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一种基于高密度遗传标记的亲子鉴定方法及其应用
被引量：
14
1
作者
张哲
罗元宇
+6 位作者
李晴晴
贺金龙
高宁
张豪
丁向东
张勤
李加琪
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第8期835-841,共7页
系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的一种记录错误,影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定,...
系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的一种记录错误,影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定,但这些软件方法操作复杂,限制标记数量,如Cervus。针对当前高密度SNP标记在人类及动植物研究中广泛应用的现状,文章提出了一种基于全基因组高密度SNP数据的亲子鉴定新方法,命名为EasyPC。对EasyPC及Cervus的运行效率进行了对比,并用中国荷斯坦牛(n=2180)和杜洛克猪(n=191)的全基因组SNP芯片数据对EasyPC进行了验证。结果表明:EasyPC运行效率高于Cervus,牛和猪群体系谱错误率分别为20%和6%,与相关研究报道相符。通过使用全基因组SNP标记对群体孟德尔错误率的经验分布进行分析,该方法不仅可以简单、快速、准确地判别系谱的正确性,而且还可以对错误系谱进行校正。EasyPC为解决全基因组研究中基因型及系谱数据前处理过程中的系谱校正问题提供了一种新的途径。
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关键词
亲子鉴定
系谱校正
遗传标记
孟德尔错误
动物育种
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职称材料
畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法
被引量：
2
2
作者
罗元宇
吴鹏
+4 位作者
贺金龙
陈赞谋
张豪
李加琪
张哲
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期68-74,共7页
利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系...
利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序,该方法运行速度快,操作简单,准确性高,值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。
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关键词
亲子鉴定
亲本推断
SNP标记
孟德尔错误
准确率
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职称材料
题名
一种基于高密度遗传标记的亲子鉴定方法及其应用
被引量：
14
1
作者
张哲
罗元宇
李晴晴
贺金龙
高宁
张豪
丁向东
张勤
李加琪
机构
华南农业大学动物科学学院
中国农业大学动物科学学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第8期835-841,共7页
基金
现代农业(生猪)产业技术体系建设专项资金(编号:CARS-36)
科技部科技基础性工作专项(编号:2014FY120800)
+1 种基金
国家自然科学基金项目(编号:31200925)
广东省自然科学基金项目(编号:S2012040007753)资助
文摘
系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的一种记录错误,影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定,但这些软件方法操作复杂,限制标记数量,如Cervus。针对当前高密度SNP标记在人类及动植物研究中广泛应用的现状,文章提出了一种基于全基因组高密度SNP数据的亲子鉴定新方法,命名为EasyPC。对EasyPC及Cervus的运行效率进行了对比,并用中国荷斯坦牛(n=2180)和杜洛克猪(n=191)的全基因组SNP芯片数据对EasyPC进行了验证。结果表明:EasyPC运行效率高于Cervus,牛和猪群体系谱错误率分别为20%和6%,与相关研究报道相符。通过使用全基因组SNP标记对群体孟德尔错误率的经验分布进行分析,该方法不仅可以简单、快速、准确地判别系谱的正确性,而且还可以对错误系谱进行校正。EasyPC为解决全基因组研究中基因型及系谱数据前处理过程中的系谱校正问题提供了一种新的途径。
关键词
亲子鉴定
系谱校正
遗传标记
孟德尔错误
动物育种
Keywords
parentage identification
pedigree correction
genetic marker
Mendelian error
animal breeding
分类号
Q3-3 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法
被引量：
2
2
作者
罗元宇
吴鹏
贺金龙
陈赞谋
张豪
李加琪
张哲
机构
华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期68-74,共7页
基金
国家现代农业(生猪)产业技术体系项目(CARS-36)
科技部科技基础性工作专项(2014FY120800)
+1 种基金
国家自然科学基金项目(31200925)
广东省自然科学基金项目(2014A030313453)
文摘
利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序,该方法运行速度快,操作简单,准确性高,值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。
关键词
亲子鉴定
亲本推断
SNP标记
孟德尔错误
准确率
Keywords
parentage identification
paternity inference
SNP marker
Mendelian error
accuracy
分类号
S813 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种基于高密度遗传标记的亲子鉴定方法及其应用
张哲
罗元宇
李晴晴
贺金龙
高宁
张豪
丁向东
张勤
李加琪
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
14
在线阅读
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职称材料
2
畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法
罗元宇
吴鹏
贺金龙
陈赞谋
张豪
李加琪
张哲
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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职称材料
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