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基因组选择在肉牛中的研究进展
被引量：
1
1
作者
贾宏霞
刘在霞
+6 位作者
周乐
鲍艳春
霍晨曦
左鹏鹏
谷明娟
娜日苏
张文广
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3757-3768,共12页
基因组选择的发展,在肉牛育种中留下了深刻的印记。中国肉牛品种多、群体规模小导致遗传育种工作的进度迟缓。多数研究表明参考群体大的纯种肉牛群体在多品种评估中的好处甚微,而对参考群体小的品种可以从多品种评估中受益,并且不会对...
基因组选择的发展,在肉牛育种中留下了深刻的印记。中国肉牛品种多、群体规模小导致遗传育种工作的进度迟缓。多数研究表明参考群体大的纯种肉牛群体在多品种评估中的好处甚微,而对参考群体小的品种可以从多品种评估中受益,并且不会对纯种性能的评估产生不良影响。在肉牛遗传育种研究中,基因组信息的使用为改善肉牛的遗传改良提供了机会,以确定杂交品种等多品种参考群体带给肉牛遗传育种的利用价值。多品种基因组评估作为提高群体遗传增益的有利工具,能够通过使用多品种模型对肉牛群体进行基因组评估。本综述从肉牛基因组选择角度进行阐述,重点综述基因组选择在多品种肉牛中的使用情况,探讨了对肉牛使用基因组选择的影响机制,以期为多品种肉牛基因组选择的研究提供新思路,探索基因组选择的应用潜力。
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关键词
肉牛
多品种基因组选择
CiteSpace软件
可视化分析
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职称材料
利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
被引量：
8
2
作者
马浩然
张路培
+6 位作者
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期4174-4185,共12页
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预...
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预测误差方差、广义决定系数、预测误差相关系数及SNP与QTL的连锁一致性程度系统对比了不同评估方法对地方品种亲缘关系的分类结果,并探索了遗传力因素对不同亲缘关系评估方法的影响。通过PCA分析可知10个肉牛地方品种可分为3大类,分别为北方牛品种(柴达木牛、西藏牛、蒙古牛以及延黄牛)、南方牛品种(文山牛、南丹牛以及雷琼牛)和西南牛品种(平武牛、凉山牛以及昭通牛),该分类结果与上述品种地理分布较为一致。与PCA结果对比发现,基于LD一致性的亲缘关系评估方法的评估结果与PCA聚类结果一致,且该方法能够使用皮尔逊相关系数量化品种间亲缘关系,具有较好的准确性。PEVD法、CD法与r法3种方法与上述方法相比评估群体间亲缘关系时容易受到性状估计育种值的误差方差影响,从而造成种间亲缘关系评估结果出现误差。评估结果影响因素分析发现,PEVD法、CD法和r法与PCA和LD一致性评估法相比,易受到评估性状遗传力的影响,评估结果稳定较差。而PCA和LD一致性评估法由于仅依赖基因组数据,不受到遗传力影响,能够更稳定的量化评估品种间亲缘关系,具有更好的可靠性。因此,基于LD一致性评估方法结果可准确量化评估肉牛品种间亲缘关系且评估结果稳定性较高。
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关键词
多品种基因组选择
亲缘关系
肉牛地方
品种
高密度SNP芯片
连锁不平衡
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职称材料
题名
基因组选择在肉牛中的研究进展
被引量：
1
1
作者
贾宏霞
刘在霞
周乐
鲍艳春
霍晨曦
左鹏鹏
谷明娟
娜日苏
张文广
机构
内蒙古农业大学动物科学学院
内蒙古自治区农业基因组大数据工程研究中心
内蒙古农业大学生命科学学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3757-3768,共12页
基金
内蒙古自治区自然科学基金项目(2021ZD05)
内蒙古自治区直属高校基本科研业务费(BR22-11-13,BR221024)
+3 种基金
内蒙古农业大学动物科学学院高水平成果培育专项(BZX202201)
内蒙古自治区科技计划项目(2021GG0008)
内蒙古自治区科技重大专项项目(2021ZD0009)
内蒙古自治区“揭榜挂帅”项目(2022JBGS0025)。
文摘
基因组选择的发展,在肉牛育种中留下了深刻的印记。中国肉牛品种多、群体规模小导致遗传育种工作的进度迟缓。多数研究表明参考群体大的纯种肉牛群体在多品种评估中的好处甚微,而对参考群体小的品种可以从多品种评估中受益,并且不会对纯种性能的评估产生不良影响。在肉牛遗传育种研究中,基因组信息的使用为改善肉牛的遗传改良提供了机会,以确定杂交品种等多品种参考群体带给肉牛遗传育种的利用价值。多品种基因组评估作为提高群体遗传增益的有利工具,能够通过使用多品种模型对肉牛群体进行基因组评估。本综述从肉牛基因组选择角度进行阐述,重点综述基因组选择在多品种肉牛中的使用情况,探讨了对肉牛使用基因组选择的影响机制,以期为多品种肉牛基因组选择的研究提供新思路,探索基因组选择的应用潜力。
关键词
肉牛
多品种基因组选择
CiteSpace软件
可视化分析
Keywords
beef cattle
Multi-species genome selection
Citespace software
visual analysis
分类号
S813.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
被引量：
8
2
作者
马浩然
张路培
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种创新团队
乌拉盖管理区农牧技术推广中心
乌拉盖管理区供销合作社
内蒙古通辽市畜牧业发展中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期4174-4185,共12页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(32102505)
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2022-YWF-ZYSQ-02)
+1 种基金
内蒙古自治区“科技兴蒙”行动重点专项(KJXM2020002-01)
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助(CARS-37)。
文摘
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预测误差方差、广义决定系数、预测误差相关系数及SNP与QTL的连锁一致性程度系统对比了不同评估方法对地方品种亲缘关系的分类结果,并探索了遗传力因素对不同亲缘关系评估方法的影响。通过PCA分析可知10个肉牛地方品种可分为3大类,分别为北方牛品种(柴达木牛、西藏牛、蒙古牛以及延黄牛)、南方牛品种(文山牛、南丹牛以及雷琼牛)和西南牛品种(平武牛、凉山牛以及昭通牛),该分类结果与上述品种地理分布较为一致。与PCA结果对比发现,基于LD一致性的亲缘关系评估方法的评估结果与PCA聚类结果一致,且该方法能够使用皮尔逊相关系数量化品种间亲缘关系,具有较好的准确性。PEVD法、CD法与r法3种方法与上述方法相比评估群体间亲缘关系时容易受到性状估计育种值的误差方差影响,从而造成种间亲缘关系评估结果出现误差。评估结果影响因素分析发现,PEVD法、CD法和r法与PCA和LD一致性评估法相比,易受到评估性状遗传力的影响,评估结果稳定较差。而PCA和LD一致性评估法由于仅依赖基因组数据,不受到遗传力影响,能够更稳定的量化评估品种间亲缘关系,具有更好的可靠性。因此,基于LD一致性评估方法结果可准确量化评估肉牛品种间亲缘关系且评估结果稳定性较高。
关键词
多品种基因组选择
亲缘关系
肉牛地方
品种
高密度SNP芯片
连锁不平衡
Keywords
multi-breed genomic selection
relationship
indigenous beef cattle breed
high-density SNP chip
linkage disequilibrium
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因组选择在肉牛中的研究进展
贾宏霞
刘在霞
周乐
鲍艳春
霍晨曦
左鹏鹏
谷明娟
娜日苏
张文广
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
马浩然
张路培
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
8
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