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基于宏基因组学技术的天祝藏酒大曲微生物群落多样性及功能解析
1
作者 李亚萍 乔海军 +5 位作者 贾志龙 汪月 张忠明 刘琦 温得林 张卫兵 《轻工学报》 北大核心 2025年第2期31-40,共10页
为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放... 为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放线菌门和毛霉菌门,优势菌属包括糖多孢菌属、枝芽孢杆菌属、慢生芽胞杆菌属、横梗霉属、Desmospora、海洋芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、Syncephalastrum和链霉菌属。在KEGG二级水平上共注释到22条代谢通路,其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢功能较突出,且糖酵解/糖异生及甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢最旺盛;糖基转移酶和糖苷水解酶被CAZy数据库注释到的基因较多,分别占总基因数目的40.49%和39.09%。 展开更多
关键词 天祝藏酒大曲 宏基因组学技术 微生物群落 多样性 功能基因
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基于宏基因组学分析不同发酵时期新疆沙棘酵素微生物群落结构及功能
2
作者 范蕊 王文文 +4 位作者 魏琳娜 王腾斌 魏思佳 刘锦蓉 李芳 《食品工业科技》 北大核心 2025年第8期173-181,共9页
目的:采用宏基因组学分析技术,对新疆沙棘酵素自然发酵过程中不同时期的微生物群落结构及功能变化进行探究。方法:对沙棘酵素发酵10、20、30、40、50、60 d的样品进行基因组DNA提取、PCR产物扩增及纯化、Illumina PE文库构建及宏基因组... 目的:采用宏基因组学分析技术,对新疆沙棘酵素自然发酵过程中不同时期的微生物群落结构及功能变化进行探究。方法:对沙棘酵素发酵10、20、30、40、50、60 d的样品进行基因组DNA提取、PCR产物扩增及纯化、Illumina PE文库构建及宏基因组测序等程序,分析沙棘酵素发酵过程中微生物群落结构,通过与京都基因与基因组百科全书(KEGG)、直系同源蛋白分组(EggNOG)、碳水化合物活性酶(CAZy)数据库3个数据库比对,进行功能基因注释及差异分析。结果:沙棘酵素不同发酵时期微生物丰富多样,共鉴定出48个门、106个纲、222个目、438个科、881个属和1561个种的微生物。发酵前期的优势菌是乳杆菌属(Lactobacillus sp.,33.03%)、库德里阿兹威氏毕赤酵母(Pichia kudriavzevii,89.06%);发酵中期的优势菌是日本葡糖杆菌(Gluconobacter japonicus,40.3%)、库德里阿兹威氏毕赤酵母(Pichia kudriavzevii,71.12%);发酵后期的优势菌是日本葡糖杆菌(Gluconobacter japonicus,35.71%)、近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis,66.01%)。发酵前期被注释最多的代谢途径是碳水化合物代谢、氨基酸代谢;参与能量形成与转换的有1628个基因,参与氨基酸代谢的共2654个基因,参与碳水化合物转运与代谢的共2275个基因;发酵中期被注释最多的代谢途径是辅酶因子及维生素代谢,参与翻译、核糖体结构及合成的共2629个基因,参与翻译后修饰、蛋白质翻转的有1692个基因。糖基转移酶、糖苷水解酶是沙棘酵素整个发酵周期中的主要酶。结论:本文阐明了沙棘酵素不同发酵时期样品微生物群落结构及功能差异,为后续全面研究其微生物群落的生态组成和动态变化提供科学依据。 展开更多
关键词 沙棘 宏基因组学 微生物 群落结构 功能分析
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四川省甘孜州牦牛4种腹泻病原调查及病毒宏基因组学检测
3
作者 李劲 肖晨冬 +7 位作者 吴建平 杨怀珍 计慧姝 罗勇 扎西泽仁 奉奇 蓝岚 潘瑶 《中国动物检疫》 2025年第3期21-26,共6页
为调查四川省甘孜藏族自治州(简称“甘孜州”)引起犊牦牛腹泻的主要病原及病毒组成,采集216份腹泻犊牦牛粪便样品,利用实时荧光定量PCR方法对牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、贾第虫和隐孢子虫进行了检测,并利用宏基因组学... 为调查四川省甘孜藏族自治州(简称“甘孜州”)引起犊牦牛腹泻的主要病原及病毒组成,采集216份腹泻犊牦牛粪便样品,利用实时荧光定量PCR方法对牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、贾第虫和隐孢子虫进行了检测,并利用宏基因组学技术对腹泻牦牛粪便样品进行了病毒测序分析。结果显示:216份腹泻牦牛粪便样品的个体病原阳性率为52.78%,其中BVDV、BCoV、贾第虫和隐孢子虫个体病原阳性率分别为23.61%、6.02%、17.59%、15.74%,不同采样区县检出的病原种类不同;混合感染率为15.79%,其中双重、三重感染率分别为10.53%、5.26%;在粪便样品中检出15种病毒,其中与牦牛腹泻相关的病毒有BVDV、BCoV、牛疱疹病毒4型、牛嵴病毒、牛轮状病毒、牛星状病毒。结果说明:BVDV、BCoV、贾第虫和隐孢子虫是导致甘孜州牦牛腹泻的重要病原,且存在混合感染情况。此外,牛疱疹病毒4型、牛轮状病毒、牛星状病毒和牛嵴病毒也流行于甘孜州腹泻牦牛群中。建议持续对牦牛腹泻开展流行病学调查,并采取相应的防控措施。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 牛冠状病毒 贾第虫 隐孢子虫 病毒宏基因组学
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基于宏基因组学的中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成分析 被引量：5
4
作者 张旭 周丽 +7 位作者 蔡敏 崔娜欣 庞思 邹国燕 赵志勇 袁泉 黄伟伟 张亚雷 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第4期112-124,共13页
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成,于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标,同时... 养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成,于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标,同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征,并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示,该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为p H、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中,6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微生物群落丰富度处于较高水平,优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota),而在属水平上,丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异,如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified_o_Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等,不同月份的功能组成存在显著差异,尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月,而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致,叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子,溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中,丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据,并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。 展开更多
关键词 养殖塘 中华绒螯蟹 宏基因组学 微生物群落 功能 环境因子
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基于宏基因组学技术解析工业发酵蔬菜中亚硝酸盐形成及降解机理 被引量：1
5
作者 伍亚龙 杨姗 +6 位作者 陈功 张其圣 汪冬冬 唐垚 史梅莓 吕鹏军 王勇 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第21期60-67,共8页
蔬菜发酵过程中亚硝酸盐形成及降解机制对于控制亚硝酸盐含量,保证发酵蔬菜食用安全性至关重要。该研究利用宏基因组学方法分析了4种工业发酵蔬菜中的微生物群落分布以及功能基因。物种注释结果表明,发酵蔬菜以乳杆菌属(Lactobacillus)... 蔬菜发酵过程中亚硝酸盐形成及降解机制对于控制亚硝酸盐含量,保证发酵蔬菜食用安全性至关重要。该研究利用宏基因组学方法分析了4种工业发酵蔬菜中的微生物群落分布以及功能基因。物种注释结果表明,发酵蔬菜以乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)为优势细菌属,以德巴利酵母属(Debaryomyces)、苏吉雅玛酵母属(Sugiyamaella)、毕赤酵母属(Pichia)和舍弗氏酵母属(Scheffersomyces)为优势真菌属。功能基因分析表明,4种工业发酵蔬菜中亚硝酸盐代谢途径包括反硝化作用、异化硝酸盐还原作用和同化硝酸盐还原作用,硝酸盐还原酶、硝基单加氧酶、亚硝酸盐还原酶、一氧化氮还原酶[细胞色素c]、一氧化二氮还原酶、亚硝酸盐还原酶[NADH]、铁氧还蛋白亚硝酸盐还原酶和亚硝酸盐还原酶[NAD(P)H]是亚硝酸盐代谢过程中起主导作用的酶。微生物与功能基因关联分析表明,费斯莫尔德乳杆菌(Lactobacillus versmoldensis)、咸海鲜盐单胞菌(Halomonas jeotgali)、橙色盐单胞菌(Halomonas lutea)、反硝化盐单胞菌(Halomonas halodenitrificans)、盐反硝化枝芽孢杆菌(Virgibacillus halodenitrificans)等细菌以及米曲霉(Aspergillus oryzae)、尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)等真菌可能参与反硝化作用、异化硝酸盐还原作用,细菌解淀粉嗜盐碱球菌(Natronococcus amylolyticus)和真菌汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、食腺嘌呤芽生葡萄孢酵母(Blastobotrys adeninivoran)可能参与同化硝酸盐还原作用,从而促进发酵蔬菜中亚硝酸盐的形成与降解。该研究为探究蔬菜自然发酵过程中亚硝酸盐代谢途径、功能基因以及关联微生物信息提供了新的思路,为发酵蔬菜亚硝酸盐调控提供理论依据。 展开更多
关键词 发酵蔬菜 亚硝酸盐 宏基因组学 微生物 功能基因
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宏基因组学检测技术在土壤微生物群落物种及功能多样性研究中的应用
6
作者 栗卢瑞 文俊明 +5 位作者 林波 杨吉勇 张斌 郝兴安 安航 杨照 《植物医学》 2024年第5期1-7,共7页
宏基因组学作为一种前沿检测技术,通过高通量测序直接从环境样本中提取DNA,无需培养即可获得微生物群落的全基因组信息.常用的宏基因组测序平台包括Illumina和PacBio,关键的数据分析方法有QIIME和MEGAN,可用于处理和分析大量微生物数据... 宏基因组学作为一种前沿检测技术,通过高通量测序直接从环境样本中提取DNA,无需培养即可获得微生物群落的全基因组信息.常用的宏基因组测序平台包括Illumina和PacBio,关键的数据分析方法有QIIME和MEGAN,可用于处理和分析大量微生物数据.宏基因组测序技术在微生物群落物种多样性研究中,采用16S rRNA基因测序,并基于Shannon指数和Simpson指数进行多样性分析;在功能基因研究中,通过使用KEGG和COG数据库进行基因注释,并借助PICRUSt等工具进行功能预测和代谢途径分析.宏基因组学检测技术为深入解析土壤微生物群落结构及其生态功能提供了有力支持,并在揭示土壤微生物与环境因子的互作机制方面取得了重要进展. 展开更多
关键词 宏基因组学 土壤 微生物
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大庆地区犊牛肠道病毒种群的宏基因组学分析
7
作者 陈天杰 李玉铎 +2 位作者 周华亮 肇慧君 赵建军 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5162-5173,共12页
【目的】了解大庆地区奶牛群体犊牛肠道病毒的种群组成及遗传变异情况,为犊牛腹泻病毒性病原的检测与防控技术研究提供理论依据。【方法】于大庆周边奶牛场,采集155份犊牛粪便样品,随机分为6个腹泻样品池和3个临床无腹泻症状样品池。提... 【目的】了解大庆地区奶牛群体犊牛肠道病毒的种群组成及遗传变异情况,为犊牛腹泻病毒性病原的检测与防控技术研究提供理论依据。【方法】于大庆周边奶牛场,采集155份犊牛粪便样品,随机分为6个腹泻样品池和3个临床无腹泻症状样品池。提取总核酸,基于Illumina测序平台进行高通量测序,利用SPAdes和SOAPdenovo进行序列拼接和组装,根据获得的序列分析病毒种群组成和遗传变异情况。【结果】成功注释到21个病毒科的6517147条病毒相关序列,除噬菌体外,冠状病毒科丰度最高,小RNA病毒科次之。将腹泻样本的注释结果与临床无腹泻样本进行比较发现,无腹泻样本中的病毒种群多样性明显高于腹泻样本,细小病毒科、小RNA病毒科及呼肠孤病毒科在腹泻样本中的相对丰度高于无腹泻样本。本研究还注释到牛环曲病毒(BToV)、牛嵴病毒(BKV)和牛诺如病毒(BNoV)等多种新发犊牛腹泻病毒序列,且首次在黑龙江地区犊牛粪便中注释到牛纽布病毒(BNeV)。对组装到的牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)和牛星状病毒(BoAstV)基因组进行遗传进化分析,结果表明,BRV流行基因型为G6、G10、P[5]和P[11];组装到的1条BCoV全长基因组与中国流行毒株Coronavirus/Bo/BCoV6/2021/CHN亲缘关系最近;组装到的5条BoAstV均聚集在肠道组织嗜性毒株分支。【结论】大庆地区犊牛肠道病毒种群中冠状病毒科丰度最高,腹泻组样本病毒种群多样性低于无腹泻组。粪便样本中注释到BToV、BKV和BNoV等多种致犊牛腹泻的病毒,首次在黑龙江犊牛粪便中注释到BNeV,分析了当地流行BRV、BCoV和BoAstV遗传进化特点,为当地犊牛腹泻病毒性病原检测提供理论依据。 展开更多
关键词 犊牛肠道病毒 病毒宏基因组学 高通量测序
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不同日龄非洲鸵鸟空肠微生物宏基因组学检测
8
作者 毕晋石 《中南农业科技》 2024年第7期66-70,79,共6页
采用宏基因组学技术对7日龄组、30日龄组、60日龄组和180日龄组非洲鸵鸟(Struthio camelus)空肠中的微生物进行测序和分析,共获得1 211 981个优化序列以及定义了13 830个OTU,平均每个样本获得154个OTU。结果显示,7日龄组和60日龄组肠道... 采用宏基因组学技术对7日龄组、30日龄组、60日龄组和180日龄组非洲鸵鸟(Struthio camelus)空肠中的微生物进行测序和分析,共获得1 211 981个优化序列以及定义了13 830个OTU,平均每个样本获得154个OTU。结果显示,7日龄组和60日龄组肠道微生物丰富度较高,且组成较相似,30日龄组和180日龄组肠道微生物丰富度较低,菌群组成也与其他日龄有较大差异;门水平上,变形菌门(Proteobacteria)是各日龄空肠微生物中的优势菌门,厚壁菌门(Firmicutes)为第二优势菌门,且随着年龄增长变形菌门的相对丰度呈上升趋势,而厚壁菌门相对丰度呈下降趋势;属水平上,7日龄、30日龄、60日龄和180日龄时的优势菌属分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、大肠埃希氏菌-志贺菌属(EscherichiaShigella)、不动杆菌属和假单胞菌属(Pseudomonas);功能预测结果显示,7日龄和30日龄肠道微生物的功能基因在代谢疾病及细菌性疾病等方面的富集程度显著高于60日龄,整体上各日龄微生物的功能基因均在代谢相关的途径上有较高的富集程度。综上可知,在非洲鸵鸟发育的不同阶段,其空肠中微生物的组成结构及功能均存在差异。 展开更多
关键词 非洲鸵鸟(Struthio camelus) 空肠 肠道微生物 宏基因组学 日龄 检测
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宏基因组学技术分析传统食醋发酵过程微生物多样性 被引量：61
9
作者 聂志强 韩玥 +2 位作者 郑宇 申雁冰 王敏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第15期198-203,共6页
传统食醋具有悠久的历史,生产工艺独特,酿造过程中复杂的微生物群落及其代谢产物赋予了传统食醋独特的风味。采用宏基因组学技术对天津独流老醋醋酸发酵过程中细菌群落组成及其多样性进行分析。结果表明:在醋酸发酵前期细菌具有较高的... 传统食醋具有悠久的历史,生产工艺独特,酿造过程中复杂的微生物群落及其代谢产物赋予了传统食醋独特的风味。采用宏基因组学技术对天津独流老醋醋酸发酵过程中细菌群落组成及其多样性进行分析。结果表明:在醋酸发酵前期细菌具有较高的多样性,主成分分析表明与醋酸发酵过程相关的细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)和念珠藻属(Nostoc)。随着醋酸发酵的进行,醋酸菌的含量呈增加趋势,乳酸菌的丰度降低,在整个醋酸发酵过程中乳酸菌的丰度远远高于其他细菌,说明乳酸菌可能对食醋的风味形成具有重要作用。 展开更多
关键词 传统食醋 宏基因组学 微生物多样性 醋酸发酵 醋酸菌 乳酸菌
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土壤宏基因组学研究方法与进展 被引量：45
10
作者 贺纪正 袁超磊 +1 位作者 沈菊培 张丽梅 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期155-164,共10页
土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生... 土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生的海量数据的分析处理方法,并简要探讨了宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用。最后,作者建议在国家层面上展开相关土壤宏基因组学研究,调查微生物群落及其变化,为生物资源开发、农业生产和环境保护作出应有的贡献。 展开更多
关键词 宏基因组学 研究方法 第二代测序平台 微生物生态学 土壤环境
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宏基因组学在食品科学领域的应用研究进展 被引量：11
11
作者 张维潇 李键 +1 位作者 骞宇 索化夷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第5期309-314,共6页
宏基因组学是一种免培养,能够直接从环境中提取全部微生物基因组DNA,通过构建宏基因组文库并适当筛选,得到目的基因及生物活化物质的新型研究方法,它可以最大限度地挖掘微生物资源,现在愈渐成为微生物研究和开发最重要的课题之一。本文... 宏基因组学是一种免培养,能够直接从环境中提取全部微生物基因组DNA,通过构建宏基因组文库并适当筛选,得到目的基因及生物活化物质的新型研究方法,它可以最大限度地挖掘微生物资源,现在愈渐成为微生物研究和开发最重要的课题之一。本文综述了宏基因组学的研究方法及其近几年来在食品科学领域的应用,着重介绍其在酶制剂开发、食品安全卫生、食品发酵群落、生态演化,食品营养和发现新型物质等领域的应用。同时探讨宏基因组学在食品科学领域未来的应用前景。 展开更多
关键词 宏基因组学 食品科学 研究进展
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病毒宏基因组学的研究现状及应用 被引量：30
12
作者 何彪 涂长春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1865-1870,共6页
病毒宏基因组学(Metagenomics)是一种新兴的病毒组学研究技术,它突破了传统技术方法的局限,而直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,可以快速地鉴定出环境中所有的病毒组成,从而是一种发现新病毒,监控病毒变异的分子流行病毒学研... 病毒宏基因组学(Metagenomics)是一种新兴的病毒组学研究技术,它突破了传统技术方法的局限,而直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,可以快速地鉴定出环境中所有的病毒组成,从而是一种发现新病毒,监控病毒变异的分子流行病毒学研究的有力手段。在短短的几年里,人们用这种方法发现了很多有意义的病毒,并扩大了很多病毒的宿主范围,增强了人们对环境中包括各种媒介生物的病毒组成的了解,研究领域涉及到人类肠道、动物组织、血液、水体等,充分显示出其在病毒发现、病原溯源、微生物预警等方面的实用意义。笔者在本文中简要介绍了病毒宏基因组学的进展及应用前景。 展开更多
关键词 高通量测序 病毒宏基因组学 病毒组 新病毒发现
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宏基因组学及其应用前景 被引量：8
13
作者 斯日古楞 特木仑 +2 位作者 明亮 伊丽 吉日木图 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第3期115-118,共4页
宏基因组学是不依赖人为培养技术,研究环境中全部微小生物遗传物质的总和,在研究胃肠道微生物代谢和开发瘤胃微生物资源中具有广泛的应用。动物胃肠道中存在大量共生微生物群,对宿主的生理功能、物质代谢、健康和疾病状况有重要影响。... 宏基因组学是不依赖人为培养技术,研究环境中全部微小生物遗传物质的总和,在研究胃肠道微生物代谢和开发瘤胃微生物资源中具有广泛的应用。动物胃肠道中存在大量共生微生物群,对宿主的生理功能、物质代谢、健康和疾病状况有重要影响。因此该技术有望解决骆驼等反刍动物代谢研究中诸多热点或难点问题。作者介绍了宏基因组文库构建和筛选流程及Roche454和Illumina高通量测序方法,并展望了宏基因组学的应用前景。 展开更多
关键词 宏基因组学 胃肠道微生物 应用前景
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宏基因组学在普洱茶微生物研究中的应用 被引量：6
14
作者 王辉 李亚莉 +2 位作者 苏丹 肖炜 周红杰 《食品安全质量检测学报》 CAS 2015年第6期2195-2200,共6页
宏基因组学(metagenomics)又叫微生物环境基因组学。通过从环境样品中提取全部微生物的DNA从而构建宏基因组文库,利用基因组学研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研... 宏基因组学(metagenomics)又叫微生物环境基因组学。通过从环境样品中提取全部微生物的DNA从而构建宏基因组文库,利用基因组学研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质(或获得新基因)的新理念和新方法。近几年宏基因技术广泛应用于微生物研究。本研究就宏基因组学应用于普洱茶微生物群落结构及其动态变化等方面进行总结,展望宏基因组学应用于普洱茶微生物研究的发展前景。 展开更多
关键词 宏基因组学 普洱茶 微生物
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宏基因组学及其在瘤胃微生物中的应用研究进展 被引量：5
15
作者 吴锡川 杨舒黎 +2 位作者 苟潇 冷静 毛华明 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第12期106-110,共5页
宏基因组学是研究生态群体基因功能的一门崭新的学科。它通过免培方法获得微生物的纯培养,主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选,可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等方面。文章介绍... 宏基因组学是研究生态群体基因功能的一门崭新的学科。它通过免培方法获得微生物的纯培养,主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选,可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等方面。文章介绍了宏基因组学的基本方法,并对瘤胃微生物宏基因组学的应用现状进行了综述。 展开更多
关键词 宏基因组学 瘤胃微生态 文库构建
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宏基因组学在哺乳动物肠道微生物中的应用 被引量：6
16
作者 何静 海勒 +3 位作者 斯仁达来 明亮 伊丽 吉日木图 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第12期3438-3446,共9页
哺乳动物的肠道内栖息着庞大复杂的微生物群体,其微生物群体与宿主的消化吸收、物质的营养代谢和免疫功能密切相关,是影响机体健康的重要因素之一。随着分子生物学技术在肠道微生物领域的应用,特别是新一代测序技术的快速发展,使得人们... 哺乳动物的肠道内栖息着庞大复杂的微生物群体,其微生物群体与宿主的消化吸收、物质的营养代谢和免疫功能密切相关,是影响机体健康的重要因素之一。随着分子生物学技术在肠道微生物领域的应用,特别是新一代测序技术的快速发展,使得人们对复杂的肠道微生物的研究更加深入。基于宏基因组学技术不仅能够研究肠道微生物组的多样性、揭示消化道微生物对宿主生理代谢的影响,还能进一步深入挖掘新的功能基因,并揭示宿主基因与微生物组间的互作关系和共同进化。作者综述了宏基因组学技术在哺乳动物肠道微生物中的主要应用和存在的不足,并展望了其在肠道微生物研究中的广阔应用前景,从而加深人们对肠道微生物影响宿主肠道健康作用的认识。 展开更多
关键词 宏基因组学 肠道微生物 哺乳动物
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宏基因组学及其技术的研究进展 被引量：14
17
作者 楚雍烈 杨娥 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期601-608,共8页
宏基因组学是研究生态群体基因功能和其相互作用的新科学领域,以特定生态环境中微小生物遗传物质的总和作为研究对象,基本研究策略是通过克隆、异源表达,筛选出有用的新基因及其产物。宏基因组学为生命学科和药学研究提供了一个强有力... 宏基因组学是研究生态群体基因功能和其相互作用的新科学领域,以特定生态环境中微小生物遗传物质的总和作为研究对象,基本研究策略是通过克隆、异源表达,筛选出有用的新基因及其产物。宏基因组学为生命学科和药学研究提供了一个强有力的新技术,并在包括医学在内的许多领域取得了新成就。本述评对宏基因组学的概念、技术和应用作了简要介绍。 展开更多
关键词 宏基因组学 宏基因组文库构建 文库筛选
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基于宏基因组学的霍氏肠杆菌发酵解析及其烟叶品质提升机制研究 被引量：7
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作者 王文婷 宋凯 +5 位作者 杨晨 臧志鹏 王祯 陈梦月 刘晨 翟玉俊 《轻工学报》 北大核心 2023年第1期79-89,共11页
利用宏基因组学技术分析霍氏肠杆菌F8-1(Enterobacter hormaechei F8-1)发酵烟叶期间表面微生物的动态变化,结合烟叶中性香味成分分析及感官分析,探究霍氏肠杆菌F8-1提升发酵烟叶品质的机制。结果表明:发酵后烟叶香气质提高、润甜感突... 利用宏基因组学技术分析霍氏肠杆菌F8-1(Enterobacter hormaechei F8-1)发酵烟叶期间表面微生物的动态变化,结合烟叶中性香味成分分析及感官分析,探究霍氏肠杆菌F8-1提升发酵烟叶品质的机制。结果表明:发酵后烟叶香气质提高、润甜感突出、杂气和刺激性降低;巨豆三烯酮、茄酮、(E)-β-大马酮和二氢大马酮含量较发酵前分别提高37.40%、59.87%、53.02%和46.61%;烟叶发酵过程中霍氏肠杆菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌为优势菌;糖苷水解酶类数量最多,占发酵期间烟叶表面微生物碳水化合物活性酶的78.3%;肠杆菌属的相对丰度与茄酮、巨豆三烯酮、(E)-β-大马酮、二氢大马酮等中性香味成分含量呈正相关,糖苷水解酶1(GH1)家族的相对丰度与茄酮、法尼基丙酮、巨豆三烯酮等含量呈正相关;GH1家族中的糖苷水解酶可能是烟叶发酵后感官品质提升的关键因素。 展开更多
关键词 宏基因组学 中性香味成分 霍氏肠杆菌F8-1 糖苷水解酶
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宏基因组学及其研究进展 被引量：14
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作者 张辉 崔焕忠 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第3期87-90,共4页
宏基因组学是近年来发展起来的一门新兴学科,主要技术包括从环境样品中提取微生物混合基因组DNA、利用可培养的宿主菌建立宏基因组文库及筛选目的基因。该技术可以克服传统培养技术的不足,是研究未培养微生物、寻找新功能基因和开发获... 宏基因组学是近年来发展起来的一门新兴学科,主要技术包括从环境样品中提取微生物混合基因组DNA、利用可培养的宿主菌建立宏基因组文库及筛选目的基因。该技术可以克服传统培养技术的不足,是研究未培养微生物、寻找新功能基因和开发获得新资源的重要新途径。目前宏基因组学已广泛应用于各个领域,并在医药、农业、能源开发、环境修复、生物技术、生物防御等方面有了较深入的研究。笔者对宏基因组学的主要技术方法及其应用研究进展进行了简要综述。 展开更多
关键词 宏基因组学 基因组文库构建 文库筛选 研究进展
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基于宏基因组学技术不同地区蛋源表面微生物的比较 被引量：2
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作者 李侠 温佳奇 +3 位作者 王秀娟 宋雨奇 代伟长 王玉华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第10期139-145,共7页
采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚... 采用高通量测序的宏基因组学技术对我国蛋鸡养殖相对集中的吉林、安徽、北京和河北4个地区不同蛋源表面菌群多样性进行分析,比较研究4个地区蛋源表面微生物种类。结果表明:4个地区蛋源表面细菌组成主要是放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);吉林地区的蛋源样品细菌组成为Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria,相对丰度分别为49.12%、31.93%和8.41%。安徽、北京和河北地区的蛋源表面细菌组成相似,Proteobacteria、Firmicutes和Proteobacteria,3个地区的优势菌门均为Proteobacteria,丰度均超过50%,分别为77.03%、57.93%和84.28%;不同地区样品微生物属水平也存在较大差异,吉林地区的蛋源样品中丰度较高的菌属为考克氏菌属(Kocuria)和短状杆菌属(Brachybacterium),丰度分别为10.1%和9.83%;安徽、北京和河北3个地区菌属分布较为相似,优势菌属均为不动杆菌属(Acinetobacter),且存在致病菌属,即安徽地区蛋源样品致病菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度为1.20%,北京地区蛋源样品致病菌属为Staphylococcus 3.53%和埃希氏菌志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)丰度为3.15%,河北地区蛋源样品致病菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)丰度为16.28%。可见不同地区蛋源表面主要微生物门水平和属水平都存在一定差异性,相对丰度差异更显著,北方地区与中部以南地区蛋源表面微生物差异明显(P<0.01),北方地区更适宜禽蛋生产,为保障液蛋制品的安全性,蛋制品企业应该根据蛋源表面微生物组成情况适当调整消毒处理方法,对液蛋制品加工行业有着重要意义。 展开更多
关键词 蛋源 高通量测序 宏基因组学技术 微生物多样性
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