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宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例 被引量:3
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作者 蔡衍珊 刘子凡 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期628-630,共3页
Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病... Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。 展开更多
关键词 Q热 贝氏柯克斯体 感染性血管炎 基因组 mNGS
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宏基因组二代测序技术诊断骨髓涂片阴性婴幼儿黑热病3例报告 被引量:2
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作者 谢垒 王瑶 +4 位作者 马威 范晓蕾 孙娟 陈晓昕 王怀立 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期859-862,共4页
目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年... 目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年龄均<3岁。均有发热,骨髓涂片均阴性,外周血mNGS检测均提示利什曼原虫感染,且未见其他病原感染,经葡萄糖酸锑治疗后均治愈。结论骨髓涂片阴性的婴幼儿黑热病早期诊断困难。对于临床感染性疾病,尤其是常规检测无法确定病原的疑难危重的感染性疾病,mNGS能提供快速准确的病原学诊断支持,助力精准诊治。 展开更多
关键词 黑热病 骨髓涂片 病原 宏基因组二代测序技术 婴幼儿
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宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值 被引量:10
3
作者 姚黎明 姚晓伟 +3 位作者 董昭良 刘丰胜 王连波 贾晨光 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第3期292-296,共5页
目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关... 目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准,比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ^(2)=7.575,P=0.015;χ^(2)=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准,mNGS诊断髋/膝关节结核的敏感度[93.8%(15/16)]、阴性预测值[94.7%(18/19)]和Kappa值(0.942)均明显高于常规培养[分别为25.0%(4/16)、60.0%(18/30)和0.260]和MTB-DNA扩增检测[分别为50.0%(8/16)、69.2%(18/26)和0.515],但3种检测方法的特异度和阳性预测值均为100.0%。结论:mNGS技术可有效检出髋/膝关节感染性疾病病原菌,在关节结核诊断中具有更高的诊断效能,可提供重要临床指导。 展开更多
关键词 结核 骨关节 基因组 诊断技术和方法 对比研究
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基于宏基因组二代测序技术的儿童重症腺病毒7型肺炎20例病例系列报告 被引量:7
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作者 张甜 陈名武 +2 位作者 张晓光 朱昂昂 王倩文 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期130-134,共5页
目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重... 目的探讨儿童重症腺病毒7型(HAd V-7)肺炎的临床特征及宏基因组二代测序(mNGS)技术在其病原学诊断中的应用。方法回顾性分析2019年1月1日至11月30日于安徽医科大学附属省立医院儿科住院治疗且经肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的重症HAd V-7肺炎患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果20例患儿进入分析,男17例,发病年龄以0.5~2岁多见(60.0%);体温>39℃19例,总热程>10 d 16例,均有咳嗽,喘息15例。并发症:中毒性脑病1例,心力衰竭7例,呼吸衰竭5例,胸腔积液5例;入院时WBC计数为(8.6±4.3)×109·L-1,其中>10×109·L-1者6例,<4×109·L-1者2例;中性粒细胞百分比(55.9±13.1)%;CRP中位数10.9(5.6,23.7)mg·L-1,>30 mg·L-1者2例。病情加重时(如出现低氧血症或呼吸困难)WBC计数中位数为8.3(3.1,17.6)×109·L-1,>10×109·L-1者8例,<4×109·L-1者6例;中性粒细胞百分比(65.4±17.2)%,增高16例;CRP中位数为26.5(12.2,65.9)mg·L-1,>30 mg·L-1者8例。肺部CT提示双肺实变影和支气管充气征各17例。19例好转出院,1例死亡。HAd V-7 DNA检出序列中位数为1671.0(892.0,2467.8),覆盖度中位数为98.9(89.8,99.1)%。10例行血液mNGS检测的检出序列中位数为1152.0(347.8,1991.5),覆盖度中位数为98.8(81.6,99.1)%。10例行肺泡灌洗液mNGS检测的检出序列中位数和覆盖度分别为2033.5(1263.2,2901.8)和99.0(89.9,99.2)%;单一腺病毒检出13例(65.0%),混合病原体检出7例(35.0%)。结论血液及肺泡灌洗液病原菌mNGS技术可准确鉴定HAd V-7感染,当<2岁婴幼儿出现持续性高热、咳嗽、喘息,伴WBC升高或降低,分类以中性粒细胞为主,同时CRP增高,胸部CT有双肺实变影及支气管充气征时,应警惕HAd V-7感染引起的重症肺炎和并发症,尽早完善mNGS检查。 展开更多
关键词 重症肺炎 腺病毒7型 宏基因组二代测序技术 儿童
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宏基因组二代测序技术在脊柱感染病原微生物诊断中的应用 被引量:23
5
作者 殷楚强 王海龙 +3 位作者 任宪锋 王月磊 沈峰 王亭 《中国脊柱脊髓杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期141-148,共8页
目的:探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法:纳入2019年1月~2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26~77岁(50.4±... 目的:探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法:纳入2019年1月~2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26~77岁(50.4±15.7岁)。获取患者的血液和病灶组织或脓液标本(CT引导下穿刺活检21例,开放手术25例),行微生物培养、血清学检测、病理检查和mNGS检测后进行结果的比较分析。结果:46例标本均在48h内获得了mNGS结果,微生物培养、血清学检测、病理检查等传统实验室检测时间1~12d不等。经临床最终诊断共35例为脊柱感染,11例为非脊柱感染。35例脊柱感染患者中,化脓性细菌感染14例,结核感染5例,布鲁菌属感染4例,未明确病原微生物感染12例;11例非脊柱感染患者中,脊柱肿瘤3例,终板Modic改变4例,终板骨折1例,DISH病合并假关节1例,强直性脊柱炎合并假关节2例。通过mNGS检测发现了脆弱拟杆菌、微小微单胞菌、齿垢密螺旋体、贝纳柯克斯体等少见病原微生物。mNGS在种水平与临床最终诊断的一致性为82.61%(19/23),在属水平的一致性为95.65%(22/23)。微生物培养阳性率为42.86%(15/35),mNGS检测阳性率为94.29%(33/35),二者存在统计学差异(P<0.01)。mNGS检测的敏感度为91.43%,特异度为90.91%,阳性预测值96.97%,阴性预测值76.92%。结论:宏基因组二代测序技术检测病原微生物快速、高效、准确,在脊柱感染疾病的诊疗中有较高的诊断价值。 展开更多
关键词 脊柱感染 基因组 病原微生物
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宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值的Meta分析 被引量:11
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作者 陈文 姚利 +1 位作者 陈康 戴希勇 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2021年第10期1066-1072,共7页
目的评价宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值。方法通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网、万方、维普等数据库。中文检索词:宏基因组二代测序、二代测序、结核、结核性脑膜炎;英文检... 目的评价宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值。方法通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网、万方、维普等数据库。中文检索词:宏基因组二代测序、二代测序、结核、结核性脑膜炎;英文检索词:metagenomic next-generation sequencing、mNGS、next-generation sequencing、tuberculosis、tuberculous meningitis、tuberculosis meningitis。收集从建库至2021年4月30日发表的宏基因组二代测序技术应用于脑脊液检测诊断结核性脑膜炎的相关文献,由2名研究者独立进行文献检索、筛选、数据提取,质量评价。以MetaDisc 1.4软件进行Meta分析。结果检索出628篇文献,依据纳入和排除标准最终纳入7篇文献,包含477例患者,其中结核性脑膜炎患者231例。Meta分析结果显示,宏基因组二代测序技术检测脑脊液诊断结核性脑膜炎的汇总敏感度为62.0%(95%CI:55.0%~68.0%)、汇总特异度为97.0%(95%CI:94.0%~99.0%)、汇总阳性似然比为10.57(95%CI:4.84~23.11)、汇总阴性似然比为0.41(95%CI:0.27~0.60)、汇总诊断OR值为21.39(95%CI:10.18~44.95)、汇总受试者工作特征曲线下面积为0.956。结论宏基因组应用于脑脊液检测对结核性脑膜炎具有较高的诊断价值,可作为快速诊断结核性脑膜炎的有效方法。 展开更多
关键词 基因组 结核 脑膜 诊断 META分析
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肺泡灌洗液宏基因组二代测序技术在肺部感染病原诊断中的作用 被引量:8
7
作者 王明慧 蒋露晰 宋美君 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期385-389,共5页
肺部感染是临床上最常见的感染性疾病之一,由肺部感染引起的急性缺氧性呼吸衰竭是患者收治重症监护病房的主要原因[1]。如何早期、快速诊断病原体,从而精准用药,缩短住院时间,减少并发症及降低死亡率至关重要。确诊肺部感染的病原体,临... 肺部感染是临床上最常见的感染性疾病之一,由肺部感染引起的急性缺氧性呼吸衰竭是患者收治重症监护病房的主要原因[1]。如何早期、快速诊断病原体,从而精准用药,缩短住院时间,减少并发症及降低死亡率至关重要。确诊肺部感染的病原体,临床上主要的检测方法有血清学反应。 展开更多
关键词 肺泡灌洗液 基因组 肺部感染 病原诊断
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宏基因组二代测序技术在血液病合并肺孢子菌肺炎患者诊治中的应用价值 被引量:7
8
作者 徐春晖 伊慧明 +4 位作者 陈书连 陈欣 彭广新 朱国庆 冯四洲 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期195-200,共6页
目的探讨血液病患者宏基因组二代测序技术在耶氏肺孢子菌肺炎诊断和治疗中的应用价值,为该类感染诊治提供依据。方法对25例病原宏基因组二代测序检出耶氏肺孢子菌并临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎的病例进行回顾性分析。结果从2021年1月—2... 目的探讨血液病患者宏基因组二代测序技术在耶氏肺孢子菌肺炎诊断和治疗中的应用价值,为该类感染诊治提供依据。方法对25例病原宏基因组二代测序检出耶氏肺孢子菌并临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎的病例进行回顾性分析。结果从2021年1月—2022年5月共25例患者检出耶氏肺孢子菌的同时临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎,其中男性18例(72.0%),女性7例(28.0%),中位年龄为50岁,主要基础疾病为急性淋巴细胞白血病、急性髓系白血病和骨髓增生异常综合征。其中15例(60.0%)患者肺感染发生在造血干细胞移植后,移植后中位时间为189 d。患者的常见临床症状包括发热(88.0%)、低氧血症(68.0%)和咳嗽(44.0%),84.0%的患者在本次感染前有免疫抑制剂的使用史。肺部CT表现包括单纯磨玻璃影型(20.0%)、结节/斑片型(12.0%)、磨玻璃影为主的混合型(68.0%)。血浆是最常见的耶氏肺孢子菌检出的样本类型,其次为肺泡灌洗液和痰液。25例患者均进行了抗肺孢子菌治疗,19例(76.0%)抗感染治疗后治愈,6例(24.0%)死亡。结论血液病患者耶氏肺孢子菌的临床感染诊断需结合临床症状、影像及实验室检查,病原宏基因组二代测序可为该类感染提供病原学证据支持以辅助指导肺孢子菌肺炎的治疗。 展开更多
关键词 耶氏肺孢子菌肺炎 基因组 血液病 诊断
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病原宏基因组二代测序在肺部感染所致脓毒症患者中的应用
9
作者 徐斐翔 俞凤 +3 位作者 王瑞兰 宋振举 童朝阳 朱长清 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期169-178,共10页
目的·探讨病原宏基因组二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)在肺部感染所致脓毒症患者中协助病原体早期诊断、指导临床抗感染方案调整、改善患者近期预后的价值。方法·该研究由一项多中心、前瞻性、非随... 目的·探讨病原宏基因组二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)在肺部感染所致脓毒症患者中协助病原体早期诊断、指导临床抗感染方案调整、改善患者近期预后的价值。方法·该研究由一项多中心、前瞻性、非随机对照试验及一项诊断试验构成。纳入2020年3月—2021年10月在4家医院住院治疗的肺部感染所致脓毒症患者,所有患者均符合美国重症医学会与欧洲重症医学会发布的脓毒症3.0标准和肺部感染的临床诊断标准。入组患者根据自身意愿选择感染部位标本的病原学检测方法,包括仅送检传统病原学检测(传统病原学检测组),或在送检传统病原学检测的基础上同步送检mNGS(联合mNGS检测组)。患者预后的主要评价指标为7 d全因死亡率,次要评价指标包括7 d序贯器官衰竭评分(Sequential Organ Failure Assessment,SOFA)变化、7 d急性生理与慢性健康状况评分Ⅱ(Acute Physiology and Chronic Health EvaluationⅡ,APACHEⅡ)变化、28 d全因死亡率、28 d机械通气或死亡的复合终点发生率、28 d无呼吸机天数、28 d非住院天数和住院期间日均花费。采用倾向性评分匹配均衡2组的协变量分布,采用Kaplan-Meier生存曲线和Cox比例风险模型比较2组死亡率。使用联合mNGS检测组患者感染部位标本的病原学检测结果进行诊断试验。以临床综合判定的责任病原体为参考标准,分别将传统病原学检测和mNGS检测结果与参考标准相比较,计算2种方法和参考标准之间的阳性百分比一致性、阴性百分比一致性、阳性预测值和阴性预测值,并采用McNemar配对χ^(2)检验比较2种检测方法的责任病原体检出能力。结果·共入组患者533例,其中311例选择接受额外的mNGS检测,222例仅接受传统病原学检测。非随机对照试验中,经倾向性评分匹配平衡协变量后,联合mNGS检测组的7 d全因死亡率低于传统病原学检测组[4.8%vs 8.6%,HR 0.37(95%CI 0.15~0.91),P=0.031],联合mNGS检测组的28 d无呼吸机天数多于传统病原学检测组(19.9 d vs 18.4 d,P=0.041)。2组在28 d全因死亡率和日均住院花费上差异无统计学意义。诊断试验提示,mNGS检测结果与临床综合判定的责任病原体的阳性百分比一致性高于传统病原学检测[91.9%(95%CI 87.7%~95.0%)vs 56.1%(95%CI49.7%~62.4%),P<0.001],阴性百分比一致性低于传统病原学检测[29.2%(95%CI 18.6%~41.8%)vs 69.2%(95%CI56.6%~80.1%),P<0.001],阴性预测值高于传统病原学检测[48.7%(95%CI 32.4%~65.2%)vs 29.4%(95%CI 22.3%~37.3%),P=0.001]。结论·与传统病原学检测相比,肺部感染所致脓毒症患者感染部位标本行mNGS可提高责任病原体的检出率。相比于仅行传统病原学检测,联合mNGS检测的患者7 d全因死亡率更低,提示mNGS在肺部感染所致脓毒症患者中具有临床价值及应用前景。 展开更多
关键词 基因组 脓毒症 肺部感染 全因死亡
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宏基因组二代测序在血液病患者感染病原体检测中的应用
10
作者 周欣悦 徐春晖 冯四洲 《中国感染与化疗杂志》 北大核心 2025年第3期351-356,共6页
血液病患者作为免疫功能低下的人群之一,粒细胞缺乏的发生率高、持续时间长,感染是常见并发症且可出现多种病原微生物混合感染以及罕见病原微生物感染[1-2],相当部分患者感染症状不典型,感染病灶不明确,使得血液病患者感染病原微生物的... 血液病患者作为免疫功能低下的人群之一,粒细胞缺乏的发生率高、持续时间长,感染是常见并发症且可出现多种病原微生物混合感染以及罕见病原微生物感染[1-2],相当部分患者感染症状不典型,感染病灶不明确,使得血液病患者感染病原微生物的诊断变得困难[3]。临床传统病原微生物检测方法往往耗时长,阳性率低,且检测病原微生物的种类有限,限制了其在血液病发热患者感染病原微生物诊断中的作用[4]。宏基因组二代测序(mNGS)作为一项新兴的病原微生物检测方法备受关注,具有耗时短、灵敏度高、病原检测范围广、受抗微生物药物应用的影响小等优点[5-6]。本文对mNGS在血液病患者感染病原微生物检测的应用进行综述,为其在这领域更好的发挥作用提供参考。 展开更多
关键词 基因组 血液病 病原体
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BALF宏基因组二代测序分析恶性肿瘤伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义
11
作者 陈旭 简春利 +4 位作者 杨峤 郑林鹏 蔡定钦 李娟 孙建国 《重庆医科大学学报》 北大核心 2025年第6期742-749,共8页
目的:基于肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术,分析恶性肿瘤患者伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义。方法:回顾性纳入2021年1月至2024年12月陆军军医... 目的:基于肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术,分析恶性肿瘤患者伴发肺部炎症的病原谱特征及临床意义。方法:回顾性纳入2021年1月至2024年12月陆军军医大学第二附属医院肿瘤科收治的恶性肿瘤患者,所有患者均为治疗过程中出现呼吸道症状,肺部影像学诊断为肺部炎症,通过BALF mNGS及痰液检测病原微生物。通过描述性分析描述患者临床资料及病原微生物谱分布,比较不同癌症类型、转移状态患者病原体分布差异。比较痰液培养和BALF mNGS检测的差异性。结果:共纳入127例患者,其中70.9%为非小细胞肺癌、15.0%为小细胞肺癌、其他类型14.1%。存在远处转移的患者占48.0%。共检测BALF mNGS 145次,其中84次(57.9%)病原微生物呈阳性。混合感染共13次,占比15.5%。共检出121株病原微生物,真菌(41.3%)和革兰阴性菌(39.7%)为主要感染病原体种类。其中耶氏肺孢子菌(16.5%)、白色念珠菌(11.6%)、流感嗜血杆菌(11.6%)、肺炎克雷伯菌(10.7%)、铜绿假单胞菌(10.7%)及金黄色葡萄球菌(8.3%)构成最常见的感染病原体。不同癌症类型及远处转移状态患者病原体分布差异明显,但耶氏肺孢子菌均为最常见的机会性感染病原体。70例患者同时进行了痰液病原微生物培养,检测阳性率仅为16.0%,较BALF mNGS检测明显降低(χ^(2)=35.52,P<0.001)。痰液培养和BALF mNGS结果一致性比例为48.1%。结论:BALF mNGS可精准揭示恶性肿瘤患者肺部感染的复杂病原谱,尤其是耶氏肺孢子菌等高危机会性病原体。对于痰菌阴性的患者,BALF mNGS也可显著提高检出率,同时提高混合感染的检出率。 展开更多
关键词 恶性肿瘤 肺部感染 基因组 肺泡灌洗液 耶氏肺孢子菌
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宏基因二代测序技术对脊柱感染的精准诊断效能研究
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作者 刘爽 何晋月 +8 位作者 陈辉 向渝 廖胜 闫作强 苟火荣 杨航 张忠荣 张泽华 许建中 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第18期2254-2261,共8页
目的探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)与常规微生物培养对脊柱感染疾病的诊断效能研究。方法本研究采用横断面设计,纳入2022年2月至2024年1月陆军军医大学第一附属医院江北院区入院所有诊断疑似脊... 目的探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)与常规微生物培养对脊柱感染疾病的诊断效能研究。方法本研究采用横断面设计,纳入2022年2月至2024年1月陆军军医大学第一附属医院江北院区入院所有诊断疑似脊柱感染患者共82例,提取感染标本的微生物培养、病理学检查和mNGS检测的结果,以临床诊断(基于病史、临床表现、实验室检查、影像学特征等综合判断)为金标准,比较mNGS与微生物培养的敏感性和特异性等诊断效能指标。结果82例脊柱感染患者中,得出最终病原微生物学证据的有70例,mNGS的检出率明显高于微生物培养法(64 vs36例,78.05%vs 43.90%,P<0.05),两种方法的检出率差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS的敏感性、准确度、阴性预测值均显著高于微生物培养(P<0.05),mNGS的阳性预测值低于微生物培养(P<0.05)。根据感染类型不同分组后,在结核性脊柱感染中,mNGS的敏感性、准确度均高于微生物培养(P<0.05)。而在非结核性脊柱感染中,mNGS的敏感性优于微生物培养(P<0.05)。结论在脊柱感染患者中,mNGS的检出率高于微生物培养法,该技术可为脊柱感染提供早期、广谱的病原微生物学证据。 展开更多
关键词 脊柱感染 基因 微生物培养 敏感性与特异性
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宏基因组测序技术在动物源微生物耐药性方面的应用研究进展
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作者 方雅红 孙冰清 +6 位作者 张亦菲 田恺 姜芹 张妤 蔡煜婷 商军 黄士新 《中国动物检疫》 2025年第6期55-63,共9页
抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境... 抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境具有重要意义。随着高通量测序技术的发展,宏基因组测序技术在动物源微生物的AMR研究中得到广泛应用。本文总结分析了基于二代测序与三代测序的宏基因组学在AMR研究中的优势与局限,归纳了基于宏基因组测序的AMR研究方向,整合了畜禽、水生动物及伴侣动物中ARGs的分布特征与传播机制,讨论了该技术面临的挑战及应用前景,以期为AMR的精准控制提供理论支撑。 展开更多
关键词 基因组 抗微生物药物耐药性
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脑脊液宏基因组二代测序在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用 被引量:2
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作者 谢岷 司道林 +2 位作者 何剑 邓小鹿 王霞 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期475-481,共7页
目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)... 目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术在小儿神经外科术后颅内细菌感染诊断中的应用。方法分析2020年1月1日—2023年8月31日在中南大学某医院儿童重症监护病房住院的神经外科手术后符合颅内细菌感染诊断标准(包括临床诊断及确诊)病例的临床资料,2021年10月起,在经验性使用抗颅内感染药物前送检脑脊液培养和mNGS检测。对脑脊液mNGS结果阴性病例,结合脑脊液培养结果及临床资料,不进行或尽早停用经验性抗颅内感染治疗并追踪随访。结果共纳入43例病例,其中临床诊断组38例,病原学诊断组5例。脑脊液常规及生化指标两组间比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。临床诊断组38例病例中,2020年1月—2021年9月10例临床诊断病例(对照组),临床诊断颅内感染后接受经验性抗菌药物治疗;2021年10月—2023年8月28例临床诊断颅内感染病例(干预组)mNGS病原学和脑脊液培养均阴性,16例病例未进行经验性抗颅内感染治疗,另12例在mNGS回报阴性后结合临床资料及时停止经验性抗颅内感染治疗,追踪随访28例病例均无细菌性脑膜炎发生,入颅抗菌药物平均使用时间[0(0,4)d]低于对照组10例临床诊断病例抗菌药物平均使用时间[8(7,11)d,P<0.05]。结论脑脊液mNGS可以提高神经外科术后颅内细菌感染病例病原学检出率,mNGS检测结果有助于指导神经外科术后颅内细菌感染临床诊断病例抗菌药物的合理使用。 展开更多
关键词 基因组 中枢神经系统感染 神经外科 儿童
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量:1
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作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 基因组 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析
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作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页
0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序技术 肾移植受者 混合感染
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应用宏基因组二代测序诊断异基因造血干细胞移植后早期侵袭性真菌病患者的临床分析 被引量:3
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作者 姬玉涵 潘明月 +6 位作者 来晓瑜 刘丽珍 施继敏 赵妍敏 余建 杨露欣 罗依 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期311-318,共8页
目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的... 目的 分析异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT)后早期应用宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)诊断侵袭性真菌病(invasive fungal disease, IFD)患者的临床转归。方法 回顾性分析2021年7月至2022年10月在浙江大学医学院附属第一医院接受allo-HSCT患者,移植后早期(100 d内)出现以下情况之一:(1)经验性抗细菌治疗72 h及以上持续发热,且血培养阴性患者;(2)既往抗感染有效后再次出现不明原因高热;(3)下呼吸道症状合并肺部CT病灶,经验性抗感染治疗无效。送检移植后外周血或支气管镜肺泡灌洗液行mNGS检测,并分析患者的总体生存率(overall survival, OS)和非复发死亡率(non-relapse mortality, NRM)。结果 纳入60例患者,送检外周血标本47例,肺泡灌洗液标本13例。mNGS检测病原学阴性组19例,非真菌阳性组30例,真菌阳性组11例;真菌阳性组中曲霉菌3例、毛霉菌5例、热带念珠菌2例、阿萨丝孢酵母菌1例。11例真菌阳性患者经调整抗真菌治疗8例获完全缓解。60例患者1年OS和1年NRM分别为70.0%(95%CI:64.1%~75.9%)和20.0%(95%CI:11.9%~32.5%)。真菌阳性组1年OS为54.5%(95%CI:49.5%~69.5%),1年NRM为36.4%(95%CI:15.5%~70.3%);阴性组、真菌阳性组和非真菌阳性组1年OS (P=0.487)和1年NRM (P=0.358)差异无统计学意义。真菌阳性组与非真菌阳性组OS(P=0.238)和NRM (P=0.154)上的差异亦无统计学意义。结论 mNGS可快速诊断allo-HSCT后早期IFD,有利于及时有效治疗,改善患者的预后。 展开更多
关键词 基因组 基因造血干细胞移植 侵袭性真菌病
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宏基因组二代测序在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌医院感染暴发中的应用 被引量:4
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作者 范鹏超 刘贺 +1 位作者 巴婧翀 刘文芝 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期182-188,共7页
目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境... 目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法 应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境进行微生物采样及细菌培养、鉴定和药物敏感试验,同时采取综合控制措施并评价其效果。结果 mNGS结果回报所需时间短于培养所需时间[(3.92±1.05)d VS (6.24±0.25)d,P<0.001]。5例患者的标本培养分离出CRAB,mNGS检测结果显示均检出OXA-23耐药基因,经专家综合判断4例患者为医院感染,1例患者为标本污染。依据《医院感染暴发控制指南》中的医院感染暴发定义,此事件考虑为医院感染暴发。环境卫生学监测结果显示,暴发时环境中CRAB检出率为51.30%(59/115),主要集中在医务人员手与呼吸机表面,实施多学科联合感染控制措施后,医生手卫生依从率及呼吸机消毒落实率分别由40.83%(49/120)、33.33%(16/48)提高至82.61%(95/115)、83.33%(30/36)。患者预后良好,后续监测未发现新病例,此医院感染暴发事件得到有效控制。结论 mNGS具有精准度高、耗时短、准确率高的特点,可以应用于医院感染暴发防控及耐药基因组研究,对多重耐药菌感染患者的抗感染治疗及医院感染防控措施的制定具有重要意义。持续提高消毒效果及手卫生依从率是防控CRAB感染的重要手段。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌 基因组 医院感染防控 耐药基因
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靶向二代测序技术对无痰肺结核患者的诊断效能评估
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作者 杨泽亮 马子淳 +4 位作者 尚媛媛 石金 荆玮 逄宇 秦林 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第7期878-883,共6页
目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar l... 目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本,分别进行BECTEC MGIT 960液体培养(简称“培养”)、GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)和tNGS检测。分别以微生物学参考标准(microbiological reference standard, MRS)和临床参考标准(clinical reference standard, CRS)为标准,对比3种检测方法的肺结核诊断效能。结果:培养、Xpert和tNGS技术的阳性检出率分别为47.0%(70/149)、53.0%(79/149)和89.3%(133/149)。以MRS作为诊断标准,tNGS的敏感度为100.0%(81/81),与Xpert的97.5%(79/81)相比,差异无统计学意义(χ^(2)=2.025,P=0.155),高于培养的86.4%(70/81),差异有统计学意义(χ^(2)=11.801,P=0.001)。将CRS作为诊断标准后,tNGS的敏感度和特异度分别为96.3%(131/136)和84.6%(11/13),敏感度高于Xpert的59.6%(81/136)和培养的51.5%(70/136),差异均有统计学意义(χ^(2)=53.459,P<0.001;χ^(2)=70.921,P<0.001)。结论:tNGS技术对无痰肺结核患者的BALF标本具有良好的诊断效能,可以用于疑似肺结核患者的早期诊断。 展开更多
关键词 结核 支气管肺泡灌洗液 诊断技术和方法 靶向
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宏基因组二代测序在实体器官移植感染防控中的应用 被引量:4
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作者 满霖 李小杉 +5 位作者 王文静 钱婷 熊敏 杨航 陈静瑜 吴波 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期289-296,共8页
器官移植已成为多种终末期疾病的有效治疗手段,但器官移植受者术后需长期服用免疫抑制药,导致免疫功能低下,使得细菌、病毒和真菌感染的发生率相对较高。以病原学培养、免疫学检测和聚合酶链反应为代表的传统微生物检测方法被广泛用于... 器官移植已成为多种终末期疾病的有效治疗手段,但器官移植受者术后需长期服用免疫抑制药,导致免疫功能低下,使得细菌、病毒和真菌感染的发生率相对较高。以病原学培养、免疫学检测和聚合酶链反应为代表的传统微生物检测方法被广泛用于感染检测,但存在耗时长、需预先假定病原体等问题。宏基因组二代测序由于具有病原体检出率高、对病原谱检测全面的优点,近年来被广泛应用于器官移植领域的感染防控。本文就宏基因组二代测序技术在实体器官移植感染防控上的应用现状进行综述,以期对移植相关感染的诊断和治疗提供参考。 展开更多
关键词 器官移植 基因组 免疫抑制 肺部感染 供者来源性感染 感染防控 病原学检 聚合酶链反应(PCR)
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