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急性髓系白血病患者预后不良相关基因的多组学分析
被引量：
16
1
作者
陈熙勐
张皓旻
+2 位作者
杨波
卢学春
贺培凤
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期331-338,共8页
目的:利用GEO数据库和TCGA数据库的数据,通过多组学分析方法分析与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生、发展及不良预后相关的分子标志物。方法:从GEO数据库下载符合要求的转录组数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基...
目的:利用GEO数据库和TCGA数据库的数据,通过多组学分析方法分析与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生、发展及不良预后相关的分子标志物。方法:从GEO数据库下载符合要求的转录组数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时使用STRING数据库数据,利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选出hub gene,结合TCGA数据库附带的临床信息对hub gene进行预后分析。结果:共筛选出620个差异基因,上调的差异表达基因162个,下调的差异表达基因458个。综合GO功能富集、KEGG通路富集分析及蛋白相互作用网络结果,筛选出CXCL4、CXCR4、CXCR1、CXCR2、CCL5、JUN为hub gene。生存分析显示,CXCL4、CXCR1、CCL5高表达是患者预后不良的危险因素。结论:CXCL4、CXCR1、CCL5可以作为AML发生、发展的相关生物标志物,且与不良预后相关,这可以为进一步研究提供依据。
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关键词
急性髓系白血病
多组学分析方法
生物信息
学
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题名
急性髓系白血病患者预后不良相关基因的多组学分析
被引量：
16
1
作者
陈熙勐
张皓旻
杨波
卢学春
贺培凤
机构
山西医科大学管理学院
解放军总医院第二医学中心血液科国家老年疾病临床医学研究中心
出处
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期331-338,共8页
基金
国家老年疾病临床医学研究中心招标课题(NCRCG-PLAGH-2017011)
解放军总医院转化医学项目(2017TM-020)
山西省重点研发计划项目(201803D31067)
文摘
目的:利用GEO数据库和TCGA数据库的数据,通过多组学分析方法分析与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生、发展及不良预后相关的分子标志物。方法:从GEO数据库下载符合要求的转录组数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时使用STRING数据库数据,利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选出hub gene,结合TCGA数据库附带的临床信息对hub gene进行预后分析。结果:共筛选出620个差异基因,上调的差异表达基因162个,下调的差异表达基因458个。综合GO功能富集、KEGG通路富集分析及蛋白相互作用网络结果,筛选出CXCL4、CXCR4、CXCR1、CXCR2、CCL5、JUN为hub gene。生存分析显示,CXCL4、CXCR1、CCL5高表达是患者预后不良的危险因素。结论:CXCL4、CXCR1、CCL5可以作为AML发生、发展的相关生物标志物,且与不良预后相关,这可以为进一步研究提供依据。
关键词
急性髓系白血病
多组学分析方法
生物信息
学
Keywords
acute myeloid leukemia
multiomics analysis
bioinformatics
分类号
R733.71 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
急性髓系白血病患者预后不良相关基因的多组学分析
陈熙勐
张皓旻
杨波
卢学春
贺培凤
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
16
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