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濒危植物新绒苔叶绿体基因组特征及系统发育位置分析 被引量：2
1
作者 朱梦飞 胡迎峰 师雪芹 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第1期55-63,共9页
【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔... 【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔为材料,进行DNA提取、测序和组装,分析叶绿体基因组结构、重复序列、密码子偏好性,并结合其余18种苔藓植物叶绿体基因组序列构建系统发育关系。【结果】新绒苔叶绿体全基因组序列全长为118 423 bp,包括1对反向重复区(IR,9 031 bp)、1个大单拷贝区(LSC,80 837 bp)和1个小单拷贝区(SSC,19 524 bp);包含79个蛋白质编码基因,8个核糖体RNA (rRNA)和36个转移RNA (tRNA)。新绒苔叶绿体全基因组中共检测到56个简单重复序列(SSR),大部分为AT/AT二核苷酸序列。密码子偏好性分析表明其密码子偏好以A/U结尾。除了少数可变区域外,新绒苔叶绿体基因组的IR边界区域非常保守。系统发育树表明该种与囊绒苔Trichocoleopsis sacculata亲缘关系最密切,两者隶属于新绒苔科。【结论】新绒苔叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组相对保守。系统发育树分析表明新绒苔与囊绒苔聚合成同一分支结构。 展开更多
关键词 新绒苔 叶绿体基因组 特征分析 系统发育
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石斛属灯笼组物种叶绿体基因组特征及系统发育分析
2
作者 陈育明 韦春怡 +3 位作者 张赛 黄思铭 兰思仁 李明河 《草地学报》 北大核心 2025年第5期1372-1386,共15页
为解析石斛属(Dendrobium)灯笼组(Section Densiflora)物种的叶绿体基因组特征及其系统发育关系,本研究采用高通量测序技术首次对该组的四角石斛(D.farmer)、角茎灯笼石斛(D.palpebrae)、具槽石斛(D.sulcatum)和球花石斛(D.thyrsiflorum... 为解析石斛属(Dendrobium)灯笼组(Section Densiflora)物种的叶绿体基因组特征及其系统发育关系,本研究采用高通量测序技术首次对该组的四角石斛(D.farmer)、角茎灯笼石斛(D.palpebrae)、具槽石斛(D.sulcatum)和球花石斛(D.thyrsiflorum)叶绿体基因组进行测序,利用生物信息学相关软件对其基因组进行组装、注释、图谱绘制以及序列特征分析,并构建石斛属42个物种(灯笼组10个)的系统发育树。结果显示:灯笼组物种叶绿体基因组全长范围为151717~160123 bp,总GC含量为37.1%~37.6%,共注释到129~133个基因;同时检测到46~63个简单重复序列(Simple repeat sequence,SSR)以及48~49个分散重复序列(Interspersed repetitive sequence,INE);蛋白编码基因的密码子偏好以A/U(T)结尾;灯笼组物种中的trnK^(UUU),atpF,rpoC,trnL^(UAA),clpP,rpl16等6个基因的编码区具有显著差异。系统发育树表明,灯笼组10个物种聚类为4个不同演化分支,传统形态学界定的灯笼组为非单系。 展开更多
关键词 灯笼组石斛 叶绿体基因组 基因组比较 系统发育分析
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玉木耳线粒体基因组特征及系统发育分析
3
作者 苏文英 刘晓梅 +3 位作者 纪伟 王一璞 李晓 任立凯 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期47-54,共8页
为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状... 为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状DNA结构,全长195026 bp,GC含量为34.65%。基因注释结果表明,玉木耳线粒体基因组共包含38个基因,其中14个蛋白编码基因、2个核糖体RNA和22个转运RNA。22个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,共存在39处G-T错配,1处A-C错配,2处T-T错配。基因共线性分析结果显示,玉木耳与黑木耳之间重排不明显,只存在基因簇大小方面的差异;共有的12个蛋白编码基因的K a/K s值都小于1.0,这表明大多数PCG在进化过程中受到了纯化选择作用。系统发育分析表明,与玉木耳系统发育关系最近的是黑木耳,二者单独聚为一支,这表明在进化历程中,玉木耳和黑木耳可能具有较近的共同祖先。本研究结果丰富了玉木耳的线粒体基因组序列信息,有助于理解玉木耳的进化历程,为木耳属物种的分类和系统发育研究提供了数据支撑。 展开更多
关键词 玉木耳 线粒体基因组 序列特征 系统发育 基因注释 共线性分析
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玄参科植物叶绿体基因组特征及系统发育分析
4
作者 李斌 苏香萍 +4 位作者 刘畅 王玉兵 张勇洪 周超 徐青 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期240-254,共15页
【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比... 【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比较分析。【结果】玄参科叶绿体基因组长度在142336-154710 bp,GC含量为37.7%-38.1%,展现出典型的四分体结构,其中大单拷贝区长度为83531-97103 bp,小单拷贝区为17375-18600 bp,反向重复区为13497-25695 bp。通过对玄参科叶绿体基因组成的比较,揭示了在进化过程中获得与丢失的模式。此外,共线性分析发现,玄参科叶绿体基因组排列较为保守,但也存在基因组重排事件。长重复序列分析结果显示,玄参科叶绿体基因组大多数是正向重复和回文重复;而简单重复序列分析则鉴定了117-156个SSR位点,其中以A/T组成的单核苷酸重复次数最多,占比高达85.50%-91.50%。通过相对同义密码子使用度(RSCU)分析,筛选出25个最优密码子,绝大部分以A/U结尾。分化时间分析表明,玄参科的共同祖先与近缘物种大约在70.5百万年前(MYA)分开,并在约52.4 MYA形成了一个单系分支,绝大多数玄参科物种出现在近50 MYA。【结论】玄参科叶绿体基因组虽具有相似的结构特征,但在其进化历程中,基因的获得与丢失以及基因组的重排现象亦有所发生。基于叶绿体基因组,构建了更为精细的玄参科系统发育树。此外,分化时间的研究表明,玄参科物种的快速分化主要发生在大约50百万年前。 展开更多
关键词 玄参科 叶绿体基因组 序列特征 系统发育分析
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贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
5
作者 滕尧 杨加文 +5 位作者 何选泽 张小英 李嘉昱 陈彩霞 袁茂琴 彭熙 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第3期35-44,共10页
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基... 为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明,(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总长度为153582bp,其中大单拷贝区(LSC)为84944bp,小单拷贝区(SSC)为18740bp,此外还有2个长度为24949bp的反向重复序列区(IR),总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因,其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25910个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多,密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点,且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守,变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示,贵州海桐、昆明海桐(P.kunmingense)的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 贵州海桐 叶绿体基因组 结构特征 密码子偏好性 系统发育分析
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栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组测定及系统发育分析
6
作者 刘丽静 李继姬 +1 位作者 董响丽 叶莹莹 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第3期658-671,共14页
为了探究栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组结构特征及其在进化过程中的地位,采用高通量测序,测定了栉江珧线粒体全基因组序列,并对其基因进行了注释和分析。结果表明,栉江珧的线粒体基因组总长为16703 bp,共包含36个基因(12个蛋... 为了探究栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组结构特征及其在进化过程中的地位,采用高通量测序,测定了栉江珧线粒体全基因组序列,并对其基因进行了注释和分析。结果表明,栉江珧的线粒体基因组总长为16703 bp,共包含36个基因(12个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因),缺少atp8基因,且所有基因都位于重链编码。比较碱基组成发现,基因组碱基表现出明显的AT偏移。此外我们基于线粒体12个蛋白质编码基因,利用最大似然法和贝叶斯法构建了52种贝类的系统发育树。结果显示,栉江珧与Pinna rudis聚为一支,同属于江珧科(Pinnidae),江珧科与牡蛎科(Ostreidae)构成姐妹群关系,共同划分到牡蛎目(Ostreida)。对江珧科所在的牡蛎目进行基因重排比较,发现江珧科的重排程度较高,而牡蛎科相对保守。研究结果可为深入理解栉江珧在双壳贝类进化中的位置提供分子证据,同时也为进一步研究其生物学特性提供了重要的基因组信息。 展开更多
关键词 栉江珧 线粒体基因 基因重排 系统发育分析
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四点象天牛线粒体全基因组结构及其在天牛科的系统发育地位
7
作者 渠子琪 李承锦 +6 位作者 李长帅 崔研 杨明亮 张苏芳 刘福 孔祥波 方加兴 《陆地生态系统与保护学报》 2025年第1期54-64,共11页
【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数... 【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数据支持。【方法】采用Illumina HiSeq 4000平台对四点象天牛线粒体全基因组进行测序,并对其进行拼接、注释和分析。利用线粒体基因组中的13个蛋白编码基因通过贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood,ML)分析四点象天牛在天牛科中的系统进化地位。【结果】四点象天牛线粒体基因组全长为16130 bp,由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(protein coding genes,PCGs)、2个核糖体RNA基因(rRNA)和22个转运RNA基因(tRNA),以及1个非编码控制区(control region,CR)。四点象天牛的线粒体基因组的碱基组成表现为明显的AT偏向性,AT碱基的含量为77.03%。13个PCGs均以标准的ATN为起始密码子,除nad5以单独T结尾外,其余PCGs均以传统的TAN为终止密码子,每种氨基酸使用频率最高的密码子为NNA和NNU,最频繁使用的氨基酸由高到低依次为Leu、Ile和Phe。22个tRNA基因中,除trnS1缺失DHU臂外,其余tRNA基因均为典型的三叶草形。基于GenBank中天牛科30个物种的线粒体基因组的13PCGs的蛋白序列,构建了具有较高支持率的四点象天牛的系统发育树,确认了该物种属于天牛科昆虫中的沟胫天牛亚科,四点象天牛与拟象天牛属的桑拟象天牛聚为一支,具有较近的亲缘关系。【结论】解析了四点象天牛线粒体基因组的结构特征,明确了四点象天牛在天牛科物种中的系统发育地位,丰富了天牛科的线粒体基因组数据库,也为该物种的分子鉴定及防治提供了新的数据支持。 展开更多
关键词 天牛科 四点象天牛 线粒体基因组 系统发育分析
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茶树大面白叶绿体基因组特征、密码子偏好性及其系统发育分析 被引量：3
8
作者 尹明华 张嘉欣 +3 位作者 乐芸 何凡凡 黄添慧 张牧彤 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期411-430,共20页
茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测... 茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其叶绿体的基因组特征、系统发育和密码子偏好性进行分析。结果表明,茶树大面白叶绿体基因组全长157 129 bp,为典型的四分体结构,包括1个LSC区(86 687 bp)、1个SSC区(18 282 bp)和2个IR区(包括IRa和IRb,均为26 080 bp)。大面白叶绿体基因组共注释到135个功能基因,包括90个CDS基因;8个rRNA基因和37个tRNA基因。共检测到52个SSR和50个Longrepeat,SSR只有A/T单核苷酸重复序列,Longrepeat只存在正向重复和回文重复2种类型。茶树大面白叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小。茶树大面白叶绿体基因有14个最优密码子(AAU、GAU、UGU、AAA、UAA、GCA、GCU、GGU、CCU、GUA、CGU、CUU、AGU、UCU)。茶树大面白与凤凰单丛茶白银(Camellia sinensis isolated Baiyin cultivar Phoenix Dancong Tea,OL690374)亲缘关系较近。本研究分析了大面白茶树叶绿体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强茶树大面白种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多
关键词 茶树大面白 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析
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螺旋果苜蓿组叶绿体基因组进化和系统发育分析 被引量：1
9
作者 邓鸟絮 罗中元 +2 位作者 孙志轩 孟静 赵雁 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2394-2407,共14页
本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chu... 本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chuxiong’)、‘淮阴’南苜蓿(M.polymorpha‘Huaiyin’)和‘陇东’天蓝苜蓿(M.lupulina‘Longdong’)叶绿体基因组长分别为123472 bp,124229 bp和124107 bp,总GC含量分别为:34.2%,34.1%和34.2%,共编码110~111个基因。首次发现‘陇东’天蓝苜蓿具有一个226 bp的IR(Inverted repeat lacking clade)区特征序列(含rps12基因)。‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿各有17个内含子,但‘陇东’天蓝苜蓿只有14个内含子。在6个材料基因组中,在替换率加快的accD和ycf1中检测到简单重复序列,替换率加快可能与简单重复序列插入有关。系统进化树表明,‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿与南苜蓿亲缘关系较近,‘陇东’天蓝苜蓿与天蓝苜蓿亲缘关系最近。本研究为螺旋果苜蓿组分类和叶绿体基因组反向重复区研究提供理论依据。 展开更多
关键词 螺旋果苜蓿组 叶绿体基因组进化 重复序列分析 系统发育
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濒危赤水凤仙花叶绿体基因组特征及系统发育分析
10
作者 兰文香 莫清 +1 位作者 黄海泉 黄美娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1927-1936,共10页
【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息... 【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件对叶绿体基因组进行组装,注释,基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】(1)赤水凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总GC含量为37%,长152892 bp;共编码120个基因,包括95个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和17个tRNA基因。(2)共检测到87个SSR序列,以A、T组成为主;检测到20327个密码子,其中亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Trp)最少。(3)凤仙花属分为2个亚属,为棒凤仙花亚属与凤仙花亚属,赤水凤仙花为棒凤仙花亚属,且与太子凤仙花亲缘关系最近。【结论】赤水凤仙花为典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属。 展开更多
关键词 赤水凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育分析
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草珊瑚与海南草珊瑚叶绿体基因组结构及系统发育关系分析 被引量：2
11
作者 何艳妮 黎前利 +1 位作者 杨武海 吴之坤 《种子》 北大核心 2024年第5期56-63,69,共9页
利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IR... 利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IRs);海南草珊瑚叶绿体基因组总大小为158826 bp,包含一个88104 bp的LSC、一个18440 bp的SSC和一对26141 bp的IRs;二者均注释得到128个基因,包括84个蛋白编码基因(CDS)、8个rRNA基因和36个tRNA基因;系统发育树表明,草珊瑚叶绿体基因组与NCBI下载的两个草珊瑚基因组序列聚为一支,再与海南草珊瑚聚为一支,草珊瑚属与金粟兰属互为姐妹群。 展开更多
关键词 草珊瑚属 叶绿体基因组 系统发育分析
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紫菜薹叶绿体全基因组序列及其系统发育分析 被引量：1
12
作者 王传之 周贤玉 +3 位作者 李扬眉 肖婉钰 王雨凤 任海龙 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1483-1494,共12页
紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153483 bp,GC含量为36.36%... 紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153483 bp,GC含量为36.36%,由长度为83282 bp的大单拷贝区(LSC)、17775 bp的小单拷贝区(SSC)和1对各26213 bp的反向重复区(IRa/IRb)组成。基因组注释共得到132个基因,包括:87个蛋白编码基因,37个tRNA和8个rRNA。共鉴定到313个简单重复序列(SSR)和37个散在重复序列。密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象。边界分析和序列变异分析显示,芸薹属叶绿体基因组非常保守,其中SSC区差异性最大,变异程度最高,IR区差异性最小,最为保守。基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明,紫菜薹在分类上与白菜的其他变种在一个小分支中。研究结果可为芸薹属植物,特别是白菜种的分类学、系统学和生物地理学研究提供参考。 展开更多
关键词 白菜 紫菜薹 叶绿体基因组 系统发育分析
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心叶毛蕊茶叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
13
作者 胡悦 刘兵兵 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1-13,共13页
为了探明心叶毛蕊茶〔Camellia cordifolia(Metc.)Nakai〕叶绿体基因组结构特征及系统发育关系,基于Illumina NovaSeq测序平台的高通量测序技术首次对心叶毛蕊茶叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该基因组进行了组装、... 为了探明心叶毛蕊茶〔Camellia cordifolia(Metc.)Nakai〕叶绿体基因组结构特征及系统发育关系,基于Illumina NovaSeq测序平台的高通量测序技术首次对心叶毛蕊茶叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该基因组进行了组装、注释、图谱绘制以及序列特征分析,并基于叶绿体基因组构建了山茶属(Camellia Linn.)16个物种的系统发育树。结果显示:心叶毛蕊茶的叶绿体基因组呈现典型的四分体结构,全长156745 bp,总GC含量为37.3%;基因组有135个基因,其中包括90个蛋白质编码基因、37个tRNA基因以及8个rRNA基因。密码子偏好性分析发现心叶毛蕊茶叶绿体基因密码子偏好以A或U结尾,但整体上密码子使用偏好性较弱。重复序列分析共检测到57个长重复序列和73个简单重复序列(SSR)位点。反向重复区(IR)边界结构分析发现不同物种rps19、ndhF和ycf1(假基因)基因长度以及与边界的距离存在一定差别。系统发育分析表明心叶毛蕊茶与连蕊茶组(Sect.Theopsis Coh.St.)的尖连蕊茶〔Camellia cuspidata(Kochs)Wright ex Gard.Chron.〕亲缘关系较近(自展支持率为100%)。综合研究结果显示:心叶毛蕊茶叶绿体基因组的长度、结构及排列顺序具有高度保守性,IR区边界在进化过程中发生了一定程度的收缩,最常用到的密码子是编码异亮氨酸(Ile)的AUU,以单核苷酸A/T重复序列为主的SSR位点较丰富,叶绿体基因组的碱基组成偏好使用A或T;从分子系统发育的角度支持毛蕊茶组(Sect.Eriandria Coh.St.)与连蕊茶组合并的观点。 展开更多
关键词 心叶毛蕊茶 叶绿体基因组 序列比对 系统发育分析
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西南牡蒿叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
14
作者 李志芳 陈丽玲 +1 位作者 罗淑洁 刘天猛 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1732-1745,共14页
为探究西南牡蒿(Artemisia parviflora)的叶绿体基因组结构特征及其系统位置,该研究利用高通量测序技术对其进行测序,并借助生物信息学工具进行分析。结果表明:(1)西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp,呈现为由4部分组成的环状双链结构,G... 为探究西南牡蒿(Artemisia parviflora)的叶绿体基因组结构特征及其系统位置,该研究利用高通量测序技术对其进行测序,并借助生物信息学工具进行分析。结果表明:(1)西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp,呈现为由4部分组成的环状双链结构,GC含量为37.5%。(2)共注释115个基因,包括81个蛋白编码基因、4个rRNA基因及30个tRNA基因。(3)检测到68个简单重复序列(SSRs)和37个长重复序列。(4)西南牡蒿叶绿体基因组的密码子使用偏性较弱,其主要受自然选择的影响,高频密码子偏向以A/U结尾。(5)西南牡蒿叶绿体基因组的IR区未出现明显的扩张或收缩;筛选出了trnH-psbA、rpl16-rps3、ycf15-trnL-UAG、ndhA和ycf1 5个高变异区域,可作为鉴定龙蒿亚属植物的潜在分子标记。(6)系统发育分析揭示了西南牡蒿在龙蒿亚属中的系统位置及蒿属内各亚属的系统发育关系。该研究为蒿属植物后续的分子标记开发和系统发育研究提供了参考。 展开更多
关键词 西南牡蒿 叶绿体基因组 密码子使用偏性 分子标记 系统发育分析
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托盘青冈叶绿体基因组特征及系统发育分析
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作者 黄柯 李卜宇 +2 位作者 陈晓丽 秦春 张雪梅 《南方农业》 2024年第19期1-7,12,F0003,共9页
托盘青冈(Quercus patelliformis),作为青冈亚属植物中的一种代表植物,有着巨大的经济价值。目前,关于托盘青冈叶绿体基因组的研究还未见报道。为有助于该物种的分子鉴定,首次报道了托盘青冈叶绿体基因组结构与特征:托盘青冈叶绿体全基... 托盘青冈(Quercus patelliformis),作为青冈亚属植物中的一种代表植物,有着巨大的经济价值。目前,关于托盘青冈叶绿体基因组的研究还未见报道。为有助于该物种的分子鉴定,首次报道了托盘青冈叶绿体基因组结构与特征:托盘青冈叶绿体全基因组全长为160910 bp,GC含量占基因总数的36.90%;其叶绿体基因组由1个大的单拷贝区(LSC,90236 bp),1个小的单拷贝区(SSC,18992 bp)和1对逆向重复区(IRs,各25841 bp)组成;托盘青冈明显偏好以A/U结尾的密码子;此外,共检测到116个简单重复序列(SSR)和45个散在重复序列。在将托盘青冈与其他青冈亚属植物进行比较分析时发现,它们的叶绿体基因组总体上比较保守,IR/SC边界没有明显的收缩和扩展;还发现了4个高变异热点,分别是trnK-rps16、trnF-ndhJ、rbcL-accD和ycf1。系统发育分析显示,托盘青冈属于青冈亚属植物,且与赤皮青冈(Quercusgilva)有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 托盘青冈 青冈亚属 叶绿体基因组 系统发育分析
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西氏熊蜂线粒体基因组结构特征及系统发育分析
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作者 马晓璇 梁程博 +2 位作者 刘道鑫 孙国 闫京艳 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2408-2418,共11页
本研究利用二代测序技术对西氏熊蜂(Bombus sichelii)的线粒体基因组进行了测序、组装和注释,并对其线粒体基因组的组成、结构特征、基因重排及系统发育等方面进行了生物信息学分析。结果表明:西氏熊蜂线粒体基因组长度为15711 bp,包含1... 本研究利用二代测序技术对西氏熊蜂(Bombus sichelii)的线粒体基因组进行了测序、组装和注释,并对其线粒体基因组的组成、结构特征、基因重排及系统发育等方面进行了生物信息学分析。结果表明:西氏熊蜂线粒体基因组长度为15711 bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因;线粒体基因组全序列、蛋白编码基因的串联序列、tRNA串联序列、rRNA串联序列的A+T含量均大于80%,表现出明显的碱基偏倚;13个蛋白编码基因的起始密码子均为ATN,终止密码子为TAA,TAG或T--。tRNA二级结构预测发现,trnS 1与其他昆虫具有相同的特征,即缺少DHU臂和DHU环,其余21个tRNA均能形成典型的三叶草结构;系统发育进化分析结果高度支持西氏熊蜂与火红熊蜂(B.pyrosoma)隶属于黑熊蜂亚属(Melanobombus)。本研究首次获得西氏熊蜂线粒体基因组序列,初步鉴定了其线粒体基因组的特征,为进一步对熊蜂线粒体基因组学和系统发育关系的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 西氏熊蜂 线粒体基因组 生物信息学 系统发育分析
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瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育
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作者 黄振 郭琼霞 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期482-491,共10页
【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基... 【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。 展开更多
关键词 瘤胫果实蝇 线粒体全基因组 序列分析 相对密码子使用频率 tRNA基因二级结构 系统发育
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浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)CO Ⅱ和D-loop基因克隆及系统发育分析 被引量：6
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作者 潘娜 苗亮 +5 位作者 李明云 郭晓飞 赵亮 陈炯 张玉明 吕益龙 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期381-388,共8页
采用扩增COⅡ、D-loop序列、进行序列比对和系统树分析并结合形态特征观察的方法,研究了浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)的系统分类和种类鉴定。形态特征结果表明,新昌光唇鱼具有光唇鱼属鱼类的基本特征;扩增得到COⅡ序列全长691bp,D-l... 采用扩增COⅡ、D-loop序列、进行序列比对和系统树分析并结合形态特征观察的方法,研究了浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)的系统分类和种类鉴定。形态特征结果表明,新昌光唇鱼具有光唇鱼属鱼类的基本特征;扩增得到COⅡ序列全长691bp,D-loop序列全长931—944bp,A+T含量两基因序列都高于G+C(A+T的含量分别为57.30%—57.80%和65.30%—65.90%),G的含量在四种碱基中最低;COⅡ序列有6个碱基位点存在转换,而D-loop则存在多个碱基的转换、颠换、缺失或插入位点。浙江新昌光唇鱼群体内COⅡ、D-loop基因的平均遗传距离分别为0.003、0.005;基于COⅡ和D-loop序列构建的NJ法系统树均显示新昌光唇鱼与温州光唇鱼(A.wenchowensis)形成一个紧密的簇,序列相似性分别为99.94%和99.36%,遗传距离分别为0.000、0.011,未达到种间分化水平(遗传距离大于0.05),表明新昌光唇鱼与温州光唇鱼为同一种,且根据形态特征可以断定为二个不同的地理群体,而D-loop序列因进化速度较快更适于光唇鱼属种内及近缘物种的种间亲缘关系的研究。研究结果既有助于新昌光唇鱼资源的开发利用,又可为研究光唇鱼类的分类提供参考资料。 展开更多
关键词 光唇鱼 COⅡ基因 D-loop基因 序列分析 系统发育分析
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55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 被引量：9
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作者 程池 刘光全 +1 位作者 李金霞 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期20-24,共5页
采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S r... 采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S rRNA基因序列扩增,PCR产物纯化后直接进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA3.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:55株枯草芽孢杆菌中有52株菌种与原鉴定结果一致,有3株菌种与原鉴定结果存在差异,其中2株鉴定结果为巨大芽孢杆菌(B.megaterium),另1株鉴定结果为地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 16S RRNA基因 TD-PCR 序列分析 系统发育树
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马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其在株系鉴定中的应用 被引量：6
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作者 邹文超 沈林林 +3 位作者 沈建国 蔡伟 詹家绥 高芳銮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期918-929,共12页
为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著... 为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,Ba TS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及Ba TS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基本一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(maximum clade credibility,MCC)树。同时,以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY^(NTN-NW)株系的3个分离物SYR-Ⅱ-2-8、SYR-Ⅱ-Be1和SYR-Ⅱ-Dr H以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)。重组分析显示,HLJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-pro/P3、VPg和CP的5￠-末端,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVYNTN-NW株系(SYR-Ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1000 bp和400 bp的2个特异性片段,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联合体系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒 多基因系统发育分析 系统发育与性状关联分析 SYR-Ⅱ型
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