宏基因组技术在开发极端环境未培养微生物中的应用 被引量：6

1

作者 朱允华 李俭 +2 位作者 方俊 田云 卢向阳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期52-58,共7页

人类对自然环境中约99%的微生物不能用传统的方法进行纯培养,对于极端环境中的微生物更是知之甚少。随着宏基因组技术的出现,人们可对这一庞大的未知世界进行多方面研究。目前研究者利用这一技术已经对地球上的多种极端生境进行了研究,... 人类对自然环境中约99%的微生物不能用传统的方法进行纯培养,对于极端环境中的微生物更是知之甚少。随着宏基因组技术的出现,人们可对这一庞大的未知世界进行多方面研究。目前研究者利用这一技术已经对地球上的多种极端生境进行了研究,并取得了很多新的成就。简要概述这一技术在极端环境未培养微生物研究中的应用。 展开更多

关键词 宏基因组技术 极端环境 未培养微生物

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宏基因组技术构建土壤宏基因组文库研究进展 被引量：4

2

作者 陈旭玉 周亚奎 郑服丛 《广东农业科学》 CAS CSCD 2008年第1期32-34,52,共4页

土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具。阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基... 土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具。阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基因组文库存在的问题。 展开更多

关键词 土壤 宏基因组技术 土壤宏基因组文库

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宏基因组技术及其在海洋微生物研究中的应用

3

作者 冯玮 石海英 徐伟 《生物学教学》 北大核心 2015年第5期3-5,共3页

宏基因组技术理论上能够覆盖了环境样品中包括的全部微生物,将它应用到海洋微生物研究可以更加全面真实地反映海洋微生物群落组成,同时大大拓展筛选新的基因或生物活性物质的来源。本文综述常规宏基因组学的研究方法,并重点介绍了目前... 宏基因组技术理论上能够覆盖了环境样品中包括的全部微生物,将它应用到海洋微生物研究可以更加全面真实地反映海洋微生物群落组成,同时大大拓展筛选新的基因或生物活性物质的来源。本文综述常规宏基因组学的研究方法,并重点介绍了目前国内外将宏基因组技术应用在海洋微生物研究中的进展和应用前景。 展开更多

关键词 宏基因组技术 微生物多样性 海洋活性物质

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宏基因组技术在新型生物燃料生产酶制剂开发中的应用 被引量：1

4

作者 安迎锋 王虹玲 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期1-8,共8页

随着石化燃料的日益减少,以植物生物质为原料的可再生生物燃料成为石化燃料的理想替代品。然而微生物降解生物质效率低下,是生物燃料生产过程中一大难题,因此开发效率高、稳定性强的微生物酶制剂显得尤为重要。近年来,宏基因组技术的发... 随着石化燃料的日益减少,以植物生物质为原料的可再生生物燃料成为石化燃料的理想替代品。然而微生物降解生物质效率低下,是生物燃料生产过程中一大难题,因此开发效率高、稳定性强的微生物酶制剂显得尤为重要。近年来,宏基因组技术的发展为生物燃料的生产提供了多种新型酶制剂。宏基因组技术是直接提取环境样品中的总DNA,通过构建文库,筛选目的基因或功能基因的方法,在用于燃料生产的新型酶制剂的开发中发挥着重要作用。本文概述了宏基因组技术的实施策略,总结了包括纤维素酶、蛋白酶、酯酶、脂肪酶等多种酶资源开发的最新研究进展,并综合和讨论了通过酶法将木质纤维素等生物材料有效转化为生物燃料的途径,为新酶的开发提供了新思路。 展开更多

关键词 宏基因组技术 生物燃料 酶 生物质降解

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宏基因组技术在生物医药领域的应用探讨 被引量：1

5

作者 胡敏 曲丽娜 +3 位作者 卞立红 任国领 张奕婷 王金龙 《绿色科技》 2020年第18期184-186,共3页

指出了宏基因组技术可以从环境中直接提取DNA,不需要实验室培养。宏基因组学相关技术的应用范围广泛,包括生物群落中的微生物多样性、新基因的发掘以及生物活性物质的研究。从宏基因组学的概念和技术出发,探讨了其在生物医药领域的应用... 指出了宏基因组技术可以从环境中直接提取DNA,不需要实验室培养。宏基因组学相关技术的应用范围广泛,包括生物群落中的微生物多样性、新基因的发掘以及生物活性物质的研究。从宏基因组学的概念和技术出发,探讨了其在生物医药领域的应用,主要包括药物开发、人体微生物群落的研究以及疾病的诊断和治疗等方面。 展开更多

关键词 宏基因组技术 生物医药 应用

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基于宏基因组学技术的天祝藏酒大曲微生物群落多样性及功能解析

6

作者 李亚萍 乔海军 +5 位作者 贾志龙 汪月 张忠明 刘琦 温得林 张卫兵 《轻工学报》 北大核心 2025年第2期31-40,共10页

为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放... 为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放线菌门和毛霉菌门,优势菌属包括糖多孢菌属、枝芽孢杆菌属、慢生芽胞杆菌属、横梗霉属、Desmospora、海洋芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、Syncephalastrum和链霉菌属。在KEGG二级水平上共注释到22条代谢通路,其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢功能较突出,且糖酵解/糖异生及甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢最旺盛;糖基转移酶和糖苷水解酶被CAZy数据库注释到的基因较多,分别占总基因数目的40.49%和39.09%。 展开更多

关键词 天祝藏酒大曲 宏基因组学技术 微生物群落 多样性 功能基因

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宏基因组学技术在反刍动物瘤胃微生物中的应用研究进展

7

作者 卢智奇 侯丽娥 +3 位作者 孙尚元 马聪 丁钰洁 张春刚 《中国奶牛》 2025年第6期8-11,共4页

随着反刍动物生产快速发展,国内外的科研人员对反刍动物营养和健康的研究更加深入。反刍动物瘤胃微生物菌群由细菌、真菌和原生动物组成,在生理、营养、病理以及宿主免疫等方面具有十分重要的作用。宏基因组学可以对微生物基因组进行直... 随着反刍动物生产快速发展,国内外的科研人员对反刍动物营养和健康的研究更加深入。反刍动物瘤胃微生物菌群由细菌、真菌和原生动物组成,在生理、营养、病理以及宿主免疫等方面具有十分重要的作用。宏基因组学可以对微生物基因组进行直接研究,其结合了基因组学、分子生物学和生物信息学,以揭示微生物群落的遗传组成和功能。本文主要阐述了宏基因组学的发展、研究方法及其在瘤胃微生物研究中的应用,旨在为宏基因组学在反刍动物中应用提供参考。 展开更多

关键词 反刍动物 瘤胃微生物 宏基因组学技术 研究方法

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基于宏基因组学技术不同地区蛋源表面微生物的比较 被引量：2

8

作者 李侠 温佳奇 +3 位作者 王秀娟 宋雨奇 代伟长 王玉华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第10期139-145,共7页

采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚... 采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);吉林地区的蛋源样品细菌组成为Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria,相对丰度分别为49.12%、31.93%和8.41%。安徽、北京和河北地区的蛋源表面细菌组成相似,Proteobacteria、Firmicutes和Proteobacteria,3个地区的优势菌门均为Proteobacteria,丰度均超过50%,分别为77.03%、57.93%和84.28%;不同地区样品微生物属水平也存在较大差异,吉林地区的蛋源样品中丰度较高的菌属为考克氏菌属(Kocuria)和短状杆菌属(Brachybacterium),丰度分别为10.1%和9.83%;安徽、北京和河北3个地区菌属分布较为相似,优势菌属均为不动杆菌属(Acinetobacter),且存在致病菌属,即安徽地区蛋源样品致病菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度为1.20%,北京地区蛋源样品致病菌属为Staphylococcus 3.53%和埃希氏菌志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)丰度为3.15%,河北地区蛋源样品致病菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)丰度为16.28%。可见不同地区蛋源表面主要微生物门水平和属水平都存在一定差异性,相对丰度差异更显著,北方地区与中部以南地区蛋源表面微生物差异明显(P<0.01),北方地区更适宜禽蛋生产,为保障液蛋制品的安全性,蛋制品企业应该根据蛋源表面微生物组成情况适当调整消毒处理方法,对液蛋制品加工行业有着重要意义。 展开更多

关键词 蛋源 高通量测序 宏基因组学技术 微生物多样性

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宏基因组二代测序技术诊断骨髓涂片阴性婴幼儿黑热病3例报告 被引量：2

9

作者 谢垒 王瑶 +4 位作者 马威 范晓蕾 孙娟 陈晓昕 王怀立 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期859-862,共4页

目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年... 目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年龄均<3岁。均有发热,骨髓涂片均阴性,外周血mNGS检测均提示利什曼原虫感染,且未见其他病原感染,经葡萄糖酸锑治疗后均治愈。结论骨髓涂片阴性的婴幼儿黑热病早期诊断困难。对于临床感染性疾病,尤其是常规检测无法确定病原的疑难危重的感染性疾病,mNGS能提供快速准确的病原学诊断支持,助力精准诊治。 展开更多

关键词 黑热病 骨髓涂片 病原 宏基因组二代测序技术 婴幼儿

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基于宏基因组学技术的八种中日酒曲微生物多样性对比分析 被引量：5

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作者 唐鳗秋 夏玙 +2 位作者 吴正云 周山大慶 张文学 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期233-239,共7页

采用宏基因组学技术对8种中日酒曲中微生物群落结构进行解析。研究表明,邛崃米曲MB和清香型小曲QX中主要有根霉属(Rhizopus);2种黄酒麦曲TH和FHC物种组成相对丰富,主要为糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和横梗霉属(Lichtheimia)等;4种日... 采用宏基因组学技术对8种中日酒曲中微生物群落结构进行解析。研究表明,邛崃米曲MB和清香型小曲QX中主要有根霉属(Rhizopus);2种黄酒麦曲TH和FHC物种组成相对丰富,主要为糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和横梗霉属(Lichtheimia)等;4种日本酒曲(NP_MS、NP_SJR、NP_SJW和NP_SY)均主要为曲霉属(Aspergillus,均>91%),其中主要为米曲霉(Aspergillus oryzae)、黄曲霉(Aspergillus flavus)、白曲霉(Aspergillus kawachii)和黑曲霉(Aspergillus niger)。8种中日酒曲理化指标检测结果显示,日本酒曲的平均糖化力、液化力和还原糖含量均高于中国酒曲,中国酒曲的平均发酵力略高于日本酒曲。8种中日酒曲理化指标与其微生物种群结构具有明显相关性。此外,根据8种中日酒曲KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能注释发现,中日酒曲内部微生物代谢活动均较为活跃,其中有关碳水化合物代谢和氨基酸代谢的相关基因表达量占比最高,且碳水化合物代谢在8种中日酒曲之间具有显著性差异。研究结果揭示了8种中日酒曲之间微生物种群结构的差异,为后续解析中日酒曲中微生物代谢机理,并筛选特定功能微生物,开发功能型强化酒曲提供了理论基础。 展开更多

关键词 中日酒曲 宏基因组学技术 微生物多样性 理化特性 KEGG功能注释

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基于宏基因组学技术的炎症性肠病小鼠的运动干预研究 被引量：4

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作者 胡双双 俞益 董静梅 《中国体育科技》 CSSCI 北大核心 2022年第2期89-95,共7页

目的:基于宏基因组学测序技术,建立小鼠炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)模型,探索运动对炎症性肠病小鼠的干预效果,分析适度运动对肠道微生物群落特征的影响。方法:22只无特异病原体(specific pathogen free,SPF)级雄性C57B... 目的:基于宏基因组学测序技术,建立小鼠炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)模型,探索运动对炎症性肠病小鼠的干预效果,分析适度运动对肠道微生物群落特征的影响。方法:22只无特异病原体(specific pathogen free,SPF)级雄性C57BL/6小鼠(4~6周龄)随机分为4组,5%的葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)诱导IBD造模。6周阶梯递增负荷的适度跑台运动后,以小鼠结肠的疾病活动性指数、肠道病理组织学、宿主免疫反应的表达和宏基因组学分析肠道微生物群落的特征性作为运动干预效果的指标体系。结果:1)H.E.染色显示,DSS给药扭曲了小鼠结肠腺体的形态,导致炎症细胞大量募集到粘膜下层。运动干预后,小鼠结肠上皮细胞的紧密连接得以部分恢复,疾病活动评分和组织学损伤评分显著降低。2)IBD造模与运动干预可引起小鼠肠道菌群的物种多样性和优势群落菌属的丰度变化,其中厚壁菌门(Phylum Firmicutes)、放线菌门(Phylum Actinobacteria)和疣微杆菌门(Phylum Verrucomicrobia)显著增加,但拟杆菌门(Phylum Bacteroidetes)具有特征性减少和运动逆转的趋势,可作为干预IBD肠道菌群的靶向干预群落。3)运动后在健康小鼠中,运动组血清IL-10、TNF-α、MPO的表达量均显著高于安静组;在炎症性肠病小鼠中,运动组IL-1β和IL-10的表达量均显著高于安静组。结论:1)适度跑台运动对小鼠炎性肠病引起的结肠上皮损伤具有良好的修复和转归作用;2)运动可引起炎性肠病的肠道微生物种属的多样性变化和优势群落的特征变化,具有特征性优势群落可作为炎性肠道疾病治疗靶向干预群落;3)适度运动可有效抑制炎症反应,其干预炎症肠病的机制可能与运动激活肠道的固有免疫相关。 展开更多

关键词 宏基因组学技术 运动 肠道微生物 炎症性肠病

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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析

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作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页

0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多

关键词 宏基因组二代测序技术 肾移植受者 混合感染

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宏基因组测序技术在入海排污口污水监测中的研究进展 被引量：5

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作者 傅松哲 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期903-912,共10页

陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗... 陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗生素抗性基因(ARGs)等。近年来,生物污染物的种类和排放量不断增多,其检测要求和难度亦越来越大,客观上要求研发一种涵盖以上所有生物污染物的检测技术。宏基因组测序技术可以检测特定环境下所有生物遗传物质的丰度变化,是污水监测的理想解决方案。本文阐述了宏基因组测序技术的发展历程,从污水中致病性细菌、病毒、有毒藻类和ARGs的丰度与动态变化角度,综述了宏基因组测序技术在入海排污口污水中生物污染物监测的应用进展,结合团队前期研究和工作实践,重点阐述了基于宏基因组测序技术的入海排污口污水风险评估工作流程,并针对目前研究中存在的问题,提出了基于绝对定量宏基因组测序技术和定量预测模型,实时预测相关疾病的疫情规模,从而构建污水监测预警体系,以期为保障公共卫生安全和海洋生态环境安全提供理论参考和技术支撑。 展开更多

关键词 入海排污口 宏基因组测序技术 污水监测 有害藻华 抗生素抗性基因(ARGs)

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宏基因组学技术在蔬菜发酵中的应用 被引量：1

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作者 张令 罗根 +2 位作者 杨岩 王泳俨 张美霞 《农产品加工》 2023年第8期71-75,80,共6页

发酵蔬菜历史悠久、风味独特,深受广大人民群众的喜爱。蔬菜发酵中微生物群落结构多样性及不同代谢途径对产品的风味、品质与安全具有重要的影响。目前,高通量测序技术以通量高、准确率强等优势逐渐成为蔬菜发酵微生物群落研究中的重要... 发酵蔬菜历史悠久、风味独特,深受广大人民群众的喜爱。蔬菜发酵中微生物群落结构多样性及不同代谢途径对产品的风味、品质与安全具有重要的影响。目前,高通量测序技术以通量高、准确率强等优势逐渐成为蔬菜发酵微生物群落研究中的重要工具。以高通量测序技术的宏基因组技术为起点,综述了宏组学技术对四川泡菜、东北酸菜和东北辣白菜不同腌制环境中微生物群落多样性、结构和潜在基因功能的研究进展,以及各地区微生物菌群与品质之间的相关性分析,为宏基因组学技术在蔬菜发酵行业中微生物的检测和产品品质的优化提供理论支撑。 展开更多

关键词 发酵蔬菜 高通量测序 宏基因组学技术 微生物群落

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基于宏基因组二代测序技术的儿童重症腺病毒7型肺炎20例病例系列报告 被引量：7

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作者 张甜 陈名武 +2 位作者 张晓光 朱昂昂 王倩文 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期130-134,共5页

目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重... 目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重症HAd V-7肺炎患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果20例患儿进入分析,男17例,发病年龄以0.5~2岁多见(60.0%);体温>39℃19例,总热程>10 d 16例,均有咳嗽,喘息15例。并发症:中毒性脑病1例,心力衰竭7例,呼吸衰竭5例,胸腔积液5例;入院时WBC计数为(8.6±4.3)×109·L-1,其中>10×109·L-1者6例,<4×109·L-1者2例;中性粒细胞百分比(55.9±13.1)%;CRP中位数10.9(5.6,23.7)mg·L-1,>30 mg·L-1者2例。病情加重时(如出现低氧血症或呼吸困难)WBC计数中位数为8.3(3.1,17.6)×109·L-1,>10×109·L-1者8例,<4×109·L-1者6例;中性粒细胞百分比(65.4±17.2)%,增高16例;CRP中位数为26.5(12.2,65.9)mg·L-1,>30 mg·L-1者8例。肺部CT提示双肺实变影和支气管充气征各17例。19例好转出院,1例死亡。HAd V-7 DNA检出序列中位数为1671.0(892.0,2467.8),覆盖度中位数为98.9(89.8,99.1)%。10例行血液mNGS检测的检出序列中位数为1152.0(347.8,1991.5),覆盖度中位数为98.8(81.6,99.1)%。10例行肺泡灌洗液mNGS检测的检出序列中位数和覆盖度分别为2033.5(1263.2,2901.8)和99.0(89.9,99.2)%;单一腺病毒检出13例(65.0%),混合病原体检出7例(35.0%)。结论血液及肺泡灌洗液病原菌mNGS技术可准确鉴定HAd V-7感染,当<2岁婴幼儿出现持续性高热、咳嗽、喘息,伴WBC升高或降低,分类以中性粒细胞为主,同时CRP增高,胸部CT有双肺实变影及支气管充气征时,应警惕HAd V-7感染引起的重症肺炎和并发症,尽早完善mNGS检查。 展开更多

关键词 重症肺炎 腺病毒7型 宏基因组二代测序技术 儿童

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基于宏基因组的储粮害虫嗜卷书虱共生微生物多样性及功能分析 被引量：1

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作者 张凯智 段义文 +5 位作者 郭自强 白春启 吕建华 白月亮 张蒙 曾芳芳 《中国粮油学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期46-52,共7页

孤雌生殖的嗜卷书虱Liposcelis bostrychophila是储粮生态系统中常见害虫的优势种群之一,其共生微生物影响着嗜卷书虱L.bostrychophila的生物学特性。本研究采用宏基因组测序技术和生物信息技术,对HBSJ品系6000头试虫菌群DNA样本进行了... 孤雌生殖的嗜卷书虱Liposcelis bostrychophila是储粮生态系统中常见害虫的优势种群之一,其共生微生物影响着嗜卷书虱L.bostrychophila的生物学特性。本研究采用宏基因组测序技术和生物信息技术,对HBSJ品系6000头试虫菌群DNA样本进行了测序,分析了嗜卷书虱L.bostrychophila共生微生物的多样性及功能。结果表明:共鉴定出10门51属146种;变形菌门和厚壁菌门为菌群的优势门,平均相对丰度分别为90.05%和9.21%;立克次氏体属和葡萄球菌属为菌群的优势属,平均相对丰度分别为88.99%和9.03%。猫立克次氏体和木糖葡萄球菌为菌群的优势种,平均相对丰度分别为70.51%和4.70%。嗜卷书虱L.bostrychophila成虫体内微生物参与的碳水化合物代谢通路和复制与修复通路的丰度最高,平均相对丰度分别为9.0%和6.8%,表明嗜卷书虱L.bostrychophila体内共生微生物在宿主取食后协助碳水化合物的代谢,以及参与宿主部分DNA的复制和损失修复。 展开更多

关键词 嗜卷书虱 微生物 功能注释 宏基因组技术 多样性

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基于宏基因组学的反刍动物瘤胃微生物研究进展 被引量：1

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作者 余国春 《畜禽业》 2023年第9期6-8,共3页

反刍动物瘤胃是最强的微生态系统之一,与宿主的生命活动密切相关。近年来,利用宏基因组学技术对反刍动物瘤胃微生物群落加以探索和挖掘,多维度地探讨了瘤胃微生物功能特征,以期更科学地进行饲养管理,促进牛羊养殖业的绿色可持续发展。... 反刍动物瘤胃是最强的微生态系统之一,与宿主的生命活动密切相关。近年来,利用宏基因组学技术对反刍动物瘤胃微生物群落加以探索和挖掘,多维度地探讨了瘤胃微生物功能特征,以期更科学地进行饲养管理,促进牛羊养殖业的绿色可持续发展。对宏基因组学的研究方法以及反刍动物瘤胃微生物组的影响因子进行综述,旨在优化瘤胃发酵系统,为提高反刍动物生产水平提供思路。 展开更多

关键词 反刍动物 宏基因组学技术 高通量测序 瘤胃微生物

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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量：15

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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页

水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多

关键词 环境DNA技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 eDNA数据库

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黄精对麦曲微生物群落结构及其功能基因的影响 被引量：1

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作者 张国泰 贺思桥 +5 位作者 蒙倩倩 芦润青 唐菁雯 向琴 耿敬章 田洪磊 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第3期56-64,共9页

目的:探究分别添加2.5%及5%质量分数的黄精对麦曲微生物群落结构及功能基因的影响,在此基础上为今后黄精麦曲的选择提供理论参考。方法:通过宏基因组学技术对黄精麦曲中的微生物组成及功能基因进行注释,使用主成分分析、堆叠柱状图及聚... 目的:探究分别添加2.5%及5%质量分数的黄精对麦曲微生物群落结构及功能基因的影响,在此基础上为今后黄精麦曲的选择提供理论参考。方法:通过宏基因组学技术对黄精麦曲中的微生物组成及功能基因进行注释,使用主成分分析、堆叠柱状图及聚类热图等方法分析黄精对麦曲的微生物群落结构及功能基因的影响。结果:添加质量分数为2.5%的黄精制作的麦曲(HJ100)物种丰富度及均匀度均高于质量分数为5%(HJ200)及未添加黄精的麦曲(PTMQ);三者在属、种水平上均存在差异,其中HJ100的优势属为Aspergillus、Paecilomyces、Rasamsonia、Limosilactobacillus、Rhizopus、Klebsiella、Pantoea及Puccinia;HJ200与PTMQ的优势属均为Asper-gillus、Paecilomyces及Rasamsonia;HJ100优势种为Paecilomyces varioti、Rasamsonia emersonii、Limosilactoba-cillus pontis、Pantoea agglomerans、Rhizopus microsporus及Puccinia striiformis,HJ200与PTMQ的优势种均为Paecilomyces varioti和Rasamsonia emersonii;与HJ200及PTMQ相比,HJ100所注释出的功能基因的相对丰度展现出更高的均匀性,同时又具有高丰度的与碳水化合物代谢、蛋白质和氨基酸代谢的功能基因,该基因与黄酒的品质直接相关;酿造实验表明HJ100酿造的黄酒在总糖和多糖含量等指标上均优于HJ200及PTMQ,可保障黄酒的功能性与品质,且HJ100具有与PTMQ及HJ200相同的发酵能力。结论:添加2.5%质量分数的黄精,能够提高麦曲物种丰富度及均匀度和品质,可用于今后的黄酒酿造。 展开更多

关键词 黄精 麦曲 宏基因组学技术 功能注释 微生物群落组成

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新型卤代醇脱卤酶基因的克隆、序列分析及表达 被引量：1

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作者 冯峰 胡蝶 +2 位作者 余涛 曾妍 邬敏辰 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期494-500,共7页

卤代醇脱卤酶可以催化合成具有光学纯的环氧化物及β-取代醇等高价值手性药物中间体。作者所在实验室利用宏基因组技术从无锡新区工业集中地污染土壤中筛选了一段编码基因Y,经测序知其片段包含有765 bp的核苷酸,编码254个氨基酸。经Blas... 卤代醇脱卤酶可以催化合成具有光学纯的环氧化物及β-取代醇等高价值手性药物中间体。作者所在实验室利用宏基因组技术从无锡新区工业集中地污染土壤中筛选了一段编码基因Y,经测序知其片段包含有765 bp的核苷酸,编码254个氨基酸。经Blast软件分析,其氨基酸序列与来自根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的卤代醇脱卤酶Hhe C同源性为81%,且含有卤代醇脱卤酶类的保守催化三联体Ser132-Thr145-Arg149。推测其属于卤代醇脱卤酶Hhe C类,命名为Sy Hhe C。根据大肠杆菌Escherichia coli BL21的密码子偏爱性,对基因Y进行密码子优化和人工合成,命名为Syhhe C,构建重组表达质粒p ET28a-Syhhe C,转化感受态E.coli BL21,表达产物经镍柱亲和层析后获得电泳纯的重组卤代醇脱卤酶re Sy Hhe C。SDS-PAGE分析,re Sy Hhe C的相对分子质量为34 000。以2-溴-1-(4-硝基苯基)-乙醇为底物,re Sy Hhe C催化底物产生2-(4-硝基苯基)环氧乙烷的比活性为5.2 U/mg。 展开更多

关键词 卤代醇脱卤酶 宏基因组技术 序列分析 密码子优化 表达

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