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石斛属灯笼组物种叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
1
作者 陈育明 韦春怡 +3 位作者 张赛 黄思铭 兰思仁 李明河 《草地学报》 北大核心 2025年第5期1372-1386,共15页
为解析石斛属(Dendrobium)灯笼组(Section Densiflora)物种的叶绿体基因组特征及其系统发育关系,本研究采用高通量测序技术首次对该组的四角石斛(D.farmer)、角茎灯笼石斛(D.palpebrae)、具槽石斛(D.sulcatum)和球花石斛(D.thyrsiflorum... 为解析石斛属(Dendrobium)灯笼组(Section Densiflora)物种的叶绿体基因组特征及其系统发育关系,本研究采用高通量测序技术首次对该组的四角石斛(D.farmer)、角茎灯笼石斛(D.palpebrae)、具槽石斛(D.sulcatum)和球花石斛(D.thyrsiflorum)叶绿体基因组进行测序,利用生物信息学相关软件对其基因组进行组装、注释、图谱绘制以及序列特征分析,并构建石斛属42个物种(灯笼组10个)的系统发育树。结果显示:灯笼组物种叶绿体基因组全长范围为151717~160123 bp,总GC含量为37.1%~37.6%,共注释到129~133个基因;同时检测到46~63个简单重复序列(Simple repeat sequence,SSR)以及48~49个分散重复序列(Interspersed repetitive sequence,INE);蛋白编码基因的密码子偏好以A/U(T)结尾;灯笼组物种中的trnK^(UUU),atpF,rpoC,trnL^(UAA),clpP,rpl16等6个基因的编码区具有显著差异。系统发育树表明,灯笼组10个物种聚类为4个不同演化分支,传统形态学界定的灯笼组为非单系。 展开更多
关键词 灯笼组石斛 叶绿体基因组 基因组比较 系统发育分析
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濒危植物新绒苔叶绿体基因组特征及系统发育位置分析 被引量：2
2
作者 朱梦飞 胡迎峰 师雪芹 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第1期55-63,共9页
【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔... 【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔为材料,进行DNA提取、测序和组装,分析叶绿体基因组结构、重复序列、密码子偏好性,并结合其余18种苔藓植物叶绿体基因组序列构建系统发育关系。【结果】新绒苔叶绿体全基因组序列全长为118 423 bp,包括1对反向重复区(IR,9 031 bp)、1个大单拷贝区(LSC,80 837 bp)和1个小单拷贝区(SSC,19 524 bp);包含79个蛋白质编码基因,8个核糖体RNA (rRNA)和36个转移RNA (tRNA)。新绒苔叶绿体全基因组中共检测到56个简单重复序列(SSR),大部分为AT/AT二核苷酸序列。密码子偏好性分析表明其密码子偏好以A/U结尾。除了少数可变区域外,新绒苔叶绿体基因组的IR边界区域非常保守。系统发育树表明该种与囊绒苔Trichocoleopsis sacculata亲缘关系最密切,两者隶属于新绒苔科。【结论】新绒苔叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组相对保守。系统发育树分析表明新绒苔与囊绒苔聚合成同一分支结构。 展开更多
关键词 新绒苔 叶绿体基因组 特征分析 系统发育
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玄参科植物叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
3
作者 李斌 苏香萍 +4 位作者 刘畅 王玉兵 张勇洪 周超 徐青 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期240-254,共15页
【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比... 【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比较分析。【结果】玄参科叶绿体基因组长度在142336-154710 bp,GC含量为37.7%-38.1%,展现出典型的四分体结构,其中大单拷贝区长度为83531-97103 bp,小单拷贝区为17375-18600 bp,反向重复区为13497-25695 bp。通过对玄参科叶绿体基因组成的比较,揭示了在进化过程中获得与丢失的模式。此外,共线性分析发现,玄参科叶绿体基因组排列较为保守,但也存在基因组重排事件。长重复序列分析结果显示,玄参科叶绿体基因组大多数是正向重复和回文重复;而简单重复序列分析则鉴定了117-156个SSR位点,其中以A/T组成的单核苷酸重复次数最多,占比高达85.50%-91.50%。通过相对同义密码子使用度(RSCU)分析,筛选出25个最优密码子,绝大部分以A/U结尾。分化时间分析表明,玄参科的共同祖先与近缘物种大约在70.5百万年前(MYA)分开,并在约52.4 MYA形成了一个单系分支,绝大多数玄参科物种出现在近50 MYA。【结论】玄参科叶绿体基因组虽具有相似的结构特征,但在其进化历程中,基因的获得与丢失以及基因组的重排现象亦有所发生。基于叶绿体基因组,构建了更为精细的玄参科系统发育树。此外,分化时间的研究表明,玄参科物种的快速分化主要发生在大约50百万年前。 展开更多
关键词 玄参科 叶绿体基因组 序列特征 系统发育分析
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小叶鹅耳枥叶绿体基因组特征及系统发育分析
4
作者 滕尧 郝自远 +5 位作者 杨加文 李嘉昱 陈彩霞 张小英 袁茂琴 李媛媛 《种子》 北大核心 2025年第4期34-42,共9页
为了解小叶鹅耳枥遗传组成及其与近缘植物的系统关系,采用生物信息学方法并通过高通量测序技术对小叶鹅耳枥叶绿体基因组进行了测序和分析。结果表明,小叶鹅耳枥叶绿体基因组为四分体结构,长度为159401 bp,GC总含量36.42%,包含130个基因... 为了解小叶鹅耳枥遗传组成及其与近缘植物的系统关系,采用生物信息学方法并通过高通量测序技术对小叶鹅耳枥叶绿体基因组进行了测序和分析。结果表明,小叶鹅耳枥叶绿体基因组为四分体结构,长度为159401 bp,GC总含量36.42%,包含130个基因,其中有85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因,编码亮氨酸的密码子数量最多,同义密码子相对使用度(RSCU)大于1的密码子第三位碱基有较高的A/U偏好。共识别出72个简单重复序列位点,其中A/T碱基位点占绝大多数。鹅耳枥属植物叶绿体基因组的变异位点主要存在于大单拷贝区和小单拷贝区。系统发育分析结果表明,小叶鹅耳枥与天台鹅耳枥的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 小叶鹅耳枥 叶绿体基因组 结构特征 系统发育分析
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玉木耳线粒体基因组特征及系统发育分析
5
作者 苏文英 刘晓梅 +3 位作者 纪伟 王一璞 李晓 任立凯 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期47-54,共8页
为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状... 为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状DNA结构,全长195026 bp,GC含量为34.65%。基因注释结果表明,玉木耳线粒体基因组共包含38个基因,其中14个蛋白编码基因、2个核糖体RNA和22个转运RNA。22个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,共存在39处G-T错配,1处A-C错配,2处T-T错配。基因共线性分析结果显示,玉木耳与黑木耳之间重排不明显,只存在基因簇大小方面的差异;共有的12个蛋白编码基因的K a/K s值都小于1.0,这表明大多数PCG在进化过程中受到了纯化选择作用。系统发育分析表明,与玉木耳系统发育关系最近的是黑木耳,二者单独聚为一支,这表明在进化历程中,玉木耳和黑木耳可能具有较近的共同祖先。本研究结果丰富了玉木耳的线粒体基因组序列信息,有助于理解玉木耳的进化历程,为木耳属物种的分类和系统发育研究提供了数据支撑。 展开更多
关键词 玉木耳 线粒体基因组 序列特征 系统发育 基因注释 共线性分析
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贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
6
作者 滕尧 杨加文 +5 位作者 何选泽 张小英 李嘉昱 陈彩霞 袁茂琴 彭熙 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第3期35-44,共10页
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基... 为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明,(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总长度为153582bp,其中大单拷贝区(LSC)为84944bp,小单拷贝区(SSC)为18740bp,此外还有2个长度为24949bp的反向重复序列区(IR),总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因,其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25910个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多,密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点,且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守,变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示,贵州海桐、昆明海桐(P.kunmingense)的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 贵州海桐 叶绿体基因组 结构特征 密码子偏好性 系统发育分析
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栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组测定及系统发育分析
7
作者 刘丽静 李继姬 +1 位作者 董响丽 叶莹莹 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第3期658-671,共14页
为了探究栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组结构特征及其在进化过程中的地位,采用高通量测序,测定了栉江珧线粒体全基因组序列,并对其基因进行了注释和分析。结果表明,栉江珧的线粒体基因组总长为16703 bp,共包含36个基因(12个蛋... 为了探究栉江珧(Atrina pectinata)线粒体全基因组结构特征及其在进化过程中的地位,采用高通量测序,测定了栉江珧线粒体全基因组序列,并对其基因进行了注释和分析。结果表明,栉江珧的线粒体基因组总长为16703 bp,共包含36个基因(12个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因),缺少atp8基因,且所有基因都位于重链编码。比较碱基组成发现,基因组碱基表现出明显的AT偏移。此外我们基于线粒体12个蛋白质编码基因,利用最大似然法和贝叶斯法构建了52种贝类的系统发育树。结果显示,栉江珧与Pinna rudis聚为一支,同属于江珧科(Pinnidae),江珧科与牡蛎科(Ostreidae)构成姐妹群关系,共同划分到牡蛎目(Ostreida)。对江珧科所在的牡蛎目进行基因重排比较,发现江珧科的重排程度较高,而牡蛎科相对保守。研究结果可为深入理解栉江珧在双壳贝类进化中的位置提供分子证据,同时也为进一步研究其生物学特性提供了重要的基因组信息。 展开更多
关键词 栉江珧 线粒体基因 基因重排 系统发育分析
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条尾近虾蛄(Anchisquilla fasciata)线粒体全基因组测序及虾蛄科系统发育分析
8
作者 张千钰 马家乐 +1 位作者 叶莹莹 李继姬 《海洋学报》 北大核心 2025年第9期129-144,共16页
条尾近虾蛄(Anchisquilla fasciata)属于虾蛄科Squillidae(Latreille,1802)。在本研究中,通过二代测序技术得到了条尾近虾蛄的线粒体全基因组,对基因组基本结构特点做了分析,发现共含有37个基因,包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个rRNA,2... 条尾近虾蛄(Anchisquilla fasciata)属于虾蛄科Squillidae(Latreille,1802)。在本研究中,通过二代测序技术得到了条尾近虾蛄的线粒体全基因组,对基因组基本结构特点做了分析,发现共含有37个基因,包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个rRNA,22个tRNA。对碱基含量分析发现A碱基含量最高为35.42%,G碱基最低为12.83%,选择了虾蛄科11个物种的线粒体基因组进行选择压力分析发现所有PCGs都受到纯化选择。另外通过结合软甲纲下2个亚纲的线粒体基因组的13个PCGs构建了系统发育树,结果发现虾蛄科为单系群,科内物种能够形成一个独立的分支,与其他相关的掠虾亚纲动物(如琴虾蛄科等)有明显的分化。对软甲纲的线粒体基因重排进行比较发现口足目未表现出重排现象。从重建的掠虾亚纲的分歧时间的年代图谱,得到现存物种的分化最早发生在中生代白垩纪期,在新生代物种大量分化。这些结果将更好地帮助人们理解不同虾蛄科物种的亲缘关系,以及软甲纲内各亚纲之间的进化地位与关系。 展开更多
关键词 虾蛄科 掠虾亚纲 线粒体基因组 系统发育分析 分歧时间
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黄精属植物叶绿体基因组系统发育与密码子使用偏好分析
9
作者 郑梦迪 陈斯琪 +1 位作者 尹念念 冯言熙 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第9期1704-1713,共10页
为探索黄精属植物叶绿体基因组的进化、密码子选择倾向和相关影响要素。本研究利用MISA、IRscope、mVISTA等在线工具分析8种黄精属植物叶绿体基因组特征;利用CodonW 1.4.2、CUSP、Excel、MEGA11等软件进行密码子偏好性和系统发育分析。... 为探索黄精属植物叶绿体基因组的进化、密码子选择倾向和相关影响要素。本研究利用MISA、IRscope、mVISTA等在线工具分析8种黄精属植物叶绿体基因组特征;利用CodonW 1.4.2、CUSP、Excel、MEGA11等软件进行密码子偏好性和系统发育分析。结果表明,碱基A和碱基T组成的单核苷酸重复序列被频繁使用;叶绿体基因组界限稳定,区域组成差异小。密码子中GC含量从第1碱基位到第3碱基位递减,末位偏好碱基A或碱基U;叶绿体基因组中密码子的选择倾向受多因素共同作用,其中自然选择是主要原因。最终筛选出8种黄精属植物共有9个相同的最优密码子。系统发育研究结果揭示独花黄精和距药黄精与黄精属其他6种植物的关系较远。本研究结果为黄精属植物的系统发育分析提供了支持,并为黄精药材的鉴定、品种优化及遗传育种工作奠定了理论基础。 展开更多
关键词 黄精属 叶绿体基因组 密码子使用偏好 系统发育分析
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马珂蛤线粒体全基因组测定及系统发育分析
10
作者 郑小旭 李继姬 +1 位作者 叶莹莹 董响丽 《浙江海洋大学学报(自然科学版)》 2025年第3期185-196,共12页
为了明确帘蛤目马珂蛤总科的分类地位及系统发育中的关系,利用高通量二代测序技术,成功测定了马珂蛤的线粒体基因组全序列,并对其结构特征进行了深入分析,发现其基因组全长17290 bp,由36基因编码,包含12个蛋白质编码基因(PCGs,atp8缺失... 为了明确帘蛤目马珂蛤总科的分类地位及系统发育中的关系,利用高通量二代测序技术,成功测定了马珂蛤的线粒体基因组全序列,并对其结构特征进行了深入分析,发现其基因组全长17290 bp,由36基因编码,包含12个蛋白质编码基因(PCGs,atp8缺失),2个RNA基因,22个tRNA基因,并且所有基因都在“重”链上编码。对碱基含量分析发现T(40.02%)>A(24.89%)>G(22.42%)>C(12.57%),(A+T)含量高达64.91%,表明该物种具有较高的AT偏向性。选择马珂蛤科4个物种进行选择压力分析,发现所有PCGs都受到纯化选择。另外结合其他已公布的帘蛤目51个物种的12个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)构建系统发育树。结果显示在马珂蛤科的分支中,马珂蛤与西施舌关系最密切,聚为一支,再与四角蛤蜊,中国蛤蜊聚在一起。这些分支节点的后验概率为1,Bootstrap值均为100,显示了较高的支持度。对马珂蛤科基因重排分析结果显示马珂蛤的基因排序与四角蛤蜊更为接近。研究的结果为马珂蛤系统发育规律提供了重要线索,同时也为后续马珂蛤的深入研究提供数据支持。 展开更多
关键词 马珂蛤 马珂蛤科 线粒体基因组 系统发育分析 基因重排
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黑熊源蛔虫的分子鉴定及其线粒体pcox1、pnad5基因的系统发育分析
11
作者 陈淞楠 邱启官 +4 位作者 阳朝伟 何善逵 李志康 李宁倩 刘伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期535-539,共5页
为鉴定黑熊源蛔虫的种类及分析其系统的发育特征,本实验对长沙生态动物园黑熊肠道内分离的6株蛔虫采用PCR扩增其线粒体部分cox1基因(pcox1)和部分nad5基因(pnad5)并测序,采用DNAStar 5.0软件分析这两种基因与GenBank中不同蛔虫相应基因... 为鉴定黑熊源蛔虫的种类及分析其系统的发育特征,本实验对长沙生态动物园黑熊肠道内分离的6株蛔虫采用PCR扩增其线粒体部分cox1基因(pcox1)和部分nad5基因(pnad5)并测序,采用DNAStar 5.0软件分析这两种基因与GenBank中不同蛔虫相应基因序列的同源性;利用Dna SP 5.0软件分析pcox1和pnad5基因的单倍型数量、核苷酸多样性以及序列之间的核苷酸差异;并采用MEGA7软件构建二者的进化树分析黑熊源蛔虫的遗传进化关系。PCR结果显示,6株黑熊源蛔虫pcox1、pnad5基因分别为408 bp和528 bp,两种基因序列之间的同源性分别为99.30%~100%和99.20~100%,与Gen Bank中转移贝蛔虫相应基因序列的同源性分别为96.80%~99.80%和95.10%~95.30%。DnaSP 5.0软件分析结果显示,黑熊源蛔虫pcox1基因共检测到5个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.933±0.015和0.00675,核苷酸差异平均值为2.733;pnad5基因共检测到6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为1.000±0.00926和0.00756,平均核苷酸差异为4.000。基于pcox1和pnad5基因构建的系统进化树显示,6株黑熊源蛔虫均与转移贝蛔虫聚为同一分支;与贝氏西蛔虫聚为一大支,与其他蛔虫遗传距离较远。上述结果表明6株黑熊源蛔虫均为转移贝蛔虫,且他们的遗传变异程度均较低,pcox1基因和pnad5基因均可作为转移贝蛔虫分类鉴定的分子标记。本研究首次对黑熊源蛔虫进行分子鉴定并分析其的遗传进化关系,为转移贝蛔虫的分类鉴定以及野生黑熊蛔虫病的防治提供参考。 展开更多
关键词 黑熊源蛔虫 cox1 nad5 分子鉴定 系统发育分析
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基于mtDNA COⅠ基因对榕属植物上粉蚧的分子鉴定和系统发育分析 被引量：1
12
作者 傅卫民 刘志红 +2 位作者 蔡波 李惠萍 吴福中 《生物安全学报（中英文）》 CSCD 北大核心 2024年第1期12-18,共7页
【目的】榕属植物是我国华南地区普遍种植的园林植物,本研究旨在明确榕属植物上发生危害的粉蚧种类。【方法】测定榕属植物上发生为害的9种粉蚧的COⅠ基因序列,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系。【结果】测... 【目的】榕属植物是我国华南地区普遍种植的园林植物,本研究旨在明确榕属植物上发生危害的粉蚧种类。【方法】测定榕属植物上发生为害的9种粉蚧的COⅠ基因序列,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系。【结果】测出38条粉蚧的COⅠ基因序列相似度达到99.25%~100.00%,9种粉蚧的种间遗传距离为0.070~0.173,其中堆蜡粉蚧与菠萝灰粉蚧遗传距离最大,而康氏粉蚧与橘小粉蚧遗传距离最小,说明康氏粉蚧与橘小粉蚧亲缘关系较近。构建的系统发育树中,每种粉蚧与GenB ank数据库下载的已知序列聚在一支,系统发育树结果与形态学鉴定结果一致。【结论】线粒体COⅠ基因序列能够快速准确鉴定榕属植物上的粉蚧,也揭示了榕属植物上粉蚧的遗传结构和系统进化关系,为农林业监测和精准防治粉蚧类害虫提供科学依据。 展开更多
关键词 榕属植物 粉蚧 分子鉴定 线粒体COⅠ基因 系统发育
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茶树大面白叶绿体基因组特征、密码子偏好性及其系统发育分析 被引量：4
13
作者 尹明华 张嘉欣 +3 位作者 乐芸 何凡凡 黄添慧 张牧彤 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期411-430,共20页
茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测... 茶树大面白(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)在1985年被全国农作物品种审定委员会认定为国家品种,其起源以及与其他茶树品种之间的进化关系尚不清晰。以茶树大面白为试验材料,采用高通量测序技术对茶树大面白叶绿体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其叶绿体的基因组特征、系统发育和密码子偏好性进行分析。结果表明,茶树大面白叶绿体基因组全长157 129 bp,为典型的四分体结构,包括1个LSC区(86 687 bp)、1个SSC区(18 282 bp)和2个IR区(包括IRa和IRb,均为26 080 bp)。大面白叶绿体基因组共注释到135个功能基因,包括90个CDS基因;8个rRNA基因和37个tRNA基因。共检测到52个SSR和50个Longrepeat,SSR只有A/T单核苷酸重复序列,Longrepeat只存在正向重复和回文重复2种类型。茶树大面白叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小。茶树大面白叶绿体基因有14个最优密码子(AAU、GAU、UGU、AAA、UAA、GCA、GCU、GGU、CCU、GUA、CGU、CUU、AGU、UCU)。茶树大面白与凤凰单丛茶白银(Camellia sinensis isolated Baiyin cultivar Phoenix Dancong Tea,OL690374)亲缘关系较近。本研究分析了大面白茶树叶绿体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强茶树大面白种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多
关键词 茶树大面白 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析
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四点象天牛线粒体全基因组结构及其在天牛科的系统发育地位
14
作者 渠子琪 李承锦 +6 位作者 李长帅 崔研 杨明亮 张苏芳 刘福 孔祥波 方加兴 《陆地生态系统与保护学报》 2025年第1期54-64,共11页
【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数... 【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数据支持。【方法】采用Illumina HiSeq 4000平台对四点象天牛线粒体全基因组进行测序,并对其进行拼接、注释和分析。利用线粒体基因组中的13个蛋白编码基因通过贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood,ML)分析四点象天牛在天牛科中的系统进化地位。【结果】四点象天牛线粒体基因组全长为16130 bp,由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(protein coding genes,PCGs)、2个核糖体RNA基因(rRNA)和22个转运RNA基因(tRNA),以及1个非编码控制区(control region,CR)。四点象天牛的线粒体基因组的碱基组成表现为明显的AT偏向性,AT碱基的含量为77.03%。13个PCGs均以标准的ATN为起始密码子,除nad5以单独T结尾外,其余PCGs均以传统的TAN为终止密码子,每种氨基酸使用频率最高的密码子为NNA和NNU,最频繁使用的氨基酸由高到低依次为Leu、Ile和Phe。22个tRNA基因中,除trnS1缺失DHU臂外,其余tRNA基因均为典型的三叶草形。基于GenBank中天牛科30个物种的线粒体基因组的13PCGs的蛋白序列,构建了具有较高支持率的四点象天牛的系统发育树,确认了该物种属于天牛科昆虫中的沟胫天牛亚科,四点象天牛与拟象天牛属的桑拟象天牛聚为一支,具有较近的亲缘关系。【结论】解析了四点象天牛线粒体基因组的结构特征,明确了四点象天牛在天牛科物种中的系统发育地位,丰富了天牛科的线粒体基因组数据库,也为该物种的分子鉴定及防治提供了新的数据支持。 展开更多
关键词 天牛科 四点象天牛 线粒体基因组 系统发育分析
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螺旋果苜蓿组叶绿体基因组进化和系统发育分析 被引量：2
15
作者 邓鸟絮 罗中元 +2 位作者 孙志轩 孟静 赵雁 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2394-2407,共14页
本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chu... 本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chuxiong’)、‘淮阴’南苜蓿(M.polymorpha‘Huaiyin’)和‘陇东’天蓝苜蓿(M.lupulina‘Longdong’)叶绿体基因组长分别为123472 bp,124229 bp和124107 bp,总GC含量分别为:34.2%,34.1%和34.2%,共编码110~111个基因。首次发现‘陇东’天蓝苜蓿具有一个226 bp的IR(Inverted repeat lacking clade)区特征序列(含rps12基因)。‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿各有17个内含子,但‘陇东’天蓝苜蓿只有14个内含子。在6个材料基因组中,在替换率加快的accD和ycf1中检测到简单重复序列,替换率加快可能与简单重复序列插入有关。系统进化树表明,‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿与南苜蓿亲缘关系较近,‘陇东’天蓝苜蓿与天蓝苜蓿亲缘关系最近。本研究为螺旋果苜蓿组分类和叶绿体基因组反向重复区研究提供理论依据。 展开更多
关键词 螺旋果苜蓿组 叶绿体基因组进化 重复序列分析 系统发育
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黑龙江省扶余市麦穗鱼舌状绦虫裂头蚴的分子鉴定和系统发育分析
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作者 陈秀琴 邱阳元 +4 位作者 郑敏 林甦 江斌 王劭 黄梅清 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第8期74-80,共7页
为鉴定从黑龙江省扶余市麦穗鱼腹腔内收集的绦虫裂头蚴的种类,本试验采用PCR方法分别对其核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行扩增和序列测定。运用DNASTAR软件的MegAlign程序分析核苷酸同源性,采用邻... 为鉴定从黑龙江省扶余市麦穗鱼腹腔内收集的绦虫裂头蚴的种类,本试验采用PCR方法分别对其核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行扩增和序列测定。运用DNASTAR软件的MegAlign程序分析核苷酸同源性,采用邻接法构建基于ITS和COⅠ基因序列的系统进化树,以此分析分离虫株种内与种间的系统发育关系。结果显示,各分离虫株的ITS1和ITS2基因与舌状绦虫(AY121751)的核苷酸序列同源性最高,分别为98.8%~100%和99.6%~99.7%;各分离虫株的COⅠ基因与肠舌状绦虫(EU241273)的核苷酸序列同源性最高,为91.2%~94.7%。基于ITS序列构建的系统进化树显示,舌状绦虫和双线绦虫的ITS序列具有高度的保守性,ITS区域可能不适宜作为区分舌状绦虫属内部种类的可靠分子标记。基于COⅠ基因构建的系统进化树显示,分离虫株与土耳其、俄罗斯和欧洲的肠舌状绦虫分离株进化关系最近。根据序列同源性和COⅠ基因进化树结果,初步将本试验所分离虫株鉴定为肠舌状绦虫。结果表明,COⅠ基因更适合于舌状绦虫属种类的鉴别。本试验为舌状绦虫的分子流行病学调查提供了参考。 展开更多
关键词 舌状绦虫 分子鉴定 系统发育分析 核糖体内转录间隔区 线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ
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濒危赤水凤仙花叶绿体基因组特征及系统发育分析
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作者 兰文香 莫清 +1 位作者 黄海泉 黄美娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1927-1936,共10页
【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息... 【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件对叶绿体基因组进行组装,注释,基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】(1)赤水凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总GC含量为37%,长152892 bp;共编码120个基因,包括95个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和17个tRNA基因。(2)共检测到87个SSR序列,以A、T组成为主;检测到20327个密码子,其中亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Trp)最少。(3)凤仙花属分为2个亚属,为棒凤仙花亚属与凤仙花亚属,赤水凤仙花为棒凤仙花亚属,且与太子凤仙花亲缘关系最近。【结论】赤水凤仙花为典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属。 展开更多
关键词 赤水凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育分析
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西南牡蒿叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：2
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作者 李志芳 陈丽玲 +1 位作者 罗淑洁 刘天猛 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1732-1745,共14页
为探究西南牡蒿(Artemisia parviflora)的叶绿体基因组结构特征及其系统位置,该研究利用高通量测序技术对其进行测序,并借助生物信息学工具进行分析。结果表明:(1)西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp,呈现为由4部分组成的环状双链结构,G... 为探究西南牡蒿(Artemisia parviflora)的叶绿体基因组结构特征及其系统位置,该研究利用高通量测序技术对其进行测序,并借助生物信息学工具进行分析。结果表明:(1)西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp,呈现为由4部分组成的环状双链结构,GC含量为37.5%。(2)共注释115个基因,包括81个蛋白编码基因、4个rRNA基因及30个tRNA基因。(3)检测到68个简单重复序列(SSRs)和37个长重复序列。(4)西南牡蒿叶绿体基因组的密码子使用偏性较弱,其主要受自然选择的影响,高频密码子偏向以A/U结尾。(5)西南牡蒿叶绿体基因组的IR区未出现明显的扩张或收缩;筛选出了trnH-psbA、rpl16-rps3、ycf15-trnL-UAG、ndhA和ycf1 5个高变异区域,可作为鉴定龙蒿亚属植物的潜在分子标记。(6)系统发育分析揭示了西南牡蒿在龙蒿亚属中的系统位置及蒿属内各亚属的系统发育关系。该研究为蒿属植物后续的分子标记开发和系统发育研究提供了参考。 展开更多
关键词 西南牡蒿 叶绿体基因组 密码子使用偏性 分子标记 系统发育分析
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草珊瑚与海南草珊瑚叶绿体基因组结构及系统发育关系分析 被引量：2
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作者 何艳妮 黎前利 +1 位作者 杨武海 吴之坤 《种子》 北大核心 2024年第5期56-63,69,共9页
利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IR... 利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IRs);海南草珊瑚叶绿体基因组总大小为158826 bp,包含一个88104 bp的LSC、一个18440 bp的SSC和一对26141 bp的IRs;二者均注释得到128个基因,包括84个蛋白编码基因(CDS)、8个rRNA基因和36个tRNA基因;系统发育树表明,草珊瑚叶绿体基因组与NCBI下载的两个草珊瑚基因组序列聚为一支,再与海南草珊瑚聚为一支,草珊瑚属与金粟兰属互为姐妹群。 展开更多
关键词 草珊瑚属 叶绿体基因组 系统发育分析
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紫菜薹叶绿体全基因组序列及其系统发育分析 被引量：1
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作者 王传之 周贤玉 +3 位作者 李扬眉 肖婉钰 王雨凤 任海龙 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1483-1494,共12页
紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153483 bp,GC含量为36.36%... 紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153483 bp,GC含量为36.36%,由长度为83282 bp的大单拷贝区(LSC)、17775 bp的小单拷贝区(SSC)和1对各26213 bp的反向重复区(IRa/IRb)组成。基因组注释共得到132个基因,包括:87个蛋白编码基因,37个tRNA和8个rRNA。共鉴定到313个简单重复序列(SSR)和37个散在重复序列。密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象。边界分析和序列变异分析显示,芸薹属叶绿体基因组非常保守,其中SSC区差异性最大,变异程度最高,IR区差异性最小,最为保守。基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明,紫菜薹在分类上与白菜的其他变种在一个小分支中。研究结果可为芸薹属植物,特别是白菜种的分类学、系统学和生物地理学研究提供参考。 展开更多
关键词 白菜 紫菜薹 叶绿体基因组 系统发育分析
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