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病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
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作者 杨尚栋 肖洋 +3 位作者 习文 刘哲 王方 王晓琴 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期162-168,共7页
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建... 目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建库方式及测序仪性能参数进行评估。结果 参考品内各物种均能稳定检出,mNGS检测限为(5.0E+02)CFU/mL(copies/mL)。重复性符合率100%,批内变异系数(coefficient of variation, CV)介于8.53%~38.73%。病原投入浓度与检出序列数的线性相关系数|r|>0.9,mNGS检测系统具有良好的稳定性。抗干扰实验结果显示,人源核酸浓度越高,mNGS检出病原序列数越少。近缘物种检出序列数比值与实际病原浓度比值接近,具有良好的检测特异性。零病原投入组D0检测结果为阴性。临床样本病原检出准确率为90.9%(10/11)。自动化移液工作站与手工建库的文库质控结果均合格。三台测序仪运行性能参数均满足或优于出厂标准。结论 初步建立了包含参考品设计、不同建库方式比较和测序仪性能参数评价等多方面在内的mNGS DNA检测流程的性能验证方案,可用于mNGS临床实验室分析性能评价及实验过程中的质量保障。 展开更多
关键词 病原宏基因组测序(mNGS) DNA检 性能验证 参考品
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宏基因组测序技术在动物源微生物耐药性方面的应用研究进展
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作者 方雅红 孙冰清 +6 位作者 张亦菲 田恺 姜芹 张妤 蔡煜婷 商军 黄士新 《中国动物检疫》 2025年第6期55-63,共9页
抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境... 抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境具有重要意义。随着高通量测序技术的发展,宏基因组测序技术在动物源微生物的AMR研究中得到广泛应用。本文总结分析了基于二代测序与三代测序的宏基因组学在AMR研究中的优势与局限,归纳了基于宏基因组测序的AMR研究方向,整合了畜禽、水生动物及伴侣动物中ARGs的分布特征与传播机制,讨论了该技术面临的挑战及应用前景,以期为AMR的精准控制提供理论支撑。 展开更多
关键词 宏基因组测序 抗微生物药物耐药性 二代 三代
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基于宏基因组测序和纯培养技术解析胀袋生抽酱油的微生物类群 被引量:3
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作者 王玉荣 席啦 +3 位作者 易宗伟 付彩霞 葛东颖 郭壮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期165-170,177,共7页
该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetra... 该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)、酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、植物乳植物杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、棒状腐败乳杆菌(Loigolactobacillus coryniformis)、短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)构成,平均相对含量分别为28.01%、25.50%、9.45%、2.49%、1.83%、1.53%和1.33%;采用纯培养技术,分离出的49株细菌被鉴定为6个属下的11个种,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、破布子联合乳杆菌(Ligilactobacillus pobuzihii)、蛋白原酶腐败乳杆菌(Loigolactobacillus rennini)和L.acidipiscis分离株占总分离株数的39.22%、19.61%、11.76%和9.80%,分离出的2株酵母菌均被鉴定为扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera);产气验证实验发现,所有分离株均不能单独引起生抽酱油的胀袋现象。由此可见,胀袋生抽酱油具有较高的微生物多样性,在后续研究引入培养组学策略以获得更多的分离株,亦或考虑多菌株的协同作用,对酱油涨袋这一产业问题的解决可能具有积极的意义。 展开更多
关键词 生抽酱油 胀气 宏基因组测序 纯培养 微生物
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基于宏基因组测序对中国北方地区生乳中嗜冷菌的群落结构研究
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作者 许文君 郑楠 +1 位作者 王加启 孟璐 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3659-3668,共10页
本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的... 本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的方法对生乳中嗜冷菌进行分析。结果发现,北京地区和内蒙古地区生乳中嗜冷菌的群落结构无显著性差异。两个地区生乳中优势嗜冷菌属均是假单胞杆菌属、寡养单胞菌属和短波单胞杆菌属。全局和概述图谱、氨基酸代谢和碳水化合物代谢是最主要的功能代谢途径,且嗜冷菌中含有多种抗生素抗性基因。综上,本研究利用传统培养和宏基因组测序准确测定了生乳中嗜冷菌群落的物种和功能信息,有助于了解生乳中嗜冷菌的生命活动及为嗜冷菌风险评估提供基础信息,促进中国北京及内蒙古牧场开展防控。 展开更多
关键词 生乳 嗜冷菌 宏基因组测序 地区 结构
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基于宏基因组测序技术研究南方地区健康与腹泻林麝肠道菌群特征
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作者 陆元安 李晓冰 +4 位作者 曾雅婷 王雅婷 林明生 陆林姬 吴琼 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期7346-7357,共12页
本试验旨在探究腹泻对林麝肠道菌群组成和耐药基因的影响。选取36月龄健康林麝(SZ)和腹泻林麝(SF)各3头,采集所有个体粪便并进行宏基因组测序分析。结果表明:SF组Shannon指数降低,有益菌梭菌属(Clostridium)和Lactonifactor longovifor... 本试验旨在探究腹泻对林麝肠道菌群组成和耐药基因的影响。选取36月龄健康林麝(SZ)和腹泻林麝(SF)各3头,采集所有个体粪便并进行宏基因组测序分析。结果表明:SF组Shannon指数降低,有益菌梭菌属(Clostridium)和Lactonifactor longoviformis的丰度显著低于SZ组(P<0.05),而致病菌埃希氏菌属(Escherichia)、大肠杆菌(Escherichia coli)的丰度显著高于SZ组(P<0.05)。进一步分析肠道菌群功能,在CAZy功能分析中,差异显著基因来自糖苷水解酶类、糖基转移酶类、多糖裂解酶类和碳水化合物结合横块;在CARD抗性基因分析中,林麝主要抗性基因由9大类组成,占比较多的是利福霉素类(45.65%)、林可酰胺类(10.29%)和多肽类(7.11%);抗性基因来源较多的菌门主要有3个,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria);LEfSe分析显示,SF组显著抗性基因多于SZ组,主要由变形菌门贡献。综上所述,腹泻会导致林麝肠道菌群多样性降低,肠道致病菌和抗性基因增加,表明临床上对细菌性腹泻治疗要注重细菌耐药性。 展开更多
关键词 林麝 腹泻 宏基因组测序 肠道菌群 耐药基因
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基于宏基因组测序分析桉树林改种麻竹林对土壤和根系微生物群落的影响
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作者 梁碧霞 田湘 吴庆标 《广西林业科学》 2024年第6期754-762,共9页
为揭示桉树(Eucalyptus spp.)林改种麻竹(Dendrocalamus latiflorus)林后土壤和细根微生物群落的变化及给麻竹林可持续经营提供理论依据,以南宁市市郊饮用水水源地的麻竹林和桉树林为研究对象,分析麻竹和桉树细根及麻竹林和桉树林土壤... 为揭示桉树(Eucalyptus spp.)林改种麻竹(Dendrocalamus latiflorus)林后土壤和细根微生物群落的变化及给麻竹林可持续经营提供理论依据,以南宁市市郊饮用水水源地的麻竹林和桉树林为研究对象,分析麻竹和桉树细根及麻竹林和桉树林土壤化学性质和碳(C)、氮(N)和磷(P)化学计量比,并采用宏基因组测序技术,分析麻竹林和桉树林土壤及麻竹和桉树细根微生物群落结构和相对丰度。结果表明,桉树林改种麻竹林后,麻竹细根全碳含量、C∶N和C∶P均低于桉树细根,全磷、全氮和全钾含量及N∶P均高于桉树细根。麻竹林土壤pH值、全碳和水解性氮含量及C∶N、C∶P和N∶P均高于桉树林土壤,全磷、全氮、全钾和有效磷含量均低于桉树林土壤。麻竹林土壤、麻竹细根、桉树林土壤和桉树细根的微生物群落优势菌门均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)。放线菌门和变形菌门相对丰度与土壤pH值和全磷含量均呈显著相关,酸杆菌门相对丰度与土壤pH值、C∶N和水解性氮含量均呈显著相关。桉树和麻竹林细根中,放线菌门相对丰度与全碳含量和C∶N均呈显著负相关,变形菌门相对丰度与C∶N呈显著正相关,酸杆菌门相对丰度与全钾含量呈显著负相关。冗余分析表明,对微生物群落结构影响较强的环境因子是全碳和全磷含量及土壤pH值。经营麻竹纯林时应该注意碳和磷的输入,加强对土壤pH值的调控。 展开更多
关键词 微生物群落 化学性质 宏基因组测序 优势菌门
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基于传统培养和宏基因组测序分析泗洪小龙虾不同部位的菌群多样性 被引量:6
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作者 汤纯 诸永志 +3 位作者 吴海虹 孙芝兰 朱云龙 刘芳 《肉类研究》 北大核心 2019年第10期44-50,共7页
通过传统培养和宏基因组测序方法分析泗洪地区小龙虾整体、表面、尾肉等不同部位的菌群多样性,确定不同部位的特定污染菌组成。结果表明:小龙虾整体的初始菌数达8.4(lg(CFU/g)),且不同部位的微生物群落有明显差异;通过宏基因组测序发现... 通过传统培养和宏基因组测序方法分析泗洪地区小龙虾整体、表面、尾肉等不同部位的菌群多样性,确定不同部位的特定污染菌组成。结果表明:小龙虾整体的初始菌数达8.4(lg(CFU/g)),且不同部位的微生物群落有明显差异;通过宏基因组测序发现,在科水平上,黄杆菌科(Flavobacteriaceaea)是泗洪小龙虾不同部位的优势菌科,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)和气单胞菌科(Aeromonadaceae)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌科;在属水平上,金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌属,黄杆菌属(Flavobacterium)在3个部位中相对丰度均较高。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 培养基法 宏基因组测序 微生物多样性
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应用宏基因组测序技术检测UHT牛乳中的微生物 被引量:5
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作者 黄卫强 张家超 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期55-58,共4页
以A和B两份国内不同品牌的成品超高温瞬时灭菌(Ultra High Temperature treated,UHT)牛乳为研究对象,通过基于宏基因组DNA 16Sr RNA基因Vl-V3可变区的高通量测序手段对样品中微生物多样性丰度进行了研究。分类学门水平的微生物群落结构... 以A和B两份国内不同品牌的成品超高温瞬时灭菌(Ultra High Temperature treated,UHT)牛乳为研究对象,通过基于宏基因组DNA 16Sr RNA基因Vl-V3可变区的高通量测序手段对样品中微生物多样性丰度进行了研究。分类学门水平的微生物群落结构显示,两份UHT牛乳中的微生物主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)四个菌门。分类学属水平的微生物群落结构显示,两份UHT牛乳中的微生物多样性丰度存在一定的差异,但差异不显著。本研究虽无法准确定位导致差异的因素,但仍可为后续UHT乳的理论研究及原料乳和UHT牛乳产品处理工艺的提升提供一定的数据基础。同时,该研究也侧面反映宏基因组测序技术在UHT牛乳中微生物多样性的检测方面具有很大的优势,可作为相关实际生产中重要的配套技术进行应用推广。 展开更多
关键词 UHT牛乳 宏基因组测序 微生物多样性 群落结构
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基于宏基因组测序的稻蟹共作稻田根际土壤微生物群落功能分析 被引量:3
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作者 宋宇 王鹏 韦月平 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1466-1475,共10页
为了分析施入生物有机肥的稻蟹共作稻田(HXTCS)的水稻根际土壤微生物的代谢功能,以生物有机肥稻田(YJTCS)为对照,利用Illumina Novaseq测序平台对两种稻田成熟期的根际土壤进行宏基因组测序以分析微生物群落的组成及代谢功能。NR注释结... 为了分析施入生物有机肥的稻蟹共作稻田(HXTCS)的水稻根际土壤微生物的代谢功能,以生物有机肥稻田(YJTCS)为对照,利用Illumina Novaseq测序平台对两种稻田成熟期的根际土壤进行宏基因组测序以分析微生物群落的组成及代谢功能。NR注释结果显示,样品中微生物以细菌为主,约占98.09%,其次为古菌约占1.76%,真菌及其他约占0.15%。LEfSe分析结果表明,河蟹引入生物有机肥稻田后富集更多的细菌和古菌群落的显著差异分类群。COG和CAZy功能基因注释结果显示,HXTCS主要相关功能基因的相对丰度均高于对照组。碳代谢途径基因注释分析结果表明,HXTCS在16个碳代谢途径的基因注释的相对丰度均高于对照组,其中丙酮酸代谢和原核微生物的碳固定途径的相对丰度在2种稻田中差异显著(P<0.05)。氮代谢功能分析结果表明,HXTCS中的反硝化作用、硝酸盐还原作用和谷氨酰胺合成作用的关键酶基因的相对丰度均高于对照组。研究结果说明:河蟹引入生物有机肥稻田后,增加了根际土壤碳水化合物活性酶和主要代谢途径基因的相对丰度,有助于碳代谢及促进根际土壤氮循环中的反硝化作用、硝酸盐还原作用及谷氨酸的合成作用。 展开更多
关键词 稻蟹共作稻田 宏基因组测序 根际 微生物群落功能
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基于宏基因组测序技术分析凡纳滨对虾育苗中生物絮团细菌群落结构 被引量:13
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作者 杨章武 杨铿 +2 位作者 张哲 李正良 葛辉 《福建水产》 2015年第2期91-97,共7页
在凡纳滨对虾育苗生产中,以蔗糖作为添加碳源促进育苗水体形成生物絮团。基于宏基因组测序技术对生物絮团细菌群落结构进行分析。在门、纲和属的水平上,通过检测絮团的细菌物种丰度及优势菌种的结果,表明实验组和对照组基本相同,但所占... 在凡纳滨对虾育苗生产中,以蔗糖作为添加碳源促进育苗水体形成生物絮团。基于宏基因组测序技术对生物絮团细菌群落结构进行分析。在门、纲和属的水平上,通过检测絮团的细菌物种丰度及优势菌种的结果,表明实验组和对照组基本相同,但所占比例有所差异。其中具有清污作用的变形菌纲在实验组所占比例为16.2%,对照组为14.4%,实验组高于对照组;而作为常见病原菌的假交替单胞菌属和弧菌属,在实验组所占比例分别是1.3%和0%,而在对照组分别为1.4%和0.1%,实验组的病原菌比例低于对照组。本文为生物絮团技术在对虾育苗生产中的应用提供基础资料。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 育苗 生物絮团 细菌群落 宏基因组测序
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应用宏基因组测序开展银黑狐真菌皮肤病分子流行病调查 被引量:1
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作者 易立 曹智刚 +2 位作者 仝明薇 程悦宁 程世鹏 《特产研究》 2016年第4期1-4,共4页
毛皮动物的皮肤真菌病也称癣病,是由于真菌感染皮肤、被毛后所致的疾病。主要症状是患部断毛、掉毛或出现圆形脱毛区,皮屑较多。该病是一种接触性人兽共患病。本研究以银黑狐真菌病患病皮肤样本为基础,以真菌内转录间隔区(Internal Tran... 毛皮动物的皮肤真菌病也称癣病,是由于真菌感染皮肤、被毛后所致的疾病。主要症状是患部断毛、掉毛或出现圆形脱毛区,皮屑较多。该病是一种接触性人兽共患病。本研究以银黑狐真菌病患病皮肤样本为基础,以真菌内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)为靶标序列,应用宏基因组测序方式,对样本中所有真菌样本的ITS进行序列测定和生物学统计。结果显示,检测出致病真菌苯黑末节皮真菌(Arthroderma benhamiae),并且为优势菌株;基于ITS基因的系统发育树分析显示,样本内的真菌呈现出多样性特征,且苯黑末节皮真菌与发菌科(Trichocomaceae)在拓扑分类学上近似。 展开更多
关键词 银黑狐 皮肤真菌 内转录间隔区 宏基因组测序
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利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素
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作者 刘文丽 王进 +2 位作者 舒鹏 童贻刚 法云智 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期889-893,共5页
为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物... 为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物经高通量测序,并利用QIIME软件对测序数据进行生物信息学分析。结果显示,测序共生成238 Mbp原始数据,获得脑组织细菌的结构组成,其中优势菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,优势菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇单胞菌科等,含量最高的细菌属为普雷沃菌属、螺旋体属、交替假单胞菌属等。本研究结果表明死亡食蟹猴的脑组织中含有多种细菌,可能会引起感染和炎症,结合病理学检查,提示食蟹猴脑组织病原菌感染可能与死亡的发生存在一定关联。 展开更多
关键词 食蟹猴 脑组织 菌群 宏基因组测序
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基于宏基因组测序对奶牛运动场土壤和粪便微生物群落结构的分析 被引量:3
13
作者 胡平 《养殖与饲料》 2022年第2期4-8,共5页
采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚... 采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加。研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落。在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落。 展开更多
关键词 宏基因组测序 奶牛运动场 微生物群落
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肺泡灌洗液宏基因组测序在儿童重症肺炎支原体肺炎混合感染中的诊断价值 被引量:35
14
作者 马彩霞 陈镜龙 +3 位作者 陆泳 张明智 王立波 陆爱珍 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期891-895,共5页
目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因组二代测序技术对儿童重症肺炎支原体肺炎(MPP)混合感染的诊断价值。方法选取2019年6月至2019年12月期间因重症MPP需要肺泡灌洗治疗的患儿,所得BALF同时进行传统病原检测和宏基因组的二代测序(metagenomi... 目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因组二代测序技术对儿童重症肺炎支原体肺炎(MPP)混合感染的诊断价值。方法选取2019年6月至2019年12月期间因重症MPP需要肺泡灌洗治疗的患儿,所得BALF同时进行传统病原检测和宏基因组的二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)病原检测,分析两种检测方法对重症MPP混合感染的诊断效能。结果共纳入47例重症肺炎支原体肺炎患儿,男23例、女24例,中位年龄58.0(38.0~81.0)月。影像学有肺实变/不张表现的患儿31例,胸腔积液10例,伴有纵隔积气2例。气管镜下有明显黏膜坏死、通气不良或者痰栓形成的患儿28例。47例患儿的BALF同时进行传统病原检测和mNGS检测,两种检测方法检出肺炎支原体均为阳性。BALF传统病原检测中,2例(4.3%)检测出混合感染;mNGS检测中,23例(48.9%)检测出混合感染,显著高于传统病原检测,差异有统计学意义(P<0.001)。mNGS检出混合感染占前3位的病原分别为腺病毒7型(11例,23.4%)、肺炎链球菌(5例)和脓肿分枝杆菌(5例)。结论在儿童重症MPP中,BALF mNGS对混合感染的检出率比传统检测方法更高,尤其对合并病毒感染的检测,能早期进行病毒分型和病毒载量分析。 展开更多
关键词 肺泡灌洗液 宏基因组测序 肺炎支原体肺炎 混合感染
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宏基因组测序分析奶牛运动场土壤抗生素抗性基因
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作者 胡平 关文怡 +1 位作者 雷莉辉 蔡泽川 《养殖与饲料》 2022年第8期5-11,共7页
[目的]探究规模化奶牛场运动场内粪尿污染的土壤中抗生素抗性基因情况。[方法]采集北京地区某规模化奶牛运动场中心至外围3个不同半径位置的土壤进行宏基因组测序,在微生物组成研究基础上进行抗性基因(ARGs)功能注释。[结果]土壤中抗性... [目的]探究规模化奶牛场运动场内粪尿污染的土壤中抗生素抗性基因情况。[方法]采集北京地区某规模化奶牛运动场中心至外围3个不同半径位置的土壤进行宏基因组测序,在微生物组成研究基础上进行抗性基因(ARGs)功能注释。[结果]土壤中抗性基因检出率最高的是rpoB2和rpoB,注释为利福霉素抗性基因,耐药菌分别为诺卡氏菌属和双歧杆菌属。其次是MexF和MexW,注释为苯丙醇类、二氨基嘧啶、氟喹诺酮、四环素类、吖啶染料、大环内酯类抗生素,显示了多重耐药风险较高,耐药菌株主要为铜绿假单胞菌。此外还发现从运动场中心至外围土壤中抗性基因逐渐增多,可能是由于土壤内粪尿逐渐扩散富集作用造成的。[结论]通过分析发现该奶牛场土壤中利福霉素、苯丙醇类、氟喹诺酮类、四环素类、大环内酯类、氨基糖苷类抗生素耐药基因数量多。 展开更多
关键词 宏基因组测序 奶牛场 土壤 抗性基因
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肺泡灌洗液宏基因组测序在儿童重症社区获得性肺炎的诊断价值 被引量:14
16
作者 姚仲伟 李美锦 +3 位作者 王桃 聂川 吴晓武 郑亦男 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第9期1203-1206,共4页
目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因组测序技术对儿童重症社区获得性肺炎的诊断价值。方法选取2019年3月至2020年2月期间因重症社区获得性肺炎需肺泡灌洗治疗的患儿,所得BALF同时进行传统病原学检测与宏基因组测序(metagenomics next-gener... 目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因组测序技术对儿童重症社区获得性肺炎的诊断价值。方法选取2019年3月至2020年2月期间因重症社区获得性肺炎需肺泡灌洗治疗的患儿,所得BALF同时进行传统病原学检测与宏基因组测序(metagenomics next-generation sequencing,m NGS)病原检测,分析两种检测方法对重症获得性肺炎病原学检测的诊断效能。结果 29例患儿的BALF同时进行传统病原检测和m NGS检测,细菌检出率m NGS明显高于传统检测方法(58.6%vs. 20.7%),差异有统计学意义(P=0.003)。病原菌阳性率与2种以上病原体感染上,m NGS明显高于传统检测方法(93.1%vs. 72.4%,34.5%vs. 0%),差异有统计学意义(P<0.05)。在m NGS检测与传统检测结果一致性上,在不一致的病原体、细菌与真菌中,培养阴性多于m NGS阴性结果。在复合感染中,m NGS明显高于传统检测方法(58.6%vs. 27.6%),差异有统计学意义(P=0.017)。结论在儿童重症社区获得性肺炎中,BALF m NGS对病原菌的检出率高于传统检测方法,尤其是对细菌与复合感染时诊断价值更高,能早期对重症社区获得性肺炎提供诊治依据。 展开更多
关键词 肺泡灌洗液 宏基因组测序 重症社区获得性肺炎
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基于宏基因组测序技术解析市售强化酒曲微生物群落结构和功能特征 被引量:7
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作者 侯强川 王玉荣 +4 位作者 田龙新 刘菊珍 周加平 刘忠军 郭壮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期100-107,共8页
强化酒曲是酒厂提高酒曲性能和酒质水平的重要手段。该研究以两种不同类型的强化酒曲为研究对象,通过培养方法和宏基因组测序技术分别对其中的可培养微生物和菌群群落结构及功能进行解析。共从强化酒曲中分离得到15株酵母菌、3株细菌和... 强化酒曲是酒厂提高酒曲性能和酒质水平的重要手段。该研究以两种不同类型的强化酒曲为研究对象,通过培养方法和宏基因组测序技术分别对其中的可培养微生物和菌群群落结构及功能进行解析。共从强化酒曲中分离得到15株酵母菌、3株细菌和2株霉菌。费比恩赛伯林德纳氏酵母和酿酒酵母是分离得到的主要微生物菌种。宏基因组学测序结果显示,不同类型强化酒曲微生物的差异主要体现在优势菌群相对丰度方面而非构成方面。具体而言,白酒曲拥有更高的酿酒酵母丰度,在功能方面白酒曲中的微生物具有潜在更强的增殖能力,有利于快速增加发酵体系中酿造微生物的丰度。而增香酒曲除了含较多的酿酒酵母外,还拥有众多与白酒风味物质产生相关的功能菌如米根霉、类肠膜魏斯氏菌、融合魏斯氏菌、蜡样芽孢杆菌等,在功能方面具有潜在更强的风味物质产生能力。此外,该研究还在强化酒曲中检测到了青霉菌、肺炎克雷伯菌等对白酒品质存在不利影响的微生物,预示着市售强化酒曲的质量存在进一步提升的空间。 展开更多
关键词 强化酒曲 宏基因组测序 传统培养技术 微生物群落结构和功能 差异性
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宏基因组测序在感染性疾病诊治中的应用进展 被引量:9
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作者 朱美利 张剑青 赵芝焕 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2020年第2期131-135,共5页
感染性疾病是临床常见病,病情严重,临床危害巨大。早期明确病原菌,进行针对性的治疗,可有效控制感染。传统病原学检测法耗时长、操作复杂、病原菌检出率低,不能满足临床上对感染性疾病及时、准确诊治的需要。宏基因组测序克服传统病原... 感染性疾病是临床常见病,病情严重,临床危害巨大。早期明确病原菌,进行针对性的治疗,可有效控制感染。传统病原学检测法耗时长、操作复杂、病原菌检出率低,不能满足临床上对感染性疾病及时、准确诊治的需要。宏基因组测序克服传统病原菌检测法的局限性,直接从样本中提取病原体的遗传物质,对病原菌进行准确鉴定,在感染性疾病诊治中具有较高的运用价值,现就该技术在感染性疾病诊治中的应用进行综述。 展开更多
关键词 宏基因组测序 感染性疾病 病原体 呼吸系统感染 中枢神经系统感染
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基于宏基因组测序技术研究正常与腹泻牦牛犊牛肠道菌群特征 被引量:3
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作者 刘燕红 王银梦 +3 位作者 张玉莹 杨得玉 刘书杰 崔占鸿 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期2641-2650,共10页
本试验旨在探究正常与腹泻牦牛犊牛肠道菌群组成特征,为牦牛犊牛培育中腹泻的早期预防提供重要参考。试验选取2月龄牦牛犊牛(公)6头,其中正常牦牛犊牛3头,腹泻牦牛犊牛3头,采用直肠取样法采集所有犊牛粪便样品,提取高质量的细菌总DNA,... 本试验旨在探究正常与腹泻牦牛犊牛肠道菌群组成特征,为牦牛犊牛培育中腹泻的早期预防提供重要参考。试验选取2月龄牦牛犊牛(公)6头,其中正常牦牛犊牛3头,腹泻牦牛犊牛3头,采用直肠取样法采集所有犊牛粪便样品,提取高质量的细菌总DNA,利用宏基因组测序技术分析正常与腹泻牦牛犊牛肠道微生物群落结构及功能基因组成。结果表明:腹泻牦牛犊牛粪便微生物Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数和ACE指数低于正常牦牛犊牛;在门水平上,相比正常牦牛犊牛,腹泻牦牛犊牛的粪便微生物中变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显著升高(P<0.05),软壁菌门(Tenericutes)、衣原体门(Chlamydiae)的相对丰度显著降低(P<0.05);在KEGG分析中,正常与腹泻牦牛犊牛在代谢通路上没有显著差异(P>0.05);在EggNOG水平功能分析中,腹泻牦牛犊牛的基因在细胞外结构、细胞运动性、转录以及复制、重组和修复上显著富集(P<0.05),正常牦牛犊牛的基因在翻译、核糖体结构与生物发生、细胞壁/膜/包膜生物发生上显著富集(P<0.05);在CAZy水平功能分析中,正常和腹泻牦牛犊牛肠道微生物基因均主要在糖苷水解酶、糖基转移酶基因家族中有显著差异(P<0.05);在CARD的抗性基因分析中,腹泻牦牛犊牛携带抗性基因较多的主要菌门有4个,依次是厚壁菌门(Firmicutes)、Proteobacteria、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria),正常牦牛犊牛携带抗性基因较多的主要菌门有6个,其中占比较高的有3个,依次是Firmicutes、Bacteroidetes、Proteobacteria,同时发现正常和腹泻牦牛犊牛中Proteobacteria的占比与其携带抗性基因的占比呈负相关;在LEfSe分析中,腹泻牦牛犊牛的抗性基因多于正常牦牛犊牛,且多为多重耐药基因。综上可知,发生腹泻的牦牛犊牛肠道菌群的多样性降低,会引起变形菌门相对丰度的增加和厚壁菌门相对丰度的减少;同时,腹泻牦牛犊牛携带的抗性基因增加,且多数基因属于多重耐药基因。 展开更多
关键词 宏基因组测序 牦牛犊牛 腹泻 肠道微生物 功能基因
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宏基因组测序技术在颌面部间隙感染细菌分布中的研究 被引量:3
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作者 陈怡恒 郑宏雨 +5 位作者 李紫璇 吴永超 牛志兴 彭彦惠 赵军方 孙强 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期475-481,共7页
目的对比分析宏基因组测序(mNGS)与常规细菌培养在检测颌面部间隙感染致病微生物方面的差异与一致性,为临床早期明确颌面部间隙感染致病菌提供新的检测方法。方法收集2020年3—6月就诊于郑州大学第一附属医院的16例口腔颌面部间隙感染... 目的对比分析宏基因组测序(mNGS)与常规细菌培养在检测颌面部间隙感染致病微生物方面的差异与一致性,为临床早期明确颌面部间隙感染致病菌提供新的检测方法。方法收集2020年3—6月就诊于郑州大学第一附属医院的16例口腔颌面部间隙感染患者的临床资料,分别使用mNGS及常规细菌培养方法对脓液进行检测,对两种方法的检验结果进行分析比较,包括检验周期、阳性检出率、厌氧菌、兼性厌氧菌及需氧菌检出率、病原菌分布、相对物种丰度、耐药基因。结果mNGS平均检验周期为(18.81±3.73)h,细菌培养的平均检验周期为(83.25±11.64)h,前者短于后者(P<0.05)。mNGS的阳性检出率100%(16/16),常规细菌培养的阳性检出率31.25%(5/16),前者高于后者(P<0.05)。mNGS厌氧菌检出率为93.75%(15/16),细菌培养厌氧菌检出率为0(0/16),前者高于后者(P<0.05);mNGS的兼性厌氧菌检出率为75.00%(12/16),细菌培养的兼性厌氧菌检出率为25.00%(4/16),前者高于后者(P<0.05);mNGS的需氧菌检出率为25.00%(4/16),细菌培养的需氧菌检出率为12.50%(1/16),前者高于后者(P>0.05)。在mNGS检测出的15种致病菌中,3种为革兰阳性菌,12种为革兰阴性菌;49种非致病菌中,16种为革兰阳性菌,32种为革兰阴性菌,1种为真菌。结论与常规细菌培养相比,mNGS具有检验时间短、灵敏度高、准确率高的特点,为临床上早期明确颌面间隙感染致病菌提供新的检测方法,并有利于该疾病的早期临床诊断与治疗。 展开更多
关键词 宏基因组测序 颌面间隙感染 病原微生物 下一代技术
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