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短串联重复序列D7S2201基因座的群体遗传学研究 被引量:6
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作者 黄代新 张林 +2 位作者 吴梅筠 陈国弟 陈于波 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期107-110,共4页
用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列D7S2201基因座的遗传多态性,在262个中国成都地区汉族无关个体及119个泰国曼谷地区泰人无关个体中分别发现7个和5个等位基因,首次获得该基因座在两群体中的频率分布,其等位基因片段大小... 用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列D7S2201基因座的遗传多态性,在262个中国成都地区汉族无关个体及119个泰国曼谷地区泰人无关个体中分别发现7个和5个等位基因,首次获得该基因座在两群体中的频率分布,其等位基因片段大小范围为100~124bp。两群体的基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。该基因座在两群体中的个人识别能力(PD)、杂合度(H)、多态性信息含量(CPI)及非父排除率(PE)分别为0.7038、0.5992、0.4789、0.2900和0.7351、0.5882、0.5012、0.2770。家系调查证实了等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。χ2检验表明两群体间等位基因频率分布无显著性差异。 展开更多
关键词 串联生育序列 聚合反应 D7S2201基因座 多态性 群体遗传
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西藏藏族人群15个短串联重复序列基因座的遗传多态性 被引量:4
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作者 李宁 苏玉虹 +8 位作者 席焕久 任甫 黄克强 肖艳杰 温有峰 李春山 李长勇 王鲲 成建国 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期851-856,共6页
利用多重PCR五色荧光(6FAM、VIC、NED、PET、LIZ)自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传... 利用多重PCR五色荧光(6FAM、VIC、NED、PET、LIZ)自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性,获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示:15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力(Discrimination power,DP)在0.7555~0.9602之间,杂合度(Heterozygosity,H)在0.5651~0.8530之间,多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC)在0.5528~0.8456之间,非父排除率(Probability of paternity exclusion,EPP)在0.3811~0.8549之间,累积个体鉴别力为0.999999999,累积非父排除率为0.999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记,用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。 展开更多
关键词 串联重复序列 多态性 藏族 聚合反应
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江苏地区汉族人群八个短串联重复序列基因座遗传多态性研究 被引量:3
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作者 易龙 陈仕林 +6 位作者 许争峰 潘永久 杨驰 应锋 丁卫东 王勇 凌立君 《医学研究生学报》 CAS 2004年第2期117-119,共3页
目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标... 目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标本 12 2份中提取DNA。特异引物聚合酶链反应。产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染检测。 结果 :这八个STR基因座在江苏地区汉族人群均具有遗传多态性 ,并符合Hardy Wein berg定律 ,它们的个人识别率范围从F13B的 0 .6 86 9到vWA的 0 .92 85 ,非父排除率范围从F13B的 0 .2 4 99到vWA的 0 .6 0 2 6不等。 结论 展开更多
关键词 聚合反应 遗传多态性 串联重复序列 江苏地区汉族群体
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中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查 被引量:2
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作者 易龙 杨驰 +4 位作者 王勇 史冬泉 李志刚 李继周 周晓军 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期576-584,共9页
为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。... 为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测。这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到 D2S1338的 0.952 7,非父排除率(PE)范围从 D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等。5个基因座的联合 DP值和联合 PE分别为0.999 997和0.991 8。在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian fom the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P<0.005)。为常规应用这 8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据。 展开更多
关键词 聚合反应 遗传多态性 串联重复序列 中国江苏地区汉族群体
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短串联重复序列位点CYP19、LPL、TH的多态性研究 被引量:3
5
作者 余纯应 杨庆恩 +1 位作者 陈慧 杨荣芝 《同济医科大学学报》 CSCD 1997年第6期430-433,共4页
应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观... 应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观察46次减数分裂未发现突变基因。分别计算了汉族人群CYP19、LPL和TH位点的杂合度(H)、个人识别能力(DP)、多态性信息总量(PIC)和非父排除率(PE),为法医学应用提供了基础数据。 展开更多
关键词 串联重复序列 基因频率 聚合反应
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江苏地区汉族人群六个短串联重复基因座的群体遗传学研究(英文) 被引量:2
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作者 易龙 应锋 +2 位作者 丁卫东 吴晓宇 姚根宏 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期653-658,共6页
采用复合扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳分型和银染显示的方法 ,对江苏地区汉族人群中 111个无关个体的 6个短串联重复 (STR)基因座 (CSF1PO ,TPOX ,TH0 1,D16S5 39,D7S82 0和D13S317)进行了群体遗传学研究。经X2 检验 ,6个基因座的基因型频... 采用复合扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳分型和银染显示的方法 ,对江苏地区汉族人群中 111个无关个体的 6个短串联重复 (STR)基因座 (CSF1PO ,TPOX ,TH0 1,D16S5 39,D7S82 0和D13S317)进行了群体遗传学研究。经X2 检验 ,6个基因座的基因型频率符合Hardy Weinberg平衡定律 (P >0 .0 5 )。它们的联合个体识别率 (DP)值 >0 .9999;联合非父排除率 (PE)值 >0 .9882。这 6个基因座在江苏地区汉族人群中显示了高度的多态性和良好的鉴别能力 。 展开更多
关键词 串联重复基因座 群体遗传学 聚合反应 法医学 江苏 汉族 个体识别
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一种快速聚合酶链式反应方法的探究和法医学应用
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作者 董会 李彩霞 +2 位作者 王晶 贾竞 刘超 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期931-937,共7页
目的优化和建立一套快速聚合酶链式反应(PCR)扩增体系和程序,缩短扩增时间,提高短串联重复序列分型的速率和办案效率。方法运用AmpFLSTR?Identifiler?Plus试剂盒和7种快速扩增酶进行筛选和优化,最后对筛选出的酶优化其扩增体系和扩增程... 目的优化和建立一套快速聚合酶链式反应(PCR)扩增体系和程序,缩短扩增时间,提高短串联重复序列分型的速率和办案效率。方法运用AmpFLSTR?Identifiler?Plus试剂盒和7种快速扩增酶进行筛选和优化,最后对筛选出的酶优化其扩增体系和扩增程序,并对几种常规检材中提取的DNA进行扩增和检测,然后对其分型结果进行验证和讨论。结果最终优化的扩增程序由常规的3 h左右缩短至24 min,DNA检验结果与常规方法一致。结论应用优化后的快速PCR扩增体系可以成功准确扩增DNA样本,显著提高DNA分型速率。 展开更多
关键词 法医学 快速聚合反应 复合串联重复序列
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扩展的简单串联重复位点诱发突变在遗传毒理学的应用进展
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作者 梁春柳 姚朗 张天宝 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期487-489,共3页
扩展的简单串联重复(ESTRs)序列是基因组DNA上高不稳定的一类重复序列。由于其自发突变和诱发突变率高,因而在生殖细胞诱发突变中的研究中得到广泛的应用。随着研究的深入,目前发现有3类重复序列——小卫星、微卫星和ESTRs,主要通过系... 扩展的简单串联重复(ESTRs)序列是基因组DNA上高不稳定的一类重复序列。由于其自发突变和诱发突变率高,因而在生殖细胞诱发突变中的研究中得到广泛的应用。随着研究的深入,目前发现有3类重复序列——小卫星、微卫星和ESTRs,主要通过系谱法和单分子PCR法来研究这些重复序列的变化。但迄今为止,这些重复序列的突变机制还不明确。本文主要综述了目前国内外对这3种重复序列的异同、ESTRs突变研究方法的优缺点以及突变机制。 展开更多
关键词 串联重复序列 等位基因 突变 系谱 聚合反应
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MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性 被引量:1
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作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页
目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多
关键词 主要组织相容性复合体Ⅰ类相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 单核苷酸多态性 聚合反应-直接测序法 二代测序 串联重复序列
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内皮型一氧化氮合酶基因多态性与高血压病患者舒张压的关系
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作者 李东宝 华琦 +3 位作者 邹海强 陈彪 皮林 刘荣坤 《首都医科大学学报》 CAS 2005年第3期309-311,共3页
目的探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因27bp数目可变的串联重复序列(VNTR)多态性与原发性高血压(EH)患者舒张压的关系及其可能机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)及琼脂糖凝胶电泳检测278例EH病人的基因型,同时进行基因测序。用硝酸还原... 目的探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因27bp数目可变的串联重复序列(VNTR)多态性与原发性高血压(EH)患者舒张压的关系及其可能机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)及琼脂糖凝胶电泳检测278例EH病人的基因型,同时进行基因测序。用硝酸还原酶法测定空腹血清一氧化氮代谢物(NOx)浓度。结果aa+ab基因型EH患者的空腹血清NOx明显低于bb基因型(P<0.05);aa+ab基因型EH患者的舒张压显著高于bb基因型(P<0.05)。结论eNOS基因27bp串联重复序列(VNTR)的a等位基因可能通过减少NOx的释放而参与舒张压增高的形成。 展开更多
关键词 舒张压 高血压病患者 基因多态性 聚合反应(PCR) 内皮型一氧化氮合 串联重复序列 B基因型 原发性高血压 凝胶电泳检测 血清一氧化氮 ENOS基因 EH患者 可能机制 基因测序 同时进行 法测定 空腹血清 等位基因 NOx
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北京地区汉族人群21号染色体上5个STR基因座的遗传多态性 被引量:6
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作者 陈振斌 朱金玲 +5 位作者 阎梅 梁燕 周艳 谭淑珍 肖白 刘敬忠 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期432-436,共5页
阐明21号染色体上唐氏综合征关键区域内或附近的5个STR基因座(D21S1413、D21S1446、D21S1437、D21S1411、D21S1412)在北京地区汉族人群中的结构特征和群体遗传学数据。Chelex法提取血DNA,PCR扩增后,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法或基... 阐明21号染色体上唐氏综合征关键区域内或附近的5个STR基因座(D21S1413、D21S1446、D21S1437、D21S1411、D21S1412)在北京地区汉族人群中的结构特征和群体遗传学数据。Chelex法提取血DNA,PCR扩增后,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法或基因片段扫描检测法进行STR分型,测序后确定STR基因座的主型和进行等位基因的命名。结果该5个STR基因座具有简单重复序列和遗传多态性,杂合度和多态信息含量高。它为唐氏综合征的基因诊断和产前基因诊断提供理论依据,也为这些遗传标记在我国人群中进行亲子鉴定和个体识别提供概率计算依据。 展开更多
关键词 聚合反应 串联重复序列 遗传多态性 中国汉族群体 唐氏综合征
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中国新疆哈萨克族人群CSF1PO、TH01和TPOX三个STR位点的遗传多态性 被引量:4
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作者 胡晓岩 黄辰 +3 位作者 宋土生 倪磊 陈雪玲 王一理 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期335-337,379,共4页
目的 获得CSF1P0、TPOX和TH0 1三个短串联重复序列 (shorttandemrepeat ,STR)在新疆哈萨克族人群中等位基因频率、基因型频率及相关法医学数据。方法 应用PCR技术、4 0 g·L-1(4% )变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对上述三个ST... 目的 获得CSF1P0、TPOX和TH0 1三个短串联重复序列 (shorttandemrepeat ,STR)在新疆哈萨克族人群中等位基因频率、基因型频率及相关法医学数据。方法 应用PCR技术、4 0 g·L-1(4% )变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对上述三个STR位点分型。结果 新疆哈萨克族人群CSF1P0位点有 8个等位片段 ,TPOX位点有 8个等位片段 ,TH0 1位点有 7个等位片段 ;3个位点的基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡 ;各位点杂合度分别为 0 .875 3、0 .8777、0 .932 1,多态信息量分别为 0 .74 0 1、0 .75 6 8、0 .75 0 9。 展开更多
关键词 串联重复序列 遗传多态性 聚合反应 电泳 新疆哈萨克族 基因频率
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拉萨市藏族人群15个STR基因座多态性的研究 被引量:4
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作者 李宁 苏玉虹 +3 位作者 席焕久 任甫 朱宝芹 温有峰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1361-1364,共4页
利用多重PCR和五色荧光(6FAM、VIC、NED、PET、LIZ)自动化检测技术调查西藏自治区拉萨市藏族人群D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA共15个STR基因... 利用多重PCR和五色荧光(6FAM、VIC、NED、PET、LIZ)自动化检测技术调查西藏自治区拉萨市藏族人群D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA共15个STR基因座多态性分布,获得了15个STR基因座的遗传学数据。结果显示:15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力(DP)在0.7515-0.9599之间,杂合度(H)在0.5576-0.8538之间,多态信息含量(PIC)在0.5455-0.8458之间,非父排除率(EPP)在0.3755-0.8520之间,累积个体鉴别力为0.99999999,累积非父排除率为0.999999997。15个STR基因座适合作为藏族人群的遗传标志用于人类学、遗传疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。 展开更多
关键词 串联重复序列 多态性 藏族 聚合反应
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中国汉族群体5个STR分子遗传标记多态性研究 被引量:3
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作者 贾振军 吴谨 +7 位作者 李慧 侯一平 张伟娟 周雪平 邓建强 石美森 张霁 李英碧 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期343-348,共6页
为了解中国人5个STR基因座等位片段结构特征,获得汉族群体D2S2955、D3S4014、D20S604、D22S689和GATA198B05基因座的群体遗传学数据。采取成都地区无血缘关系汉族个体血样EDTA抗凝血,Chelex法提取DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶不连... 为了解中国人5个STR基因座等位片段结构特征,获得汉族群体D2S2955、D3S4014、D20S604、D22S689和GATA198B05基因座的群体遗传学数据。采取成都地区无血缘关系汉族个体血样EDTA抗凝血,Chelex法提取DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶不连续缓冲系统水平电泳分型,自动激光荧光测序仪测定DNA序列。序列分析显示,中国人D2S2955、D3S4014、D20S604基因座具有简单重复序列,而D22S689、GATA198B05基因座具有复杂重复序列。5个STR基因座在成都汉族群体中均具有遗传多态性。揭示了我国汉族人群5个STR基因座的等位基因片段结构特征,为人类群体遗传研究提供了数据,建立的不连续缓冲系统水平电泳分型方法为检测这5个STR基因座提供了简便技术。 展开更多
关键词 聚合反应 遗传多态性 串联重复序列 中国汉族群体
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汉族人群DXS9898基因座的遗传多态性 被引量:3
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作者 黄代新 梁伟波 +1 位作者 吴梅筠 张林 《法医学杂志》 CAS CSCD 2002年第3期150-151,154,共3页
目的研究汉族群体DXS9898基因座的遗传多态性,为法科学应用提供基础数据。方法应用PCR及PAG电泳技术,对成都地区汉族群体199名女性无关个体及97名男性无关个体进行群体遗传学调查。结果共检出6个等位基因,片段大小为189~214bp,其基因... 目的研究汉族群体DXS9898基因座的遗传多态性,为法科学应用提供基础数据。方法应用PCR及PAG电泳技术,对成都地区汉族群体199名女性无关个体及97名男性无关个体进行群体遗传学调查。结果共检出6个等位基因,片段大小为189~214bp,其基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。家系调查证实等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。女性样本杂合度为0.5930;男、女性样本个人识别能力(Dp)分别为0.5667、0.9420;父-母-女三联体鉴定的非父排除率(PE)为0.5862。结论DXS9898基因座在法科学个人识别及女性小孩的亲权鉴定中具有较高的实用价值。 展开更多
关键词 串联重复序列 DXS9898 聚合反应 多态性 法医学
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基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测 被引量:5
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作者 梁文娟 张荣光 +6 位作者 段广才 王颖芳 洪丽娟 张冰 王鹏飞 郗园林 杨海燕 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期748-753,共6页
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌(310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌)的CRISPR1和CRI... 目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌(310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中(标准法)100株肠道细菌(47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3~26、2~9、2~32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1~20、1~6、2~27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列(S1-1,S1-2,S1-3)和1条独特间隔序列(S2-1)。间隔序列比对结果显示,S1-1+S1-2+S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。 展开更多
关键词 大肠埃希菌O157∶H7 成簇的规律间隔回文重复序列(CRISPR) 聚合反应 检测
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检测STR多态位点作为非性别依赖胎儿标记的探讨 被引量:2
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作者 秦斐 何吉 +4 位作者 朱发明 王芳 刘晋辉 陈舒 严力行 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期1624-1626,共3页
本研究探讨检测孕妇血浆中游离胎儿DNA短串联重复序列(short tandem repeat,STR)多态位点作为内对照进行遗传病产前基因诊断的可行性。用QIAamp DNA Kit抽提孕妇血浆DNA,应用AmpFlSTR profiler试剂盒扩增9个(D3S1358,VWA,FGA,D5S818,D13... 本研究探讨检测孕妇血浆中游离胎儿DNA短串联重复序列(short tandem repeat,STR)多态位点作为内对照进行遗传病产前基因诊断的可行性。用QIAamp DNA Kit抽提孕妇血浆DNA,应用AmpFlSTR profiler试剂盒扩增9个(D3S1358,VWA,FGA,D5S818,D13S317,D7S820,D8S1179,D21S11,D18S51)具有高度多态性的STR位点,以多重荧光PCR方法对不同孕期的36份孕妇血浆标本中胎儿DNA进行STR等位基因扩增,同时扩增孕妇及丈夫外周血来源DNA的STR位点。PCR产物经ABI Prism 377序列分析仪电泳后,用基因扫描软件进行分析,以在孕妇血浆中胎儿DNA检出父源性STR等位基因来确认胎儿DNA存在。结果表明:其中孕早期4份(4/6)、孕中期19份(19/20)、孕晚期9份(9/10)样本中检出胎儿父源性等位基因,即胎儿DNA。4份样本未检到胎儿DNA。结论:应用多重荧光PCR方法对孕妇血浆中胎儿DNA进行STR多态位点的复合扩增,可获得男性及女性胎儿性别DNA信息,作为非性别依赖胎儿标记,从而用于无创伤性产前诊断。 展开更多
关键词 串联重复序列 产前诊断 聚合反应 胎儿DNA
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15重快速STR复合扩增体系的构建 被引量:2
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作者 韩俊萍 孙敬 +7 位作者 欧元 刘鹏 叶健 赵雯雯 王雪倩 张译文 刘耀 李彩霞 《法医学杂志》 CAS CSCD 2016年第1期49-53,共5页
目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓... 目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓冲液、选择反应体系以及筛选添加剂等一系列复合扩增实验,比较各条件下等位基因丢失和非特异性扩增情况。结果在以1 ng DNA为模板、0.4μL聚合酶及10×Fast Start高保真反应缓冲液构成10μL快速体系的条件下,32 min即可获得标准DNA全部15个STR基因座的完整分型,无等位基因丢失和非特异性扩增现象,等位基因均衡性良好。同时,5%甘油、0.01%明胶、0.05%明胶和5 mmol/L硫酸铵可作为PCR扩增过程中拟加入的反应添加剂。结论本研究建立的15重快速STR复合扩增体系可以明显缩短反应时间,提高样品检测效率。 展开更多
关键词 法医遗传学 串联重复序列 聚合反应 体系建立
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成都地区汉族人群D2S441位点的遗传多态性研究 被引量:2
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作者 黄代新 张林 +2 位作者 吴梅筠 陈国弟 陈于波 《法医学杂志》 CAS CSCD 2001年第1期15-16,共2页
为研究 STR位点 D2S441的遗传多态性,为法医学应用提供基础数据,应用 PCR及 PAG电泳技术对 260名成都地区汉族无关个体进行了调查,共检出 9个等位基因及 26种基因型,首次获得汉族群体频率分布 ,其等位基因片段大小范围为 131~ 155b... 为研究 STR位点 D2S441的遗传多态性,为法医学应用提供基础数据,应用 PCR及 PAG电泳技术对 260名成都地区汉族无关个体进行了调查,共检出 9个等位基因及 26种基因型,首次获得汉族群体频率分布 ,其等位基因片段大小范围为 131~ 155bp。该位点基因型频率分布符合 Hardy- Weinberg平衡。家系调查证实了等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。其个人识别能力( Dp)、杂合度( H)、多态性信息含量( PIC)和非父排除率( PE)分别为 0.9084、 0.7885、 0.7390和 0.5778,表明该位点在法医学个人识别及亲子鉴定中具有较高的实用价值。 展开更多
关键词 串联重复序列 聚合反应 D2S441位点 多态性 遗传多态性
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河南部分人群D_(16)S_(539)、D_7S_(820)、D_(13)S_(317)基因座遗传多态性分析 被引量:5
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作者 陈辉 连建华 +6 位作者 刘清云 刘华 齐华 宋国英 李晓雯 程晓丽 游文凤 《河南医科大学学报》 北大核心 2001年第5期550-552,共3页
目的 :了解河南地区人群中D16S539、D7S82 0 、D13S317基因座的遗传多态性 ,获得群体遗传数据。方法 :对2 30份无血缘关系个体的抗凝血样提取DNA ,应用多位点复合PCR扩增技术结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法调查D16S539、D7S82 0 、D13S... 目的 :了解河南地区人群中D16S539、D7S82 0 、D13S317基因座的遗传多态性 ,获得群体遗传数据。方法 :对2 30份无血缘关系个体的抗凝血样提取DNA ,应用多位点复合PCR扩增技术结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法调查D16S539、D7S82 0 、D13S317基因座在河南地区群体中的基因型分布。结果 :D16S539基因座在河南地区人群中存在 9个等位基因 ,2 8种基因型 ;D7S82 0 基因座存在 9个等位基因 ,2 9种基因型 ;D13S317存在 8个等位基因 ,31种基因型。基因型频率分布符合Hardy Weinberg平衡。结论 :D16S539、D7S82 0 、D13S317基因座是进行人类群体遗传学和法医遗传学研究十分有用的遗传标记。 展开更多
关键词 串联重复序列 遗传多态性 聚合反应 STR
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