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黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析 被引量:1
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作者 严丹侃 张海珊 +2 位作者 郑红英 燕飞 章东方 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期151-156,共6页
通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组... 通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳病毒 安徽分离物 基因组 序列分析
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蚕豆萎蔫病毒2号安徽分离物全基因组序列测定与分析 被引量:10
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作者 严丹侃 郑红英 +4 位作者 张海珊 沈艳 顾江涛 章东方 燕飞 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期67-73,共7页
利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,B... 利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。 展开更多
关键词 蚕豆萎蔫病毒2号 安徽分离物 基因组 序列分析
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侵染安徽玉米的水稻黑条矮缩病毒全基因组特征 被引量:2
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作者 江彤 何志龙 +1 位作者 李祥宇 张享享 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期943-949,共7页
[目的]测定水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)安徽分离物全基因组序列,分析RBSDV安徽分离物与RBSDV其他分离物以及斐济病毒属(Fijivirus)其他成员之间的分子差异,为明确RBSDV遗传变异与进化规律提供重要信... [目的]测定水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)安徽分离物全基因组序列,分析RBSDV安徽分离物与RBSDV其他分离物以及斐济病毒属(Fijivirus)其他成员之间的分子差异,为明确RBSDV遗传变异与进化规律提供重要信息.[方法]采用RT-PCR法从安徽玉米粗缩病样本中扩增RBSDV的全基因组,克隆、测序并进行序列分析.[结果]获得RBSDV安徽分离物全基因组序列.序列比对发现,RBSDV安徽分离物与其他RBSDV各个分离物S1到S10的序列相似性较高,为87.6%-99.5%,其中与RBSDV韩国分离物(RBSDV-KOR)序列相似性最高,达94.6%-99.5%;从构建的系统关系树也可以看出,RBSDV安徽分离物和其他所有RBSDV分离物均聚成一个单独的分支.[结论]RBSDV各分离物之间亲缘关系很近.RBSDV安徽分离物与RBSDV-KOR亲缘关系最近,可能起源于相同的祖先.另外,推测RBSDV各个基因组片段可能是协同进化的. 展开更多
关键词 水稻黑条矮缩病毒 安徽分离物 全基因组 序列分析
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