文摘目的:研究不同透析龄患者腹膜透析流出液(peritoneal dialysis effluent,PDE)外泌体中差异蛋白质组。方法:选取10例稳定腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者,根据透析龄分为初始腹透组(n=5)和维持腹透组(n=5)。收集患者留腹过夜的PDE,通过透射电镜(transmission electron microscopy,TEM)、纳米颗粒跟踪分析(nanoparticle tracking analysis,NTA)、免疫印迹法鉴定经超速离心提取的外泌体,并用非标记定量蛋白质组学技术鉴定和筛选,对具有显著差异的蛋白开展功能富集和信号通路生物信息学分析。结果:PDE中提取到的外泌体TEM下呈茶托状,直径分布在30~150 nm,表达外泌体标志蛋白CD63和TSG101。通过数据库比对两组共筛选出499种差异蛋白,与初始腹透组相比,维持腹透组经差异显著性筛选上调蛋白17种,下调蛋白15种。基因本体论(gene ontology,GO)分析显示,差异表达蛋白主要分布在氯离子通道复合物、细胞表面以及核基质,以结合与催化活性为主,参与结合的正向调控、氧化应激反应及过氧化物酶反应等生物过程。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路主要富集在免疫相关的信号通路,包括IL-17和Th17细胞分化信号通路,在腹膜损伤中起着关键作用。结论:采用非标记定量蛋白质组学技术筛选的差异蛋白可能作为PD患者腹膜损伤的候选标志物,也为揭示腹膜纤维化分子生物学机制提供线索。
文摘采用液相色谱-质谱联用非靶向代谢组学方法,研究了两种日粮饲喂下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肌肉代谢物的差异及变化,为提升其养殖品质提供参考。通过样本主成分分析(Principal components analysis,PCA),并与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)进行比对,筛选出虾肉中的差异代谢物并分析原因。结果显示:通过代谢组学分析,在正离子和负离子模式下共筛选出27种显著差异代谢物;与常规饲料相比,发酵饲料实验组中腺苷酸基琥珀酸、丝氨酸、磷酯酰胆碱、奎尼酸、补骨脂素、磷酯酰丝氨酸、谷氨酸等显著增加;经KEGG通路分析,变化显著的前4条通路分别是组氨酸代谢通路、精氨酸-脯氨酸代谢通路、蛋白质消化与吸收代谢通路和氨酰-tRNA合成通路。研究结果初步表明,日粮在调节克氏原螯虾氨基酸代谢、蛋白质合成和辅助合成氨酰-tRNA酶类等方面起积极作用。
