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多重序列比对Alignment的信息度量准则被引量：6: 1; 作者沈世镒《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2002年第4期1-10,共10页; 多重序列的比对(Alignment)的核心问题是对多重DNA(或RNA、蛋白质)序列,寻找它们的相似部分或稳定区域,但如何定义多重序列的相似度(或罚分函数)则是解决多重序列比对的前提。首先对多重序列相似度的合理性进行了讨论,给出了一组合理的... 展开更多; 关键词多重序列比对多重序列相似度罚分函数信息度量准则; 在线阅读下载PDF 职称材料

关于多重序列比对距离矩阵的一点注记被引量：1: 2; 作者沈世镒《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2003年第3期1-7,55,共8页; 因为多重序列比对的最优解问题是一个非易计算问题,所以在生物信息学中,对多重序列分析常常采用两两序列比对来实现。因此由两两比对所产生的距离矩阵在多重序列比对分析中起重要作用。证明了由两两序列比对所产生的距离满足距离关系的... 展开更多; 关键词多重序列比对两两序列比对的距离矩阵距离关系的三公理条件; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法被引量：1: 3; 作者康勍胡健 +2 位作者戚兴保方慧生陈凯先《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期190-192,共3页; 目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法。方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质... 展开更多; 关键词多重序列比对评估平均相似性法蛋白质结构; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于蚁群算法与中心比对算法的多序列比对研究被引量：1: 4; 作者王彩芸蔡乐才《现代电子技术》 2009年第12期85-87,共3页; 多序列比对问题是生物信息学中一个非常重要且具挑战性的课题。为了克服以往算法应用于多序列比对时所遇到的比对序列数受限制以及比对寻优速度慢的缺点,提出一种基于蚁群算法与中心比对算法相结合的新求解算法,给出了具体的算法设计。... 展开更多; 关键词多重序列比对蚁群算法中心比对算法算法设计; 在线阅读下载PDF 职称材料

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒海南株的ORF5基因分析: 5; 作者马佳镁钟植文 +6 位作者范悦轩黄春媛郑佳馨曹芳芳王金泉刘光亮曹宗喜《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3049-3056,共8页; 【目的】鉴定我国海南省新发现的2株猪繁殖与呼吸综合征病毒株HNHK1-2021和HNLG1-2021的进化关系。【方法】采用PCR方法对ORF5基因进行扩增和序列测定,利用MegAlign软件进行多重序列比对,利用MEGA X软件邻接法构建进化树。【结果】PRRSV... 展开更多; 关键词猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5基因多重序列比对同源性; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名多重序列比对Alignment的信息度量准则被引量：6: 1; 作者沈世镒; 机构南开大学数学科学学院; 出处《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2002年第4期1-10,共10页; 基金获刘徽应用数学研究中心资助.; 文摘多重序列的比对(Alignment)的核心问题是对多重DNA(或RNA、蛋白质)序列,寻找它们的相似部分或稳定区域,但如何定义多重序列的相似度(或罚分函数)则是解决多重序列比对的前提。首先对多重序列相似度的合理性进行了讨论,给出了一组合理的相似度所必需具备的条件;再利用Shannon熵的特点,给出一个满足这些合理性条件的多重序列比对的优化准则。; 关键词多重序列比对多重序列相似度罚分函数信息度量准则; Keywords multiple sequences alignment(MSA) similarity measure or cost function information measure criterion; 分类号 O236 [理学—运筹学与控制论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名关于多重序列比对距离矩阵的一点注记被引量：1: 2; 作者沈世镒; 机构南开大学数学科学学院与; 出处《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2003年第3期1-7,55,共8页; 基金国家自然科学基金(10271061) 天南大联合研究项目刘徽应用数学研究中心资助.; 文摘因为多重序列比对的最优解问题是一个非易计算问题,所以在生物信息学中,对多重序列分析常常采用两两序列比对来实现。因此由两两比对所产生的距离矩阵在多重序列比对分析中起重要作用。证明了由两两序列比对所产生的距离满足距离关系的三公理条件,从而使两两序列比对分析在距离空间中进行。; 关键词多重序列比对两两序列比对的距离矩阵距离关系的三公理条件; Keywords multiple sequence alignment double sequence alignment distance matrix axioms of distance; 分类号 O236 [理学—运筹学与控制论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法被引量：1: 3; 作者康勍胡健戚兴保方慧生陈凯先; 机构中国药科大学生命科学与技术学院上海中医药大学; 出处《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期190-192,共3页; 文摘目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法。方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量。结果:通过SCOP数据库的检验,所得的质量标准与专家分类的标准基本一致。结论:本方法是一种有效的蛋白质多重序列比对的质量评估法。; 关键词多重序列比对评估平均相似性法蛋白质结构; Keywords muhiple sequence alignment（MSA） assessment average similarity protein structure; 分类号 Q51 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于蚁群算法与中心比对算法的多序列比对研究被引量：1: 4; 作者王彩芸蔡乐才; 机构四川理工学院; 出处《现代电子技术》 2009年第12期85-87,共3页; 基金四川省教育厅科技项目(2007ZL048); 文摘多序列比对问题是生物信息学中一个非常重要且具挑战性的课题。为了克服以往算法应用于多序列比对时所遇到的比对序列数受限制以及比对寻优速度慢的缺点,提出一种基于蚁群算法与中心比对算法相结合的新求解算法,给出了具体的算法设计。该算法充分发挥了蚁群算法和中心比对算法的优越性,可提高求解MSA问题的计算精度和计算速度,同时较好地解决了群体的多样性和收敛深度的矛盾。; 关键词多重序列比对蚁群算法中心比对算法算法设计; Keywords multiple sequence alignment ant colony alignment consensus alignment algorithm design; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名2株猪繁殖与呼吸综合征病毒海南株的ORF5基因分析: 5; 作者马佳镁钟植文范悦轩黄春媛郑佳馨曹芳芳王金泉刘光亮曹宗喜; 机构新疆农业大学动物医学学院海南省农业科学院畜牧兽医研究所/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室/国家动物疫病数据中心海口观测实验点广东永顺生物制药股份有限公司海南省农业科学院畜牧兽医研究所海南省院士团队创新中心; 出处《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3049-3056,共8页; 基金海南省省属科研院所技术创新专项(jscx202001) 国家自然科学基金项目(32060796) +2 种基金国家重点研发计划(2023YFC3404302)。; 文摘【目的】鉴定我国海南省新发现的2株猪繁殖与呼吸综合征病毒株HNHK1-2021和HNLG1-2021的进化关系。【方法】采用PCR方法对ORF5基因进行扩增和序列测定,利用MegAlign软件进行多重序列比对,利用MEGA X软件邻接法构建进化树。【结果】PRRSV HNHK1-2021和HNLG1-2021毒株核苷酸相似性为82.9%,推导氨基酸相似性为82.6%。HNHK1-2021毒株和NADC30类PRRSV、QYYZ类PRRSV、VR-2332类PRRSV以及JXA1类PRRSV序列比对,80.8%~82.8%、90.2%~92.0%、82.1%~83.4%、81.9%~84.4%,推导氨基酸相似性分别为82.1%~84.6%、91.5%~94.5%、80.1%~83.1%、82.6%~84.6%;HNLG1-2021毒株和NADC30类PRRSV、QYYZ类PRRSV、VR2332类PRRSV以及JXA1类PRRSV序列比对,核苷酸相似性分别为83.7%~84.6%、81.8%~83.6%、97.7%~99.5%、85.6%~90.4%,推导氨基酸相似性为83.6%~85.1%、81.1%~82.6%、96.0%~98.5%,86.1%~90.5%。【结论】2株病毒株均属于北美型PRRSV,HNHK1-2021毒株属于QYYZ类PRRSV(谱系3)。HNLG1-2021毒株属于VR-2332类PRRSV(谱系5)。; 关键词猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5基因多重序列比对同源性; Keywords porcine reproductive and respiratory syndrome virus ORF5 gene multiple sequence alignment homology; 分类号 S855.2 [农业科学—临床兽医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	多重序列比对Alignment的信息度量准则	沈世镒	《工程数学学报》 CSCD 北大核心	2002	6	在线阅读下载PDF 职称材料
2	关于多重序列比对距离矩阵的一点注记	沈世镒	《工程数学学报》 CSCD 北大核心	2003	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法	康勍胡健戚兴保方慧生陈凯先	《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2009	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于蚁群算法与中心比对算法的多序列比对研究	王彩芸蔡乐才	《现代电子技术》	2009	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	2株猪繁殖与呼吸综合征病毒海南株的ORF5基因分析	马佳镁钟植文范悦轩黄春媛郑佳馨曹芳芳王金泉刘光亮曹宗喜	《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料