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题名基于粗糙集的蛋白质结构分类属性筛选
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作者
敖培
王川
张纪
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机构
河南师范大学计算机与信息工程学院
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出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2014年第5期1328-1331,共4页
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基金
河南省教育厅科学技术研究重点项目基础研究计划资助项目(13A413506)
河南省教育厅科学技术研究重点项目(12A520028)
+1 种基金
河南师范大学新引进博士科研启动费支持课题(qd12136)
河南省软科学研究计划项目(112400450305)
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文摘
为了对蛋白质结构进行正确分类,提出了一种基于粗糙集理论的蛋白质结构分类属性筛选方法。通过多结构比对工具MAMMOTH-mult获得条件属性值,针对分辨矩阵中元素特点提出了分辨矩阵简化方法和改进的属性约简方法。实验以SCOP 1.71数据库中结构信息完整的35个家族数据集为研究对象,采用本方法得到%STRCTCORE和%LOOSECORE两个蛋白质分类属性,并通过两个属性的d1a0fa1与35个蛋白质家族、46 626家族与35个结构比对结果散点图可以看出,将这两个分类属性作为蛋白质结构分类标准,基本上可以对蛋白质结构进行客观正确的分类。
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关键词
粗糙集
分辨矩阵
属性约简
多结构比对
蛋白质结构分类
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Keywords
rough set
discernibility matrix
attribute reduction
multiple structure alignment
protein structure classification
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名蛋白质结构分类数据库
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作者
于晓丽
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机构
华北电力大学数理系
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出处
《重庆理工大学学报（自然科学）》
CAS
2010年第11期61-65,共5页
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文摘
对最具代表性,应用最为广泛的3个结构分类数据库SCOP、CATH、FSSP进行了描述和评价。针对目前的分类数据库普遍存在的不足,介绍了一种基于多结构比对的蛋白质结构分类的方法。
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关键词
蛋白质结构数据库
结构分类数据库
多结构比对
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Keywords
PDB
SCOP
multi-structure alignment
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分类号
Q51
[生物学—生物化学]
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