尘样本,并对所有样本进行宏基因组鸟枪测序,以揭示微生物组成的差异。共注释获得41,029个物种,其中细菌占93.39%,真核生物占6.37%,并发现少量的病毒(0.21%)和古菌(0.03%)。结果表明,四个城市之间的微生物群落组成存在显著差异,这些差异可以实现四个城市环境样本的有效区分(R^(2)=0.870,P<0.001)。通过过滤所有样本中检出率低于10%的物种,进一步提高了城市间的区分效果(R^(2)=0.948,P<0.001),并筛选出127个具有城市代表性的差异物种。每个城市都拥有独特的微生物群落,包括特有物种和相对丰度较高的分类单元,这些特征共同构成了城市特有的微生物图谱。所有样本按7∶3的比例随机分为训练集和测试集。通过SourceTracker、FEAST、LightGBM、随机森林(random forest)和支持向量机(support vector machine,SVM)五种机器学习模型对51个随机测试集来模拟预测未知来源的环境样本地理分区,平均准确率分别达到了88.89%、92.16%、98.04%、99.35%、69.28%。这些结果构成了中国四个城市的微生物遗传图谱,突出了不同城市微生物分类特征的显著差异,并为城市尺度的灰尘样本溯源提供了一种方法。 展开更多
关键词 灰尘 宏基因组鸟枪测序 微生物组成 地理推断
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鸽圆环病毒全基因组测序及遗传进化分析
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作者 王仲浩 田野 +5 位作者 袁小远 李桂明 陈书民 刘明超 王传文 孟凯 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5414-5421,共8页
【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆... 【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆。阳性质粒测序结果通过DNAStar和Mega 11.0软件进行全基因组序列拼接以及核苷酸、氨基酸序列比对,并构建系统进化树。利用RDP 5.42和Simplot 3.5.2软件对分离株进行重组分析并鉴定。【结果】PCR检测结果显示,58只病死鸽中检出30只PiCV阳性,且其他病毒未检出。测序结果显示,成功获得5株PiCV全基因组序列,分别命名为SD02、SD040、JS091、AH056和AH529,序列长度分别为2037、2034、2039、2039和2041 bp。相似性比对结果显示,5株PiCV分离株与国内外参考株核苷酸序列相似性为83.2%~100%,与国内的分离株亲缘关系更近。遗传进化分析结果显示,5株PiCV分离株属于不同亚型,分离株SD040、SD02、JZ091、AH056、AH529分别属于B、A、C、G和H亚型。氨基酸序列分析表明,5株PiCV分离株与标准株jz1相比,Cap蛋白氨基酸出现不同程度的突变、替换和缺失,Rep蛋白存在3个氨基酸位点缺失和1个氨基酸位点突变。重组分析表明,5株PiCV分离株有2个重组事件被鉴定,其中分离株AH056是由GX6株和JS2株重组产生,重组断点位于161 bp处。【结论】本研究分离获得5株不同亚型PiCV全基因组序列。病毒重组及关键蛋白突变为其多样性和复杂性的重要成因。本研究丰富了对PiCV基因组特征及遗传演化规律的认识,为华东地区PiCV的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 全基因组测序 遗传进化分析
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去甲基甲基萘醌菌LLJ775的全基因组测序和比较基因组学分析
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作者 孙凯 尹福 +3 位作者 刘莉君 王双 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期70-86,共17页
为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基... 为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组完成图,通过系统发育学分析确定其进化地位,以对基因组进行功能注释分析与比较基因组学分析,从而探究该菌株的代谢特征和遗传潜力。去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组大小为2822402 bp,GC含量69.3%,共编码2738个基因。通过16S rRNA基因及单拷贝核心基因的系统发育分析发现,该菌株与同属菌株相似度较低(最高为98.41%),初步判断为该属的新种。功能注释分析发现,其复制、重组和修复相关基因占比高于同属菌株;乙醛酸支路代谢通路、亚硝酸盐还原途径和ABC型铁转运蛋白等编码基因的存在增强了该菌株对热液极端环境的适应性。此外,该菌株中还注释到碳酸酐酶、β-葡萄糖苷酶、异淀粉酶和透明质酸合酶等碳水化合物活性酶,以及番茄红素合成相关基因簇和其他次级代谢产物合成基因,说明该菌株具有极高的潜在应用价值。本研究通过全基因组测序及比较基因组学分析,揭示了新型去甲基甲基萘醌菌LLJ775的代谢潜力,为深入了解其对热液环境的适应机制提供了参考,也为发掘其应用前景提供了理论依据。 展开更多
关键词 冲绳海槽 深海热液区 去甲基甲基萘醌菌LLJ775 全基因组测序 比较基因组学分析
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动物双歧杆菌B4株的全基因组测序及其益生特性分析 被引量：1
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作者 丁瑞培 刘承忠 +6 位作者 史灿灿 张慧玉 代宜萍 穆如雪 李子龙 何茂章 李卓君 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第2期255-265,共11页
目的分析由健康人粪便中新分离出的一株动物双歧杆菌B4株的全基因组信息,并探究其益生特性。方法采用体外实验方法对动物双歧杆菌B4的耐药性、溶血性、耐胃酸特性以及生化特性进行评估,并利用二代+三代测序技术对该菌进行全基因组测序... 目的分析由健康人粪便中新分离出的一株动物双歧杆菌B4株的全基因组信息,并探究其益生特性。方法采用体外实验方法对动物双歧杆菌B4的耐药性、溶血性、耐胃酸特性以及生化特性进行评估,并利用二代+三代测序技术对该菌进行全基因组测序以及基因功能注释。结果经全基因组测序后显示该动物双歧杆菌B4株基因组大小为1944146 bp,GC含量为60.49%,不含质粒,总基因数为1642个。体外实验分析结果显示,该动物双歧杆菌B4株具有良好的益生特性,包括非溶血性和耐胃酸的特性。同时基因组结果显示,该动物双歧杆菌B4株不具有毒素、致病相关基因,耐药基因少且传播能力不高,具有很高的安全性。通过KEGG、COG、GO等基因注释显示其含有很多生物活性酶,如β-半乳糖苷酶、L-乳酸脱氢酶等益生基因。结论该动物双歧杆菌B4株具有良好的益生特性,在基因层面上展示了优良的安全性,具有益生特性的基因序列。 展开更多
关键词 动物双歧杆菌 分离培养 全基因组测序 基因组分析 益生菌 益生基因
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基于宏基因组测序和纯培养技术解析胀袋生抽酱油的微生物类群 被引量：3
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作者 王玉荣 席啦 +3 位作者 易宗伟 付彩霞 葛东颖 郭壮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期165-170,177,共7页
该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetra... 该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)、酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、植物乳植物杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、棒状腐败乳杆菌(Loigolactobacillus coryniformis)、短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)构成,平均相对含量分别为28.01%、25.50%、9.45%、2.49%、1.83%、1.53%和1.33%;采用纯培养技术,分离出的49株细菌被鉴定为6个属下的11个种,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、破布子联合乳杆菌(Ligilactobacillus pobuzihii)、蛋白原酶腐败乳杆菌(Loigolactobacillus rennini)和L.acidipiscis分离株占总分离株数的39.22%、19.61%、11.76%和9.80%,分离出的2株酵母菌均被鉴定为扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera);产气验证实验发现,所有分离株均不能单独引起生抽酱油的胀袋现象。由此可见,胀袋生抽酱油具有较高的微生物多样性,在后续研究引入培养组学策略以获得更多的分离株,亦或考虑多菌株的协同作用,对酱油涨袋这一产业问题的解决可能具有积极的意义。 展开更多
关键词 生抽酱油 胀气 宏基因组测序 纯培养 微生物
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金耳T-1的生物学特性及全基因组测序分析
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作者 田爽 毕宇 +4 位作者 郭燕 吴皓琼 叶阳 刘佳宁 朱加楠 《湖北农业科学》 2025年第8期152-159,共8页
以金耳(Naematelia aurantialba)T-1孢子为试验材料,对金耳的生物学特性进行探究并对其进行全基因组测序及分析。结果表明,T-1的最佳碳源为蔗糖,最佳氮源为蛋白胨,最佳无机盐为氯化钾,最适宜pH为7,最佳接种量为10^(8)个细胞/mL;基因组... 以金耳(Naematelia aurantialba)T-1孢子为试验材料,对金耳的生物学特性进行探究并对其进行全基因组测序及分析。结果表明,T-1的最佳碳源为蔗糖,最佳氮源为蛋白胨,最佳无机盐为氯化钾,最适宜pH为7,最佳接种量为10^(8)个细胞/mL;基因组碱基测序质量为35~40,测序质量较好;碱基的AT、GC含量较为均一,测序结果正常;利用K-mer频率分析出T-1基因组大小为26 612 159 bp;对测序数据拼接后显示N50较高,GC含量为56.45%;使用Circos软件对基因组进行展示表明,T-1基因组全长为18180 385 bp,GC含量为56.46%,基因组共被分为10个contig;系统发育树显示T-1与金耳菌株聚类关系最近;GO功能分类显示被注释到3大类别中,其中参与生物学过程的基因最多;与KEGG数据库比对后,共4 096个基因被注释到五大类代谢途径,其中参与代谢途径的基因最多。 展开更多
关键词 金耳(Naematelia aurantialba) 生物学特性 全基因组测序 功能预测 通路富集分析
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宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例 被引量：3
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作者 蔡衍珊 刘子凡 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期628-630,共3页
Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病... Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。 展开更多
关键词 Q热 贝氏柯克斯体 感染性血管炎 宏基因组二代测序 mNGS
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宏基因组二代测序在血液病患者感染病原体检测中的应用
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作者 周欣悦 徐春晖 冯四洲 《中国感染与化疗杂志》 北大核心 2025年第3期351-356,共6页
血液病患者作为免疫功能低下的人群之一,粒细胞缺乏的发生率高、持续时间长,感染是常见并发症且可出现多种病原微生物混合感染以及罕见病原微生物感染[1-2],相当部分患者感染症状不典型,感染病灶不明确,使得血液病患者感染病原微生物的... 血液病患者作为免疫功能低下的人群之一,粒细胞缺乏的发生率高、持续时间长,感染是常见并发症且可出现多种病原微生物混合感染以及罕见病原微生物感染[1-2],相当部分患者感染症状不典型,感染病灶不明确,使得血液病患者感染病原微生物的诊断变得困难[3]。临床传统病原微生物检测方法往往耗时长,阳性率低,且检测病原微生物的种类有限,限制了其在血液病发热患者感染病原微生物诊断中的作用[4]。宏基因组二代测序(mNGS)作为一项新兴的病原微生物检测方法备受关注,具有耗时短、灵敏度高、病原检测范围广、受抗微生物药物应用的影响小等优点[5-6]。本文对mNGS在血液病患者感染病原微生物检测的应用进行综述,为其在这领域更好的发挥作用提供参考。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 血液病 病原体
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食窦魏斯氏菌MR3细菌素理化特性研究及其全基因组测序分析
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作者 马明瑞 钟忻桐 +2 位作者 路雨 李国江 董文龙 《饲料工业》 北大核心 2025年第5期97-103,共7页
研究旨在筛选出一株对猪萎缩性鼻炎主要病原菌多杀性巴氏杆菌有良好颉颃作用的产细菌素乳酸菌,分析其细菌素理化特性同时评估其生物安全性。从延边的新鲜蔬菜样品中分离出一株对多杀性巴氏杆菌有良好抑菌活性的乳酸菌,采用形态学观察及1... 研究旨在筛选出一株对猪萎缩性鼻炎主要病原菌多杀性巴氏杆菌有良好颉颃作用的产细菌素乳酸菌,分析其细菌素理化特性同时评估其生物安全性。从延边的新鲜蔬菜样品中分离出一株对多杀性巴氏杆菌有良好抑菌活性的乳酸菌,采用形态学观察及16S rDNA序列分析对该乳酸菌进行菌种鉴定并将其命名为MR3;对MR3所产细菌素进行温度、pH、蛋白酶不同单因素处理试验分析其细菌素理化特性。通过药敏试验及全基因组测序对MR3进行生物安全性评估。结果表明:经鉴定MR3为食窦魏斯氏菌,其细菌素在-80~100℃、pH为2.0~10.0时,抑菌活性并未显著下降,表现出良好的稳定性。MR3所产细菌素对大部分蛋白酶表现出耐受性,而对蛋白酶K较为敏感。MR3对常见抗生素均敏感,且未在基因组中发现耐药基因。综上,MR3具有良好的生物安全性,其所分泌的细菌素具有较好的抗菌活性和稳定性,有望成为新型替抗产品应用于猪萎缩性鼻炎的防治。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 猪萎缩性鼻炎 食窦魏斯氏菌 细菌素 全基因组测序分析
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