宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量：1

1

作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页

目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多

关键词 宏基因组二代测序 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究

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宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值 被引量：10

2

作者 姚黎明 姚晓伟 +3 位作者 董昭良 刘丰胜 王连波 贾晨光 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第3期292-296,共5页

目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关... 目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准,比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ^(2)=7.575,P=0.015;χ^(2)=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准,mNGS诊断髋/膝关节结核的敏感度[93.8%(15/16)]、阴性预测值[94.7%(18/19)]和Kappa值(0.942)均明显高于常规培养[分别为25.0%(4/16)、60.0%(18/30)和0.260]和MTB-DNA扩增检测[分别为50.0%(8/16)、69.2%(18/26)和0.515],但3种检测方法的特异度和阳性预测值均为100.0%。结论:mNGS技术可有效检出髋/膝关节感染性疾病病原菌,在关节结核诊断中具有更高的诊断效能,可提供重要临床指导。 展开更多

关键词 结核 骨关节 宏基因组二代测序 诊断技术和方法 对比研究

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二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用 被引量：9

3

作者 高阳 薛大伟 +1 位作者 钱前 高振宇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期208-214,共7页

二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包... 二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望。 展开更多

关键词 二代测序技术 水稻 基因组学 转录组学

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宏基因组二代测序技术诊断骨髓涂片阴性婴幼儿黑热病3例报告 被引量：2

4

作者 谢垒 王瑶 +4 位作者 马威 范晓蕾 孙娟 陈晓昕 王怀立 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期859-862,共4页

目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年... 目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年龄均<3岁。均有发热,骨髓涂片均阴性,外周血mNGS检测均提示利什曼原虫感染,且未见其他病原感染,经葡萄糖酸锑治疗后均治愈。结论骨髓涂片阴性的婴幼儿黑热病早期诊断困难。对于临床感染性疾病,尤其是常规检测无法确定病原的疑难危重的感染性疾病,mNGS能提供快速准确的病原学诊断支持,助力精准诊治。 展开更多

关键词 黑热病 骨髓涂片 病原 宏基因组二代测序技术 婴幼儿

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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析

5

作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页

0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多

关键词 宏基因组二代测序技术 肾移植受者 混合感染

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基于宏基因组二代测序技术的儿童重症腺病毒7型肺炎20例病例系列报告 被引量：7

6

作者 张甜 陈名武 +2 位作者 张晓光 朱昂昂 王倩文 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期130-134,共5页

目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重... 目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重症HAd V-7肺炎患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果20例患儿进入分析,男17例,发病年龄以0.5~2岁多见(60.0%);体温>39℃19例,总热程>10 d 16例,均有咳嗽,喘息15例。并发症:中毒性脑病1例,心力衰竭7例,呼吸衰竭5例,胸腔积液5例;入院时WBC计数为(8.6±4.3)×109·L-1,其中>10×109·L-1者6例,<4×109·L-1者2例;中性粒细胞百分比(55.9±13.1)%;CRP中位数10.9(5.6,23.7)mg·L-1,>30 mg·L-1者2例。病情加重时(如出现低氧血症或呼吸困难)WBC计数中位数为8.3(3.1,17.6)×109·L-1,>10×109·L-1者8例,<4×109·L-1者6例;中性粒细胞百分比(65.4±17.2)%,增高16例;CRP中位数为26.5(12.2,65.9)mg·L-1,>30 mg·L-1者8例。肺部CT提示双肺实变影和支气管充气征各17例。19例好转出院,1例死亡。HAd V-7 DNA检出序列中位数为1671.0(892.0,2467.8),覆盖度中位数为98.9(89.8,99.1)%。10例行血液mNGS检测的检出序列中位数为1152.0(347.8,1991.5),覆盖度中位数为98.8(81.6,99.1)%。10例行肺泡灌洗液mNGS检测的检出序列中位数和覆盖度分别为2033.5(1263.2,2901.8)和99.0(89.9,99.2)%;单一腺病毒检出13例(65.0%),混合病原体检出7例(35.0%)。结论血液及肺泡灌洗液病原菌mNGS技术可准确鉴定HAd V-7感染,当<2岁婴幼儿出现持续性高热、咳嗽、喘息,伴WBC升高或降低,分类以中性粒细胞为主,同时CRP增高,胸部CT有双肺实变影及支气管充气征时,应警惕HAd V-7感染引起的重症肺炎和并发症,尽早完善mNGS检查。 展开更多

关键词 重症肺炎 腺病毒7型 宏基因组二代测序技术 儿童

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宏基因组二代测序和GeneXpert MTB/RIF对结核病诊断价值的Meta分析 被引量：9

7

作者 王雅娟 曹新益 刘升明 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2022年第12期1327-1337,共11页

目的:通过Meta分析比较宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)和GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)对结核病的诊断效能。方法:系统检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of Science、中国知网(CNKI... 目的:通过Meta分析比较宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)和GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)对结核病的诊断效能。方法:系统检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of Science、中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、万方和维普数据库自建库至2022年7月5日公开发表的关于mNGS与Xpert对结核病诊断准确性的文献。根据预先制定的纳入与排除标准,由2名研究者独立进行文献筛选、数据提取、偏倚风险和适用性评价,并对两种技术的诊断效能进行统计分析。结果:最终纳入12篇文献共1344例患者资料。Meta分析结果显示,mNGS诊断结核病的合并敏感度、合并特异度、合并诊断比值比及AUC值分别为63.4%、99.8%、58.6和0.931,Xpert分别为50.3%、99.9%、23.8和0.860,两者并联诊断(mNGS+Xpert)分别为68.7%、99.8%、91.2和0.978。同时,mNGS对脑脊液组及其他肺外或多部位标本组的检测敏感度分别为64.6%和60.8%,Xpert分别为41.8%和50.8%。结论:mNGS和Xpert均具有结核病诊断应用价值,且mNGS和mNGS联合Xpert检测的总敏感度均高于Xpert,但三者特异度无差异。联合应用mNGS检测有望提高Xpert阴性但临床仍怀疑结核感染的病原检出率,尤其是肺外结核。 展开更多

关键词 结核 宏基因组二代测序 分子诊断技术 对比研究 META分析

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宏基因组学技术在水产动物病毒鉴定中的应用 被引量：2

8

作者 彭司华 江守文 +2 位作者 孙丹 吴智超 陈洁 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期229-237,共9页

近年来水产养殖生产中病毒性疾病的发生越来越严重,所以对水产动物病毒的深入研究成为水产研究者的一个重要课题。随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的快速下降,基于宏基因组学技术的水产动物病毒鉴定技术逐渐成为水产动物病... 近年来水产养殖生产中病毒性疾病的发生越来越严重,所以对水产动物病毒的深入研究成为水产研究者的一个重要课题。随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的快速下降,基于宏基因组学技术的水产动物病毒鉴定技术逐渐成为水产动物病毒鉴定的主要技术之一。本文总结了基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的主要方法,详细综述了鉴定技术的实现流程,评述了几种基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的优缺点,并对基于宏基因组学的水产动物病毒鉴定技术的未来发展方向进行了展望。 展开更多

关键词 水产动物病毒 宏基因组学 病毒鉴定 二代测序

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基于宏基因组学技术不同地区蛋源表面微生物的比较 被引量：2

9

作者 李侠 温佳奇 +3 位作者 王秀娟 宋雨奇 代伟长 王玉华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第10期139-145,共7页

采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚... 采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);吉林地区的蛋源样品细菌组成为Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria,相对丰度分别为49.12%、31.93%和8.41%。安徽、北京和河北地区的蛋源表面细菌组成相似,Proteobacteria、Firmicutes和Proteobacteria,3个地区的优势菌门均为Proteobacteria,丰度均超过50%,分别为77.03%、57.93%和84.28%;不同地区样品微生物属水平也存在较大差异,吉林地区的蛋源样品中丰度较高的菌属为考克氏菌属(Kocuria)和短状杆菌属(Brachybacterium),丰度分别为10.1%和9.83%;安徽、北京和河北3个地区菌属分布较为相似,优势菌属均为不动杆菌属(Acinetobacter),且存在致病菌属,即安徽地区蛋源样品致病菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度为1.20%,北京地区蛋源样品致病菌属为Staphylococcus 3.53%和埃希氏菌志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)丰度为3.15%,河北地区蛋源样品致病菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)丰度为16.28%。可见不同地区蛋源表面主要微生物门水平和属水平都存在一定差异性,相对丰度差异更显著,北方地区与中部以南地区蛋源表面微生物差异明显(P<0.01),北方地区更适宜禽蛋生产,为保障液蛋制品的安全性,蛋制品企业应该根据蛋源表面微生物组成情况适当调整消毒处理方法,对液蛋制品加工行业有着重要意义。 展开更多

关键词 蛋源 高通量测序 宏基因组学技术 微生物多样性

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基于宏基因组学的鸭源样本中坦布苏病毒检测方法的建立

10

作者 孙涛 王超 +3 位作者 邓明俊 郑小龙 王群 徐彪 《动物医学进展》 北大核心 2016年第4期24-29,共6页

利用二代高通量测序技术建立检测鸭源样品中坦布苏病毒的方法。首先将样品过滤和经核酸酶处理,再利用等温链位移扩增(SPIA)技术快速制备样品总cDNA,最后经磁珠纯化和文库构建后,通过Ion Torrent进行高通量测序获得基因组信息。结果显示... 利用二代高通量测序技术建立检测鸭源样品中坦布苏病毒的方法。首先将样品过滤和经核酸酶处理,再利用等温链位移扩增(SPIA)技术快速制备样品总cDNA,最后经磁珠纯化和文库构建后,通过Ion Torrent进行高通量测序获得基因组信息。结果显示,通过SPIA扩增和核酸文库制备的优化,可从微量病原样本中获得327pmol/μL的核酸文库样本。Ion Torrent测序共获得1 725 436条reads,约6.2M数据,平均109bp。数据拼接并Blast发现,病原样品的核酸序列可注释鸭坦布苏病毒全部基因组数据,与首次发生在我国的鸭坦布苏病毒BYD-1株参考序列的同源性为100%。将所测病毒序列与其他5种黄病毒科成员进行同源性比对,发现与近3年发生在我国的鸭坦布苏病毒同源性最高,在98%以上。且NS基因进化树分析与鸭坦布苏病毒处于同一分支上,符合鸭坦布苏病毒特征。本研究建立的基于未知病原SPIA扩增结合高通量测序检测方法,可同步获知坦布苏病毒基因的核酸信息。 展开更多

关键词 宏基因组学 鸭坦布苏病毒 二代测序

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宏基因组学技术分析山羊瘤胃病毒的多样性 被引量：1

11

作者 吴祎程 冉涛 +1 位作者 周传社 谭支良 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2932-2941,共10页

反刍家畜瘤胃内微生物丰富多样,病毒(主要是噬菌体)亦是其重要组成部分。瘤胃内所有的病毒可统称为瘤胃病毒组(ruminal virome),可以利用宏基因组学(metagenomics)技术进行研究。解析山羊瘤胃病毒组的组分及功能有望更全面地了解其在瘤... 反刍家畜瘤胃内微生物丰富多样,病毒(主要是噬菌体)亦是其重要组成部分。瘤胃内所有的病毒可统称为瘤胃病毒组(ruminal virome),可以利用宏基因组学(metagenomics)技术进行研究。解析山羊瘤胃病毒组的组分及功能有望更全面地了解其在瘤胃微生态区系中的地位和作用。为使测序结果能覆盖瘤胃中绝大部分病毒群落,不仅在样品的预处理阶段要尽量避免病毒样颗粒的损失,而且要保证瘤胃病毒组总DNA的提取质量和产量均满足宏基因组测序的要求。本研究比较了制备瘤胃液病毒组分的4种流程:(P1)离心+稀释、(P2)离心+稀释+过滤、(P3)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀、(P4)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀+氯仿处理。提取核酸后采用Illumina Novaseq 6000平台对瘤胃病毒基因组DNA进行测序,并对病毒群体结构进行分析比较,以筛选出瘤胃病毒组样品制备的最优流程。结果表明,聚乙二醇沉淀有助于病毒核酸提取,而氯仿处理过度影响病毒组分产量;山羊瘤胃内病毒群落主要是尾状病毒目的长尾病毒科、肌尾病毒科和短尾病毒科噬菌体。研究结果为深入分析噬菌体在山羊瘤胃微生态区系中的作用奠定了基础。 展开更多

关键词 瘤胃病毒 病毒宏基因组学 高通量测序技术 DNA提取 多样性

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宏基因组学技术在蔬菜发酵中的应用 被引量：1

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作者 张令 罗根 +2 位作者 杨岩 王泳俨 张美霞 《农产品加工》 2023年第8期71-75,80,共6页

发酵蔬菜历史悠久、风味独特,深受广大人民群众的喜爱。蔬菜发酵中微生物群落结构多样性及不同代谢途径对产品的风味、品质与安全具有重要的影响。目前,高通量测序技术以通量高、准确率强等优势逐渐成为蔬菜发酵微生物群落研究中的重要... 发酵蔬菜历史悠久、风味独特,深受广大人民群众的喜爱。蔬菜发酵中微生物群落结构多样性及不同代谢途径对产品的风味、品质与安全具有重要的影响。目前,高通量测序技术以通量高、准确率强等优势逐渐成为蔬菜发酵微生物群落研究中的重要工具。以高通量测序技术的宏基因组技术为起点,综述了宏组学技术对四川泡菜、东北酸菜和东北辣白菜不同腌制环境中微生物群落多样性、结构和潜在基因功能的研究进展,以及各地区微生物菌群与品质之间的相关性分析,为宏基因组学技术在蔬菜发酵行业中微生物的检测和产品品质的优化提供理论支撑。 展开更多

关键词 发酵蔬菜 高通量测序 宏基因组学技术 微生物群落

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土壤宏基因组学研究方法与进展 被引量：46

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作者 贺纪正 袁超磊 +1 位作者 沈菊培 张丽梅 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期155-164,共10页

土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生... 土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生的海量数据的分析处理方法,并简要探讨了宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用。最后,作者建议在国家层面上展开相关土壤宏基因组学研究,调查微生物群落及其变化,为生物资源开发、农业生产和环境保护作出应有的贡献。 展开更多

关键词 宏基因组学 研究方法 第二代测序平台 微生物生态学 土壤环境

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海洋宏基因组学研究进展 被引量：2

14

作者 王晓辉 张庆芳 +3 位作者 迟乃玉 曹海龙 赵勇 杜昱光 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期32-35,共4页

宏基因组学作为研究微生物种群生态分布、群体遗传特征和基因相互作用的新兴学科,在未培养微生物资源的开发利用上取得了突破性进展,已成为海洋等极端环境中分离与鉴定新型工业酶制剂的有效工具。综述海洋宏基因组学研究进展,以及宏基... 宏基因组学作为研究微生物种群生态分布、群体遗传特征和基因相互作用的新兴学科,在未培养微生物资源的开发利用上取得了突破性进展,已成为海洋等极端环境中分离与鉴定新型工业酶制剂的有效工具。综述海洋宏基因组学研究进展,以及宏基因组学领域中如新一代测序技术等,以期为从海洋环境中开发具有工业潜力和应用价值的新型生物催化剂提供参考。 展开更多

关键词 宏基因组学 文库筛选 新一代测序技术 海洋

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基于宏基因组学技术对桑树拟干枯病病原菌分离鉴定的初步研究进展

15

作者 刘吉平 《蚕学通讯》 2020年第2期62-62,共1页

桑树拟干枯病 (Fusarium sp.) 为一种桑树真菌性病害,多在桑树的主茎和枝条部位感染发病。近年来,桑树拟干枯病在山东、安徽、湖北等地蚕区多有危害发生的报道,严重影响桑树的产量和品质,但至今对该病病原菌的分类鉴定仍是空白。因此开... 桑树拟干枯病 (Fusarium sp.) 为一种桑树真菌性病害,多在桑树的主茎和枝条部位感染发病。近年来,桑树拟干枯病在山东、安徽、湖北等地蚕区多有危害发生的报道,严重影响桑树的产量和品质,但至今对该病病原菌的分类鉴定仍是空白。因此开展对桑树拟干枯病病原菌的分离鉴定并建立快速的检测方法,对防控桑树拟干枯病显得尤为重要。对由国家蚕桑产业技术体系武汉综合试验站吴洪丽研究员收集提供的桑树拟干枯病病样,进行实验室病原初步处理、培养基分离、回感检测、病症观察基础上,结合现代宏基因组学测序分析方法,对初步分离的桑树拟干枯病病原菌进行了组学水平的病原鉴定初步研究,以期为桑树各类真菌病害的病原鉴别、检测和防控提供技术支撑。 展开更多

关键词 干枯病 宏基因组学 测序分析 病原鉴定 产业技术体系 病原菌分离鉴定 真菌性病害 真菌病害

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土壤宏基因组学研究方法与应用 被引量：4

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作者 潘彦羽 王道胜 +2 位作者 代嫣然 王飞华 梁威 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第S2期209-213,共5页

宏基因组学是一门研究环境中全部遗传物质的学科,它为研究未培养微生物、寻找新功能基因和开发新活性物质提供了重要手段,其技术流程包括DNA的提取、宏基因组文库的构建和筛选。该文综述了土壤宏基因组研究基本流程,介绍了第二代测序平... 宏基因组学是一门研究环境中全部遗传物质的学科,它为研究未培养微生物、寻找新功能基因和开发新活性物质提供了重要手段,其技术流程包括DNA的提取、宏基因组文库的构建和筛选。该文综述了土壤宏基因组研究基本流程,介绍了第二代测序平台及基因芯片技术在土壤宏基因组研究中的应用,并对其研究应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 宏基因组学 第二代测序 基因芯片 土壤微生物 展望

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单细胞基因组学分析的技术前沿 被引量：7

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作者 潘星华 朱海英 MARJANI Sadie L. 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期17-24,共8页

基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术... 基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。 展开更多

关键词 单细胞基因组测序 第二代测序技术 功能基因组学 转录组分析 染色质免疫共沉淀 CpG甲基化图谱

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基于宏基因组学的反刍动物瘤胃微生物研究进展 被引量：1

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作者 余国春 《畜禽业》 2023年第9期6-8,共3页

反刍动物瘤胃是最强的微生态系统之一,与宿主的生命活动密切相关。近年来,利用宏基因组学技术对反刍动物瘤胃微生物群落加以探索和挖掘,多维度地探讨了瘤胃微生物功能特征,以期更科学地进行饲养管理,促进牛羊养殖业的绿色可持续发展。... 反刍动物瘤胃是最强的微生态系统之一,与宿主的生命活动密切相关。近年来,利用宏基因组学技术对反刍动物瘤胃微生物群落加以探索和挖掘,多维度地探讨了瘤胃微生物功能特征,以期更科学地进行饲养管理,促进牛羊养殖业的绿色可持续发展。对宏基因组学的研究方法以及反刍动物瘤胃微生物组的影响因子进行综述,旨在优化瘤胃发酵系统,为提高反刍动物生产水平提供思路。 展开更多

关键词 反刍动物 宏基因组学技术 高通量测序 瘤胃微生物

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DNA测序技术及其应用研究进展 被引量：17

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作者 刘朋虎 林冬梅 +1 位作者 林占熺 李晶 《福建农业学报》 CAS 2012年第10期1130-1133,共4页

本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大... 本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大规模测序的需要。第二代测序技术以高通量、低成本为主要特点,主要包括Illumina公司的Solexa测序技术、罗氏公司的454测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术,目前已广泛应用于生命科学研究的各个领域。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已经初见端倪,但是还没有被大规模广泛应用。 展开更多

关键词 DNA测序技术 第二代测序技术 第三代测序技术 高通量 基因组学

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人体口腔微生物宏基因组的研究进展 被引量：14

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作者 邓盟(综述) 齐霞(综述) +1 位作者 徐欣(审校) 周学东(审校) 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期107-111,共5页

人体生态环境中共生着数量庞大的微生物群落,被誉为人体第二基因组。口腔微生物与口腔及全身的健康和疾病有着密切的联系,新一代高通量基因芯片和第二代测序技术的涌现让人们对口腔微生物有了更全面的了解。本文就微生物宏基因组研究技... 人体生态环境中共生着数量庞大的微生物群落,被誉为人体第二基因组。口腔微生物与口腔及全身的健康和疾病有着密切的联系,新一代高通量基因芯片和第二代测序技术的涌现让人们对口腔微生物有了更全面的了解。本文就微生物宏基因组研究技术、口腔微生物宏基因组及其与口腔和全身疾病防治的最新进展进行综述。 展开更多

关键词 口腔微生物组 基因芯片 第二代测序 宏基因组

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