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基于具有多茎环特征GA-SVM的人类Pre-miRNA的预测研究
1
作者
熊大鹏
刘蓉杰
+4 位作者
胡凯
谭艳平
张园
唐广宇
曾寅
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第12期1174-1178,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,...
MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征,将遗传算法(GA)与支持向量机(SVM)结合以进行特征选择,同时优化SVM分类器模型参数(c,g),并对数据集的不平衡性进行处理,构造出新的分类器.本文采用人类pre-miRNA作为研究数据集,通过5折交叉验证,实验结果显示,新的分类器能够有效地提高预测精度.
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关键词
PRE-MIRNA
多分枝茎环结构
计算预测
遗传算法(GA)
支持向量机(SVM)
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职称材料
题名
基于具有多茎环特征GA-SVM的人类Pre-miRNA的预测研究
1
作者
熊大鹏
刘蓉杰
胡凯
谭艳平
张园
唐广宇
曾寅
机构
湘潭大学信息工程学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第12期1174-1178,共5页
文摘
MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征,将遗传算法(GA)与支持向量机(SVM)结合以进行特征选择,同时优化SVM分类器模型参数(c,g),并对数据集的不平衡性进行处理,构造出新的分类器.本文采用人类pre-miRNA作为研究数据集,通过5折交叉验证,实验结果显示,新的分类器能够有效地提高预测精度.
关键词
PRE-MIRNA
多分枝茎环结构
计算预测
遗传算法(GA)
支持向量机(SVM)
Keywords
pre-miRNAs
secondary structure with multi-branched stems and loops
computational prediction
genetic algorithm（GA）
support vector machine（SVM）
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于具有多茎环特征GA-SVM的人类Pre-miRNA的预测研究
熊大鹏
刘蓉杰
胡凯
谭艳平
张园
唐广宇
曾寅
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
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