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单染色体靶向富集方法的建立
1
作者
谢德健
张田甜
+7 位作者
师明磊
张彦
沈文龙
叶丙雨
李平
何超
张香媛
赵志虎
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1060-1066,共7页
靶向富集技术具有良好的均一性、特异性和灵敏性,只需较低的测序覆盖度即可满足后续的分析。该技术被广泛应用于特定位点重测序和染色体构象等研究。为了靶向富集测序文库中特定的染色体DNA片段,本研究以21号染色体为例,采用人胚肝二倍...
靶向富集技术具有良好的均一性、特异性和灵敏性,只需较低的测序覆盖度即可满足后续的分析。该技术被广泛应用于特定位点重测序和染色体构象等研究。为了靶向富集测序文库中特定的染色体DNA片段,本研究以21号染色体为例,采用人胚肝二倍体细胞CCC-HEL-1建立了一种单染色体靶向富集方法。具体步骤如下:(1)首先将人正常核型二倍体细胞同步化到G2/M期,制备染色体悬液;然后流式分选出21号单染色体。(2)采用多重退火环形扩增技术(MALBAC)对21号染色体DNA进行扩增;用扩增的DNA产物构建文库。(3)利用体外转录合成、生物素标记的RNA探针与文库进行液相杂交,捕获并验证捕获效率。荧光定量PCR检测结果证明,特定的21号染色体呈上百倍的富集,而靶标文库则富集了近60倍。结果提示,特异单染色体靶向富集方法成功建立。该法不仅可实现任一单染色体的靶向富集,用于单条染色体功能组学研究,而且还可能用于查找特定疾病相关的染色体异常(如DNA突变、异位、重复及倒置等),具有一定的实用意义。
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关键词
多重退火环形扩增
高通量测序
靶向富集
单染色体
流式分选
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职称材料
题名
单染色体靶向富集方法的建立
1
作者
谢德健
张田甜
师明磊
张彦
沈文龙
叶丙雨
李平
何超
张香媛
赵志虎
机构
军事医学科学院生物工程研究所
中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室
聊城大学生命科学学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1060-1066,共7页
基金
国家重点基础研究发展规划项目(973计划
No.2013CB966802)
+1 种基金
国家自然科学基金(No.31370762)
中国人类染色体蛋白质组计划(No.2014DFB30030)资助~~
文摘
靶向富集技术具有良好的均一性、特异性和灵敏性,只需较低的测序覆盖度即可满足后续的分析。该技术被广泛应用于特定位点重测序和染色体构象等研究。为了靶向富集测序文库中特定的染色体DNA片段,本研究以21号染色体为例,采用人胚肝二倍体细胞CCC-HEL-1建立了一种单染色体靶向富集方法。具体步骤如下:(1)首先将人正常核型二倍体细胞同步化到G2/M期,制备染色体悬液;然后流式分选出21号单染色体。(2)采用多重退火环形扩增技术(MALBAC)对21号染色体DNA进行扩增;用扩增的DNA产物构建文库。(3)利用体外转录合成、生物素标记的RNA探针与文库进行液相杂交,捕获并验证捕获效率。荧光定量PCR检测结果证明,特定的21号染色体呈上百倍的富集,而靶标文库则富集了近60倍。结果提示,特异单染色体靶向富集方法成功建立。该法不仅可实现任一单染色体的靶向富集,用于单条染色体功能组学研究,而且还可能用于查找特定疾病相关的染色体异常(如DNA突变、异位、重复及倒置等),具有一定的实用意义。
关键词
多重退火环形扩增
高通量测序
靶向富集
单染色体
流式分选
Keywords
multiple annealing and looping-based amplification cycles（MALBAC）
high throughput sequencing
target enrichment
single chromosome
flow cytometry sorting
分类号
Q331 [生物学—遗传学]
Q348 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单染色体靶向富集方法的建立
谢德健
张田甜
师明磊
张彦
沈文龙
叶丙雨
李平
何超
张香媛
赵志虎
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
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