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多维功能作图在胡杨幼苗生长QTL的应用
1
作者
穆帅成
祝绪礼
+1 位作者
叶梅霞
邬荣领
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期365-377,共13页
功能作图框架能够表征复杂动态性状背后的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)或核苷酸。此前,功能作图广泛应用于单个性状或两个性状的QTL定位当中,多个相关性状功能作图的研究相对匮乏。本研究通过对SAD(Structured antedepen...
功能作图框架能够表征复杂动态性状背后的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)或核苷酸。此前,功能作图广泛应用于单个性状或两个性状的QTL定位当中,多个相关性状功能作图的研究相对匮乏。本研究通过对SAD(Structured antedependence)模型进一步推导,得到在多个性状时用于拟合时间相关协方差矩阵的结构化模型,并使用胡杨(Populus euphratica Oliv.)340个F_(1)代群体的4个生长相关性状以及模拟实验对多维功能作图模型进行测试。结果显示,共定位出173个显著位点,分布于除4、9、10、15、16以外的染色体。功能注释涉及参与叶绿体早期发育、生长素横向运输、提高植物非生物胁迫耐受性以及作为跨膜运输系统开关等生物学过程的32个基因。
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关键词
多维功能作图
数量性状位点
结构前依赖模型
胡杨
关联分析
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题名
多维功能作图在胡杨幼苗生长QTL的应用
1
作者
穆帅成
祝绪礼
叶梅霞
邬荣领
机构
北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心
宾夕法尼亚州立大学
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期365-377,共13页
基金
国家自然科学基金(32071796)
中国博士后科学基金(2019M660496)
北京林业大学科技创新计划(BLX201912)。
文摘
功能作图框架能够表征复杂动态性状背后的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)或核苷酸。此前,功能作图广泛应用于单个性状或两个性状的QTL定位当中,多个相关性状功能作图的研究相对匮乏。本研究通过对SAD(Structured antedependence)模型进一步推导,得到在多个性状时用于拟合时间相关协方差矩阵的结构化模型,并使用胡杨(Populus euphratica Oliv.)340个F_(1)代群体的4个生长相关性状以及模拟实验对多维功能作图模型进行测试。结果显示,共定位出173个显著位点,分布于除4、9、10、15、16以外的染色体。功能注释涉及参与叶绿体早期发育、生长素横向运输、提高植物非生物胁迫耐受性以及作为跨膜运输系统开关等生物学过程的32个基因。
关键词
多维功能作图
数量性状位点
结构前依赖模型
胡杨
关联分析
Keywords
Multi-trait functional mapping
Quantitative trait loci
Structure antedependence model
Populus euphratica
Association analysis
分类号
Q-3 [生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多维功能作图在胡杨幼苗生长QTL的应用
穆帅成
祝绪礼
叶梅霞
邬荣领
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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