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湘西黄牛粪源大肠埃希菌耐药性分析及多位点测序分型
1
作者 汤起武 谭胜国 +3 位作者 葛玲瑞 李运虎 田清武 余兴龙 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期87-94,119,共9页
为了解湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药情况,从湘西黄牛主产区花垣县和凤凰县6个不同规模的湘西黄牛养殖场采集黄牛肛门拭子样品,用麦康凯培养基和大肠埃希菌特异性引物分离、鉴定大肠埃希菌;采用K–B法对分离的大肠埃希菌进行5类共18种... 为了解湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药情况,从湘西黄牛主产区花垣县和凤凰县6个不同规模的湘西黄牛养殖场采集黄牛肛门拭子样品,用麦康凯培养基和大肠埃希菌特异性引物分离、鉴定大肠埃希菌;采用K–B法对分离的大肠埃希菌进行5类共18种常用抗菌药物的敏感性试验;利用超高通量荧光定量PCR对16株多重耐药大肠埃希菌的7类共22种耐药基因进行检测;用大肠埃希菌8个管家基因对此16株分离株进行多位点序列分型(MLST),并运用goeBURST程序和MEGA 7.0对其进行ST聚类分析和进化树分析。结果表明:从采集的206份黄牛肛门拭子样品中共分离、鉴定出大肠埃希菌170株;分离自各牛场的大肠埃希菌对四环素、多西环素、氨苄西林、复方新诺明和甲氧苄氨嘧啶的耐药性较高,耐药性最高的牛场对这5种抗菌药物的耐药率分别为29.63%、16.67%、22.22%、16.67%、33.33%,共有16株多重耐药菌,有8种耐药谱型;有acrA–01(100.00%)、fox5(81.25%)、sul1(68.75%)、sul2(75.00%)、folA(100.00%)、tetR–02(81.25%)、intI–1(clinic)(68.75%)和tnpA–01(50.00%)等6类8种耐药基因被检出;共获得11种ST型,其中,有9种新的ST型;16株分离株可分成2个克隆群和7个单独型;所有分离株聚集归为2个大群,分别为2个分支和7个分支。可见,湘西黄牛粪源大肠埃希菌的耐药性整体偏低,多重耐药菌主要出现于大型规模养殖场,且具有一定的复杂性,应加强对大型规模黄牛养殖场粪源大肠埃希菌耐药性的监控。 展开更多
关键词 湘西黄牛 粪源 大肠埃希菌 耐药性 耐药基因 多位点测序分型
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基于高通道测序的肠道菌群与冠心病的相关性研究 被引量：16
2
作者 李俊艳 孙致远 袁宇 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2019年第29期3554-3560,共7页
背景冠心病是发达国家及发展中国家最常见的死亡原因之一,肠道菌群的组成在冠心病的病理过程中起重要作用,越来越多证据表明,肠道菌群失调可导致脂质代谢紊乱、低度炎性反应、胰岛素抵抗、血压升高等,进而增加冠心病风险。目的通过检测... 背景冠心病是发达国家及发展中国家最常见的死亡原因之一,肠道菌群的组成在冠心病的病理过程中起重要作用,越来越多证据表明,肠道菌群失调可导致脂质代谢紊乱、低度炎性反应、胰岛素抵抗、血压升高等,进而增加冠心病风险。目的通过检测冠心病患者肠道菌群结构及多样性,了解其肠道菌群特点,进一步寻找冠心病危险因素,为冠心病患者提供新的诊疗方法。方法选取2016年7月-2017年6月入住新乡医学院第一附属医院心血管内科及心脏重症监护病房(CCU)的冠心病患者62例,应用Gensini评分将其分为轻度组27例,中重度组35例;同时选取同期于本院体检的30例健康者作为对照组。采集研究对象的粪便样本,提取粪便样本的DNA并对其进行细菌16S rDNA V3区的聚合酶链式反应(PCR)扩增,对最终的PCR扩增产物进行生物信息学分析。结果三组原始PE reads数目(PE_reads)、去除嵌合体后有效序列数目(Nochimera)、有效序列平均长度(AvgLen)、有效数据的GC百分比含量(GC)、Nochimera与PE_reads的百分比(Effective)比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。三组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数比较,差异均有统计学意义(P<0.05);其中,轻度组与中重度组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数均低于对照组(P<0.05)。三组拟杆菌门、变形菌门相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05),其中中重度组拟杆菌门相对丰度低于对照组,变形菌门相对丰度高于对照组(P<0.05);三组拟杆菌纲、梭菌纲相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05),其中中重度组拟杆菌纲相对丰度低于轻度组、梭菌纲相对丰度高于轻度组,轻度组拟杆菌纲相对丰度低于对照组、梭菌纲相对丰度高于对照组(P<0.05);三组拟杆菌属相对丰度比较,差异有统计学意义(P<0.05),其中中重度组相对丰度低于轻度组和对照组,轻度组相对丰度低于对照组(P<0.05)。Metastats差异分析结果显示对照组与轻度组拟杆菌属、巴斯德菌属、脱磷弧菌属、埃希杆菌-志贺杆菌属、考拉杆菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05);对照组与中重度组巴斯德菌属、Dialister属、黄杆菌属、Parasutterella属、考拉杆菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05);轻度组与中重度组脱磷弧菌属、Dialister属、埃希杆菌-志贺杆菌属、黄杆菌属、帕拉普菌属菌落相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论肠道菌群多样性、结构的改变,是冠心病的危险因素,因此调节肠道菌群、粪菌移植等方法可能成为冠心病新的治疗方法。 展开更多
关键词 冠心病 生物多样性 计算生物学 肠道菌群 多位点测序分型
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马西利亚分枝杆菌临床分离株的多位点序列鉴定和药物敏感性试验分析 被引量：1
3
作者 魏剑浩 郭倩 +6 位作者 李桂莲 刘海灿 李马超 吴移谋 楼永良 吕建新 万康林 《中国防痨杂志》 CAS 2015年第3期300-306,共7页
目的对单基因比对不能区分的马西利亚分枝杆菌（M．massiliense）临床分离株进行菌种鉴定，补充其药物敏感谱，为临床诊治提供依据。方法2013年中国疾病预防控制中心传染病预防控制所结核病室共收集了47例疑似非结核分枝杆菌（NTM）感... 目的对单基因比对不能区分的马西利亚分枝杆菌（M．massiliense）临床分离株进行菌种鉴定，补充其药物敏感谱，为临床诊治提供依据。方法2013年中国疾病预防控制中心传染病预防控制所结核病室共收集了47例疑似非结核分枝杆菌（NTM）感染的临床样本，用对硝基苯甲酸、噻吩-2-羧酸肼培养基和多位点PCR方法区分鉴别得到的分枝杆菌，采用基因序列比对进行NTM菌种鉴定，其中未能准确鉴定菌种的6株临床分离株进一步通过多位点序列分析（ML-SA）方法进行定种鉴定。采用微孔板阿尔玛蓝测定法（MABA）对马西利亚分枝杆菌菌株开展36种药物的药物敏感性试验（简称“药敏试验“）。结果47例临床样本中鉴定出34株NTM，其中6株临床分离株综合5个管家基因（16SrRNA、hsp65、rpoB、sodA和recA）的单基因比对结果仍不能鉴定菌种，因此本研究采用MLSA方法构建邻位相加法进化树确认6株均为马西利亚分枝杆菌。药敏试验结果显示M．massiliense对阿米卡星为敏感（16μg／ml）或中度敏感（32μg／ml），对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、环丙沙星、乙硫异烟胺、卷曲霉素、对氨基水杨酸、氧氟沙星、卡那霉素、环丝氨酸、美罗培南、米诺环素12种药物耐药。结论MLSA方法能有效鉴定马西利亚分枝杆菌；马西利亚分枝杆菌耐药程度较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌属 多位点测序分型 微生物敏感性试验
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黔西南汉族人群表皮生长因子前体蛋白编码序列第14和16外显子中单核苷酸多态性研究
4
作者 周白玉 张兵 +5 位作者 陈海明 王兴林 刘祖明 李方明 刘金伟 杨绍华 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第29期3587-3591,共5页
背景与目的单核苷酸多态性(SNPs)在蛋白编码序列中多以富集成簇的方式分布,并提示其可能有民族区域和人种之间的差异性,然而SNPs在黔西南汉族人群表皮生长因子前体蛋白(prepro EGF)编码序列第14和16外显子中的分布状况迄今尚未见报道,... 背景与目的单核苷酸多态性(SNPs)在蛋白编码序列中多以富集成簇的方式分布,并提示其可能有民族区域和人种之间的差异性,然而SNPs在黔西南汉族人群表皮生长因子前体蛋白(prepro EGF)编码序列第14和16外显子中的分布状况迄今尚未见报道,本研究拟对35例黔西南汉族受试者进行研究,旨在分析SNPs在prepro EGF编码序列第14和16外显子中的分布特征。方法设计合成4条引物,分别对35例汉族受试者prepro EGF编码序列第14和16外显子区段进行PCR扩增和产物的DNA测序;检索单核苷酸多态性资料库(db SNP)获取资料并与测序结果进行对比分析。结果 35例黔西南汉族受试者中13例(37.1%)在prepro EGF编码序列的2 525 bp位点出现SNPs,基因型为AG和GG,频率分别为69.2%和30.8%,其等位基因频率分别为A 34.6%和G 65.4%;27例(77.1%)在2 576 bp位点有SNPs,基因型为AA和AG,频率分别为66.7%和33.3%,等位基因频率分别为A 83.3%和G 16.7%。相比之下,北京汉族受试者较黔西南汉族受试者在prepro EGF编码序列第14外显子内多了1个单核苷酸多态位点,即2 619 bp位点;欧美等其他民族不仅在prepro EGF编码序列第14外显子内分布有rs199935855等7个SNPs,而且在其第16外显子内也分布有rs149396988等6个SNPs;黔西南汉族和北京汉族受试者在prepro EGF编码序列的第16外显子内均未见有SNPs分布。结论在黔西南汉族、北京汉族和欧美等民族的prepro EGF编码序列第14和16外显子中,SNPs分别具有各民族、各种族的特征性分布,据此可区分不同地域的种族和人群,甚至进行个体识别。也可将这些呈特征性分布的SNPs视为遗传标记进而深入研究SNPs与疾病发生的关系。 展开更多
关键词 汉族 贵州 多态性 单核苷酸 表皮生长因子前体蛋白 多位点测序分型
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牛源金黄色葡萄球菌耐药性及甲氧西林敏感和耐甲氧西林菌株演化相关性研究 被引量：17
5
作者 王登峰 段新华 +4 位作者 吴建勇 杨学云 李建军 李娜 王治才 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1416-1425,共10页
为研究牛源金黄色葡萄球菌耐药性以及甲氧西林敏感(MSSA)和耐甲氧西林(MRSA)菌携带的耐药基因、MRSA的SCCmec基因型,揭示牛源MSSA与MRSA之间的演化相关性和MRSA起源和扩散途径,对2009年以来中国五省区不同牛场分离的54株金黄色葡萄球菌... 为研究牛源金黄色葡萄球菌耐药性以及甲氧西林敏感(MSSA)和耐甲氧西林(MRSA)菌携带的耐药基因、MRSA的SCCmec基因型,揭示牛源MSSA与MRSA之间的演化相关性和MRSA起源和扩散途径,对2009年以来中国五省区不同牛场分离的54株金黄色葡萄球菌进行了药敏试验。对确定的12株MSSA和MRSA进行了耐药基因检测、SCCmec基因型分型和多位点测序分型(MLST)研究。54株菌的药敏结果显示,对红霉素、克林霉素、青霉素、复方新诺明、多西环素、四环素、氯霉素、环丙沙星、庆大霉素的耐药菌株分别为88.8%、81.5%、88.9%、90.7%、92.6%、94.4%、79.6%、63.0%和70.4%。其中,对所测10种抗生素完全耐药的占5.6%,对5种以上耐药的占85.2%,6株(11.1%)对头孢西丁耐药。12株MSSA和MRSA菌株的药敏和耐药基因检测结果显示,3株MRSA对10种抗生素耐药;6株MSSA菌中,新疆分离株对2～4种抗生素耐药,其它省区分离株对7种以上抗菌素耐药。12株MSSA和MRSA菌均检出ermC和tetK基因;6株MRSA中均检出aac(6′)/aph(2″)基因,5株检出tetM基因,4株检出aph(3′)-Ⅲ基因;6株MSSA均未检出aac(6′)/aph(2″)和aph(3′)-Ⅲ,4株检出tetM基因。用多重PCR对MRSA进行SCCmec基因分型显示,5株为SCCmec IV,1株未能分型;12株菌的MLST分型发现,所有菌株分为ST50、ST965、ST6、ST97和ST9序列型。经eBURST v3分析,MRSA分布在CC7、CC4、CC21和CC9四个克隆复合群(CCs)中,MSSA分布在CC7和CC32克隆复合群中。以上研究表明,我国牛源金黄色葡萄球菌不仅耐药严重,且表现多重耐药;MRSA基因型以SCCmec IV为主。对牛源SCCmec IV型MRSA与同型人源MRSA的耐药谱分析发现有较大差异,推测位于质粒或转座子上的耐药基因可能插入到金黄色葡萄球菌基因组中,导致耐药基因在不同菌株间传播。根据ST97中有MSSA和MRSA以及牛源MRSA与人源MRSA的MLST比较,确认我国牛源MRSA是在抗生素的选择压力下由来源于不同克隆复合群的MSSA获得SCCmecIV而产生,推测同一克隆株MRSA的扩散并不是MRSA大范围出现的主要原因。 展开更多
关键词 牛 耐药基因 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 SCCmec分型 多位点测序分型
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β型甲状腺激素抵抗综合征患者临床特点分析 被引量：3
6
作者 党萍萍 奚悦 +7 位作者 金婷 王冉冉 肖伟伟 梁越 赵得发 王威 张丹 滕晓春 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2020年第36期4635-4639,共5页
背景β型甲状腺激素抵抗综合征(RTHβ)属于罕见内分泌疾病,临床极易误诊、误治。目的总结RTHβ患者的临床特点,为临床医师了解本病提供帮助。方法选取2013—2016年于中国医科大学附属第一医院内分泌与代谢病科诊断为RTHβ的患者6例。回... 背景β型甲状腺激素抵抗综合征(RTHβ)属于罕见内分泌疾病,临床极易误诊、误治。目的总结RTHβ患者的临床特点,为临床医师了解本病提供帮助。方法选取2013—2016年于中国医科大学附属第一医院内分泌与代谢病科诊断为RTHβ的患者6例。回顾性分析6例RTHβ患者的临床资料,包括性别、诊断年龄、发病年龄、家族史、主诉、心电图检查结果、甲状腺触诊结果、甲状腺超声检查结果、甲状腺核素静态显像结果、甲状腺功能指标〔游离三碘甲腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺素(FT4)、促甲状腺激素(TSH)〕、促甲状腺素受体抗体(TRAb)、性激素结合蛋白(SHBG)、血清铁蛋白、脂代谢指标、骨代谢指标、骨密度、基因测序情况等。结果6例RTHβ患者的诊断年龄均高于发病年龄,患者在确诊RTHβ之前均被误诊为甲状腺功能亢进症,长期服用抗甲状腺药物治疗。患者主诉均存在心悸、多汗,3例伴心房颤动。6例患者甲状腺核素静态显像均显示甲状腺双叶摄取率增高。5例RTHβ患者甲状腺超声显示有甲状腺肿大,4例显示多发结节。6例RTHβ患者血清FT3、FT4水平升高,TSH水平在参考范围,且TRAb均为阴性;血清SHBG和血清铁蛋白均在参考范围;甲状腺激素受体(TR)β基因测序均存在点突变。结论RTHβ的临床表现存在高度异质性,临床诊断时需注意与甲状腺功能亢进症和甲状腺功能减退症区分,同时注意并非所有的RTHβ患者能检测出TRβ基因突变。对于高度怀疑为RTHβ的患者,可以采用促甲状腺素释放激素(TRH)兴奋试验、左旋-三碘甲腺原氨酸(L-T3)抑制试验或TRH兴奋试验联合L-T3抑制试验进行临床诊断。 展开更多
关键词 甲状腺激素抵抗综合征 甲状腺功能亢进症 甲状腺功能减退症 甲状腺肿 结节性 多位点测序分型
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新发CHD7基因突变致CHARGE综合征的诊断分析 被引量：2
7
作者 吴逊 宋洁 唐幂 《临床小儿外科杂志》 CAS CSCD 2022年第9期850-854,共5页
目的分析3例新发CHD7(OMIM#214800)基因突变致CHARGE综合征(PMID:10590394)患儿的临床特点和遗传学特征,探讨靶向测序在CHARGE综合征研究中的应用。方法以中南大学湘雅二医院心血管外科收治的3例综合征型先天性心脏病(简称先心病)患儿... 目的分析3例新发CHD7(OMIM#214800)基因突变致CHARGE综合征(PMID:10590394)患儿的临床特点和遗传学特征,探讨靶向测序在CHARGE综合征研究中的应用。方法以中南大学湘雅二医院心血管外科收治的3例综合征型先天性心脏病(简称先心病)患儿为研究对象,采用二代测序技术,结合生物信息学工具对可能产生先天性心血管畸形(特别是综合征型先心病)的445个候选基因进行靶向测序,并采用Sanger测序验证;结合文献和表型分析,确定相关综合征类型。结果通过基于二代测序平台下的靶向测序及筛选,3例患儿均存在新发的CHD7变异:c.G4516A(p.G1506S)、c.A5408G(p.Y1803C)和c.C4894T(p.R1632C)。通过SIFT、PolyPhen 2、MutationTaster软件进行生物信息学分析,其中至少两种判定为致病,提示CHD7变异为致病突变可能性大。结合3例患儿临床表现(包括发育迟缓、智力障碍、语言障碍、精神障碍、特殊面容、骨骼四肢改变、心脏疾病等),与既往报道的CHARGE综合征临床表现高度重合,诊断为CHARGE综合征。结论靶向捕获技术测序能够对综合征型先心病患儿进行快速、准确和全面的检测分析,获取可靠的遗传信息。 展开更多
关键词 心脏病/先天性 多位点测序分型 CHARGE综合征/诊断 突变/遗传学
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