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题名多序列比对算法族的形式化设计与生成
被引量：3
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作者
张旭初
石海鹤
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机构
江西师范大学计算机信息工程学院
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出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2020年第8期1383-1392,共10页
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基金
国家自然科学基金(61662035,61762049,61862033)。
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文摘
多序列比对问题是生物信息学研究的重要部分,是解决物种进化关系、基因组序列分析等问题的基础。多序列比对算法具有很高的专用性,不同的算法适用于不同的研究环境。目前常用的多序列比对软件是在生物信息学理论指导下利用多个子算法装配形成的,而现有的研究主要针对特定算法的特定步骤进行优化,缺乏领域层次高抽象性的算法框架研究,致使多序列比对算法较为繁杂且冗余过多。根据产生式编程以及软件复用的思想,分析了多序列比对算法族MSAA的特征,设计了相应的泛型算法构件并刻画了构件间的交互关系,进一步借助PAR平台形式化构建了MSAA构件库,提高了装配算法的可靠性和组装灵活性,便于研究人员的维护和优化。
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关键词
多序列比对算法
特征模型
产生式编程
算法构件
PAR平台
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Keywords
multiple sequences alignment algorithm
feature model
generative programming
algorithm component
PAR platform
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名基于扩展前缀树的协议格式推断方法
被引量：3
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作者
洪征
田益凡
张洪泽
吴礼发
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机构
解放军陆军工程大学指挥控制工程学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2018年第12期14-20,共7页
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基金
国家重点研发计划(No.2017YFB0802900)
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文摘
对未知网络协议进行协议格式推断在网络安全领域具有重要意义。现有的协议格式推断方法存在时间复杂度高、精确度较低等问题。提出了一种基于扩展前缀树协议格式推断方法。该方法首先通过N-gram分词获取候选协议关键词,使用互信息进行合并得到不同长度的协议关键词。在此基础上,依据与报文相对应的关键词序列构建扩展前缀树,实现对报文样本的初步聚类。而后,在扩展前缀树的基础上采用分段的多序列比对方法获取精确的协议格式。实验结果表明,该协议格式推断方法对于文本协议和二进制协议都能够取得理想的推断效果。
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关键词
协议格式推断
互信息
扩展前缀树
多序列比对算法
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Keywords
protocol format inference
mutual information
extended prefix tree
multiple sequence alignment algorithm
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分类号
TP393.08
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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