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基于LevelSet曲面的蛋白质分子场特征分析
1
作者
韩玮
金志栋
+1 位作者
汪莉
彭群生
《计算机辅助设计与图形学学报》
EI
CSCD
北大核心
2008年第9期1229-1237,共9页
阐述了利用Level Set模型抽取并分析蛋白质分子场特征方面的工作.从蛋白质分子结构出发,基于分子力学和分子动力学理论计算得到蕴含丰富生化信息的分子场数据;设计了一种有效的Level Set模型揭示分子场能量突变区域;进而构造体特征函数...
阐述了利用Level Set模型抽取并分析蛋白质分子场特征方面的工作.从蛋白质分子结构出发,基于分子力学和分子动力学理论计算得到蕴含丰富生化信息的分子场数据;设计了一种有效的Level Set模型揭示分子场能量突变区域;进而构造体特征函数,抽取并分析Level Set曲面的拓扑结构特征;最后对同一蛋白质不同状态下的Level Set曲面进行多属性比对.采用文中方法可成功地抽取蛋白质分子场的重要特征,所抽取的特征与已有生物学结论一致,如DPS蛋白质与铁离子结合的空腔区域、HIV-1蛋白酶内部的水分子排出通道,以及HIV-1蛋白酶在水溶液中进行SMD模拟时的生物活性变化等.
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关键词
分子场
特征分析
LEVEL
Set曲面
多属性比对
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职称材料
题名
基于LevelSet曲面的蛋白质分子场特征分析
1
作者
韩玮
金志栋
汪莉
彭群生
机构
浙江大学CAD&CG国家重点实验室
出处
《计算机辅助设计与图形学学报》
EI
CSCD
北大核心
2008年第9期1229-1237,共9页
基金
国家自然科学基金重点项目(60533050)
浙江省杰出青年团体项目(R407042)
文摘
阐述了利用Level Set模型抽取并分析蛋白质分子场特征方面的工作.从蛋白质分子结构出发,基于分子力学和分子动力学理论计算得到蕴含丰富生化信息的分子场数据;设计了一种有效的Level Set模型揭示分子场能量突变区域;进而构造体特征函数,抽取并分析Level Set曲面的拓扑结构特征;最后对同一蛋白质不同状态下的Level Set曲面进行多属性比对.采用文中方法可成功地抽取蛋白质分子场的重要特征,所抽取的特征与已有生物学结论一致,如DPS蛋白质与铁离子结合的空腔区域、HIV-1蛋白酶内部的水分子排出通道,以及HIV-1蛋白酶在水溶液中进行SMD模拟时的生物活性变化等.
关键词
分子场
特征分析
LEVEL
Set曲面
多属性比对
Keywords
molecular field
feature analysis
Level Set surfaces
multiple attributes
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于LevelSet曲面的蛋白质分子场特征分析
韩玮
金志栋
汪莉
彭群生
《计算机辅助设计与图形学学报》
EI
CSCD
北大核心
2008
0
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