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基于键偶极模型的多肽-水体系多体极化作用强度高效计算新方法
1
作者
祝佳怡
姜笑楠
+2 位作者
郑笑函
郝强
王长生
《高等学校化学学报》
北大核心
2025年第4期60-69,共10页
为解决传统非极化力场无法准确描述三体及更高阶多体作用的问题,并精确模拟液态水环境下蛋白质的结构和功能,提出了一种可以快速准确计算多肽-水体系中的多体极化作用强度的新方法.该方法将多肽分子中的N—H和C=O极性化学键及水分子的O...
为解决传统非极化力场无法准确描述三体及更高阶多体作用的问题,并精确模拟液态水环境下蛋白质的结构和功能,提出了一种可以快速准确计算多肽-水体系中的多体极化作用强度的新方法.该方法将多肽分子中的N—H和C=O极性化学键及水分子的O—H键视为键偶极,周围环境对化学键的极化作用使得该化学键上产生了诱导键偶极,使用键偶极之间的相互作用来描述体系中的多体极化作用.通过拟合模型体系中三体作用能随分子间距离变化的势能曲线确定所需参数.将该方法应用于多肽-水体系中的三体作用强度计算,并与高精度的MP2方法和AMOEBABIO18可极化力场方法进行了系统比较.结果表明,本文方法计算的6个多肽水团簇(共包含92290个三体作用)的总三体作用强度与MP2方法的计算结果具有极高的线性相关性(线性相关系数为0.9965,均方根误差为7.29 kJ/mol),准确度略优于AMOEBABIO18可极化力场方法(其与MP2方法的线性相关系数为0.9950,均方根误差为10.74 kJ/mol).此外,本文方法的计算效率与AMOEBABIO18可极化力场方法相比也有显著提高,在涉及超过20000次三体相互作用的模拟中,计算时间缩短了约50%.本文提出的高效方法为大规模蛋白质-水体系的多体作用模拟提供了新思路,在相关领域中具有重要应用潜力.
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关键词
多体极化作用
化学键偶极
诱导键偶极
多肽-水
体
系
三
体
作用
能
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职称材料
题名
基于键偶极模型的多肽-水体系多体极化作用强度高效计算新方法
1
作者
祝佳怡
姜笑楠
郑笑函
郝强
王长生
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《高等学校化学学报》
北大核心
2025年第4期60-69,共10页
基金
国家自然科学基金(批准号:21773102)
辽宁省教育厅基础研究项目(批准号:LJKMZ20221411)资助。
文摘
为解决传统非极化力场无法准确描述三体及更高阶多体作用的问题,并精确模拟液态水环境下蛋白质的结构和功能,提出了一种可以快速准确计算多肽-水体系中的多体极化作用强度的新方法.该方法将多肽分子中的N—H和C=O极性化学键及水分子的O—H键视为键偶极,周围环境对化学键的极化作用使得该化学键上产生了诱导键偶极,使用键偶极之间的相互作用来描述体系中的多体极化作用.通过拟合模型体系中三体作用能随分子间距离变化的势能曲线确定所需参数.将该方法应用于多肽-水体系中的三体作用强度计算,并与高精度的MP2方法和AMOEBABIO18可极化力场方法进行了系统比较.结果表明,本文方法计算的6个多肽水团簇(共包含92290个三体作用)的总三体作用强度与MP2方法的计算结果具有极高的线性相关性(线性相关系数为0.9965,均方根误差为7.29 kJ/mol),准确度略优于AMOEBABIO18可极化力场方法(其与MP2方法的线性相关系数为0.9950,均方根误差为10.74 kJ/mol).此外,本文方法的计算效率与AMOEBABIO18可极化力场方法相比也有显著提高,在涉及超过20000次三体相互作用的模拟中,计算时间缩短了约50%.本文提出的高效方法为大规模蛋白质-水体系的多体作用模拟提供了新思路,在相关领域中具有重要应用潜力.
关键词
多体极化作用
化学键偶极
诱导键偶极
多肽-水
体
系
三
体
作用
能
Keywords
Many-body polarization interaction
Chemical bond dipole
Induced bond dipole
Peptidewater system
Three-body interaction energy
分类号
O641.3 [理学—物理化学]
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题名
作者
出处
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1
基于键偶极模型的多肽-水体系多体极化作用强度高效计算新方法
祝佳怡
姜笑楠
郑笑函
郝强
王长生
《高等学校化学学报》
北大核心
2025
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