婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量：2

1

作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页

为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多

关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(mlst) 基因序列(ST)

在线阅读 下载PDF 职称材料

成人粪便中长双歧杆菌长亚种的分离鉴定及多位点序列分型分析 被引量：4

2

作者 刘瑞娜 周雪 +4 位作者 梁玉 贺菁 赵鹏昊 赵桉 孟祥晨 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第21期65-71,共7页

为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性... 为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌长亚种的基因多态性。从12个健康成人体内分离得到24株厌氧的细菌菌株,经形态学观察、生理生化试验、16S rDNA及hsp60同源性分析发现,其中14株分离株为长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium longum subsp.longum)。MLST结果表明:14株长双歧杆菌长亚种可分为10种基因型,且均与Bifidobacterium longum subsp.longum ATCC 15707为不同基因型。健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种具有较大的基因多态性。 展开更多

关键词 成人粪便 长双歧杆菌长亚种 分离鉴定 热应激蛋白60( hsp60) 多位点序列分型( mlst) 序列型( ST)

在线阅读 下载PDF 职称材料

乳房链球菌多位点序列分型和遗传进化特征分析 被引量：1

3

作者 扶绍东 仇亚伟 +5 位作者 温晨 张毅豪 陈伟 罗振华 张金秋 苗晋锋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1535-1543,共9页

为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框... 为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框架测序,获取38株菌耐药性、耐药基因及毒力基因等相关信息;通过多位点序列分型技术(multilocus sequence typing,MLST)分析了7个管家基因的等位基因谱、序列型(sequence type,ST)和克隆复合体(clonal complexes,CCs),并构建系统进化树。MIC试验共采用15种抗生素,除头孢噻呋和氟苯尼考外,38株乳房链球菌对其中13种抗生素具有不同程度耐药,且江苏地区的耐药性明显强于新疆地区;耐药和毒力基因比对后发现,仅24株菌携带耐药基因,剩余14株则不携带耐药基因且属新疆地区分离株,与MIC试验结果相符;15种毒力基因中,除cfu、hasA/B和lbp外,余下12种毒力基因的携带率均高达100%。MLST结果表明,38株乳房链球菌共属于17个ST型,其中有15个ST型从未报道,仅supan011株菌属于ST-5 CCs。进化树结果揭示,38株分离株之间的亲缘性较远,分布呈地区依赖性,且中国部分地区当前流行的乳房链球菌与西方国家流行的菌株差异较大。本研究丰富了乳房链球菌的MLST分型数据库,为了解中国乳房链球菌遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多

关键词 乳房链球菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析 被引量：2

4

作者 杨华 何祥祥 +3 位作者 肖英平 钱鸣蓉 张巧艳 唐标 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期888-893,共6页

大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱... 大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。 展开更多

关键词 大肠埃希菌 细菌耐药性 多位点序列分型(mlst) 系统发育树

在线阅读 下载PDF 职称材料

2017—2018年我国部分地区牛支原体的分离鉴定及多位点序列分型 被引量：13

5

作者 康浩然 刘重阳 +3 位作者 于勇 张俊杰 潘子豪 姚火春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1659-1665,共7页

旨在分离流行于我国部分地区的牛支原体,掌握我国牛支原体的种群结构和进化关系。本研究于2017-2018年采集黑龙江、河北、江苏、安徽、内蒙古等地规模化养殖场327份病牛样品,分离鉴定出20株牛支原体。采用adh1、gltX、gpsA、gyrB、pta2... 旨在分离流行于我国部分地区的牛支原体,掌握我国牛支原体的种群结构和进化关系。本研究于2017-2018年采集黑龙江、河北、江苏、安徽、内蒙古等地规模化养殖场327份病牛样品,分离鉴定出20株牛支原体。采用adh1、gltX、gpsA、gyrB、pta2、tdk、tkt 7个管家基因对分离株进行多位点序列分型(MLST),分析我国牛支原体种群结构并结合GenBank数据库公布的85株牛支原体进行最小生成树(MST)分析。结果显示,MycbPAN005为ST-6型,其余菌株均为ST-10型,分析表明ST-10型为我国的主要流行型。我国牛支原体属于CC1克隆复合体,且除ST-6型外,ST-32、ST-26和ST-43型与ST-10型仅有一个管家基因存在差异,表明我国牛支原体种群结构相对稳定单一。ST-6型中国株MycbPAN005为国内首次报道,可为牛支原体的流行病数据库研究提供新的资料。 展开更多

关键词 牛支原体 分离鉴定 多位点序列分型 最小生成树分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用 被引量：4

6

作者 闫瑞 杨捷琳 +3 位作者 陈翠玲 钮冰 徐之雯 蒋原 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2019年第9期9-14,共6页

克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-lociMLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequencetype,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-lociMLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。 展开更多

关键词 克罗诺杆菌 多位点序列分型 全基因组分型 溯源分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

多位点序列分型技术在凝结芽孢杆菌菌株分类中的应用 被引量：1

7

作者 冯海霞 王金龙 +2 位作者 吕伟 刘胜利 马艳艳 《中国饲料》 北大核心 2022年第3期39-42,共4页

本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中M... 本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中MLST采用5个管家基因:adk、recF、sucC、rpoB和spoOA,结合参考凝结芽孢杆菌菌株DSM1的已知管家基因序列,用CE Design V1.04软件设计引物进行PCR扩增,测序结果剪接、串联后,做系统进化树分析。结果显示:16S rRNA基因显示所有菌株的基因序列相似性在99%以上,无法区分菌株间的差异性。而MLST结果显示,国内大部分凝结芽孢杆菌菌株G1-G9、E21和Y1、Y2为第一类别(Bootstrap值≥99),Y3、Y4、Y5三个菌株为第二类别(Bootstrap值≥99),参考菌株DSM1和国内凝结芽孢杆菌菌株差异较大为第三类别。 展开更多

关键词 凝结芽孢杆菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因 亲缘关系

在线阅读 下载PDF 职称材料

新疆克拉玛依地区奶牛源致病性大肠杆菌的血清型、系统进化群及MLST分析 被引量：6

8

作者 江婉琳 马勋 +2 位作者 王静 平丽莹 蔡思奇 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第4期1414-1422,共9页

试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美... 试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美蓝琼脂培养基对大肠杆菌进行分离纯化鉴别,通过PCR方法鉴定,获得55株大肠杆菌分离株,对这些分离株进行致病性大肠杆菌血清型鉴定、系统进化群及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析,利用goeBURST和Mega 7.0生物学软件进行聚类和进化研究,并进行流行病学分析。结果显示,106头健康荷斯坦奶牛的新鲜粪便中大肠杆菌的检出率为51.89%,55株大肠杆菌分离株共鉴定出9种与致病性相关的血清型,检出率为54.55%,其中肠致病性大肠杆菌(EPEC)、肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)和肠产毒性大肠杆菌(ETEC)血清型检出率分别为21.82%、18.81%和14.55%,优势血清型为O142∶K86(B)和O124∶K72(均为10.91%),前者属于肠致病性大肠杆菌,后者属于肠侵袭性大肠杆菌,而肠出血性大肠杆菌(EHEC)血清型检出率为0;系统发育群结果表明,55株大肠杆菌中B1群所占比例最高,为70.91%,其次为A群,占21.82%,D群所占比例较少,占7.27%,B2群未检测出;MLST分析可知,分离株中存在24个ST型,其中优势ST型为ST154(18.18%);进化树分析显示有7个进化分支。结果表明,新疆克拉玛依地区健康成年奶牛粪便大肠杆菌多样性丰富,不仅存在多种致病性大肠杆菌,而且大肠杆菌菌株之间还存在一定的进化关系。因此,健康成年奶牛粪便也具有潜在的安全风险,应加强对奶牛粪便致病性大肠杆菌的检测和监控。 展开更多

关键词 奶牛源大肠杆菌 血清型 系统发育群 多位点序列分型(mlst)

在线阅读 下载PDF 职称材料

甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析

9

作者 马永辉 曹青 +11 位作者 范子秋 赵学慧 芝吉 马金锐 何曾文 张浩浩 邓静 崇倩 张坤中 宋维丽 苟惠天 薛惠文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3566-3576,共11页

[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。... [目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。 展开更多

关键词 沙门菌 屠宰场 血清型 生物被膜 多位点序列分型(mlst)

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学

10

作者 万经 赵炜 +2 位作者 崔颖 毛展 周帼萍 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第5期164-168,共5页

以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云... 以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)及变种345株、炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)61株、韦氏芽胞杆菌(Bacillus weihenstephanensis)、蕈状芽胞杆菌(Bacillus mycoides)、假蕈状芽胞杆菌(Bacillus pseudomycoides)分别为33、21和5株。群内占比很高的蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌具有丰富而复杂的遗传多样性,相互交织地散布于群内几乎所有的进化分支上,两者无法区分;炭疽芽胞杆菌在进化树上位于相对独立而保守的一个分支;韦氏芽胞杆菌与蕈状芽胞杆菌虽然在菌落形态上差异很大,但两者在系统进化树上位于同一个分支,同源性极高。 展开更多

关键词 蜡样芽胞杆菌群 Pubmlst数据库 多位点序列分型 群体遗传学分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

牛源多杀性巴氏杆菌血清分型及毒力相关基因的检测研究 被引量：23

11

作者 邬琴 张星星 +6 位作者 顾晓晓 陶乔孝慈 黄新 韩猛立 吴桐忠 周霞 钟发刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第6期1910-1920,共11页

为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多... 为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多位点序列分型法(MLST)及PCR方法检测17株Pm分离株的荚膜型、脂多糖型、MLST型及7类共25个毒力相关基因的分布情况。结果显示,13株Pm的荚膜脂多糖型为A∶L3型,ST型均为ST1型,4株Pm荚膜脂多糖型为B∶L2型,ST型均为ST44;17株Pm毒力相关基因(exbB、exbD、fimA、fur、hgbA、hsf2、nanB、oma87、ompA、ompH、plpB、psl、ptfA、sodA、sodC、tonB和tbpA)的检出率高达100%,toxA基因的检出率为0。结果表明,从新疆北疆部分地区规模化牛场疑似病例中分离的Pm主要血清型为A∶L3∶ST1型。 展开更多

关键词 多杀性巴氏杆菌(Pm) 荚膜 脂多糖 多位点序列分型(mlst) 毒力相关基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

牛源肠出血性大肠埃希菌的分离鉴定及进化分析 被引量：3

12

作者 郭锐 谭臣 +3 位作者 彭忠 华琳 曾东柱 吴斌 《动物医学进展》 北大核心 2015年第8期11-17,共7页

在牛群中分离肠出血性大肠埃希菌(EHEC),并将分离菌株与国际上流行的EHEC株之间的亲缘关系进行比较。应用PCR方法结合头孢克肟-亚碲酸钾山梨醇麦康凯琼脂(CT-SMAC)平板分离法对采集的565份样本(牛粪便397份,牛奶99份,奶牛场环境中的水... 在牛群中分离肠出血性大肠埃希菌(EHEC),并将分离菌株与国际上流行的EHEC株之间的亲缘关系进行比较。应用PCR方法结合头孢克肟-亚碲酸钾山梨醇麦康凯琼脂(CT-SMAC)平板分离法对采集的565份样本(牛粪便397份,牛奶99份,奶牛场环境中的水样69份)进行EHEC分离和鉴定,在此基础上,对分离的菌株进行EHEC相关毒力基因的检测及致Vero细胞毒性研究。根据大肠埃希菌MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/mlst/dbs/E.coli)提供的多位点序列分型(MLST)方案,利用MEGA 5.0软件分别对分离菌株进行分子分型及遗传进化分析。结果从565份样本中共分离到EHEC 40株,占分离样本总数的7.1%(40/565)。40株EHEC涵盖了17种血清型,以O157(4/40)、O26(4/40)、O91(7/40)、O100(4/40)、O97(6/40)、O92(2/40)为优势血清型。对40株EHEC进行相关毒力基因的检测发现,stx1、stx2、ehxA、saa基因检出率分别为82.5%(33/40)、75%(30/40)、90%(36/40)和27.5%(11/40),远高于eae(5%,2/40)、wzxO157(10%,4/40)基因检出率。38株携带stx1/stx2基因的EHEC均能产生志贺毒素,且能致Vero细胞产生病变。MLST分析表明,40株EHEC共有7个序列型(ST),其中ST297为优势序列型,占57.5%(23/40)。遗传进化分析表明,ST297型与国际上流行的EHEC具有较近的亲缘关系。本次分离的40株EHEC之间具有一定的分子多态性,与国际上流行的EHEC具有较近的亲缘关系。除了O157EHEC外,非O157EHEC对人类公共卫生安全也可构成一定威胁,因此,我国应加强对这一类菌株的监测与检测。 展开更多

关键词 肠出血性大肠埃希菌 分离与鉴定 多位点序列分型 序列型 进化分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

婴儿粪便长双歧杆菌的分离与多样性分析 被引量：13

13

作者 张秋雪 刘晓婵 +4 位作者 朱宗涛 万峰 孙思睿 贾芳芳 孟祥晨 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第24期8-14,共7页

本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩... 本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌多态性。实验从11个婴儿体内分离得到18株厌氧的细菌菌株,经形态学分析、生理生化实验、16S rDNA测序及hsp60测序实验发现,其中7株为长双歧杆菌长亚种,3株为长双歧杆菌婴儿亚种。RAPD和MLST结果表明:7株长双歧杆菌长亚种为6个基因型,3株长双歧杆菌婴儿亚种为2个基因型,上述结果说明不同人源婴儿粪便长双歧杆菌基因型差异较大。 展开更多

关键词 长双歧杆菌 热应激蛋白60基因(hsp60) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 多位点序列分型(mlst)

在线阅读 下载PDF 职称材料

三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析 被引量：5

14

作者 李翠函 曲志娜 +12 位作者 高玉斌 李彦 王娟 段笑笑 王琳 张喜悦 赵格 黄秀梅 赵建梅 张青青 王君玮 黄保续 刘俊辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1653-1662,共10页

【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131... 【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131份,利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株bla NDM基因阳性的CREC菌株,分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高,分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药,83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药,对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重,水禽次之,蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因,4种bla NDM变异体,以bla NDM-5(77.78%)为主,三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型,多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82~71307个,且携带的优势型不同。【结论】携带bla NDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在,以bla NDM-5亚型最为常见,对多种抗菌药普遍耐药,且携带大量耐药基因,以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布,且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体,加强监测和影响因素研究,以降低CREC的潜在风险。 展开更多

关键词 家禽 碳青霉烯类耐药大肠杆菌(CREC) 群间分布 多位点序列分型(mlst) 全基因组测序(WGS)

在线阅读 下载PDF 职称材料

肉牛呼吸道皮特不动杆菌的生物学特性分析 被引量：1

15

作者 樊利虹 王之盛 +5 位作者 左之才 才冬杰 易军 马晓平 苟丽萍 王巍 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期300-309,共10页

为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自... 为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自肉牛呼吸道皮特不动杆菌的菌体形态和不同培养基上的菌落形态均相似;5株菌的生化特性并非完全一致,主要表现在ZZCSF1807-9的枸橼酸盐、精氨酸双水解试验为阳性,丙二酸盐为阴性,与其余4株菌相反;16S rDNA系统进化树显示,5株菌均聚集在同一分支,而gyrB基因系统进化树显示,ZZCSF1807-9与其余4株菌未在同一分支,存在进化距离;MLST分型结果显示,ZZCSF1807-9为ST214型,而另4株菌均与ST321型最为接近。上述结果表明,来源于呼吸道疾病肉牛的5株皮特不动杆菌在生化特性表型和gyrB基因,以及MLST型上存在一定差异,发生这些差异是否与各菌株的环境适应或因毒力变化有关尚有待进一步研究。 展开更多

关键词 皮特不动杆菌 生化特性 同源性分析 多位点序列分型(mlst)

在线阅读 下载PDF 职称材料

布鲁菌病的实验诊断方法及布鲁菌的分子生物学分型方法研究进展 被引量：6

16

作者 于美美 管程程 +1 位作者 张田 李倩 《山东医药》 CAS 2019年第3期91-94,共4页

布鲁菌可引起人兽共患病布鲁菌病(简称布病),布病的临床实验室诊断和布鲁菌分型在布病的诊疗和防控中非常重要。布病的实验诊断方法包括细菌培养、免疫学诊断、分子生物学方法等,其中免疫学诊断方法包括试管凝集试验、虎红平板凝集试验... 布鲁菌可引起人兽共患病布鲁菌病(简称布病),布病的临床实验室诊断和布鲁菌分型在布病的诊疗和防控中非常重要。布病的实验诊断方法包括细菌培养、免疫学诊断、分子生物学方法等,其中免疫学诊断方法包括试管凝集试验、虎红平板凝集试验、抗人球蛋白试验、酶联免疫吸附试验、免疫捕获凝集技术、补体结合试验、免疫胶体金技术、荧光偏振试验等,分子生物学方法包括聚合酶链式反应、环介导等温扩增技术、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等。布鲁菌的分子生物学分型方法包括聚合酶链式反应、脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型、多位点可变数目串联重复序列分析、高变量八聚物寡核苷酸指纹分析等。 展开更多

关键词 布鲁菌 布鲁菌病 细菌培养 免疫学诊断方法 分子生物学方法 聚合酶链式反应 脉冲场凝胶电泳技术 多位点序列分型 多位点可变数目串联重复序列分析 高变量八聚物寡核苷酸指纹分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

13株肺炎链球菌标准菌株分子生物学特征分析 被引量：2

17

作者 李康 黄洋 +5 位作者 石继春 王春娥 徐潇 陈琼 赵丹 叶强 《临床检验杂志》 CAS 2021年第8期573-576,共4页

目的对中国医学细菌保藏管理中心保藏的13株肺炎链球菌标准菌株进行分子生物学特征分析。方法对13株肺炎链球菌标准菌株首先进行传统的培养特性、显微观察、血清凝集和质谱鉴定,然后进行16S rRNA基因分析和多位点序列分型(MLST)。结果1... 目的对中国医学细菌保藏管理中心保藏的13株肺炎链球菌标准菌株进行分子生物学特征分析。方法对13株肺炎链球菌标准菌株首先进行传统的培养特性、显微观察、血清凝集和质谱鉴定,然后进行16S rRNA基因分析和多位点序列分型(MLST)。结果13株标准菌株的培养特性、显微观察、血清凝集及质谱鉴定的结果均符合肺炎链球菌的特征;13株标准菌株均扩增出预期大小的16S rRNA基因片段,且与肺炎链球菌模式株NCTC 7465的16S rRNA基因序列(LN831051)的相似性在99.00%以上;MLST分型结果显示,13株标准菌株共分为13个ST型,分别为ST2296、ST180、ST2759、ST3844、ST12973、ST12977、ST3545、ST16632、ST875、ST10189、ST870、ST342和ST7234。菌株CMCC(B)31547的ST16632为新发现的ST型。结论获得了13株不同型别的肺炎链球菌标准菌株的16S rRNA基因序列信息和MLST分型数据,为肺炎链球菌菌株溯源和质量标准的进一步完善提供了数据支撑。 展开更多

关键词 肺炎链球菌 质谱鉴定 16S rRNA基因分析 多位点序列分型

在线阅读 下载PDF 职称材料

多重耐药鲍曼不动杆菌的临床流行特征 被引量：2

18

作者 韩蕾 雷金娥 +2 位作者 祁杰 徐纪茹 韩少山 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期872-877,共6页

目的对西安交通大学第一附属医院收集的多重耐药鲍曼不动杆菌进行菌种确认,并检测其临床感染分布特点、耐药性及分子分型特征。方法收集经VITEK-2鉴定的多重耐药鲍曼不动杆菌47株,利用特异性引物sp2F、sp4F和sp4R通过PCR扩增的方法复检... 目的对西安交通大学第一附属医院收集的多重耐药鲍曼不动杆菌进行菌种确认,并检测其临床感染分布特点、耐药性及分子分型特征。方法收集经VITEK-2鉴定的多重耐药鲍曼不动杆菌47株,利用特异性引物sp2F、sp4F和sp4R通过PCR扩增的方法复检菌株;使用VITEK-2检测鲍曼不动杆菌的药物敏感性;通过多位点序列分型(MLST)方法分析临床菌株的同源性。结果经过特异性PCR扩增法确认,47株临床样本中有46株为鲍曼不动杆菌,它们大多分离自痰标本,主要收集于重症监护室,呈多重耐药性。MLST分析发现ST195、ST218、ST368及ST208共4种ST型,其中ST368与ST208亲缘关系最近。结论特异性PCR扩增法可快速、准确地鉴定鲍曼不动杆菌。本院的多重耐药鲍曼不动杆菌主要分布在重症监护室,仅对替加环素等少数抗生素有较高敏感性,存在同源性差异。 展开更多

关键词 多重耐药鲍曼不动杆菌 特异性PCR扩增鉴定 临床流行特征 多位点序列分型(mlst)

在线阅读 下载PDF 职称材料

西安市与上海市婴儿感染百日咳鲍特菌基因型比较 被引量：1

19

作者 张娟胜 林晨 +3 位作者 常玲 王小强 魏晓光 李浩 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期47-52,共6页

目的:探讨西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌的基因型特征。方法:收集2018—2019年在西安市和上海市哨点监测医院和社区采集的1岁以下疑似百日咳患儿的鼻咽拭子,经分离培养所得百日咳鲍特菌采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变... 目的:探讨西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌的基因型特征。方法:收集2018—2019年在西安市和上海市哨点监测医院和社区采集的1岁以下疑似百日咳患儿的鼻咽拭子,经分离培养所得百日咳鲍特菌采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法分析其基因型。结果:共采集到疑似百日咳患儿鼻咽拭子1200份,经分离培养得到百日咳鲍特菌60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(32/34,94.12%),而上海市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(13/26,50.00%)和prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1(11/26,42.31%),两市百日咳鲍特菌MAST型别分布差异有统计学意义(χ2=18.642,P<0.01)。西安市百日咳鲍特菌以MT195(13/34,38.24%)、MT55(10/34,29.41%)、MT104(9/34,26.47%)型别居多,而上海市百日咳鲍特菌以MT27型为主(12/26,46.15%),两市百日咳鲍特菌MLVA型别分布差异有统计学意义(χ2=15.866,P<0.01)。结论:西安市与上海市临床分离婴儿感染百日咳鲍特菌基因型存在差异,应进一步加强中国百日咳鲍特菌基因型演变的监测。 展开更多

关键词 百日咳 百日咳鲍特菌 基因型 多位点抗原序列分型 多位点可变数目串联重复序列分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

太原市某三甲医院非呼吸道标本分离的高毒力肺炎克雷伯菌流行病学调查 被引量：1

20

作者 王瑞雪 王海如 +1 位作者 李浩 杨志宁 《山西医科大学学报》 CAS 2023年第10期1397-1403,共7页

目的了解太原市某三甲医院非呼吸道标本分离的高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)感染特点、耐药性、高毒力荚膜多糖血清分型及序列分型。方法收集2021年10月至2022年12月山西白求恩医院非呼吸道标本分离肺炎克雷伯菌(KP)171株,以检测到毒力基因i... 目的了解太原市某三甲医院非呼吸道标本分离的高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)感染特点、耐药性、高毒力荚膜多糖血清分型及序列分型。方法收集2021年10月至2022年12月山西白求恩医院非呼吸道标本分离肺炎克雷伯菌(KP)171株,以检测到毒力基因iucA及_(p)rmpA/_(p)rmpA2为依据,将菌株分为阳性组(hvKP组)和阴性组(经典KP,cKP组)。卡方检验分析感染部位、感染类型、耐药菌株以及6种高毒力荚膜多糖血清型(K1、K2、K5、K20、K54和K57)在两组中的分布特征,二分类logistic回归筛选hvKP感染高危因素,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)对hvKP进行分子分型。结果hvKP在肝脓肿、脓毒血症、其他部位脓肿及腹部感染中存在优势分布(均P<0.05),cKP在尿路感染中存在优势分布(P<0.05);社区获得性感染是该医院非呼吸道标本分离hvKP的主要感染类型(P<0.001);血清白蛋白(ALB)<28.6 g/L是hvKP感染独立危险因素(OR=2.832,95%CI 1.207~6.646,P=0.017)。非呼吸道感染hvKP对临床常用抗菌药物耐药率保持在3.08%~18.46%之间,除阿米卡星外,均显著低于cKP组(均P<0.05)。高毒力荚膜多糖血清型K1、K2占hvKP总数的52.31%和21.54%,与hvKP高度相关(均P<0.001);K5、K20、K54、K57检出率较低(1.54%~4.62%),未发现与hvKP存在相关性(均P>0.05)。MLST将hvKP分成18种不同的序列类型(sequence type,ST),其中ST23占50.77%,其次为ST65和ST86,均占7.70%。ST23型hvKP与K1血清型密切相关(P<0.001)。非ST23型hvKP则与K2血清型密切相关(P<0.001),主要对应ST65(35.71%)和ST86(28.57%)型。暂未发现ST23型hvKP获得碳青霉烯耐药表型。结论该医院非呼吸道标本分离的hvKP主要与多个部位脓肿(包括肝脓肿)、脓毒血症及腹部感染相关,但很少侵犯泌尿系统,并且以引起社区获得性感染为主。患者血清ALB水平低下,更容易发生hvKP的感染。目前该医院非呼吸道感染的hvKP耐药程度较低,K1、K2高毒力荚膜多糖血清型高度流行,ST23型是其主要序列分型。 展开更多

关键词 高毒力肺炎克雷伯菌 感染特征 耐药性 高毒力荚膜多糖血清分型 多位点序列分析

在线阅读 下载PDF 职称材料